شناسایی LncRNAهای مرتبط با رشد عضله سینه مرغ بوسیله روش RNA-seq

هدف از این آزمایش بررسی و شناسایی RNAهای غیررمزکننده بلند (lncRNAs) مرتبط با عضله اسکلتی مرغ بومی اصفهان و جوجه تجاری راس 708 بود. پس از استخراج RNA از چهار نمونه‌ عضله سینه در سن 28 روزگی، توالی‌یابی جفتی با استفاده از پلاتفرم illumine Hiseq 2000 انجام شد. برای هم­ترازی خوانش‌ها با ژنوم مرجع مرغ اهلی، از نرم­افزار Hisat2 و جهت سرهم‌بندی رونوشت­ها از بسته نرم­افزاری Stringtie استفاده شد. در مجموع 1097 lncRNA شناسایی شد که از این تعداد 925 ژن و رونوشت بین­ژنی (اینترژنی) و 172 ژن و رونوشت اینترونی بودند. همچنین تعداد LncRNAهای جدید شناسایی­شده در دو گروه بین­ژنی و اینترونی به‌ترتیب 432 و 128 بود. آنالیز بیان افتراقی ژن منجر به شناسایی 19 ژن و 20 رونوشت با تفاوت بیان معنا‌دار بین دو گروه شد. بررسی جایگاه‌های ژنی lncRNAهای با تفاوت معنا‌دار، نشان داد که این ژن­ها در مجاورت 45 ژن رمزکننده پروتئینی قرار دارند. از این تعداد بیان پنج ژن رمزکننده پروتئینی (ژن SCD در جوجه تجاری و ژن‌های GALNT15، KLHDC4، USP7 و ASB1 در مرغ بومی) - که روند بیان آنها هم­سو با بیان lncRNAهای هم‌جوارشان بود - بین دو نژاد تفاوت معنا‌دار داشتند. بررسی عملکردی این ژن­ها نشان داد  که همگی در رشد عضله اسکلتی مؤثر هستند.  نتایج حاصل از این پژوهش  نشان داد، lncRNAهای شناسایی‌شده، احتمالاً پتانسیل تنظیم ژن­های درگیر در رشد عضله اسکلتی را داشته و می­توانند بخشی از تفاوت در سرعت رشد مشاهده‌شده بین دو نژاد مرغ مورد بررسی را توجیه نمایند.