مطالعه بیوانفورماتیکی بیماری ورم پستان گاو ایجاد شده توسط لیپوپلی ساکارید اشرشیاکلی با استفاده از داده های ریزآرایه

صمد وجدی حکم آباد، depat. of animal science, faculty of agriculture, tabriz university, tabriz, iranدانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران صادق علیجانی، depat. of animal science, faculty of agriculture, tabriz university, tabriz, iranدانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران حسین دقیق کیا، depat. of animal science, faculty of agriculture, tabriz university, tabriz, iranدانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران حکیمه زالی، proteomics research center, school of advanced technologies in medicine, shahid beheshti university of medical sciences, tehran, iranمرکز تحقیقات پروتئومیکس، دانشکده فناوری های نوین پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، تهران، ایران سهیلا خداکریم، dept. of epidemiology, faculty of health, shahid beheshti university of medical sciences, tehran, iranدانشکده بهداشت، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، تهران، ایران محسن بیگدلی پاشایی، health technology incubator center, semnan university of medical sciences, semnan, iranکارشناس توسعه فناوری سلامت معاونت تحقیقات و فناوری، دانشگاه علوم پزشکی سمنان، سمنان، ایران

Abstract(in Persian; no English abstract is available)

سابقه و هدف: به منظور توسعه استراتژی های جدید برای جلوگیری از ورم پستان از نوع اشرشیاکلی، داشتن فهم درست از جزئیات و مکانیسم های مولکولی درگیر در پاسخ های ایمنی میزبان به این باکتری ضروری می باشد. در این تحقیق با استفاده از اطلاعات ترانسکریپتومیکس موجود به مطالعه بیوانفورماتیکی این بیماری پرداخته شد. مواد و روش ها: داده های حاصل از مطالعه گیلبرت و همکارانش که با استفاده از تکنیک ریزآرایه انجام شده بود از سایت geo استخراج گردید. بر اساس داده های استخراج شده با استفاده از پایگاه داده string برهمکنش بین پروتئین ها شناسایی شده و توسط نرم افزار cytoscape شبکه برهمکنش پروتئین – پروتئین آن رسم گردید. آنالیز های شبکه جهت یافتن هاب ها و دسته بندی بر اساس go برای هر شبکه توسط clugo-clue-pedia انجام شد. یافته ها: شبکه برهمکنش پروتئین - پروتئین از ژن هایی با بیان متفاوت در بافت پستان گاو آلوده شده با لیپوپلی ساکارید برگرفته از باکتری e. coli بعد از گذشت 3 و 6 ساعت تعیین شد. بخش های مشترک دو شبکه انتخاب شد و در آنالیز شبکه حاصله، ژن های il6، ifih1، parp14 ،il1b ،isg15 ،gro1 ، ifit3، ccl5، icam1، irf9 و nos2 دارای بیش ترین درجه بودند که به عنوان هاب های شبکه عمل می کنند. آنالیز خوشه بندی بر اساس go، مهم ترین فرآیندهای بیولوژیکی، عمل کردهای ملکولی، جایگاه سلولی، فرآیندهای سیستم ایمنی و مسیرهای حاکم بر اساس پایگاه kegg تعیین شد. نتیجه گیری: نتایج نشان داد که با افزایش زمان حضور پاتوژن در میزبان تعداد برهمکنش ها در پروتئین های هاب هم راه با افزایش است بنابراین این پروتئین ها می توانند کاندیدای هدف های دارویی باشند