بهینه سازی روش arms-pcr به منظور بررسی دو هاپلوگروپ c3 و r1a1 در dna استخراج شده از خون انسان

جستجوی ژنولوژیکی، فرایند پیچیده ای می باشد که با استفاده از سوابق تاریخی و گهگاه آنالیز ژنتیکی، به اثبات خویشاوندی افراد می پردازد. از آنجا که ژنوم انسان، دارای بخشی از اطلاعات است که تقریبا بدون تغییر از نیاکان اولیه، نسل به نسل منتقل می شوند، از آنالیز همین بخش از dna به منظور جستجوهای ژنولوژیکی استفاده می شود. single nucleotide polymorphism یا snp ها، فراوانترین شکل از پلی مورفیسم های dna ای هستند که به عنوان نشانگرهای ژنتیکی ساده در بسیاری از هاپلوگروپ ها و تعیین اجداد جمعیت ها مورد استفاده قرار می گیرند. این ویژگی snp ها زمانی که با عدم وقوع نوترکیبی در ناحیه غیرنوترکیب کروموزوم y همراه شود (y-snp)، آن ها را به یک ابزار با ارزش در پیش بینی منشا نژادی و جغرافیایی نمونه های ناشناخته تبدیل می نماید. روش های متعددی برای بررسی snp ها وجود دارد. یکی از کارآمد ترین آن ها که در این پروژه نیز از آن استفاده شده است، روش arms-pcr می باشد. در این روش دو الل متفاوت از یک snp در طول انجام یک واکنش pcr، مورد بررسی قرار می گیرند. همچنین وقوع جهش های نقطه ای و یا جهش های حذف و اضافه کوچک نیز با این روش، قابل شناسایی می باشند. در مطالعه ی حاضر، به منظور بررسی کیفیت این روش در snp-typing، دو هاپلوگروپ c3 و r1a1 انتخاب شدند. بدین ترتیب که برای یافتن این دو هاپلوگروپ، از تعدادی نمونه مرد افغانی، ازبک و تاجیک، به عنوان کنترل مثبت و از نمونه مردان یمنی، به عنوان کنترل منفی، استفاده شد. پس از اطمینان از صحت فرضیه مورد نظر در انتخاب نمونه ها با استفاده از روش توالی یابی، روش arms-pcr بهینه سازی شده و نتایج، توسط الکتروفورز مورد تایید قرار گرفت. در پایان به منظور تایید بیشتر این روش، از تکنیک tetra-primer arms-pcr استفاده شد که صحت نتایج قبلی را کاملا تایید نمود.