در این مقاله یک شبکه­ی متابولیکی، در بردارنده ­ی مسیرهای متابولیکی مرکزی سودوموناس ائروجینوزا در شرایط بی ­هوازی ارایه شده است. به منظور تأیید دقت مدل، پیش بینی ­های مدل با نتیجه ­های تجربی به دست آمده از کار دیگر پژوهشگران مقایسه شده است. برای دست یابی به این مهم، از برنامه ریزی خطی برای بهینه سازی معادله ­های حاکم بر سامانه استفاده شد. تابع هدف برای بررسی درستی مدل، نرخ ویژه رشد این میکروارگا...

در این مطالعه مدل سازی شبکه متابولیکی میکروارگانیسم سودوموناس ائروجینوزا به منظور تولید پیگمان پایوسیانین انجام شد. این پیگمان حامل الکترون بوده و انتقال الکترون از سلول به پذیرنده الکترون را سهولت می بخشد. علاوه بر این علت دیگری که منجر به انتخاب میکروارگانیسم سودوموناس ائروجینوزا شد امکان فعالیت این میکروارگانیسم در شرایط بی هوازی است که شرایط حاکم بر پیل های سوختی میکروبی می باشد. پیل های سو...

در دهه‏ های اخیر مدل‏ های متابولیکی به ابزار مهمی در مطالعه شبکه‏‏ های متابولیکی تبدیل شده است. زایموموناس موبیلیس باکتری گرم منفی، بی ‏هوازی اختیاری و قادر به تولید اتانول از منابع کربنی مانند گلوکز، فروکتوز و ساکاروز است. در این پژوهش، مدل متابولیکی مقیاس ژنوم شامل 757 واکنش، 691 متابولیت و 434 ژن برای باکتری زایموموناس موبیلیس (atcc 10988) ساخته شد. به منظور تأیید صحت نتایج مدل، نتایج مقادیر...

در این تحقیق شبکه متابولیکی ژنوم-مقیاس باکتری باسیلوس لیکنی فرمیس با الگوبرداری از مدل شبکه متابولیکی باکتری باسیلوس سابتیلیس و همچنین داده های پایگاه kegg، مدل سازی شد. مدل ایجاد شده نهایی دارای 1324 متابولیت و 1277 واکنش است. به منظور ارزیابی مدل ساخته شده، ابتدا شرایط کشت باکتری باسیلوس لیکنی فرمیس بر مبنای محیط حداقلی m9 در مقیاس فلاسک با استفاده از روش آماری تاگوچی بهینه سازی شد. سپس در ش...

میکروب های موجود در اکوسیستم میکروبی شکمبه نشخوارکنندگان که کنسرسیوم پیچیده ای از گروه های مختلف میکروبی را تشکیل می دهند، به عنوان دستگاه های متابولیک انجام وظیفه می کنند. این میکروب ها نقش مهمی را در سلامت و عملکرد حیوان ایفا می کنند. کارایی نشخوارکنندگان در استفاده از خوراک های مختلف به علت وجود اکوسیستم به شدت متنوع میکروبی شکمبه می باشد. یکی از مهمترین اختلالات متابولیکی که در نشخوارکنندگا...

در این مقاله یک شبکه‌ی متابولیکی، در بردارنده ‌ی مسیرهای متابولیکی مرکزی سودوموناس ائروجینوزا در شرایط بی ‌هوازی ارایه شده است. به منظور تأیید دقت مدل، پیش بینی ‌های مدل با نتیجه ‌های تجربی به دست آمده از کار دیگر پژوهشگران مقایسه شده است. برای دست یابی به این مهم، از برنامه ریزی خطی برای بهینه سازی معادله ‌های حاکم بر سامانه استفاده شد. تابع هدف برای بررسی درستی مدل، نرخ ویژه رشد این میکرو...

آنالیز موجک یکی از قدرتمندترین تبدیلات ریاضی در حوزه پردازشی و به ویژه پردازش سیگنال و تصویر است که امروزه کاربردهای فراوانی در تحلیل و پردازش سیگنال های صوتی، سیگنال های مغزی، تصویربرداری پزشکی، سی تی اسکن و همچنین در محاسبات عددی، فشرده سازی تصویر و غیره پیدا کرده است. مزیت این تبدیل، نسبت به تبدیل هایی مانند تبدیل فوریه، قابلیت بررسی سیگنال به صورت محلی است که آن را مکان یابی زمان– بسامد می ...

مدل سازی متابولیسم تولید شیر مبتنی بر بازسازی شبکه متابولیکی دخیل در تولید شیر، احتمالا می تواند  منجر به دیدگاهی سیستمی به این فرآیند پیچیده و درک بهتر آن گردد. این بازسازی با استفاده از اطلاعات ژنومی قابل دسترس گاو امکان پذیر است. در این پژوهش، شبکه متابولیتی درگیر در تولید شیر در گاو، بازسازی و آنالیز شده است. بدین منظور، ابتدا اطلاعات موجود در پایگاه داده­های ncbi ، uniprot ، kegg  و brenda...

مدل‌سازی متابولیسم تولید شیر مبتنی بر بازسازی شبکه متابولیکی دخیل در تولید شیر، احتمالا می تواند  منجر به دیدگاهی سیستمی به این فرآیند پیچیده و درک بهتر آن گردد. این بازسازی با استفاده از اطلاعات ژنومی قابل دسترس گاو امکان‌پذیر است. در این پژوهش، شبکه متابولیتی درگیر در تولید شیر در گاو، بازسازی و آنالیز شده است. بدین منظور، ابتدا اطلاعات موجود در پایگاه داده­های NCBI ، Uniprot ، KEGG  و Brenda...

گیاه ادریسی (Hydrangea macrophylla) گیاهی است که رنگ گل‌های آن در حضور آلومینیوم از صورتی به آبی تغییر می‌کند. از این رو می‌تواند به عنوان یک گیاه مدل برای شناسایی شبکه‌های متابولیکی درگیر در تشکیل رنگ آبی مورد بررسی قرار گیرد. در این تحقیق آنالیز پروفایل متابولیت‌ها با استفاده از کروماتوگرافی یونی جفت شده با اسپکترومتری جرمی (IC-MS/MS) و کروماتوگرافی مایع در فشار بالا (UPLC) به منظور بررسی شبک...