روش های محاسباتی برای پیش بینی آلترناتیو اسپلایسینگ

آلترناتیو اسپلایسینگ فرآیندی است که به موجب آن چندین ایزوفورم mrna بالغ از یک mrna نابالغ ایجاد می شود. آلترناتیو اسپلایسینگ به صورت های مختلف دیده می شود که رایج ترین فرم آن کاست اگزون می باشد. مطالعات نشان داده اند که توالی های اطراف جایگاه های پیرایش بیشترین اطلاعات را در مورد فرآیند جهش اگزون فراهم می کنند. به این دلیل یک سری از اگزون های کاست و دائمی موش و انسان برای پیشگوئی اگزون های کاست مورد آنالیز قرار گرفتند. در این پژوهش برای مقایسه توالی های اطراف جایگاه های پیرایش از روش mutual information استفاده شد و مشاهده شد که جایگاه های متعلق به اگزون های کاست و دائمی با هم الگوی وابستگی متفاوتی نشان می دهند. در نهایت از این وابستگی برای پیشگوئی کاست اگزون استفاده شد. مقدار حساسیت و اختصاصیت حاصل از این پیشگوئی به ترتیب برابر 58 و 63 درصد بود. از این روش می توان برای پیشگوئی اگزون های کاست در ژن های مختلف استفاده کرد.