در این رساله، فعالیت داروها بر اساس ساختار پروتئین هدف و برهمکنش داروها با آن و سپس محاسبه توصیف کننده های دارو و ساخت یک مدل ریاضی بین فعالیت دارو و توصیف کننده ها (qsar) پیش بینی شد. در این رابطه ساختار سه بعدی پروتئین مورد نیاز بود. در مواردی که ساختار کریستالی پروتئین موجود نبود جهت پیش بینی ساختار سه بعدی آن از روش مدل سازی همسانی(homology modeling) استفاده شد. شبیه سازی دینامیک مولکولی سا...

در این پایان نامه به مطالعه تجربی و تئوری بررسی برهمکنش داروی ونکومایسین با dna پرداخته شد. ونکومایسین یک آنتی بیوتیک گلیکوپپتیدی است که با اثر بر روی ساخت دیواره سلولی، برای درمان عفونت های باکتریایی گرم مثبت استفاده می شود. تغییرات طیف حاصل از روش های اسپکتروسکوپی جذب و فلوئورسانس، نمایانگر برهمکنش ونکومایسین با dna می باشد. ثابت اتصال پیوندی(kb) با استفاده از تکنیک جذب 5^10*0.161 و ثابت تقوی...

کاربردهای نوین فناوری نانو، درک خواص ماده در ابعاد نانومتر را ضروری ساخته است. برای درک پدیده ذوب می توان از مطالعات پدیده شناختی سود جست. نانوخوشه ها به عنوان سیستمهایی که اثرهای سطحی در آن ها اهمیت دارد برای درک صحیح از شروع پدیده ذوب بیشتر مورد توجه قرار گرفته اند. شبیه سازیهای رایانه ای و روشهای عددی در کنار مطالعات آزمایشگاهی و نظری ، ابزاری مهم در بررسی خواص نانوخوشه هاست است و روش دینامی...

مکانیسم بیماری آلزایمر با رسوب تدریجی فیبر های آمیلوئید در ارتباط است. کشفیات اخیر نشان می دهد کرکیومین و تری هالوز می توانند بازدارنده تجمع بتا آمیلوئید باشند. به منظور بررسی مکانیسم ملکولی اثر بازدارندگی، شبیه سازی دینامیک ملکولی بتا آمیلوئید 22-16 در غیاب و حضور 2، 4 و 6 ملکول کرکیومین و تری هالوز به وسیله برنامه گرومکس 3.3.0 انجام شد، شبیه سازی ها نشان داد که با افزایش تعداد ملکول-های کرکیو...

مولکول ‎dna‎ از دو رشته اسکلت قند-فسفات یکنواخت تشکیل شده که به صورت پادموازی قرار گرفته اند. در بین این دو رشته چهار باز نیتروژنی که با هم دو جفت یکتا را تشکیل می دهند وجود دارد. توالی این جفت بازها حامل اطلاعات وراثتی سلول است. نیاز به یافتن سطحی از مطالعه ی خصوصیات ‎dna‎ داریم که از طرفی در رژیم برهمکنش های ‎dna‎ با پروتئین ها باشد و از طرفی جهانی بودن کدهای ژنتیکی این مولکول را نادیده نگیرد...

آلفا1-آنتی تریپسین (?-1 antitrypsin, aat) یکی از اعضاء سوپر فامیلی سرپین ها و از مهار کننده های الاستاز نوتروفیل است.aat دارای ساختار دوم ویژه شامل سه صفجه بتا , نه آلفا هلیکس و لوپ مرکزی واکنشگر (rcl) می باشد. aat، پروتئازهای هدف را با تشکیل یک کمپلکس پایدار مهار می کند که در این حالت rcl برش یافته و درون ?-sheet a درج می شود که همراه با تغییر کانفورماسیون در aat می باشد. پلیمریزاسیون خود به خ...

در این پایان نامه خواص ترمودینامیکی و انتقالی 5 مایع یونی بر پایه 1- آلکیل 3- متیل ایمیدازولیوم برومید (آلکیل = متیل، اتیل، بوتیل، پنتیل و هگزیل)، با استفاده از شبیه سازی های دینامیک مولکولی بررسی شد. برهمکنشهای درون مولکولی و بین مولکولی بر اساس میدان نیروی کلاسیکی اتمهای متحد لیو توصیف شدند. در ابتدا کل سامانه در مجموعه همدما- هم فشار به مدت 5 نانو ثانیه تعادلسازی شدند. سپس برای محاسبه تعدادی...

بررسی تاثیر تنش بر نانولوله های کربنی تک دیواره با استفاده از تکنیک شبیه سازی دینامیک مولکولی کلاسیک (md) موضوع بحث این کار پژوهشی است. پتانسیل برهم کنشی بین اتم های کربن پتانسیل چند جسمی ترسف انتخاب شده و محاسبات در آنسامبل npt انجام شده است. در این پژوهش از روش فشار_ثابت برای سیستم های محدود بهره جسته ایم. دمای سیستم با مقیاس بندی سرعت و فشار به روش برندسن کنترل می شوند. نتایج شبیه سازی نشان ...

در این کار ما از پنج زنجیره ی پلی اتیلن ترفتالات که هر زنجیره ی آن شامل 120 واحد مونومر می باشد استفاده کرده ایم و به روش دینامیک مولکولی در دماهای مختلف ازk 280 تا k600، ابتدا در شرایط nvt و سپس در شرایط npt آرایش های تعادلی از پلیمر را ایجاد کرده و در انتها با روش ذره آزمون widom، پتانسیل شیمیایی مخلوط پلی اتیلن ترفتالات و گازهای مختلف را بررسی نمودیم. زنجیر پلیمر قبلأ توسط اسلامی و مولر پلات...

اعضای خانواده‏ی آرورا کیناز (a، b و c) مجموعه‏ای از سرین/ترئونین کینازهای حفاظت‏شده و بسیار خویشاوند هستند که از تنظیم‏کنندگان کلیدی میتوز و چندین مسیر پیام‏‏رسانی در سلول می‏باشند. تنظیم نابجای آرورا کینازها منجر به ناپایداری ژنتیکی (آنیوپلوئیدی) شده و احتمالاً با تومورزایی همراه است. خانواده‏ی آرورا کیناز اهدافی جذاب در درمان سرطان هستند و تعداد رو به افزایشی از مهارکنندگان آرورا کینازها وارد ...