ملکول های بسیاری مانند پپتیدهای با ساختار مارپیچ آلفا و dna وجود دارند که فارغ از جزئیات ساختاریشان نسبت طول به قطر آنها مقدار قابل توجهی است. طول ایستایی این ملکول ها بزرگ است به گونه ای که اگر طول خیلی بلندی نداشته باشند می توان آنها را به عنوان یک ملکول میله ای شکل در نظر گرفت. تعدادی از این ملکول ها اگرچه از لحاظ الکتریکی خنثی هستند ولی توزیع بار در آنها به گونه ای است که به طور موضعی دوقطب...

به کمک استفاده از شبیه سازی دینامیک ملکولی، خواص مکانیکی نانولوله های تک جداره،دوجداره و سه جداره نیترید بور محاسبه شده است. اثر قطر،کایرالیتی،فاصله بین لایه ای و دما بر روی خواص مکانیکی مجموعه مدنظر تخمین زده شده است.نتایج نشان می دهد که نانولوله های نیترید بور زیگزاگ مستحکم تر از نوع آرمیچر در محدوده قطر مشابه هستند.همچنین مدول یانگ هر دو نوع نانولوله دوجداره و سه جداره نیترید بور با افزایش ق...

در این کار با انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی برخی از خواص سدیم مذاب مورد مطالعه قرار گرفته است. تابع انرژی پتانسیل مورد نیاز در این شبیه سازی یک تابع پتانسیل لنارد- جونز است. تغییر بزرگی بخش جاذبه و دافعه ی تابع پتانسیل، نشان داد که تابع پتانسیل لنارد- جونز(4-5) به خوبی می تواند خواص سدیم مایع و بخار را تولید کند. از شبیه سازی دینامیک مولکولی برای محاسبه ی خواص ساختاری و دینامیکی سدیم در بازه ...

شبیه سازی دینامیک ملکولی سیالات نانو محدود شده، پتاسیم و نفوذ گازها در پلی استایرین وارائه معادله حالت برای آلیاژ های فلزات قلیایی و جیوه در فصل ?، یک روش جدید برای شبیه سازی سیالات نانو محدود شده بین سطوح با بسط روش برندسن و همکارانش برای کوپل با حمام خارجی ارائه شده است. ما از این روش برای محاسبه مولفه عمودی فشار، لایه ای بودن سیال نزدیک سطح، نوسانات دانسیته موضعی، تغییر در تعداد ذرات به ع...

استرس گرمایی یکی از مهمترین مشکلاتی است که تاثیر منفی بر روی مصرف غذا، نرخ رشد، شبکه عصبی، عملکرد سیستم ایمنی و همچنین نرخ مرگ و میردارد. در شرایط استرس گرمایی، سنتز اکثر پروتئین‌ها به تاخیر می‌افتد اما پروتئین‌های استرس گرمایی(HSP) به طورسریع سنتز می شوند و نقش مهمی در زنده مانی سلول‌ها دارند. از مهمترین آنها، HSP70 می باشد که ساختار کریستالوگرافی آن در زنبورعسل گزارش نشده و مدلسازی آن می توان...

نظریه سیال مجتمع آماری (Statistical Associating Fluid Theory) یا به اختصار SAFT، روشی برای تخمین ویژگی­ های سیال ­های دارای تجمع بر اساس نظریه ورتایم است.SAFT  و دیگر روش های مبتنی بر مکانیک آماری غیرایده آلی را به برهم کنش های بین ملکولی ارتباط می دهند و در واقع تجمع را از منظر فیزیکی بررسی می کنند. برتری چنین نظریه ­های فیزیکی این است که نخست توسط شبیه سازی ملکولی می توان آن ها را ...

در این پژوهش ما با به خدمت گرفتن دینامیک ملکولی اتلافی، و استفاده از شرایط مرزی عدم لغزش سعی در مطالعه خواص رئولوژی نانو مخلوط های پلیمری مرطوب، تحت شرایط خزش شدید داشتیم. مخلوط هایی با طول متفاوت پلیمرها وتوزیع یکسان طول پلیمری، به منظور تعیین اثر طول پلیمرها بر خواص رئولوژی مخلوط، مورد شبیه سازی شد. پتانسیل مورس به منظور ایجاد نیروی آب دوستی/آب گریزی در دینامیک ملکولی اتلافی مورد استفاده قر...

در این تحقیق، فرآیند غربال مواد دانه ایکه توسط سرند ارتعاشی انجام می¬شود، با روش المان گسسته یا به بیانی دیگر دینامیک ملکولی شبیه سازی گردیده است. برای مدل سازی نیروی بین ذرات و مرزها، تابع پتانسیل کوتاه برد ویسکوالاستیک هرتز استفاده شده است. ذرات مورد غربال دارایهندسه کرویبوده و روزنه هایتوریسرند به شکل مربع مستطیل هستند و به سطح توریارتعاش خطی اعمال گردیده است. طی شبیه سازی، معادلات دیفرانسیل...

اخیرأ، الکترودهای کربنی ساخته شده با استفاده از مایعات یونی به عنوان binder امتیاز بیشتری برای افزایش عملکرد الکتروشیمی نسبت به الکترودهای کربنی معمولی نشان داده اند. در این تز شبیه سازی دینامیک ملکولی گرافیت با مایع یونی و پارافین برای حل فاکتورهای موثر برعملکرد بالای این نوع الکترودها انجام شده است. شبیه سازی روی مجموعه هایی از مایع یونی 1- بوتیل - 3- متیل ایمیدازولیوم هگزا فلورو فسفات و دو ص...

تجمع 85 استخلاف پورفیرینی مورد مطالعه قرار گرفته است. گزارشی از مطالعه ی ترمودینامیکی و سینتیکی تجمع با تغییر استخلافات پورفیرین داده شده است. برای این کار از شبیه سازی دینامیک ملکولی، رابطه ی کمی ساختار-ویژگی و داکینگ docking)) استفاده شد. در شبیه سازی دینامیک ملکولی، رسیدن سیستم به تعادل با سرد سازی شبیه سازی شده (simulated annealing) بررسی شد. برای انجام این کار، شبیه سازی در دما های مختلف ت...