بررسی تنوع میکروبی محیط اطراف معدن کرومیت فرومد در استان سمنان به روش متاژنومیکس

دانش تنوع زیستی با بررسی گوناگونی جمعیت های میکروبی، شناسایی آن ها و ارائه ی ذخیره ی ژنومی جدید امکانات مناسبی برای زیست فناوری فراهم می کند. علی رغم تعداد زیاد میکروارگانیسم ها دانش بشری تنها نسبت به بخش بسیار کمی از آن ها آگاهی دارد. چرا که شناسایی اکثریت آن ها به دلیل محدودیت های روش کلاسیک از جمله کندی و غیر قابل کشت بودن بسیاری از باکتری ها امکان پذیر نیست. معادن فلزی از جمله محیط های دارای شرایط سخت برای زندگی میکروارگانیسم ها می باشند و به همین دلیل منابع جذابی برای بررسی تنوع میکروبی موجود هستند. امروزه تاکسونومیک بر اساس تحلیل توالی های dna ژنومی وهمچنین توالی ژن 16s rrnaسریعتر و ارزانتربوده و تصویر نسبتاً کامل تری از اجتماعات میکروبی فراهم آورده و رابطه ی فیلوژنی بین آن ها را مشخص می سازد. از این رو در این پژوهش با استفاده از روش متاژنومیکس تنوع میکروبی محیط معدن کرومیت فرومد بررسی شد. پس از نمونه برداری از مناطق مختلف معدن و استخراج dna ، ژن 16s rrna با پرایمرهای مخصوص تکثیر و پس از کلونینگ محصول pcr در حامل پلاسمیدی، کتابخانه ی ژنی 16s rrna ساخته شد. کلون های حاوی dna خارجی بوسیله pcr غربال شدند. سپس 107 کلون (43?) بصورت تصادفی انتخاب و تعیین توالی شدند. از نظر فیلوژنتیک توالی های باکتری در جنس های thermosynechococcus , adhaeribacter ,cedecae ,rheinheimera ,phycisphaera polaromonas, curvibacter, aguabacterium, ralstonia, limnobacter, acidovorax bradyhizobium, runella, algoriphagus, sporocytophaga, rubrimanas, oscillatoria blastocatella , erythromicrobiom, pseudoxanthomonas, silanimonas, anaerobacillus, pseudomonas, georgfuchsia, opitutus, flavobacterium , sphaerobacter ,koribacter, delftia hydrogenophaga, arthrobacter, bosea, gemmatimonas, desulfotomaculum, و توالی های آرکی در جنس nitrososphaera قرار گرفتند. جنس های rheinheimera و cedecae غالب بودند. 27 سویه شباهت بالاتر از 98.7 درصد و 59 سویه شباهت کمتر از 98.7 درصد با سویه ی استاندارد ثبت شده داشتند که این 59 سویه می تواند معرف تاکسون های جدید باشند. بر اساس نتایج بدست آمده از این پژوهش باوجود فراوانی کم سویه های شناسایی شده محیط معدن کرومیت فرومد از تنوع میکروبی بالایی برخوردار می باشد.