مقایسه عملکرد ابزارهای سرهم‌بندی ترنسکریپتوم در گیاه زعفران زراعی (.Crocus sativus L)

نویسندگان

  • حسن رضادوست استادیار، پژوهشکده گیاهان و مواد اولیه دارویی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران.
  • مجید شکرپور دانشیار پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج.
  • مریم واحدی دانشجوی دکتری، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج.
چکیده

زعفران گیاه دارویی و ادویه‌ای ارزشمند متعلق به خانواده زنبق و به‌عنوان منبع غنی از آپوکاروتنوئیدها در جهان محسوب می‌شود. به دلیل سایز بزرگ و پیچیدگی ژنوم زعفران توالی‌یابی آن به‌عنوان چالش مطرح است. با ظهور تکنیک‌های توالی‌یابی نسل بعد، توالی‌یابی RNA به‌عنوان منبع غنی مطالعات بیولوژیکی توسعه یافته ‌است. سرهم‌بندی ترنسکریپتوم­ها­ از تعداد بی‌شمار خوانش‌های کوتاه منبعی غنی برای مطالعه گونه‌هایی که ژنوم مرجع آن‌ها در دسترس نیست فراهم می‌کند. اما سرهم‌بندی قرائت­ها و رسیدن به نتیجه مطلوب به‌ویژه برای گیاهان پلی­پلوئید همواره یک چالش بزرگ محسوب می‌شود. در این مطالعه کارایی ابزارهای مختلف سرهم‌بندی با توجه به فاکتورهایی هم­چون طول N50، تعداد کل یونی­ژن‌ها و درصد هم‌ردیفی مورد مقایسه قرار گرفتند. نتایج نشان داد که Bridger به‌عنوان ابزاری بهتر جهت سرهم‌بندی قرائت­های ترنسکریپتوم زعفران است که می­تواند سرهم­بندی بر اساس پارامترهای تعداد ترنسکریپت­ها، طول N50، اندازه کل سرهم­بندی و درصد هم‌ردیفی قرائت­ها به ترنسکریپتوم فراهم آورد. Velvet/Oases بالاترین درصد درهم­ریختگی را نشان می­دهد که منجر می­شود اعضای مختلف یک خانواده ژنی که شباهت بالایی به یکدیگر دارند در یک ترنسکریپت سرهم­بندی شوند. نتایج حاصل از این تحقیق می‌تواند به محققان در جهت انتخاب بهتر ابزار سرهم‌بندی و توسعه ابزارهای موجود راهکارهایی را ارائه نماید.

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دسترسی به متن کامل این مقاله و 10 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

ثبت نام

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

رابطه بین تغییرات ترکیبات فنولی و نیتروژن در گیاه زعفران (Crocus sativus L.) در شرایط زراعی

این مطالعه با هدف ارزیابی روند تغییرات ترکیبات فنولی و نیتروژن در ریزوسفر و اندام‌های هوایی و زیرزمینی این گیاه در طول فصل رشد، در قالب طرح بلوک‌های کامل تصادفی با چهار تکرار طی دو سال 1387 و 1388 انجام شد. چهار نوبت نمونه‌برداری از ریزوسفر، بنه و برگ‌ زعفران طی مهر و بهمن ماه 1387 و اردیبهشت و تیر ماه 1388 از مزارع چهار ساله زعفران در بخش مرکزی روستای آبرود در شهرستان تربت حیدریه انجام شد. به ...

متن کامل

مقایسه روش‌های مولکولی و ریخت‌شناسی در مطالعه همزیستی قارچ‌های میکوریزی آربوسکولار گیاه زعفران (Crocus sativus L.)

مقدمه: شناسایی قارچ‌های همزیست میکوریزا آربوسکولار گیاه زعفران که در فصل‌های سال با تنش‌های محیطی فراوان اعم از اقلیمی و خاکی مواجه است، جهت کاربرد، افزایش رشد و تولید گیاه و مقاومت به عوامل بیماری‌زا اهمیت ویژه‌ای دارد. مواد و روش‏‏ها: وجود اسپور قارچ‌های همزیست میکوریزا آربوسکولار در خاک ریزوسفر گیاه زعفران سه منطقه از مزارع شهرستان گناباد بررسی شد. همچنین کلنیزاسیون ریشه و تنوع قارچ‌های همزی...

متن کامل

Crocus sativus L.: A comprehensive review

Crocus sativus L. belonging to the family Iridaceae (syn - kesar) comprises the dried red stigma and is widely cultivated in Iran and other countries such as India and Greece. Saffron contains more than 150 volatile and aroma-yielding compounds mainly terpenes, terpene alcohol, and their esters. The bitter taste and an iodoform or hay-like fragrance are caused by chemicals picrocrocin and safra...

متن کامل

مطالعه تنوع ژنتیکی و برخی از صفات زراعی و کیفی در زعفران (.Crocus sativus L)

به‌منظور مطالعه تنوع ژنتیکی و زراعی زعفران، شش اکوتیپ از نقاط مختلف استان خراسان (مشهد، تربت‌جام، گناباد، تربت‌حیدریه، قاین و بیرجند) جمع‌آوری و در طی دو سال زراعی 93-1391 در مزرعه تحقیقاتی دانشکده کشاورزی دانشگاه ارومیه مورد ارزیابی قرار گرفتند. نتایج مزرعه‌ای نشان داد که اختلاف معنی‌داری بین اکوتیپ‌ها از لحاظ اکثر صفات زراعی و کیفی مورد مطالعه وجود دارد. به‌طوری‌که تجزیه خوشه‏ای، اکوتیپ‏های ت...

متن کامل

فنولوژی و روند تشکیل بنههای دختری زعفران (Crocus sativus L.) در طی دوره رشد

زعفران (Crocus sativus L.) گیاهی چندساله و ژئوفیت تریپلوئید بوده که میتواند تا 8 الی 14 سال به دوره زندگی خود ادامه دهد. در طول هر فصل زراعی، زعفران مراحل رشد را پس از گلدهی، با تولید بنه های دختری از بنه مادری طی میکند. در طی دوره رشد، بنه های جدید عموماً در روی بنه های قدیمیتر تشکیل میشوند؛ به طوریکه تراکم گیاه افزایش مییابد. بر این اساس، تعداد گل و نیز عملکرد کلاله خشک زعفران در سال اول پایین...

متن کامل

تجزیه ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی (Crocus sativus L.) با استفاده از نرم‌افزارهای SOAPdenovo و Trinity

زعفران (Crocus sativus L.)، ارزشمندترین و محبوب‌ترین ادویه جهانی، گونه‌ای تریپلوئید از خانواده Iridaceae می‌باشد. این گونه با کلاله‎های قرمز، بلند و معطر، از سایر گونه‎های این خانواده متمایز است. با پیشرفت‌های سریع بوجود آمده در نسل دوم توالی‌یابی، توالی‌یابی RNA (RNAseq.) ابزار قدرتمندتر و ارزان‌تری در مطالعات ترانسکریپتوم شده است. گردآوری مجدد توالی‌های ترانسکریپتوم، راه حل مناسبی برای مطالعه...

متن کامل

ذخیره در منابع من

ذخیره در منابع من ذخیره شده در منابع من

{@ msg_add @}

  با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی راحت تر خواهید کرد

دانلود متن کامل

برای دسترسی به متن کامل این مقاله و 10 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

ثبت نام

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید


عنوان ژورنال:

دوره 7  شماره 1

صفحات  69- 80

تاریخ انتشار 2019-03-21

با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2021