کاوش ژنومی برای ردیابی نشانه‌های انتخاب در اسب نژاد ترکمن

نویسندگان

چکیده

Abstract Selection not only increases the frequency of new-useful mutations but also remains some signals throughout the genome. Since these areas are often control economically important traits, identifying and tracking these areas is the most important issue in the animal genetics. The aim of this study was to detecting signals of selection in the genome of Turkmen horse using 70K SNP chip. Twenty-three Turkmen horses selected from different areas of Gonbad-e kavuos, were Blood sampled. Then DNA extracted genotyped. To detect footprint of signal selection, some tests based on linkage disequilibrium (LD) such as extended haplotype homozygosity(EHH) and integrated haplotype Score (iHS) was used. First to identify regions of the genome that included the most signals of selection, iHS statistics was used and accordingly 6 genomic regions which were in the 99.99% percentile of iHS values selected for further analysis. These regions were located in 6 areas on chromosomes 4,5,7,8,9 and 10. Results of EHH test with bifurcation diagram of haplotype, confirmed signals of selection in these areas. Based on the results of the EHH test, sharp decay of LD in some regions was observed (chromosomes 7, 9 and 10) while in other regions it wasn’t so significant (chromosomes 4,5 and 8). As studied alleles on chromosomes 4,5 and 8 had long range of LD and had frequency of, respectively, %43, %52 and %37, these regions of the genome of Turkmen horse most likely has been the target of positive selection. 

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دسترسی به متن کامل این مقاله و 10 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

ثبت نام

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

کاوش ژنومی نشانه های انتخاب در گاوهای بومی نژاد سرابی و تالشی ایران

The aim of this study was to find the footprint of selection in native Sarabi and Taleshi cattle breeds 296 cattle from two breeds were sampled and genotyped. by 40 k microarray of illumine company. 43 animals were removed because their ACR was below 0.09. Markers were filtered with minor allele frequency (MAF) equal 0.01 and Hardy-Weinberg equilibrium test (10-6). After filtering, 28782 marker...

متن کامل

پویش ژنومی نشانه‌های انتخاب در گاومیش‌های خوزستانی و مازندرانی

شناسایی مناطق ژنومی که هدف انتخاب بوده‌اند، از بحث‌برانگیزترین مباحث در حوزة تحقیقات ژنتیک حیوانی، به‌خصوص در حیوانات اهلی است. در این مطالعه، پویش کل ژنوم برای شناسایی مناطقی از ژنوم که در گاومیش‌های خوزستانی و مازندرانی هدف انتخاب‌های طبیعی یا مصنوعی قرار گرفته‌اند، اجرا شده است. بدین منظور 148 رأس گاومیش رودخانه‌ای شامل جمعیت‌های خوزستانی (121 رأس) و مازندرانی (27 رأس)، به وسیلة آرایه‌های ژن...

متن کامل

کارایی انتخاب ژنومی در برنامه‌های اصلاح نژاد مرغان بومی

The development of genomic selection has created new strategies in animal breeding programs. The aim of this study was to investigate the efficiency of genomic selection in breeding programs of native hens. In this study, a reference scenario with 3380 birds using pedigree and phenotypic information was simulated and the expected genetic progress was derived deterministically with the software ...

متن کامل

بررسی شیوع سرمی توکسوپلاسما گوندی در اسب های نژاد ترکمن استان خراسان شمالی

خلاصهتوکسوپلاسموز یکی از بیماری های مهم مشترک انسان و دام با انتشار جهانی می باشد. این بیماری قابلیت شیوع در طیف وسیعی از میزبانان واسط خونگرم ازجمله دام ها و انسان را دارد. مطالعات صورت گرفته در ایران نشان دهنده شیوع نسبتاً بالای توکسوپلاسموز در انسان و دام می باشد. در این مطالعه شیوع سرمی به تک یاخته توکسوپلاسما در اسب های نزاد ترکمن در منطقه راز و جرگلان واقع در استان خراسان شمالی مورد ب...

متن کامل

مقایسه روش انتخاب ژنومی و کلاسیک در اصلاح نژاد طیور بومی ایران

زمینه مطالعاتی: در کشورهای در حال توسعه مخصوصا" ایران سرمایه­های بومی نقش مهمی در اقتصاد روستایی ایفا می­کنند. نژادهای بومی در مقایسه با سویه­های تجاری می­توانند سطوح بالاتری از عملکرد را در شرایط نامساعد محیطی حفظ ­کنند. هدف: این مطالعه به منظورمقایسه راهکارهای انتخاب ژنومی و انتخاب کلاسیک در طیور بومی ایران با استفاده از نرم­افزار ZPLAN+ انجام شد. روش کار:  یک سناریوی مرجع و یک سناریوی ژنومی ...

متن کامل

ویژگیهای موج P در ECG اسب ترکمن (سکایی)

هدف : تعیین فراوانی نسبی نمودها، میانگین خطای معیار و دامنه تغییرات مدت زمان و ارتفاع موج P در اسب ترکم در مقایسه با نژاد مشهور اسب در جهان (تاروبرد). طرح : مطالعه میدانی کنترل شده. دامها : یکص و بیست و سه راس اسب عادی ترکمن 70 درصد ماده و 30 درصد نر، 36 درصد زیر شش سال و 64 درصد بالای شش سال. روش : پس از قرار گرفتن اسبها در حالت حداکثر آرامش ممکن، الکتروکاریوگرافی با استفاده از یک دستگاه ال...

متن کامل

ذخیره در منابع من

ذخیره در منابع من ذخیره شده در منابع من

{@ msg_add @}

  با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی راحت تر خواهید کرد

دانلود متن کامل

برای دسترسی به متن کامل این مقاله و 10 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

ثبت نام

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید


عنوان ژورنال:

دوره 9  شماره 19

صفحات  54- 62

تاریخ انتشار 2018-06

با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.

کلمات کلیدی

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2021