مطالعات نظری اتصال تعدادی از مهار کننده های جدید آنزیم آدنوزین دآمیناز به این آنزیم

آدنوزین دآمیناز (3.5.4.4 ec)، یک متالو آنزیم حاوی یون روی است. این آنزیم یک نقش کلیدی را در متابولیسم پورین و هیدرولیز غیر قابل برگشت آدنوزین و 2-دئوکسی آدنوزین به نوکلئوزید های اینوزین و آمونیاک، بازی می کند. درک برهمکنش آدنوزین دآمیناز با مهارکننده هایش برای ایجاد و توسعه نسل های آینده عوامل دارویی ضروری است. شبیه سازی های رایانه ای می توانند این برهمکنش ها را نشان دهند. در بررسی اخیر برهمکنش های بین 8 مهارکننده و آدنوزین دآمیناز توسط محاسبه انرژی های آزاد اتصال آنها مورد مطالعه قرار گرفت. ما از روش داکینگ و شبیه سازی دینامیک مولکولی به منظور بررسی قدرت اتصال این مهارکننده ها به آدنوزین دآمیناز استفاده کردیم. در مجموع 80 نانو ثانیه شبیه سازی دینامیک مولکولی برای مهارکننده های آزاد و 80 نانو ثانیه شبیه سازی دینامیک مولکولی برای کمپلکس های مهارکننده-آنزیم انجام شد. در پایان انرژی های آزاد اتصال مهارکننده های آدنوزین دآمیناز با استفاده از روش انرژی برهمکنش خطی مورد محاسبه قرار گرفتند. نتایج ما به طور واضح نشان دادند که برهمکنش های غیر قطبی نقش چشمگیری را در تعیین انرژی آزاد اتصال بازی می کنند. نتایج همچنین نشان دادند که جایگاه اتصال این مهارکننده ها یک پاکت هیدروفوب است که کاملا توسط ریشه های هیدروفوب احاطه شده است. ما همچنین دریافتیم که اتصال قویتر منجر به کاهش بیشتر سطح در دسترس حلال برای مهارکننده های قرار گرفته در کمپلکس مهارکننده-آنزیم می شود. همچنین مشخص شد که مهارکننده 9-((بنزیلوکسی) متیل 9-پورین-6-آمین با کمترین انرژی آزاد اتصال و بیشترین تعداد پیوند هیدروژنی در میان این مهارکننده ها قدرت اتصال بیشتری به آنزیم آدنوزین دآمیناز دارد و می تواند برای بررسی های دقیق تر مطالعات نظری و همچنین مطالعات تجربی مورد استفاده قرار گیرد.