بررسی تنوع ژنتیکی جدایه‌های ویروس موزائیک جنوبی مرغ بر اساس ترادف نوکلئوتیدی ناحیه ´3 ژنوم

ویروس موزائیک جنوبی مرغ (Bermuda grass southern mosaic virus, BgSMV)، فراوان‌ترین ویروس‌ مولد موزائیک در مرغ در نواحی گرمسیری جنوب ایران می‌باشد. به منظور تعیین تنوع ژنتیکی BgSMV، گیاهان مرغ با علائم موزائیک از جیرفت، بوشهر، برازجان، رامهرمز، اندیمشک، شوشتر، بهبهان و داراب جمع‌آوری و ناحیه ´3 ژنوم آنها با استفاده از آغازگرهای اختصاصی این ویروس با روش RT-PCR تکثیر و همسانه‌سازی شد. ناحیه CP-UTR این جدایه‌ها به‌همراه تعدادی از ترادف‌های پوتی ویروس‌های غلات موجود در بانک ژن مقایسه و پس از انجام همردیف‌سازی چندگانه، مورد تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی قرار گرفت. جدایه‌های مورد مقایسه در درخت فیلوژنتیکی در 6 شاخه جداگانه قرار گرفتند که عبارت بودند از: BgSMV، ویروس موزائیک کوتولگی ذرت (Maize dwarf mosaic virus, MDMV)، ویروس موزائیک نیشکر (Sugarcane mosaic virus, SCMV)، ویروس موزائیک قیاق ( Johnson grass mosaic virus, JGMV)، ویروس موزائیک سورگوم (Sorghum mosaic virus, SrMV) ودو ویروس موزائیک ایرانی قیاق ( Iranian Johnson grass mosaic virus, IJMV) و موزائیک زآ ( Zea mosaic virus, ZeMV) که در یک شاخه قرار گرفتند. در بین پوتی ویروس‌ها، BgSMV بیشترین تشابه را با MDMV داشت. اما در ناحیه 5 ژن پروتئین پوششی BgSMV، 90 نوکلئوتید (معادل 30 آمینو اسید) بیشتر از MDMV داشت و این مساله در تمام جدایه‌های BgSMV صادق بود. میانگین درصد تشابه نوکلئوتیدی ناحیه CP-UTR بین جدایه‌های BgSMV، 1/98 درصد به‌دست آمد که نشان‌دهنده تنوع ژنتیکی پایین این ویروس در این ناحیه از ژنوم است. به رغم وجود تشابه نوکلئوتیدی بالای BgSMV با MDMV، با توجه به تفاوت‌های اساسی از نظر دامنه میزبانی و سرولوژی بین دو ویروس و وجود یک قطعه 90 نوکلئوتیدی اضافی در ناحیه ´5 ژن CP، BgSMV به عنوان گونه‌ای نزدیک به MDMV در جنس پوتی ویروس در نظر گرفته می‌شود.