rab23 یکی از پروتئینهای خانواده rab می باشد که مسوول تنظیم ادغام و اتصال غشاء ویزیکولها با اندامکهای سلولهای یوکاریوتی می باشد. این پروتئین یک تنظیم کننده منفی خودکار سلولی برای علامت دهی(signaling) hedgehog در مهره داران است. مسیر علامت دهی hedgehog در رشد اکثر ارگانها و بافتهای مهره داران نقش محوری داشته و ارتباط آن با نقایص مادرزادی و بسیاری از انواع تومورها مشخص شده است. بنابراین دخالت rab2...

به کمک شبیهسازی دینامیک مولکولی به تحلیل خواص ساختاری و ارتعاشات نانولولههای کربنی تک و دوجداره تحت جذب فیزیکی (عاملدار کردن) مولکول زیستی فلاوین مونو نوکلئوتید (fmn) پرداخته میشود و اثرات شرایط مرزی مختلف، درصد وزنی مولکول fmn، شعاع، تعداد جداره بر روی فرکانس طبیعی و تغییرات آن بررسی میگردد. با توجه به اینکه فرایند عاملدار سازی عموما در محیطهای آبی صورت میپذیرد، دو محیط خلا و آبی برای شبیهسازی...

در این پژوهش برای نخستین بار شناسایی مولکولی چهار گونه از گونه­های خانواده Cerithiidae در سواحل صخره­ای شمالی خلیج­فارس همراه با بررسی مورفولوژیک آن­ها انجام شد. نمونه­برداری در سال­های 1392 و 1393 از 11 ایستگاه در سواحل صخره­ای شمال خلیج‌فارس انجام شد. نمونه­ها ابتدا مورد شناسایی مورفولوژیک قرارگرفته و سپس مراحل استخراج DNA، تکثیر قطعه ژنی زیر واحد I سیتوکروم اکسیداز COI و S rRNA16 و توالی یاب...

روش دینامیک مولکولی یک روش شبیه سازی کامپیوتری است که با حل معادلات حرکت کلاسیک به مطالعه حرکت فیزیکی اتم ها و مولکول ها در یک سیستم n ذره ای می پردازد. در این تحقیق از روش مذکور جهت بررسی تغییر ساختاری یکی از پیوندهای حیاتی در بدن استفاده شده است. این پیوند مابین گیرنده های موجود بر سطح سلولهای دیواره عروقی (اندوتلیال) به نام پی سلکتین و لیگاند های متناظر آنها (psgl-1) که بر سطح لکوسیت (سلول س...

فلزات دارای ساختاری کریستالی می¬باشند و جریان پلاستیک در آنها، محدود به صفحات کریستالی خاص و در جهات خاصی واقع در این صفحات است. در این مکانیزم، ناهمگونی میکروساختار و اثرات تغییر در جهات کریستالی نقش اساسی را در رفتار ماده ایفا می¬کنند. در این مقاله برای بررسی اثر جهات کریستالی و بافت ماده، از معادلات ساختاری کریستال پلاستیسیته برای شبیه¬سازی استفاده شده است. ابتدا به¬کمک روش ورونی فضای شبیه¬س...

بر اساس نتایج آزمایشات بارگذاری بر روی نانوتیوبهای کربنی و کامپوزیتهای آن، شکل پذیری و جذب انرژی قابل توجهی در ورای حد الاستیک در این نانوسازه ها دیده شده است. با توجه به محدودیتهای محاسباتی روشهای تحلیلی (نظیر دینامیک مولکولی و مکانیک کوانتومی) برای شبیه سازی این رفتار، در این مقاله از روش مدلسازی مکانیک محیط پیوسته در قالب روش اجزای محدود استفاده شده است. به این صورت که ابتدا چگونگی بروز رفتا...

توالی های تک رشته DNA یا RNA که تحت عنوان آپتامر شناخته می شوند قادرند مولکول هدف را با اختصاصیتی در حد آنتی بادی های مونوکلونال ردیابی نمایند. با این وجود قرار گیری مایکوتوکسین ها در گروه مولکول های کوچک و تفاوت بالای وزن مولکولی آنها با توالی های آپتامری تبدیل به چالشی جدی در معرفی پروب های آپتامری برای آنها شده است. در بررسی حاضر با هدف دستیابی به توالی آپتامری جدید و کوتاه تر برای آفلاتوکسی...

کربن دارای آرایش های متعددی است. نانو غنچه گرافن از تازه ترین آلوتروپ های کربن است و هنوز به صورت آزمایشگاهی در دسترس نیست. نانو غنچه گرافن از اتصال فولرن و صفحه گرافن به هم تشکیل می شود. شبیه سازی دینامیک مولکولی جهت محاسبه خواص مکانیکی نانو غنچه گرافن استفاده شده است.اثر دما و سایز صفحه گرافن و طول گردن در این مجموعه تخمین زده شده است. نتایج نشان میدهد که تا دمای 800 کلوین مدول یانگ تغییرات ک...

بیماری آلزایمر شایع ترین نوع زوال عقل است. پپتید های آمیلوئید بتا نقش کلیدی را در آسیب شناسی بیماری آلزایمر عهده دار هستند و تحقیقات اخیر نشان داده است که الیگومرهای آمیلوئید بتا سمی ترین جز آن هستند. در بین الیگومرها، نوع دیمر با توجه به ماندگاری بالا در مقایسه با دیگر انواع، دارای اثرات سمی بیشتری می باشد. پریفولدین یک چپرون مولکولی است که از تجمع پروتئین هایی که اشتباه تاخورده اند جلوگیری کر...

در این پایان نامه از شبیه سازی مولکولی دینامیک برای محاسبه خواص ساختاری، ترمودینامیکی، و دینامیکی مورد نیاز مدل های مولکولی ویسکوالاستیک (که غالباً با تکنیک های آزمایشگاهی به دست می آیند) استفاده شده است. با استفاده از این شیوه (ترکیب شبیه سازی مولکولی و تیوری)، کوپلیمر یک درمیان اتیلن-پروپیلن غیرگره خورده شبیه سازی شده و خواص ویسکوالاستیک خطی مذاب گره خورده آن پیش بینی و با نتایج آزمایشگاهی مقا...