بررسی الگوریتم های تولید شبکه های فیلوژنتیک

‏ بر اساس نظریه ی تکامل، همه ی موجودات زنده روی کره ی زمین با یکدیگر مرتبط بوده و از نیای مشترکی به وجود آمده ‏ند. یکی از پیشرفت های مهم در زیست شناسی تکاملی، طی چند دهه ی اخیر، یافتن روشی برای تعیین الگوی نیاکانی میان ‏جانداران است. این روش که فیلوژنتیک نام گرفته، امکان رد یابی تاریخ موجودات زنده را با دقت بیشتری فراهم نموده است. ‏مدل های مختلف درخت فیلوژنتیک معمولا تکامل تنها یک ژن برای موجودات را نشان داده است و پیشامد های پیچیده را ‏شامل نمی شودو از این رو شبکه های فیلوژنتیک معرفی می شوند. در این پایان نامه این شبکه ها معرفی و تقسیم بندی آنها ‏شرح داده می شود، سپس چندین روش مهم در تولید این شبکه ها بررسی می شود:‏neighbour-net، ‏mc-net، تجزیه ی ‏اسپلیت ، شبکه ی میانه، شبکه ی شبه میانه و شبکه ی اتصال میانه از جمله روش های هستند که شبکه های فیلوژنتیک بدون ‏ریشه تولید می کنند. همچنین چند روش برای تولید شبکه های ریشه دار سطح 1 و سطح 2 شرح داده شده است. در نهایت یک ‏روش جدید برای تولید شبکه های ریشه داراز روی مجموعه تریپلت های ورودی پیشنهاد شده است. الگوریتم پیشنهادی شامل ‏سه مرحله ی اصلی است: غربال اولیه ی تریپلت های ورودی و حذف تریپلت های ناسازگار، تولید درختی با بیشترین تریپلت ‏های ارضا شده ی ممکن از روی خروجی مرحله ی قبل و در نهایت ارضا کردن تریپلت های با قیمانده با اضافه کردن یال ‏های مناسب به درخت و تولید شبکه.‏