تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی توالی‌های EST کلاله زعفران (.Crocus sativus L) به منظور تعیین جهت‌گیری کارکردی ژنوم و شبکه ژنی

نویسندگان

  • اسماعیل ابراهیمی استادیار گروه زراعت و اصلاح نباتات دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز
  • روح اله شاملو دشت پاگردی دانشجوی دکتری زراعت اصلاح تباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز.
  • معصومه علی اکبری دانش¬آموخته کارشناسی ارشد اصلاح نباتات دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز
چکیده

روش‌های ژنومیکس کارکردی نظیر تجزیه و تحلیل توالی‌های EST، امکان شناسایی، بررسی بیان و مطالعه رونوشت‌های ژنی درگیر در شبکه‌های تنظیمی و متابولیکی را فرآهم آورده‌اند. در این پژوهش به منظور شناسایی جهت گیری کارکردی ژنوم و تعیین شبکه ژنی درگیر در تکامل کلاله زعفران، 6202 توالی EST مربوط به کتابخانه‌ی کلاله بالغ زعفران مورد بررسی و تحلیل قرار گرفتند. پس از پیرایش اولیه توالی‌ها، دسته بندی و هم گذاری آنها انجام شد که منتج به ایجاد 910 unigene (604 کانتیگ و 304 سینگلتون) گردید. جستجوی بلاست ایکس نشان داد که 570 unigene دارای hit مشخص در بین پروتئین‌های آرابیدوپسیس بودند و برای سایر توالی‌ها hit مشخصی شناسایی نشد. گروه‌بندی و Gene enrichment analysis توالی‌ها آنها را در 31 گروه کارکردی مختلف قرار داد که حضور 12 گروه در سطح آماری 1% معنی‌دار گردید. شبکه ژنی مربوط به توالی های با حضور بالا (بیش از 20 رونوشت)، نشان داد که ارتباطات ژنی پیچیده ای در کلاله بالغ زعفران وجود دارد. نتایج مشخص نمود که مسیر علامت‌دهی جاسمونیک اسید و عوامل رونویسی مربوط به آن همچون MYB21 و Zinc finger ها سهم بزرگی از شبکه تنظیمی را به خود اختصاص می‌دهند و نقش کلیدی ای در تنظیم متابولیسم اولیه و ثانویه کلاله و به خصوص متابولیسم کارتنوئیدها (به عنوان مهم ترین متابولیت های زعفران)، بر عهده دارند. ژن‌های شناسایی شده در این پژوهش می توانند نامزدهای مناسبی برای دست‌ورزی تکامل و متابولیسم کلاله زعفران باشند.

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دسترسی به متن کامل این مقاله و 10 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

ثبت نام

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی توالی های est کلاله زعفران (crocus sativus l.) به منظور تعیین جهت گیری کارکردی ژنوم و شبکه ژنی

روش­های ژنومیکس کارکردی نظیر تجزیه و تحلیل توالی­های est، امکان شناسایی، بررسی بیان و مطالعه رونوشت­های ژنی درگیر در شبکه­های تنظیمی و متابولیکی را فرآهم آورده­اند. در این پژوهش به منظور شناسایی جهت گیری کارکردی ژنوم و تعیین شبکه ژنی درگیر در تکامل کلاله زعفران، 6202 توالی est مربوط به کتابخانه­ی کلاله بالغ زعفران مورد بررسی و تحلیل قرار گرفتند. پس از پیرایش اولیه توالی­ها، دسته بندی و هم گذاری...

متن کامل

تجزیه ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی (Crocus sativus L.) با استفاده از نرم‌افزارهای SOAPdenovo و Trinity

زعفران (Crocus sativus L.)، ارزشمندترین و محبوب‌ترین ادویه جهانی، گونه‌ای تریپلوئید از خانواده Iridaceae می‌باشد. این گونه با کلاله‎های قرمز، بلند و معطر، از سایر گونه‎های این خانواده متمایز است. با پیشرفت‌های سریع بوجود آمده در نسل دوم توالی‌یابی، توالی‌یابی RNA (RNAseq.) ابزار قدرتمندتر و ارزان‌تری در مطالعات ترانسکریپتوم شده است. گردآوری مجدد توالی‌های ترانسکریپتوم، راه حل مناسبی برای مطالعه...

متن کامل

تجزیه ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی (Crocus sativus L.) با استفاده از نرم‌افزارهای SOAPdenovo و Trinity

زعفران (Crocus sativus L.)، ارزشمندترین و محبوب‌ترین ادویه جهانی، گونه‌ای تریپلوئید از خانواده Iridaceae می‌باشد. این گونه با کلاله‎های قرمز، بلند و معطر، از سایر گونه‎های این خانواده متمایز است. با پیشرفت‌های سریع بوجود آمده در نسل دوم توالی‌یابی، توالی‌یابی RNA (RNAseq.) ابزار قدرتمندتر و ارزان‌تری در مطالعات ترانسکریپتوم شده است. گردآوری مجدد توالی‌های ترانسکریپتوم، راه حل مناسبی برای مطالعه...

متن کامل

تجزیه ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی (crocus sativus l.) با استفاده از نرم افزارهای soapdenovo و trinity

زعفران (crocus sativus l.)، ارزشمندترین و محبوب­ترین ادویه جهانی، گونه­ای تریپلوئید از خانواده iridaceae می­باشد. این گونه با کلاله‎های قرمز، بلند و معطر، از سایر گونه‎های این خانواده متمایز است. با پیشرفت­های سریع بوجود آمده در نسل دوم توالی­یابی، توالی­یابی rna (rnaseq.) ابزار قدرتمندتر و ارزان­تری در مطالعات ترانسکریپتوم شده است. گردآوری مجدد توالی­های ترانسکریپتوم، راه حل مناسبی برای مطالعه...

متن کامل

همسانه‌سازی و بررسی بیوانفورماتیکی ژن‌های CCD4a و CCD4b در زعفران (Crocus sativus L. ) ایران

زعفران به عنوان یکی از گران­بهاترین ادویه­ها و رنگ­های طبیعی است که در صنایع مختلف از جمله غذایی، دارویی و آرایشی- بهداشتی مورد استفاده قرار می­گیرد. در سال‌های اخیر، خانواده‌‌ای از آنزیم‌ها که پیش ماده­های کاروتنوئیدی را در جایگاه پیوندهای دوگانه برش می‌دهند، در گیاهان شناسایی و معرفی شده‌اند. به این خانواده از آنزیم‌های برش­دهنده کارتنویید دی اکسیژناز CCD)) گفته می­شوند. در این تحقیق به دلیل ...

متن کامل

بررسی بیان ژن‌های عوامل رونویسی MADS-box موثر در تشکیل گل در زعفران (Crocus sativus L.)

بسیاری از ژن‌های کنترل کننده گلدهی در گیاهان شناسایی شده‌اند که بیشتر آنها متعلق به خانواده بزرگ عوامل رونویسی MADS-box هستند. گیاه زعفران (Crocus sativus) یک گیاه تریپلوئید نرعقیم و ارزشمند است که به منظور استفاده از گل و بویژه کلاله آن کشت می‌شود. درک چگونگی تشکیل گل در گیاه زعفران به افزایش عملکرد و کاهش هزینه‌های تولید آن کمک زیادی می‌کند. در این تحقیق بیان ژن‌های دو گروه Ag1 و Sep3 از خانو...

متن کامل

ذخیره در منابع من

ذخیره در منابع من ذخیره شده در منابع من

{@ msg_add @}

  با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی راحت تر خواهید کرد

دانلود متن کامل

برای دسترسی به متن کامل این مقاله و 10 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

ثبت نام

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید


عنوان ژورنال:

دوره 1  شماره 1

صفحات  40- 54

تاریخ انتشار 2013-12-01

با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2021