بررسی بیوانفورماتیکی و بیان خانواده ژنی SnRK2 در گیاه جو

نویسندگان

  • احسان پورعابد کارشناسی‌ارشد، گروه زیست شناسی سیستم ها، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران
  • زهرا سادات شبر استادیار گروه زیست شناسی سیستم ها، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی کرج، ایران
  • سید مرتضی رضوی کارشناسی‌ارشد، گروه زیست شناسی سیستم ها، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران
  • فرزان قانع گل‌محمدی کارشناسی‌ارشد، گروه زیست شناسی سیستم ها، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران
  • یاسر پناهی فکور کارشناسی‌ارشد، گروه زیست شناسی سیستم ها، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران
چکیده مقاله:

تنش‌های غیرزیستی از مهم‌ترین عوامل محدود ‎کننده‌ی عملکرد گیاهان زراعی و پروتئین کینازهای SnRK2 از تنظیم‎کننده‌های کلیدی پاسخ گیاهان به تنش‌های غیرزیستی می‌باشند. با توجه به اهمیت اقتصادی، سطح زیر کشت و تحمل گیاه جو به تنش‌های غیرزیستی، در این تحقیق اعضای خانواده‌ی SnRK2 در گیاه جو شناسایی و مورد بررسی قرار گرفته‌اند. به‎همین منظور توالی‌های حفظ شده خانواده SnRK2 در پایگاه‌های اطلاعاتی مختلف همچون NCBI و پروژه ژنوم جو، با ابزار tBLASTn در بین توالی‌های ثبت شده برای گیاه جو جستجو شدند. در نتیجه 10 عضو یافت شدند HvSnRK2.1) تا HvSnRK2.10) که 8 عضو آن تاکنون گزارش نشده بودند. اعضای خانواده‌ی SnRK2 جو با اعضای این خانواده در آرابیدوپسیس و برنج همردیف و درخت فیلوژنتیک رسم شد. تعیین جایگاه کروموزومی، آنالیز پروموتر و تعریف ساختار ژن‌ها انجام شد و الگوی بیان هر ژن در اندام‌ها، تیمارها و ارقام مختلف بر اساس داده‌های ریزآرایه مورد بررسی قرار گرفت. نیمی از اعضای این خانواده روی کروموزوم 2 و بقیه روی کروموزوم‌های 1، 4، 5 و 6 قرار داشتند. تعداد اینترون در اعضای این خانواده از صفر تا 8 متغیر بود. 19 نوع عامل سیس شامل عوامل مؤثر در پاسخ به تنش‌های غیرزیستی، بر روی پروموتر اعضای خانواده ژنی HvSnRK2 شناخته شد. بیان ژن HvSnRK2.6 توسط خشکی، شوری و سرما القا شده و به‎نظر می‌رسد در انتقال پیام این تنش‌ها و ایجاد تحمل به آنها نقش مهمی ایفا کند. امید است بتوان از این ژن برای اصلاح و دست‌ورزی گیاهان در جهت تحمل به تنش‌های غیرزیستی به‎ویژه خشکی بهره برد.

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دانلود متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

بررسی بیوانفورماتیکی و بیان خانواده ژنی snrk۲ در گیاه جو

تنش های غیرزیستی از مهم ترین عوامل محدود ‎کننده ی عملکرد گیاهان زراعی و پروتئین کینازهای snrk2 از تنظیم‎کننده های کلیدی پاسخ گیاهان به تنش های غیرزیستی می باشند. با توجه به اهمیت اقتصادی، سطح زیر کشت و تحمل گیاه جو به تنش های غیرزیستی، در این تحقیق اعضای خانواده ی snrk2 در گیاه جو شناسایی و مورد بررسی قرار گرفته اند. به‎همین منظور توالی های حفظ شده خانواده snrk2 در پایگاه های اطلاعاتی مختلف همچ...

متن کامل

آنالیز بیوانفورماتیکی خانواده های ژنی مرتبط با دفاع اکسیداتیو گیاه

چکیده تنش اکسیداتیو یک تنش ثانویه است، علامت ندارد و در پس زمینه همه تنش ها وجود دارد و مهمّترین تنش در دنیای بیولوژی گیاهی و جانوری است. مثلاً شوری یک تنش اولیه است که پس از اعمال در گیاه، منجر به تولید ros ها که همان تنش اکسیداتیو است، می شود. گیاهان مکانیسم های مهمّی را برای مقابله با آنها در خود توسعه داده اند. ros ها یا انواع اکسیژن های واکنشی ، به عنوان مواد جهش زا در واکنش ها عمل می کنند ...

15 صفحه اول

شناسایی، طبقه بندی و آنالیز بیان بیوانفورماتیکی خانواده ژنی عوامل نسخه برداری NAC در ژنوم Hordeum vulgare cv. Morex

خانواده ژنی NAC یک خانواده بزرگ عوامل نسخه‌برداری اختصاصی گیاهی است که نقش‌های متنوعی در مراحل نمو گیاهی و پاسخ به تنش‌ها ایفا می‌کند. با تکمیل پروژه توالی‌یابی ژنوم Hordeum vulgare cv. Morex امکان مطالعات بیوانفورماتیکی خانواده ژنی NAC در جو فراهم گردید. در این پژوهش با استفاده از پایش ژنومی، در کل 73 ژن غیرتکراری رمزکننده NAC در توالی‌های ژنومی Hordeum vulgare cv. Morex شناسایی شد. یک درخت تب...

متن کامل

بررسی بیان خانواده ژنی دهیدرین‌ها در ژنوتیپ‌های حساس و متحمل جو وحشی و زراعی در شرایط تنش خشکی

دهیدرین‌ها دومین گروه از پروتئین‌های بسیار آب‌دوست از گروه LEA هستند که در شرایط کم‌آبی و دمای پایین در گیاهان تجمع می‌یابند و به نظر می‌رسد در ایجاد تحمل به تنش نقش مهمی دارند. به منظور بررسی اهمّیت دهیدرین‌ها در پاسخ ژنوتیپ‌های حساس و متحمل جو به خشکی، آزمایشی به صورت فاکتوریل در قالب طرح کاملاً تصادفی در گلدان روی ارقام زراعی یوسف، موروکو و اکوتیپ جو وحشی اسپانتانئوم (Hordeum spontaneum) به عن...

متن کامل

شناسایی، طبقه بندی و آنالیز بیان بیوانفورماتیکی خانواده ژنی عوامل نسخه برداری NAC در ژنوم Hordeum vulgare cv. Morex

خانواده ژنی NAC یک خانواده بزرگ عوامل نسخه‌برداری اختصاصی گیاهی است که نقش‌های متنوعی در مراحل نمو گیاهی و پاسخ به تنش‌ها ایفا می‌کند. با تکمیل پروژه توالی‌یابی ژنوم Hordeum vulgare cv. Morex امکان مطالعات بیوانفورماتیکی خانواده ژنی NAC در جو فراهم گردید. در این پژوهش با استفاده از پایش ژنومی، در کل 73 ژن غیرتکراری رمزکننده NAC در توالی‌های ژنومی Hordeum vulgare cv. Morex شناسایی شد. یک درخت تب...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


عنوان ژورنال

دوره 5  شماره 12

صفحات  25- 38

تاریخ انتشار 2016-03-19

با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023