توالی های تک رشته DNA یا RNA که تحت عنوان آپتامر شناخته می شوند قادرند مولکول هدف را با اختصاصیتی در حد آنتی بادی های مونوکلونال ردیابی نمایند. با این وجود قرار گیری مایکوتوکسین ها در گروه مولکول های کوچک و تفاوت بالای وزن مولکولی آنها با توالی های آپتامری تبدیل به چالشی جدی در معرفی پروب های آپتامری برای آنها شده است. در بررسی حاضر با هدف دستیابی به توالی آپتامری جدید و کوتاه تر برای آفلاتوکسی...

شیشه زیست فعال به دلیل توانایی پیوند بافت نرم و سخت در ترمیم، درمان و شکسته بندی استخوان و نیز به عنوان جایگزینی مناسب برای استخوانچه های گوش مورد توجه قرار گرفته است. در این مقاله از شبیه سازی دینامیک مولکولی با استفاده از نرم افزار گرومکس برای مطالعه ساختار شیشه زیست فعال شبیه سازی شده به روش سل-ژل استفاده شد. برای ایجاد گروه های هیدروکسیل، سیستم شیشه زیست فعال مورد نظر مدل سازی شد. سپس یک سی...

سابقه و هدف: اسهال یک بیماری رایج میان گوساله ها بوده که سبب زیان اقتصادی چشمگیر در صنعت گاوهای شیری و گوشتی به علت افزایش میزان مرگ و میر، هزینه‌های درمان و کاهش نرخ رشد و افزایش سن اولین زایمان می‌گردد. روتاویروس گاوی یکی از عوامل اصلی ابتلا به اسهال در گوساله ها در سن یک تا دوهفتگی است. دو پروتئین vp4 و vp7 کپسید خارجی ویروس را ساخته و سبب تولید آنتی بادی و تحریک سیستم ایمنی می‌شوند. لاکتوفر...

اکتین فراوان ترین پروتئین درون یاخته ای و یکی از سه جز اصلی چارچوب یاخته است که در مقابل بارهای کششی از یاخته محافظت می کند. بدین منظور، با توجه به دقت و اعتبار روش های مبتنی بر رفتار اتمی مانند دینامیک مولکولی، در این مقاله با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی به بررسی رفتار مکانیکی پروتئین اکتین پرداخته شده است. اکتین در داخل یاخته به دو صورت تکپار atp و adp وجود دارد. در همین راستا در این...

در این مقاله سیستمهای دوبعدی از دیدگاه نظری, تجربی و شبیه سازی کامپیوتری مورد بررسی قرار گرفته و سپس مراحل انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی تشریح شده است. ذوب یک بلور نمک یونی دوبعدی را توضیح داده و نتایج شبیه سازی سیستمهایی با 16, 64 و 256 ذره ارایه می گردد. نتایج نشان می دهد که گذار ذوب مورد شبیه سازی از نوع مرتبه اول است. سیستم مورد شبیه سازی را پس از ذوب گرم کرده و سپس مایع گرم را سرد کرده ت...

چکیده ندارد.

در تحقیقات انجام شده در این رساله به منظور محاسبه و بررسی عامل نفوذ حرارتی، هدایت گرمایی و شارهای گرما، الگوریتم جدیدی از دینامیک مولکولی غیر تعادلی را توسعه دادیم . این الگوریتم برپایه روشی است که اخیرا"هافسجولد تحت عنوان الگوریتم hex بکار برده شده است ، که در آن شار گرمایی ثابتی به دیواره های جعبه شبیه سازی اعمال می شود و سپس در هر گام زمانی گرادیانهای غلظت و دما محاسبه می گردند. مطالعات انجا...

جفت شدگی ناهماهنگ بین مدهای خمشی و کششی در ورقه گرافینی باعث به وجود آمدن موج های ایستا و به نوبه خود ایجاد ناهمواری ذاتی در گرافین می شوند. یکی از راه های تغییر در میزان این ناهمواری، انباشت ذرات مختلف روی سطح آن است. در این پژوهش انباشت اتم های کربن بر روی گرافین دو لایه را توسط شبیه سازی دینامیک مولکولی در دما های متفاوت مورد بررسی قرار داده ایم. این شبیه سازی توسط نرم افزار لمپس انجام شده ک...

گرافین ساختاری دو بعدی از اتمهای کربن است که دارای خواص الکترونیک، شیمیایی، حرارتی و مکانیکی ویژه ای است. مدولهای یانگ و برشی، استحکامهای کششی و برشی و کرنشهای شکست کششی و برشی برای گرافین در دو راستای آرمچیر و زیگزاگ محاسبه شده اند. نتایج بدست آمده تطابق خوبی با نتایج تجربی دارند. همچنین تاثیرات نرخ بارگذاری؛ دمای شبیه سازی در دماهای مختلف بیانگر وابستگی استحکام شکست کششی و برشی و کرنشهای متنا...

در این تحقیق ابتدا با توجه به ویژگی نفوذ دارو در سیستم های بیولوژیکی که عبارتند از رخداد این پدیده در مقیاس های زمانی و مکانی در ابعاد نانو، این سیستم های بیولوژیکی به طور مختصر شرح داده شده و نحوه نفوذ دارو و مکانیزم های مختلف جذب دارو بیان می شوند. در ادامه برای بررسی و شبیه سازی این پدیده به دلیل تحول زمانی آن، از روش دینامیک مولکولی استفاده می شود. اساس این روش حل معادلات حرکت نیوتن برای تک...