بررسی نواحی تنظیمی در پروموتور ژن‌های هم بیان تحت شرایط تنش دمای پایین در گوجه‌فرنگی
نویسندگان
چکیده مقاله:
روش‌های نسل نوین توالی‌یابی همچون RNA-Seq توانایی ارائه حجم بالایی از اطلاعات در زمینه رونوشت ژن‌ها را دارند. بازسازی شبکه ژن‌های هم‌بیان بر اساس اطلاعات حاصل از داده‌های RNA-seq اطلاعات ارزشمندی جهت درک سیستم پاسخی گیاهان به تغییرات محیطی را ارائه می‌دهد. لذا در این تحقیق پروفایل کامل بیانی ژن‌های گوجه فرنگی تحت تیمار دمای پایین با استفاده از روش شبکه‌های هم بیان وزندار مورد آنالیز قرار گرفت. نتایج کلاسترهای هم بیان نشان داد که 20267ژن نرمال شده در هشت ماژول معنادار قرار می‌گیرند. نتایج آنالیز عبارات GO نشان داد که بین گروه‌های هم بیان عملکردهای متفاوتی بر حسب فرایندهای بیولوژی و عملکرد مولکولی وجود دارد. بر این اساس ماژول اول به پروتئین‌های شوک دمایی (HSPs) اختصاص یافت. پروتئین کینازها و پروتئین‌های درگیر در تغییرات پس از ترجمه به‌ترتیب در ماژول دوم و سوم قرار گرفتند. پروموتور ژن‌های ماژول پنج با توجه به الگوی بیان متفاوت در ژنوتیپ‌ها مورد بررسی قرار گرفت. عناصر سیس ACGTG و TTGACدر پروموتور همه ژن‌ها مشاهده شدند. عوامل رونویسی خانواده AP2/ERF و ZF-HD دارای بیشترین جایگاه اتصال در پروموتور ژن‌های ماژول پنج بودند. نتایج حاصل توانست عناصر تنظیمی کلیدی که در تنظیم بیان یک شبکه ژنی تحت تنش سرما و فرایندهای آنتی‌اکسیدانتی درگیر بودند، را معرفی نماید.
منابع مشابه
گروه بندی و بررسی الگوی بیان ژن های خانواده bZIP در ریشه گیاه گوجه فرنگی تحت تنش دمای پایین
Transcription factors (TFs) are master regulators that control gene clusters Plant bZIP (basic region/leucine zipper) transcription factors play crucial roles in biological processes. The Tomato genome sequence contains 73 genes of bZIP transcription factors. The bZIPs in tomato have never been classified. In this study, 73 genes of bZIP transcription factors were classified in 11 groups by th...
متن کاملتجزیه پروتئوم بذر علف گندمی بلند(Agropyronelongatum) تحت شرایط تنش خشکی و دمای پایین
در طی دوره رسیدگی بذر و جوانه¬زنی پس از آن، تغییرات عمده¬ای در بیان ژن¬ها، فرایندهای متابولیک و وضعیت فیزیولوژیک بذر رخ می¬دهد.به¬منظور ارزیابی الگوی پروتئوم بذرهای علف گندمی بلند در شرایط متفاوت رشدی شامل: بهینه (دمای C̊ 20 و پتانسیل آبی صفر بار)، تنش خشکی (دمای C̊ 20 و پتانسیل آبی 6- بار) و تنش دمای پایین (دمای C̊ 6 و پتانسیل آبی صفر بار) برای جوانه¬زنی قرار گرفتند. نمونه¬برداری از بذرهای خشک (ز...
متن کاملاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
متن کاملاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
متن کاملبررسی الگوی نواحی هم شیب تغییرات میانگین دمای سالانه ایران
دما یکی از عناصر مهم آب و هوایی است که از عوامل متعددی تأثیر می‌پذیرد. بررسی آن می‌تواند نقش عوامل مذکور را منعکس کند. هدف از این مطالعه، بررسی الگوی نواحی هم شیب تغییرات میانگین دمای سالانه ایران میباشد. بدین منظور میانگین دمای سالانه‌ی ایران طیّ دوره‌ی آماری 50 ساله بررسی گردیده است. نتایج حاصل از این مطالعه نشان داد که شیب تغییرات دمای ایران به پنج ناحیه‌ی تغییرات افزایشی شدید (ناحیه 1)، تغی...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 8 شماره 23
صفحات 17- 26
تاریخ انتشار 2018-10-23
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023