Specimods: A web-based tool for producing Genbank submission files for sequenced museum specimens

نویسندگان

چکیده

The expectation of published sequence data on Genbank and other databases is not only a requirement for journal publication, but incredibly valuable continuing research in organismal evolution ecology. process formatting submitting from vouchered specimens burdensome tedious. Improperly formatted submissions lead to lengthy delays frustrations behalf the submitters reviewers. Specimods*1 new tool that utilizes Global Biodiversity Information Facility (GBIF) API produce source modifier files will facilitate batch upload specimen sequences Genbank, using submission platform. Once template CSV populated with catalog numbers, institution codes, SeqID, descriptions, sequences, Specimods pull metadata GBIF two files: FASTA file complete definition line (SeqID, organism name, title) as well containing metadata. Currently, supports Internal Transcribed Spacer (ITS) (1, 2, or both), SSUrRNA_18s, LSUrRNA_28s sequences. application*2 uses an Express server Node.js linked user account stored MySQL relational database. This presentation demonstrate fungal show how dozens can be accomplished matter minutes.

برای دانلود رایگان متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

BarleyExpress: a web-based submission tool for enriched microarray database annotations

UNLABELLED BarleyExpress is a web-based microarray experiment data submission tool for BarleyBase, a public data resource of Affymetrix GeneChip data for plants. BarleyExpress uses the Plant Ontology vocabularies and enhances the MIAME guidelines to standardize the annotation of microarray gene expression experiments. In addition, BarleyExpress provides explicit support for factorial experiment...

متن کامل

developing a pattern based on speech acts and language functions for developing materials for the course “ the study of islamic texts translation”

هدف پژوهش حاضر ارائه ی الگویی بر اساس کنش گفتار و کارکرد زبان برای تدوین مطالب درس "بررسی آثار ترجمه شده ی اسلامی" می باشد. در الگوی جدید، جهت تدوین مطالب بهتر و جذاب تر، بر خلاف کتاب-های موجود، از مدل های سطوح گفتارِ آستین (1962)، گروه بندی عملکردهای گفتارِ سرل (1976) و کارکرد زبانیِ هالیدی (1978) بهره جسته شده است. برای این منظور، 57 آیه ی شریفه، به صورت تصادفی از بخش-های مختلف قرآن انتخاب گردید...

15 صفحه اول

Evaluating hybridization capture with RAD probes as a tool for museum genomics with historical bird specimens

Laboratory techniques for high-throughput sequencing have enhanced our ability to generate DNA sequence data from millions of natural history specimens collected prior to the molecular era, but remain poorly tested at shallower evolutionary time scales. Hybridization capture using restriction site-associated DNA probes (hyRAD) is a recently developed method for population genomics with museum s...

متن کامل

ذخیره در منابع من


  با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ژورنال

عنوان ژورنال: Biodiversity Information Science and Standards

سال: 2022

ISSN: ['2535-0897']

DOI: https://doi.org/10.3897/biss.6.94596