nestrenconia sp.strain.f یک جنس نمک دوست از خانواده micrococcacae است که ژنوم آن غنی از cg است. توسط نرم افزار rast ژنوم باکتری را بررسی کردیم. این بررسی نشان داد که ژنوم باکتری حاوی ژن endo-1,4-beta-xylanase است. پروتئین های اندو 1و4 بتا زایلاناز ( ec 3.2.1.8) آنزیم های هیدرولاز هستند که پیوند های 1-4 گلیکوزیدیک را در مولکول زایلان از ترکیب همی سلولوز می شکند.مطالعات دینامیک مولکولی مشخص کرد ک...

پروتئین‎ها هرگز به صورت منفرد عمل نمی‎کنند، بلکه از طریق برهم‎کنش با ‎دیگر پروتئین‎ها، عملکردهایشان را اجرا می‎کنند. بررسی این برهم‎کنش‎ها، پایه‎ای برای کشف مکانیسم‎های مولکولی، فرآیندها و مفاهیم زیستی مربوط به عملکردهای پروتئین‎ها می‎باشد. روش‎های آزمایشگاهی مقیاس بزرگ همانند mass spectrometry و yeast two-hybrid ، لیست وسیعی از برهم‎کنش‎های پروتئین- پروتئین را فراهم آورده‎اند، که این داده‎ها ب...

چکید‌ه از زمان پیدایش آنتی‌بادی‌های مونوکلونال (mAbs) انقلابی در پزشکی در زمینه کیت‌های تشخیصی و داروهای درمانی رخ داده است. یکی از زمینه‌های پیشرفته و رو به ترقی روزافزون در حوزه علم ایمونوانفورماتیک، بیوانفورماتیک آنتی‌بادی‌ها می‌باشد. این زمینه شامل: طراحی آنتی‌بادی، مدلینگ به روش‌های مختلف، بهینه‌سازی و بلوغ افینیتی، داکینگ(Docking)، انسانی‌سازی و کاهش ایمنی‌زایی، پایداری، رفع عیوب مخرب ساخ...

یکی از مسائل مهم وچالش برانگیز در سیستم های بیولوژیکی، کشف مکانیزم هایی است که کنترل بیان ژن را بر عهده دارند. شبکه های تنظیمی ژنی مدل هایی هستند که در سطح ژنی این مکانیزم ها را بررسی می کنند. درک چگونگی ارتباط میان ژن ها در این نوع شبکه ها، یک گام مهم در فهم الگوی بیان ژن محسوب می شود. از آن جا که بسیاری از بیماری ها به دلیل الگوی بیان ژنی ناسالم پدید می آیند، حصول هر اطلاعاتی در این مورد به د...

چکیده زمینه و هدف: هپاتوسلولار کارسینوما(hcc) سومین عامل اصلی مرگ ناشی از سرطان در سراسر جهان محسوب می شود. ویروس هپاتیت b و ژن hbx آن به واسطه تداخل در مسیرهای سیگنالینگ نقش بسیار مهمی در پیشرفت سرطان hcc دارند. هم چنین به دلیل عدم وجود علائم بالینی در مراحل اولیه‏ی ابتلا، ضرورت شناسایی مارکرهای اختصاصی با حساسیت بالا جهت شناسایی زود هنگام افراد مبتلا به hcc احساس می گردد. از سوی دیگر، با پیشر...

مقدمه: تلومر پایانه فیزیکی کروموزوم های خطی می باشد که از یک توالی غیر کد کننده تشکیل یافته و در حفاظت انتهای کروموزوم ها نقش دارد. بنابراین سیر تکاملی تلومراز ، آنزیم سازنده تلومر، و ساختار آن در گونه های مختلف جای بحث دارد. هدف در این تحقیق جمع آوری توالی های خانواده ژنی تلومراز و مقایسه آنها جهت یافتن موتیف های حفاظت شده و بررسی قرابت tert سایر گونه ها با انسان می باشد که با استفاده از ابزار...

اسینتوباکتر بومانی یک باکتری گرم منفی غیرمتحرک است که سبب عفونت های شدید در افراد مستعد می گردد. به علاوه ایزوله های کلینیکی اسینتوباکتر بومانی افزایش مقاومت قابل توجهی را نسبت به درمان های آنتی بیوتیکی موجود نشان می دهند که درمان عفونت های این باکتری را با مشکل رو به رو ساخته است. به عنوان یک مکانیسم دفاعی دسترسی آهن برای باکتری ها در میزبان محدود شده است. اولین مرحله در جذب اختصاصی آهن از طری...

مطالعات زیادی در زمینه اریبی کدون در موجودات مختلف صورت گرفته است، اما هنوز بحث های زیادی در مورد آن وجود دارد. در این مطالعه، با دید بیوانفورماتیکی به بررسی این پدیده در چرخه های متابولیکی مهم در گاو پرداخته شده است. اریبی کدون و پارامترهای مهمی مانند شاخص سازگاری کدون، میزان gc و غیره و نیز الگوهای کدونی بکار رفته در چرخه ها با نوشتن برنامه ای به زبان r مورد بررسی قرار گرفتند. با توجه به پیش ...

دست یابی به تکنولوژی های جدید در علوم زیستی و پزشکی، همچون توالی یابی نسل بعد، زمینه پیشرفت سریع تر از پیش مطالعات را فراهم نموده است. از این رو، حجم بسیار عظیمی از اطلاعات اولیه فراهم می گردد و همچنان نیز رو به افزایش است. طراحی سیستم های پیشرفت های که تلفیقی از محاسبات کامپیوتری، علم آمار، تکنولوژی اطلاعات وهوش مصنوعی باشند، جهت ذخیره، پردازش و تفسیر این اطلاعات روبه افزایش، الزامی است(1). عل...

ویروس پاپیلومای انسانی (hpv)، یک عامل بیماری زای مهم است که می تواند باعث ایجاد مشکلاتی در سلامتی گردد. hpv به خانواده پاپیلوماویریده تعلق دارد. این ویروس دارای ژنوم dna دو رشته ای می باشد که این ژنوم توسط پروتئین های کپسیدی حفاظت می شود. تا به حال، بیش از 200 تایپ hpv مختلف شناسایی شده است. hpvها به دو گروه جداگانه ی پرخطر و کم خطر دسته بندی می شوند. تایپ های کم خطر مانند hpv6 و hpv11 باعث ایج...