بررسی الگو عملکردی سکانسی و ساختاری پپتیدهای ضدسرطان اندوستاتین جهت طراحی یک پپتید جدید با کارایی عملکردی بالا

مطالعه ساختار و دینامیک ماکرو مولکولها و ارتباط آن با عملکردشان از حوزههای مهم بیوفیزیک مدرن است . این اطلاعات در حوزههای مختلفی که مهمترین آن مهندسی بیولوژیک و بیوتکنولوژی است، میتواند راهگشا باشد . دراینبین بررسی نحوه رفتار ماکرو مولکولها در اندرکنش یکدیگر و مکانیسم انتقال سیگنال از طریق گیرندههای غشایی از بخشهای مهم این حوزه است . اینتگرین پروتئین غشایی با نقشهای متعدد در انتقال سیگنالهای سلولی است . اینتگرین در طی انتقال سیگنال و فعالسازی متحمل تغییرات ساختاری وسیعی میشود . اینتگرین در حالت غیرفعال در حالت غیرمتصل بوده و در طی فعالسازی به حالت باز درخواهد آمد . اینتگرین در مسیرهای متعددی نظیر رگ زایی، مهاجرت سلولی و بسیاری از موارد دیگر بهعنوان گیرنده عمل میکند . گزارش شده برخی پپتیدها مشتق شده از پروتئینهای ماتریکس خارج سلولی از طریق اتصال به اینتگرین α5β3 منجر به مهار رگ زایی میشوند . مطالعات بر روی پپتیدهای مشتق شده از پروتئینهای تومستاتین و اندوستاتین از فعالیت بالای رگ زایی این پپتیدها حکایت میکند . پپتیدهای مورد بررسی دارای ساختار مشترک سنجاق سر بوده و همچنین دارای درصد بالایی آمینواسیدهای هیدروفوب و باردار هستند . جایگاه اتصال پپتیدهای موردبررسی متفاوت با جایگاه اتصال rgd هست . این جایگاه اتصال در بین دمین های egf-4 ، βtd ، βa قرار دارد . نتایج حاصل از مطالعه حرکات دمینی توسط smd و coarse grained نشان میدهد پپتیدهای مهارکننده از طریق تقویت اندرکنشها در جایگاه اتصال بین دمین های متحرک و ثابت موجب حفظ حالت باز شده میشود . همچنین پپتید mp3 مشتق از اندوستاتین به عنوان یک پپتید فعال کننده از طریق اتصال با دمین های ثابت موجب آزادی دمین متحرک hybrid و فعالسازی گیرنده اینتگرین میشود . این یافته ها در طراحی داروهای مهارکننده اینتگرین اهمیت بالایی دارد.