آنالیز بیوانفورماتیکی ژن igf-1 در چندین گونه ی مختلف

در سالهای اخ?ر مطالعه ی ژنهای کاند?دا ?عن? ژن های توال??اب? شده ای که فعال?ت ب?ولوژ?ک? آن ها شناخته شده است و در تکامل ?ا ف?ز?ولوژی صفات مورد نظر دخالت دارند، توسط تعداد ز?ادی از محقق?ن مورد توجه بوده است. فاکتور رشد شبه انسولین نوع ? یا همان سوماتومدین c بیشتر در کبد و دیگر بافت ها تحت تاثیر هورمون رشد سنتز می شود. این ژن در رشد و نمو سلول ها و بسیاری از فرآیند های فیزیولوژیک بدن مانند تولید مثل و سیستم ایمنی نقش مهمی دارد. ژن (igf1) به عنوان یک ژن کاندیدای مهم در بررسی صفات رشد و تولید گوشت مطرح است. هم اکنون تحقیقات بیشتر در زمینه یافتن snp یا هر ناحیه پلی مورفیسم دیگر از ژن igf1 در گونه های مختلف و به منظور بررسی دقیق تر رابطه این ژن با صفات مهم اقتصادی در حال انجام است. با توجه به نقش کلیدی این ژن در تکثیر سلول ها و رشد حیوانات، در پژوهش حاضر چند شکلی های اگزون سوم این ژن مورد بررسی قرار گرفت. از 5 رأس گوسفندان نژادهای مهربان، قره گل، قزل، لک قشقایی و بهمئی برای انجام این پژوهش استفاده شد. پس از استخراج dna و انجام واکنش زنجیره ای پلی مراز (pcr) برای تکثیر اگزون سوم این ژن، انجام گرفت. نمونه های تکثیر شده جهت تعیین توالی به شرکت سینا کلون ارسال شدند. نتایج حاصل از مقایسه هم ترازی توالی های dna در 5 نژاد مورد مطالعه با توالی مرجع در سایتncbi ، دو snp را در نواحی اینترون 2 و 3 اطراف این اگزون نشان داد. همچنین هیچ گونه تفاوتی در توالی کدکننده پروتئین مشاهده نشد و این نتیجه بیانگر این می باشد که توالی کدکننده این ژن در نواحی اگزون سوم به شدت در طول تکامل حفظ شده است. بیوانفورماتیک یا داده پردازی زیستی در واقع دانش آنالیز و مطالعه توالی های زیستی با استفاده از الگوریتم های ریاضی و همچنین برنامه های رایانه ای می باشد. در بخش بیوانفورماتیک این پژوهش توالی های نوکلئوتیدی و پروتئینی ژن igf1 در گونه ی گوسفند و ?3 گونه ی دیگر مورد بررسی قرار گرفتند. آنالیز بیوانفورماتیکی ژن igf1، اطلاعات ژنتیکی ناشی از این ژن و یک سری داده های بیوانفورماتیکی را در ارتباط با شناخت هر چه بیشتر و دقیق تر این ژن برای دست یابی های ژنتیکی در اختیار پژوهشگران قرار خواهد داد. آنالیز هم ترازی، فیلوژنی، بررسی تنوع در طول ناحیه کد کننده و تنوع در کدون پایانی، همچنین تعداد هاپلوتیپ و تنوع هاپلوتیپی، تنوع نوکلئوتیدی این گونه ها با استفاده از نرم افزارهای bio edit،mega وdna sp انجام گرفت. تنوع در کدون های پایانی موجود در این ژن نشان داد که این کدون ها شامل taaو tag می باشد. در بین گونه های مورد بررسی انسان بیشترین تنوع نوکلئوتیدی و هاپلوتیپی را نسبت به سایر گونه ها داشت. بررسی درخت فیلوژنی ترسیم شده نشان داد که گونه های حیوانات اهلی قرابت بیشتری نسبت به سایر گونه ها