نقشه یابی مکان های ژنی کنترل کننده صفات کمی (qtls) مرتبط با کیفیت پخت و خوراک برنج(oryza sativa l.)

به منظور تجزیه ژنتیکی و شناسایی qtlهای کنترل کننده شاخص های مرتبط با کیفیت پخت و خوراک در برنج، از 144 لاین خویش آمیخته نوترکیب (f8، f9 و f10) حاصل از تلاقی دو رقم هاشمی (یک واریته محلی با کیفیت پخت و خوراک خوب) و نعمت (یک واریته اصلاح شده با کیفیت پخت و خوراک نامطلوب) در طی سال های 1388، 1389 و 1390 استفاده شد. برای بررسی چند شکلی بین والدین از تعداد 500 نشانگر ریزماهواره استفاده شد که از این تعداد، 178 نشانگر چند شکل بودند که برای تهیه نقشه پیوستگی جمعیت روی لاین های خویش آمیخته نوترکیب مورد بررسی قرار گرفتند. نقشه پیوستگی بر اساس 171 نشانگر ریزماهواره ترسیم شد که طول آن در حدود 1590 سانتی مورگان با میانگین فاصله 3/9 سانتی مورگان بین هر جفت نشانگر بود. در مجموع پنجاه و چهار qtl برای صفات مورد بررسی در طی سه سال با استفاده از روش مکان یابی فاصله ای مرکب فراگیر (icim) شناسایی گردید که از حداقل سه تا حداکثر هشت qtl کنترل هر صفت را بر عهده داشتند و برای هر کدام از صفات یک qtl در هر سه سال تکرار شد. علاوه بر آن 6 خوشه qtl برای صفات مورد بررسی مشاهده شد که دو خوشه qtl نزدیک به جایگاه ژن واکسی روی کروموزوم 6 قرار داشتند که شامل هفت qtl qac6a ،qhpv6b ، qhpv6d، qbdv6a، qcsv6b، qcpv6b و qpet6b بودند و به ترتیب صفات میزان آمیلوز، حداقل چسبندگی، فروریختگی چسبندگی، قوام چسبندگی، چسبندگی نهایی و مدت زمان تا حداکثر چسبندگی را کنترل کردند. یک خوشه qtl دیگر در نزدیکی جایگاه ژن آلکالین روی کروموزوم 6 شناسایی شد که شامل چهار qtl qgt6a، qcpv6a، qcsv6a و qsbv6 بودند و به ترتیب صفات درجه حرارت ژلاتینی شدن، چسبندگی نهایی، قوام چسبندگی و پس روی چسبندگی را کنترل کردند. qtl های دارای اثر افزایشی اصلی و اپیستازی با تجزیه qtl با مدل ترکیبی بر اساس مکان یابی فاصله ای مرکب (mcim) شناسایی شدند. در مجموع هیجده qtl دارای اثر افزایشی اصلی برای 10 صفت مورد بررسی بوسیله این روش شناسایی گردید که اغلب آنها روی کروموزوم 6 قرار داشتند و توسط روش icim در دو یا سه سال نیز شناسایی شده بودند. در برخی از qtl های شناسایی شده اثر متقابل qtl × محیط معنی دار بود. به طوری که تنوع فنوتیپی توجیه شده بوسیله این اثر متقابل برای هر صفت از 09/0 تا 14/8 متغییر بود. qtlهای دارای اثرات اپیستازی نیز در تمامی صفات مورد بررسی شناسایی گردید. بیشترین qtl های دارای اثرات اپیستازی در صفت پس روی چسبندگی شناسایی شد که توانستند 86/23 درصد از تنوع فنوتیپی این صفت را کنترل کنند. به طور کلی نتایج حاصل از این پژوهش نشان داد که اغلب صفات موثر در کیفیت پخت و خوراک برنج توسط نواحی ژن های واکسی و آلکالین روی کروموزوم 6 کنترل می شوند و از اینرو نشانگرهای همبسته با این دو جایگاه ژنی می توانند در برنامه های انتخاب به کمک نشانگرهای ملکولی (mas) مورد استفاده قرار گیرند. برای هر صفت حداقل یک qtl جدید که قبلا گزارش نشده بود، برای اولین بار در این تحقیق شناسایی شد.