شناسایی و تحلیل بیوانفورماتیکی ژن‌های ضد میکروبی دیفنسین از شش ژنوتیپ گیاه عدس

نویسندگان

  • رضا میر دریکوند استادیار، گروه زراعت و اصلاح‌نباتات، واحد خرم‌آباد، دانشگاه آزاد اسلامی، خرم‌آباد، ایران،
  • سید محسن سهرابی محقق، باشگاه پژوهشگران جوان و نخبگان، واحد خرم‌آباد، دانشگاه آزاد اسلامی، خرم‌آباد، ایران
  • کامران سمیعی استادیار، گروه کشاورزی، واحد کنگاور، دانشگاه آزاد اسلامی ، کنگاور، ایران

چکیده

دیفنسین‌های گیاهی، خانواده‌ای بزرگ از پپتیدهای ضد میکروبی غنی از سیستئین هستند. این پپتیدها، مولکول‌هایی با جرم مولکولی 5 تا 7 کیلودالتون و دارای هشت اسید آمینه سیستئین محافظت شده هستند که در ایجاد پیوندهای دی‌سولفیدی نقش دارند. در این پژوهش برخی اعضاء خانواده ژنی دیفنسین در ژنوتیپ‌های مختلف گیاه عدس جداسازی و بررسی شدند. ابتدا، تمام توالی‌های کد کننده‌ی ژن‌های دیفنسین گیاهان دو لپه‌ای از بانک ژن دریافت شد. توالی‌های کد کننده‌ی دریافت شده، در کتابخانه EST گیاه عدس همردیف و نتایج حاصل با هم مخلوط و سر هم‌بندی شدند. کانتیگ‌ها و سینگلتون‌های حاصل از سرهم‌بندی با استفاده از ابزار BLASTn، علیه پایگاه داده nr همردیف شدند. از کانتیگ‌ها و سینگلتون‌های دارای چارچوب خوانش باز کامل دیفنسین برای طراحی آغازگرها استفاده شد. در مرحله‌ی بعدی، از ژنوتیپ‌های گچساران، محلی، Filip2003-2L، Filip2003-9L، Filip2005-2L و Filip2006-10L گیاه عدس استخراج DNA صورت گرفت. در نهایت، توالی ژنومی دیفنسین‌ها با استفاده از واکنش PCR تکثیر شد و پس از همسانه‌سازی در ناقل pTZ57R/T مورد توالی‌یابی قرار گرفت. نتایج، شباهت کامل را در دیفنسین‌های جداسازی شده از ژنوتیپ‌های مورد بررسی نشان داد. ژن‌های شناسایی شده همچنین دارای اینترون‌هایی با طول متغیر بودند که ساختاری محافظت شده داشتند و حاوی عناصر تنظیمی برای پاسخ به عوامل و شرایط مختلف بودند. در این پژوهش برای اولین بار، توالی ژنومی سه ژن از ژن‌های خانواده دیفنسین از ژنوتیپ‌های مختلف گیاه عدس جداسازی و ساختار و ویژگی‌های آن‌ها مشخص شد.

برای دسترسی به متن کامل این مقاله و 10 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

ثبت نام

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

ورود

منابع مشابه

زمینه و هدف: دیفنسین‎ها یکی از بزرگ‎ترین خانواده‎ی پپتید‎های ضد میکروب می‎باشند که به واسطه‎ی فعالیت بر علیه باکتری‎ها، قارچ‎ها و بسیاری از ویروس‎ها به عنوان آنتی‎بیوتیک‎های نسل جدید منفعت بسیاری دارند. هدف از این مطالعه بهینه سازی بیان، تخلیص و بررسی خاصیت ضد میکروبی پروتئین بتا دیفنسین 2 نوتروفیل‎های گاو (BNBD2) بوده است. روش بررسی: در این مطالعه‎ی تجربی-آزمایشگاهی باکتری اشرشیاکلی B‏L21(DE3...

زمینه: گیاه سرخارگل، گیاهی علفی می‌باشد که به‌عنوان قابض، ضدعفونی کننده، ضدمیکروب و ضدمسمومیت به‌کار می‌رود. هدف اصلی پژوهش کنونی بررسی خاصیت ضدمیکروبی اسانس حاصل از اندام هوایی این گیاه بر تعدادی از میکروارگانیسم‌ها شامل باکتری‎های گرم مثبت و منفی، قارچ‌های رشته‌ای و مخمر می‌باشد. مواد و روش‌ها: در این بررسی تجربی آزمایشگاهی نمونه گیاهی برای تهیه اسانس در مرحله گل دهی کامل جمع‌آوری گردید. استخ...

زمینه و هدف: دیفنسین‎ها یکی از بزرگ‎ترین خانواده‎ی پپتید‎های ضد میکروب می‎باشند که به واسطه‎ی فعالیت بر علیه باکتری‎ها، قارچ‎ها و بسیاری از ویروس‎ها به عنوان آنتی‎بیوتیک‎های نسل جدید منفعت بسیاری دارند. هدف از این مطالعه بهینه سازی بیان، تخلیص و بررسی خاصیت ضد میکروبی پروتئین بتا دیفنسین 2 نوتروفیل‎های گاو (bnbd2) بوده است. روش بررسی: در این مطالعه‎ی تجربی-آزمایشگاهی باکتری اشرشیاکلی b‏l21(de3)...

چکیده: زمینه و هدف: اشرشیاکلی از عوامل مهم بیماریزای دستگاه گوارشی می باشد که معمولاً از طریق مواد غذایی آلوده خصوصا گوشت گاو منتقل می گردد. در سال های اخیر به استفاده از مواد طبیعی به جای داروهای شیمیایی سنتتیک در پیشگیری و کنترل عفونت های مختلف تاکید شده است. لذا این مطالعه با هدف بررسی و مقایسه اثرات ضد میکروبی عصاره آبی و اتانولی گیاه گل میمونی (Scrophularia striata) بر روی اشرشیاکلی O157:H...

زمینه: گیاه سرخارگل، گیاهی علفی می باشد که به عنوان قابض، ضدعفونی کننده، ضدمیکروب و ضدمسمومیت به کار می رود. هدف اصلی پژوهش کنونی بررسی خاصیت ضدمیکروبی اسانس حاصل از اندام هوایی این گیاه بر تعدادی از میکروارگانیسم ها شامل باکتری‎های گرم مثبت و منفی، قارچ های رشته ای و مخمر می باشد. مواد و روش ها: در این بررسی تجربی آزمایشگاهی نمونه گیاهی برای تهیه اسانس در مرحله گل دهی کامل جمع آوری گردید. استخ...

× خانه ژورنال ها ثبت نام ورود