مطالعه in silico خانواده ژنی شبه استریکتوسیدین سینتاز (SSL) در برنج (Oryza sativa)

نویسندگان

  • امین عابدی دانشجوی دکترای بیوتکنولوژی کشاورزی-گیاهی، دانشکده علوم کشاورزی دانشگاه گیلان، رشت، ایران
  • محمد مهدی سوهانی دانشیار گروه بیوتکنولوژی کشاورزی دانشکده علوم کشاورزی دانشگاه گیلان، رشت، ایران
چکیده

استریکتوسیدین سینتاز آنزیم کلیدی مسیر بیوسنتزی ایندول آلکالوئیدهای مونوترپنوئیدی است. پروتئین‌های داری دمین Str_synth در گیاهان، باکتر‌ی‌ها، حشرات و پستانداران شناسایی شده‌اند و به علت نامشخص بودن نقش کارکردی آن‌ها شبه استریکتوسیدین سینتاز نامیده می‌شوند. با تکمیل پروژه توالی یابی ژنوم آرابیدوپسیس و برنج، ژن‌های شبه استریکتوسیدین سینتاز در این گیاهان نیز شناسایی شد. با این حال اطلاعات کافی در مورد ساختار ژن، تاریخچه تکاملی، نحوه گسترش و نقش کارکردی خانواده ژنی SSL برنج وجود ندارد. در این مطالعه بر اساس آنالیزهای بیوانفورماتیکی 23 ژن SSL در ژنوم برنج شناسایی شد. آنالیز فیلوژنتیکی پروتئین‌های SSL برنج و آرابیدوپسیس مشخص کرد که این ژن‌ها در چهار گروه قرار می‌گیرند و مسیر تکاملی این خانواده در برنج و آرابیدوپسیس متفاوت است. ژن‌های OsSSL دارای صفر تا پنج اینترون بوده و در 10 کروموزوم از 12 کروموزوم برنج با تراکم متفاوت قرار داشته و مضاعف‌شدگی پشت سر هم عامل اصلی گسترش این خانواده ژنی است. آنالیز پیشبر نشان داد که چندین عنصر تنظیمی cis پاسخ به تنش‌ها و هورمون‌ها در ناحیه تنظیمی وجود دارد که نشان دهنده نقش این ژن‌ها در پاسخ به تنش‌ها می-باشد. آنالیز بیان ژن‌های OsSSL بر اساس داده‌های ریزآرایه نشان داد که تعداد اندکی از این ژن‌ها در بافت‌ها و نیز تنش‌های غیر زیستی بیان بالایی دارند. این مطالعه اولین گزارش در مورد خانواده ژنی SSL در برنج بوده و می‌تواند یک چهارچوب برای بررسی کارکردهای بیولوژیکی ژن‌های SSL در برنج و گیاهان دیگر فراهم می‌کند.

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دسترسی به متن کامل این مقاله و 10 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

ثبت نام

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

فرابیان ژن شبه استریکتوسیدین سینتاز-6 در گیاه Arabidopsis thliana

استریکتوسیدین سینتاز یک آنزیم کلیدی مسییر بیوسنتز ایندول الکالوئیدهای مونوترپنی می‌باشد. آرابیدوپسیس قادر به تولید ترکیبات آلکالوئیدی نیست اما، ژن‌هایی مشابه استریکتوسیدین سینتاز در آن شناسایی شده است. ژن SSL6 از اعضاء خانواده ژنی شبه استریکتوسیدین سینتاز آرابیدوپسیس می‌باشد که در این تحقیق پاسخ ژن آن به تیمار شوری بصورت کمی بررسی و سپس در گیاه آرابیدوپسیس فرابیان شد. بمنظور تولید موتانت فرابیا...

متن کامل

فرابیان ژن شبه استریکتوسیدین سینتاز-6 در گیاه Arabidopsis thliana

استریکتوسیدین سینتاز یک آنزیم کلیدی مسییر بیوسنتز ایندول الکالوئیدهای مونوترپنی می‌باشد. آرابیدوپسیس قادر به تولید ترکیبات آلکالوئیدی نیست اما، ژن‌هایی مشابه استریکتوسیدین سینتاز در آن شناسایی شده است. ژن SSL6 از اعضاء خانواده ژنی شبه استریکتوسیدین سینتاز آرابیدوپسیس می‌باشد که در این تحقیق پاسخ ژن آن به تیمار شوری بصورت کمی بررسی و سپس در گیاه آرابیدوپسیس فرابیان شد. بمنظور تولید موتانت فرابیا...

متن کامل

کاربرد ژنتیک معکوس در مطالعه کارکرد ژن شبه استریکتوسیدین سینتاز- 6 آرابیدوپسیس تالیانا در پاسخ به تنش شوری

ژن­های شبه استریکتوسیدین سینتاز (SSL) از خانواده­های ژنی موجود در ژنوم آرابیدوپسیس هستند. اورتولوگ­های این خانواده در سایر گیاهان نظیر پریوش (Catharanthus roseus) آنزیم­های کلیدی مسیر بیوسنتز ایندول آلکالوئیدهای مونوترپنوئیدی هستند. ژن SSL6 آرابیدوپسیس، از اعضاء خانواده ژنی SSL، در پاسخ به انواع تنش­ها و مولکول­های پیام رسان به صورت معنی­داری القاء می­شود. در این مطالعه، از روش­های ژنتیک معکوس ...

متن کامل

بررسی نقش کارکردی ژن شبه استریکتوسیدین سینتاز- 6 در گیاه آرابیدوپسیس تالیانا در شرایط تنش شوری

A gene family called Strictosidine synthase like (SSL) exists in Arabidopsis thaliana genome.  Orthologs gene in Catharanthus roseus is involved in monoterpenoid indole alkaloids biosynthesis. A member of gene family (SSL6) has been induced by various biotic and abiotic stresses. To further analyse of the functional role of the gene in response to salt stress, the SSL6 T-DNA insertion...

متن کامل

مطالعه in silico خانواده ژنی پلی‌آمین اکسیداز (PAO) در انگور

پلی­ آمین اکسیدازها (PAO) آنزیم­های وابسته به فلاوین آدنین دی­نوکلئوتید هستند که در کاتابولیسم پلی­آمین­ها در پراکسی­ زوم، آپوپلاست و سیتوپلاسم نقش دارند. گزارش­های زیادی در زمینه اهمیت ژن­های PAO گیاهان در پاسخ به تنش­ها ارائه شده است با این حال مطالعه جامعی در مورد تعداد، روابط تکاملی، ساختار ژنی و الگوی بیانی ژن­های PAO در انگور موجود نیست. در مطالعه حاضر با استفاده از روش­های بیوانفورماتیکی...

متن کامل

ذخیره در منابع من

ذخیره در منابع من ذخیره شده در منابع من

{@ msg_add @}

  با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی راحت تر خواهید کرد

دانلود متن کامل

برای دسترسی به متن کامل این مقاله و 10 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

ثبت نام

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید


عنوان ژورنال:

دوره 6  شماره 16

صفحات  13- 29

تاریخ انتشار 2017-03-10

با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2021