روش دینامیک مولکولی یک روش شبیه سازی کامپیوتری است که با حل معادلات حرکت کلاسیک به مطالعه حرکت فیزیکی اتم ها و مولکول ها در یک سیستم n ذره ای می پردازد. در این تحقیق از روش مذکور جهت بررسی تغییر ساختاری یکی از پیوندهای حیاتی در بدن استفاده شده است. این پیوند مابین گیرنده های موجود بر سطح سلولهای دیواره عروقی (اندوتلیال) به نام پی سلکتین و لیگاند های متناظر آنها (psgl-1) که بر سطح لکوسیت (سلول س...

این پژوهش قصد دارد اطلاعات جدیدی درباره رفتار مکانیکی مولکول دو رشته¬ای دی¬اِن¬اِی ارائه دهد. به این منظور، مجموعه¬ای از شبیه¬سازی¬های دینامیک مولکولی توسعه یافته با جزئیات اتمی بر روی دی¬ان¬ای دوازده- پاره¬ای انجام می¬شود. محاسبات دینامیک مولکولی با استفاده از روش حلال بُرن تعمیم یافته- مساحت سطح قابل دسترس و دینامیک لانگوینی صورت می¬گیرد. منحنی¬های تنش- کرنش دی¬ان¬ای که تحت زاویه¬ها و سرعت¬های م...

یکی از روش های مفید برای بررسی جداسازی یون های آلینده ی آب روش شبیه سازی دینامیک مولکولی می باشد. در این پایان نامه شبیه سازی دینامیک مولکولی جداسازی یون های کلر و سسسدیم از آب با استفاده از نانو صفحات گرافنی انجام گرفته ونتایج نشان می دهند کسه حفسره هسای نسانومتری در صفحات گرافن را می توان به نحو مؤثری در جداسازی یون ها ازآب به کسار بسرد. بسا اسستفاده از شسبیه سازی دینامیک مولکولی عملکرد ج...

شواهد تجربی نشان می دهند که برخی از نانو کامپوزیت ها از اهمیت ویژه ای در سازه خودرو های زرهی برخوردار می باشند. با توجه به اینکه از بزرگترین چالش های پیش روی توسعه این نانو کامپوزیت ها برای استفاده گسترده، هزینه تقویت کننده های نانویی و پیچیدگی ساخت آنها با روش های کنونی است، از این رو شبیه سازی این مواد و پی بردن به خواص آنها به صورت تحلیلی یا عددی امری ضروری است. در این مقاله معادلات ساختاری ...

پلیمرهای اپوکسی به دلیل برخورداری از خواص مکانیکی مطلوب و پایداری قابل ملاحظه در شرایط محیطی مختلف، جایگاه ویژه ای را در فعالیت های صنعتی و تحقیقاتی به خود اختصاص داده اند. در این تحقیق، از روش دینامیک مولکولی برای مطالعه ساختار پلیمرهای اپوکسی دارای اتصالات عرضی و پیش بینی رفتار تبدیل شیشه ای آن ها استفاده شده است. ابتدا، با استفاده از یک روش ارائه شده برای ایجاد اتصالات عرضی بین زنجیره های رز...

کادمیوم یکی از فلزات سنگین و از مهمترین آلاینده های زیست محیطی محسوب می شود. کادمیوم به دلیل نیمه عمر طولانی در بدن انسان و حیوان و سمی بودن زیاد، از اهمیت ویژه ای برخوردار است. آلودگی منابع آبی به کادمیوم به دلیل نقش مستقیم آن در تولید محصولات کشاورزی و تغذیه انسان و موجودات زنده بسیار خطرناک می باشد. گسترش صنایع منجر به افزایش آلودگی شده و سلامت انسان و محیط زیست را به خطر انداخته است. همچنین...

چکیده زمینه و هدف: فعالیت استیل کولین و آنزیم استیل کولین ترانسفراز در بیماری آلزایمر بررسی و مشخص شده است. از این جهت، نقص آنها می تواند باعث کاهش حافظه و یادگیری شود. میدان های نیرو، بر ساختار کولین استیل ترانسفراز تأثیر دارند. برای درک اثرات فضایی، برخی مطالعات کامپیوتری انجام شده است. مواد و روش ها: روش های شبیه سازی مونت کارلو ،دینامیک مولکولی و دینامیک لانگوین به وسیله ی میدان های نیروی...

ویروس htlv-1 از خانواده رتروویروس ها می باشد و باعث ایجاد بیماری هایی نظیر لوسمی t-cell بزرگسالان (atl) ، تشنج گرمسیری فلج کننده (ham/tsp ) و اختلالات عصبی می گردد. پروتئین پروتئاز یکی از مهمترین آنزیم های ویروسی بشمار می رود و با مهار آن می توان از ادامه چرخه آلودگی این ویروس جلوگیری بعمل آورد. سری جدیدی از مهار کننده ها را ایجاد گردید و با استفاده از ابزارهای محاسباتی نحوه اتصال آن ها به پروت...

در سال های اخیر پایدار کردن ساختارهای g-quadruplex به عنوان یک هدف در درمان سرطان توجه زیادی را به خود جلب کرده است. مشتقات کوئینازولون (qd) از دسته لیگاندهایی هستند که جهت پایدار کردن این ساختارها طراحی و سنتز شده اند. درک ماهیت برهمکنش بین این  لیگاندها و ساختار g-quadruplex از اهمیت بسیار بالایی برخوردار است. جهت بررسی دقیق تر اینکه چگونه این برهمکنش ها با تغییر ساختار لیگاند تحت تأثیر قرار ...

درختواره‌ها طبقه نسبتا جدیدی از مواداند که دارای ساختار مولکولی و ابعاد واحد در مقایسه با پلیمرهای خطی هستند. درشت‌مولکول‌های درختواره می‌توانند شامل چند نوع گروه عاملی باشند که به‌طور موفقیت‌آمیز با روش‌های واگرا یا همگرا سنتز می‌شوند. گروه‌های عاملی موجود در سطح آنها باعث می‌شود تا این ترکیبات آب‌دوست شده و در آب بسیار محلول باشند. قطر درختواره با افزایش نسل تا یک نانومتر افزایش می‌یابد، در ح...