تعیین ترادف کامل ژنوم، بررسی دینامیسم جمعیتهای ویروس m سیب زمینی در ایران و اجرای اصول کخ با ساخت همسانه عفونت زا

ویروس m سیب زمینی (potato virus m- pvm) متعلق به جنس carlavirus از خانواده betaflexiviridae است. پیکره های ویروس رشته ای و دارای یک قطعه آر.ان.ای تک لای مثبت به اندازه 5/8 کیلو باز و شش چهارچوب ژنی است. میزبان اصلی ویروس سیب زمینی و دارای گسترش جهانی است. به منظور تعیین تنوع ژنهای پروتئین پوششی و پروتئین p11 (چارچوب ژنی ششم) در جدایه های ایرانی ویروس pvmاز مزارع سیب زمینی در استانهای خراسان رضوی، خراسان شمالی، کرمان، فارس، اصفهان و همدان نمونه برداری شد. شناسایی گیاهان آلوده به pvm با استفاده از آزمون الیزای مستقیم انجام شد. آر.ان.ای کل از گیاهان آلوده استخراج و در واکنش زنجیره ای پلیمراز با استفاده از آغازگرهای اختصاصی، طول کامل پروتئین پوششی و پروتئین p11 ویروس m تکثیر شد. قطعات تکثیر شده پس از همسانه سازی، تعیین توالی و آنالیز توالیها به ترتیب در 30 و 16جدایه انجام شد. نتایج بررسی blast نشان داد که قطعات 915 و 398 جفت بازی تکثیر شده در واکنش زنجیره ای پلی مراز به ترتیب ترادف کامل ژن پروتئین پوششی و p11 ویروس m سیب زمینی است. میزان شباهت این دو ژن در جدایه های ایرانی ویروس m سیب زمینی با جدایه های بانک ژن 98-74 درصد در سطح نوکلئوتیدی و 99-83 درصد در سطح آمینواسیدی بود. در آنالیز فیلوژنی، جدایه های pvm در دو گروه pvm-o شامل جدایه های خراسان شمالی و رضوی و برخی از جدایه های کرمان همراه با جدایه های آمریکای شمالی و pvm-d شامل جدایه های همدان، اصفهان و کرمان با جدایه های اروپایی دسته بندی شدند. در هر گروه شباهت بین اعضاء 100-81 درصد و شباهت بین گروهی 76-74 درصد بود. آنالیزها بر روی توالیهای این دو ژن نشان داد که موتاسیون و موقعیت جغرافیایی، فاکتورهایی موثر در تنوع جدایه های pvm هستند. از سوی دیگر فشار انتخاب منفی نیز تنوع و تکامل این ویروس را هدایت کرده و تغییرات ژنتیکی ایجاد شده را در جمعیت، پایدار می کند. طول کامل ژنوم جدایه ایرانی pvm با آغازگرهای اختصاصی تکثیر و تعیین ترادف ژنوم کامل ویروس pvmبه روش primer walking انجام شد و با رس شمار jx678982 در بانک ژن ثبت گردید. ژنوم کامل جدایه ایرانی pvm با جدایه های موجود در بانک ژن 7/96-1/93 در سطح نوکلئوتیدی شباهت داشت. این جدایه ارتباط نزدیکی با جدایه های آلمان [eu604672] و روسیه [d14449] داشت. ژنوم کامل pvm در ناقل دوگانه pbi 121 تحت کنترل پیشبر 35s ویروس موزائیک گل کلم (camv) قرار گرفت و سازه حاصل به روش agroinoculation به گیاهان سیب زمینی، گوجه فرنگی و توتون مایه زنی شد. 20 روز پس از مایه زنی و بروز علایم در گیاهان، ردیابی ویروس با استفاده از آغازگرهای اختصاصی pvm انجام شد.