در این پایان نامه به مطالعه تجربی و تئوری بررسی برهمکنش داروی ونکومایسین با dna پرداخته شد. ونکومایسین یک آنتی بیوتیک گلیکوپپتیدی است که با اثر بر روی ساخت دیواره سلولی، برای درمان عفونت های باکتریایی گرم مثبت استفاده می شود. تغییرات طیف حاصل از روش های اسپکتروسکوپی جذب و فلوئورسانس، نمایانگر برهمکنش ونکومایسین با dna می باشد. ثابت اتصال پیوندی(kb) با استفاده از تکنیک جذب 5^10*0.161 و ثابت تقوی...

اکتین فراوان ترین پروتئین درون یاخته ای و یکی از سه جز اصلی چارچوب یاخته است که در مقابل بارهای کششی از یاخته محافظت می کند. بدین منظور، با توجه به دقت و اعتبار روش های مبتنی بر رفتار اتمی مانند دینامیک مولکولی، در این مقاله با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی به بررسی رفتار مکانیکی پروتئین اکتین پرداخته شده است. اکتین در داخل یاخته به دو صورت تکپار atp و adp وجود دارد. در همین راستا در این...

آلفا گلوکزیداز (ec 3.2.1.20) یک آنزیم کلیدی است که مرحله نهایی در فرایند گوارش کربوهیدرات ها مثل نشاسته و شکر را کاتالیز می کند. در نتیجه این فرایند، کربوهیدرات ها به قندهای ساده تبدیل می شوند که می توانند از طریق روده کوچک جذب شوند. بنابراین، مهارکننده های آنزیم آلفا گلوکزیداز می توانند جهت کاهش سطح قند خون مورد استفاده قرار بگیرند. در این کار اثر بازدارندگی مشتقاتn-(phenoxydecyl) phthalimide ...

کربن دی اکسید به عنوان یک ناخالصی در گاز طبیعی شناخته شده است. این گاز سبب کاهش مطلوبیت گاز طبیعی گردیده و حذف آن امری ضروری است. یکی از روش های حذف این ترکیب استفاده از حلال های آلکانول آمینی می باشدکه حلال هایی پرکاربرد در صنعت می باشند. پژوهش حاضر تمرکز خود را بر بررسی ساختاری و ترمودینامیکی حذف کربن دی اکسید با استفاده از این حلال ها با بکارگیری شبیه سازی دینامیک مولکولی قرار داده است. هدف ...

با توجه به دقت و اعتبار روش های مبتنی بر رفتار اتمی مانند شبیه سازی دینامیک مولکولی (md)، امروزه این روش ها نقش بسیار مهمی در زمینه مدل سازی ورقه های تک لایه گرافن ایفا می کنند. با این حال، استفاده از این روش ها به دلیل هزینه های محاسباتی بالا تنها محدود به سیستم های با اندازه کوچک می باشد. علاوه بر این، با توجه به طبیعت گسسته گرافن، از روش های مبتنی بر مکانیک محیط پیوسته نمی توان برای مطالعه و...

شیشه زیست فعال به دلیل توانایی پیوند بافت نرم و سخت در ترمیم، درمان و شکسته بندی استخوان و نیز به عنوان جایگزینی مناسب برای استخوانچه های گوش مورد توجه قرار گرفته است. در این مقاله از شبیه سازی دینامیک مولکولی با استفاده از نرم افزار گرومکس برای مطالعه ساختار شیشه زیست فعال شبیه سازی شده به روش سل-ژل استفاده شد. برای ایجاد گروه های هیدروکسیل، سیستم شیشه زیست فعال مورد نظر مدل سازی شد. سپس یک سی...

کاربردهای نوین فناوری نانو، درک خواص ماده در ابعاد نانومتر را ضروری ساخته است. برای درک پدیده ذوب می توان از مطالعات پدیده شناختی سود جست. نانوخوشه ها به عنوان سیستمهایی که اثرهای سطحی در آن ها اهمیت دارد برای درک صحیح از شروع پدیده ذوب بیشتر مورد توجه قرار گرفته اند. شبیه سازیهای رایانه ای و روشهای عددی در کنار مطالعات آزمایشگاهی و نظری ، ابزاری مهم در بررسی خواص نانوخوشه هاست است و روش دینامی...

مولکول ‎dna‎ از دو رشته اسکلت قند-فسفات یکنواخت تشکیل شده که به صورت پادموازی قرار گرفته اند. در بین این دو رشته چهار باز نیتروژنی که با هم دو جفت یکتا را تشکیل می دهند وجود دارد. توالی این جفت بازها حامل اطلاعات وراثتی سلول است. نیاز به یافتن سطحی از مطالعه ی خصوصیات ‎dna‎ داریم که از طرفی در رژیم برهمکنش های ‎dna‎ با پروتئین ها باشد و از طرفی جهانی بودن کدهای ژنتیکی این مولکول را نادیده نگیرد...

آلفا1-آنتی تریپسین (?-1 antitrypsin, aat) یکی از اعضاء سوپر فامیلی سرپین ها و از مهار کننده های الاستاز نوتروفیل است.aat دارای ساختار دوم ویژه شامل سه صفجه بتا , نه آلفا هلیکس و لوپ مرکزی واکنشگر (rcl) می باشد. aat، پروتئازهای هدف را با تشکیل یک کمپلکس پایدار مهار می کند که در این حالت rcl برش یافته و درون ?-sheet a درج می شود که همراه با تغییر کانفورماسیون در aat می باشد. پلیمریزاسیون خود به خ...

در این پایان نامه خواص ترمودینامیکی و انتقالی 5 مایع یونی بر پایه 1- آلکیل 3- متیل ایمیدازولیوم برومید (آلکیل = متیل، اتیل، بوتیل، پنتیل و هگزیل)، با استفاده از شبیه سازی های دینامیک مولکولی بررسی شد. برهمکنشهای درون مولکولی و بین مولکولی بر اساس میدان نیروی کلاسیکی اتمهای متحد لیو توصیف شدند. در ابتدا کل سامانه در مجموعه همدما- هم فشار به مدت 5 نانو ثانیه تعادلسازی شدند. سپس برای محاسبه تعدادی...