بیماری آلزایمر شایع ترین نوع زوال عقل است. پپتید های آمیلوئید بتا نقش کلیدی را در آسیب شناسی بیماری آلزایمر عهده دار هستند و تحقیقات اخیر نشان داده است که الیگومرهای آمیلوئید بتا سمی ترین جز آن هستند. در بین الیگومرها، نوع دیمر با توجه به ماندگاری بالا در مقایسه با دیگر انواع، دارای اثرات سمی بیشتری می باشد. پریفولدین یک چپرون مولکولی است که از تجمع پروتئین هایی که اشتباه تاخورده اند جلوگیری کر...

ژن c-myc نقش مهمی در تنظیم رشد و تکثیر سلولی ایفا می کند و بیان بیش از حد این ژن در گستره وسیعی از سرطان های انسانی دیده شده است. حدود 90% رونویسی ژن c-myc از طریق یک توالی 27 نوکلئوتیدی غنی از گوانین بسیار حساس به نوکلئاز بنام nuclease-hypersensitive element iii (nhe iii) کنترل می شود که این توالی قادر به تشکیل ساختار g-quadruplex تحت شرایط فیزیولوژیک است. بنابراین dna ژن c-myc یک هدف مناسب بر...

امروزه سوخت های پاک از جمله بیودیزل (استرهای مونوآلکیل اسیدهای چرب بلند زنجیر) بطور وسیعی مورد توجه قرار گرفته اند. در این پایان نامه ?- لینولئات متیل استر که یکی از اولین بیودیزل های بکار رفته در صنعت می باشد، مورد مطالعه قرار گرفته است. این مطالعات شامل محاسبات نظریه تابعیت چگالی، شبیه سازی های مونت کارلو و دینامیک مولکولی می باشد. مطالعات نظریه تابعی چگالی شامل بهینه سازی ساختاری و محاسبه ان...

بر اساس نتایج آزمایشات بارگذاری بر روی نانوتیوبهای کربنی و کامپوزیتهای آن، شکل پذیری و جذب انرژی قابل توجهی در ورای حد الاستیک در این نانوسازه ها دیده شده است. با توجه به محدودیتهای محاسباتی روشهای تحلیلی (نظیر دینامیک مولکولی و مکانیک کوانتومی) برای شبیه سازی این رفتار، در این مقاله از روش مدلسازی مکانیک محیط پیوسته در قالب روش اجزای محدود استفاده شده است. به این صورت که ابتدا چگونگی بروز رفتا...

در میان پروتئین ها، پروتئین سرم آلبومین انسانی بیشتر از همه مورد مطالعه قرارگرفته و کاربردهای گسترده ای در بیوشیمی دارد. آلبومین سرم انسانی (hsa) فراوان ترین پروتئین موجود در پلاسما و حمل کننده ی بسیاری از داروها برای اهداف دارویی مختلف است. همچنین آلبومین حمل ونقل کننده هورمون ها، اسیدهای چرب و ترکیبات دیگر است، و فشار اسمزی را حفظ می کند. به دلیل خواصی که آلبومین در پیوند شدن با لیگاندها دارد...

در این رساله، فعالیت داروها بر اساس ساختار پروتئین هدف و برهمکنش داروها با آن و سپس محاسبه توصیف کننده های دارو و ساخت یک مدل ریاضی بین فعالیت دارو و توصیف کننده ها (qsar) پیش بینی شد. در این رابطه ساختار سه بعدی پروتئین مورد نیاز بود. در مواردی که ساختار کریستالی پروتئین موجود نبود جهت پیش بینی ساختار سه بعدی آن از روش مدل سازی همسانی(homology modeling) استفاده شد. شبیه سازی دینامیک مولکولی سا...

در این پایان نامه به مطالعه تجربی و تئوری بررسی برهمکنش داروی ونکومایسین با dna پرداخته شد. ونکومایسین یک آنتی بیوتیک گلیکوپپتیدی است که با اثر بر روی ساخت دیواره سلولی، برای درمان عفونت های باکتریایی گرم مثبت استفاده می شود. تغییرات طیف حاصل از روش های اسپکتروسکوپی جذب و فلوئورسانس، نمایانگر برهمکنش ونکومایسین با dna می باشد. ثابت اتصال پیوندی(kb) با استفاده از تکنیک جذب 5^10*0.161 و ثابت تقوی...

کاربردهای نوین فناوری نانو، درک خواص ماده در ابعاد نانومتر را ضروری ساخته است. برای درک پدیده ذوب می توان از مطالعات پدیده شناختی سود جست. نانوخوشه ها به عنوان سیستمهایی که اثرهای سطحی در آن ها اهمیت دارد برای درک صحیح از شروع پدیده ذوب بیشتر مورد توجه قرار گرفته اند. شبیه سازیهای رایانه ای و روشهای عددی در کنار مطالعات آزمایشگاهی و نظری ، ابزاری مهم در بررسی خواص نانوخوشه هاست است و روش دینامی...

مکانیسم بیماری آلزایمر با رسوب تدریجی فیبر های آمیلوئید در ارتباط است. کشفیات اخیر نشان می دهد کرکیومین و تری هالوز می توانند بازدارنده تجمع بتا آمیلوئید باشند. به منظور بررسی مکانیسم ملکولی اثر بازدارندگی، شبیه سازی دینامیک ملکولی بتا آمیلوئید 22-16 در غیاب و حضور 2، 4 و 6 ملکول کرکیومین و تری هالوز به وسیله برنامه گرومکس 3.3.0 انجام شد، شبیه سازی ها نشان داد که با افزایش تعداد ملکول-های کرکیو...

مولکول ‎dna‎ از دو رشته اسکلت قند-فسفات یکنواخت تشکیل شده که به صورت پادموازی قرار گرفته اند. در بین این دو رشته چهار باز نیتروژنی که با هم دو جفت یکتا را تشکیل می دهند وجود دارد. توالی این جفت بازها حامل اطلاعات وراثتی سلول است. نیاز به یافتن سطحی از مطالعه ی خصوصیات ‎dna‎ داریم که از طرفی در رژیم برهمکنش های ‎dna‎ با پروتئین ها باشد و از طرفی جهانی بودن کدهای ژنتیکی این مولکول را نادیده نگیرد...