بررسی بیوانفورماتیکی و بیان خانواده ژنی snrk۲ در گیاه جو

تنش های غیرزیستی از مهم ترین عوامل محدود ‎کننده ی عملکرد گیاهان زراعی و پروتئین کینازهای snrk2 از تنظیم‎کننده های کلیدی پاسخ گیاهان به تنش های غیرزیستی می باشند. با توجه به اهمیت اقتصادی، سطح زیر کشت و تحمل گیاه جو به تنش های غیرزیستی، در این تحقیق اعضای خانواده ی snrk2 در گیاه جو شناسایی و مورد بررسی قرار گرفته اند. به‎همین منظور توالی های حفظ شده خانواده snrk2 در پایگاه های اطلاعاتی مختلف همچون ncbi و پروژه ژنوم جو، با ابزار tblastn در بین توالی های ثبت شده برای گیاه جو جستجو شدند. در نتیجه 10 عضو یافت شدند hvsnrk2.1) تا hvsnrk2.10) که 8 عضو آن تاکنون گزارش نشده بودند. اعضای خانواده ی snrk2 جو با اعضای این خانواده در آرابیدوپسیس و برنج همردیف و درخت فیلوژنتیک رسم شد. تعیین جایگاه کروموزومی، آنالیز پروموتر و تعریف ساختار ژن ها انجام شد و الگوی بیان هر ژن در اندام ها، تیمارها و ارقام مختلف بر اساس داده های ریزآرایه مورد بررسی قرار گرفت. نیمی از اعضای این خانواده روی کروموزوم 2 و بقیه روی کروموزوم های 1، 4، 5 و 6 قرار داشتند. تعداد اینترون در اعضای این خانواده از صفر تا 8 متغیر بود. 19 نوع عامل سیس شامل عوامل مؤثر در پاسخ به تنش های غیرزیستی، بر روی پروموتر اعضای خانواده ژنی hvsnrk2 شناخته شد. بیان ژن hvsnrk2.6 توسط خشکی، شوری و سرما القا شده و به‎نظر می رسد در انتقال پیام این تنش ها و ایجاد تحمل به آنها نقش مهمی ایفا کند. امید است بتوان از این ژن برای اصلاح و دست ورزی گیاهان در جهت تحمل به تنش های غیرزیستی به‎ویژه خشکی بهره برد.