تحلیل فیلوژنتیکی خانواده ژنی NAC در سورگوم دانه‌ای و بررسی الگوی بیانی اعضای دخیل در پاسخ به تنش خشکی

نویسندگان

  • زهراسادات شبّر استادیار گروه زیست‌شناسی سیستم‌ها، پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران
  • سپیده سنجری دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی گیاهی، گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده علوم کشاورزی دانشگاه گیلان، رشت، ایران
  • مریم شهبازی استادیار گروه فیزیولوژی مولکولی، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران

چکیده

سورگوم علی‌رغم تحمل قابل‌توجه به خشکی، در دوران قبل و بعد از گلدهی در صورت مواجهه با تنش خشکی، دچار کاهش عملکرد دانه‌ای می‌شود. عوامل رونویسیNAC ، نقش کلیدی در سازگاری سورگوم به خشکی ایفا می‌کنند. در این مطالعه، اطلاعات مربوط به خانواده پروتئینیNAC از پایگاه‌های اطلاعاتی جمع‌آوری شد. سپس، مدل مخفی مارکوف دمین NAC (PF02365) بر علیه پروتئین‌های سورگوم مورد جستجو قرار گرفت. در مجموع، 183 توالی پروتئینی کدشونده توسط 131 مکان ژنی شناسایی شدند. درخت فیلوژنی بر اساس دمینNAC خانواده ژنیNAC سورگوم، به‌همراه 11 توالی پروتئینی شناخته شده در سایر گیاهان، با روش نزدیک‌ترین همسایه‌ها ترسیم شد که این خانواده را به 15 زیرخانواده طبقه‌بندی نمود. 13 عضو از خانواده پروتئینی NAC سورگوم به زیرخانوادهSNAC های سایر گیاهان پیوستند که احتمالا در تحمل به تنش‌های غیرزیستی دخیل باشند. 14 نوع عنصر تنظیمی پاسخ‌دهنده به تنش‌ها و هورمون‌ها در راه‌انداز ژن‌های زیر‌گروه SNAC پیش‌بینی شد. به‌منظور بررسی الگوی بیانی نسبی ژن‌های SNAC، کشت مزرعه‌ای به‌صورت اسپلیت پلات در قالب طرح بلوک‌های کامل تصادفی اجرا شد. آبیاری در دو سطح شامل آبیاری معمولی و تنش خشکی (قطع آبیاری پس از گلدهی) و ارقام در دو سطح شامل کیمیا (متحمل) و سپیده (حساس) لحاظ گردید. با توجه به الگوی بیانی SbSNAC‌ها، انتظار می‌رود که برخی از اعضا به‌عنوان تنظیم‌کننده‌های رونویسی مثبت (سه عضو) و منفی (سه عضو) در پاسخ به تنش خشکی پس از گلدهی در سورگوم فعالیت کنند. همچنین، برخی در پیری برگ (دو عضو) و فرایند انتقال مجدد فلزات (دو عضو) نقش دارند.

برای دسترسی به متن کامل این مقاله و 10 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

ثبت نام

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

ورود

منابع مشابه

برنج یکی از ارزشمندترین محصولات کشاورزی است. یکی از تأثیرگذارترین عوامل محدود کننده این محصول استراتژیک تنش خشکی می‌باشد. نظر به چند ژنی بودن تحمل به خشکی، هدف پژوهش حاضر بازسازی شبکه ژنی درگیر و شناسایی ژن‌های کلیدی مربوطه در برنج با استفاده از تجزیه و تحلیل داده‌های ریزآرایه بوده است. به همین منظور با استفاده از نرم‌افزار تحت وب Genevestigator تمامی ژن‌های دارای تغییر بیان بالاتر و مساوی 5/2 ...

برنج یکی از ارزشمندترین محصولات کشاورزی است. یکی از تأثیرگذارترین عوامل محدود کننده این محصول استراتژیک تنش خشکی می‌باشد. نظر به چند ژنی بودن تحمل به خشکی، هدف پژوهش حاضر بازسازی شبکه ژنی درگیر و شناسایی ژن‌های کلیدی مربوطه در برنج با استفاده از تجزیه و تحلیل داده‌های ریزآرایه بوده است. به همین منظور با استفاده از نرم‌افزار تحت وب Genevestigator تمامی ژن‌های دارای تغییر بیان بالاتر و مساوی 5/2 ...

سابقه و هدف: با توجه به اهمیت تنش خشکی و نظر به اینکه تحمل به تنش خشکی صفتی چند ژنی می­باشد، هدف پژوهش حاضر بازسازی شبکه ژنی درگیر و شناسایی ژن‌های کلیدی دخیل در تنش خشکی درگیاه جو با استفاده از تجزیه و تحلیل داده‌های ریزآرایه و همچنین شناسایی فرایندهای موثر بوده است. مواد و روش­ها: تمامی ژن‌های دارای بیان افتراقی (≤ 5/2 و≥ 5/2-) در بین تمامی آزمایشات ریزآرایه انجام شده ، با استفاده از نرم‌افزا...

خانواده ی ژنی wrky رمزکننده گروه بزرگی از عوامل رونویسی هستند که در تنظیم ژن های پاسخ­دهنده به تنش های زیستی و غیرزیستی به خصوص در تنش خشکی دخیل می­باشند؛ برای شناسایی اعضاء این خانواده ژنی در گندم، جستجوی چندگانه در پایگاه های اطلاعاتی مرتبط و tblastn براساس توالی­های حفظ شده ی این خانواده در برنج در داده­های nr، est، htgs انجام شد. توالی­هایی مثل est و cdna (فاقد پروتئین) توسط نرم­افزارهای dn...

به منظور ارزیابی تحمل خشکی در لاین­های پیشرفته سورگوم دانه­ای، آزمایشی به صورت کرت­های خرد شده در قالب طرح پایه بلوک‌های کامل تصادفی با سه تکرار در مزرعه پژوهشی مؤسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر کرج در سال­های 1388 و 1389 اجرا شد. در این آزمایش اعمال تیمار آبیاری در سه سطح به صورت آبیاری پس از 60 میلی­متر (آبیاری نرمال)، 120 میلی­متر (تنش ملایم) و 180 میلی­تر (تنش شدید) تبخیر از سطح تشتک تب...

× خانه ژورنال ها ثبت نام ورود