ارزیابی تصحیح اثر لبه در عملکرد روش های blast و h-tuple با استفاده از منحنی roc

پایان نامه
چکیده

هم ترازی بهینه یک ابزار ضروری جهت شناسایی عملکرد یک توالی زیستی برای زیست شناسان است. از جمله ابزار هایی که این هم ترازی بهینه و معنی داری آماری آن را محاسبه می کنند می توان به روش های ‎‎‎‎blast‎‎ و ‎‎‎‎ h-‎tuple‎‎اشاره کرد. تصحیح اثر لبه‏، روشی در بهبود معنی داری آماری هم ترازی بهینه می باشد. تصحیح اثر لبه در روش ‎‎‎‎blast‎‎ بررسی شده است. ما در این پایان نامه‏، تصحیح اثر لبه و تاثیر آن بر روش ‎‎‎h-‎tuple‎‎‎‎‎‎ را بررسی کرده و آن را با روش ‎‎‎‎blast‎‎‏، با استفاده از منحنی ‎roc‎‎‎‏، بر روی داده های واقعی مقایسه می کنیم. نتایج حاصل نشان می دهد که تصحیح اثر لبه کارایی هر دو روش را افزایش می دهد. همچنین روش ‎h-‎tuple‎‎ با تصحیح اثر لبه و بدون آن از روش ‎‎‎‎blast‎‎ کاراتر می باشد.

منابع مشابه

ارزیابی عملکرد روش های blast و h-tuple در مقایسه توالی های زیستی با استفاده از منحنی roc.

‎نمودار ‎‎مشخصه عملکرد سیستم roc)‎) با‎ ‎توجه‎ به عملکرد درست و اشتباه سیستم ‏(روش یا دسته بندی کننده)، کارایی ‎‎آن را ‎‎‎‎‎‎‎ نشان می ‎‎دهد. عملکرد درست و اشتباه سیستم‏‎‏، با توجه به وضعیت مشاهدات در واقعیت و پیش بینی که سیستم برای مشاهدات انجام می دهد بدست می آید. پس با توجه به وضعیت مشاهدات در واقعیت و وضعیتی که دسته بندی کننده پیش بینی می کند یک جدول 2×2 می سازیم. از این جدول دو نسبت مثبت د...

ارزیابی عملکرد روش های ‎‎dali ‎,‎blast ‎,‎ ‎h-tuple و ‎ ‎‎smith-waterman‎‎‎ ‎در مقایسه توالی‎ های زیستی با استفاده از ‎منحنی ‎$roc$‎

مقایسه‎‎ توالی های پروتئین ابزار مهمی است که می تواند باعث تشخیص عملکرد توالی ها و در نهایت منجر به طبقه بندی آنها گردد. این مقایسه ها می توانند از طریق ساختار و یا از طریق توالی پروتئین ها انجام پذیرند.‎‎ هم ترازی ساختاری‏، ابزار با ارزشی برای مقایسه پروتئین هایی با عملکرد مشابه است که از لحاظ توالی شباهت کمتری دارند و عملکرد آنها به آسانی به وسیله تکنیک های استاندارد هم تراز‎‎ی توالی کشف نمی...

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

متن کامل

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

متن کامل

ارزیابی خطاهای انسانی در ‏حرفه پرستاری بخش مراقبت‏های ویژه‏ قلب با استفاده از روش SPAR-H

Background: Quality and safety are two major concerns in the medical professions. According to irreparable consequences arising from human errors in the intensive care unit, the safety level in these sectors is very important. This study aimed to evaluate the human errors in the intensive cardiac care unit nurses. Methods: This research was a qualitative study, conducted by SPAR-H method. In th...

متن کامل

اثر چشمه میکروترمورها در تعیین مشخصات ساختگاهی با استفاده از روش H/V

در این مقاله تابع بزرگ‌نمایی ساختگاه در 10 ایستگاه شتاب‌نگاری متعلق به شبکه شتاب‌نگاری سازمان پیشگیری و مدیریت بحران شهر تهران    در گسترده شهر تهران تعیین شده است.  بدین منظور از ثبت نوفه‌های پیوسته در 40 روز متوالی و تحلیل آنها به روش نسبت طیفی مولفه‌‌های افقی به قائم (H/V)، استفاده شده است. نتایج به‌دست آمده نشان‌دهنده حساسیت تابع‌های بزرگ‌نمایی ساختگاه به میزان و منشأ نوفه صنعتی بوده است. ا...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


نوع سند: پایان نامه

وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه مازندران - دانشکده علوم ریاضی

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023