جستجوی ایندلهادر ژنوم بلدرچین ژاپنی

چکیده: بلدرچین ژاپنی در رده بندی جانوری متعلق به راسته گالیفورم و خانواده فاسیانیده است که علاوه بر تولید گوشت و تخم به عنوان یک حیوان آزمایشگاهی مورد توجه قرار گرفته است. جهش های ایندلی یکی از منابع مهم تغییرات تکاملی در سطوح مولکولی می باشند. هدف از این پژوهش جستجوی ایندل ها در بخشی از ژنوم بلدرچین می باشد. در این پژوهش با استفاده از نرم افزار clc genomic workbench 7.5 با دنوو اسمبل dna بخشی از ژنوم 78 نمونه بلدرچین ژاپنی توالی مرجع در حدود 6/8 مگا باز با کانتیگ های منحصر به فرد 95 بازی ایجاد شد. سپس تک تک نمونه ها با این توالی مرجع نقشه یابی شدند که بطور متوسط در حدود 51 درصد خوانش های نمونه ها با توالی مرجع همتراز و 49 درصد باقی مانده عدم همترازی را نشان دادند که در نهایت 1046 ایندل شناسایی شد که از این میان حدود 75 درصد و 25 درصد به ترتیب به جهش های الحاقی و حذفی تعلق داشت که درصد بالایی از ایندل ها در محدوده 16-1 جفت بازی قرار داشتند. فراوانی هموزیگوتی و هتروزیگوتی در کل ایندل ها به ترتیب با تعداد 67% و 33% ایندل شناسایی شد که در بین آنها جهش های الحاقی با طول 1 باز بیشترین فراوانی را به خود اختصاص داده اند. تعداد 141 ایندل دارای توالی تکراری بود که بیشترین فراوانی ایندل ها با توالی تکرار شونده در محدوده طول 6-1 جفت باز قرار داشتند هم چنین بیشترین فراوانی نوکلئوتیدی در ایندل های یافت شده در مناطق تکرار شونده و غیر تکراری به باز آدنین تعلق داشت. از سوی دیگر نسبت فراوانی نوکلئوتیدی (a+t) به (g+c) در ایندل های یافت شده در مناطق تکراری و غیر تکرار شونده 53 به 47 درصد مشاهده شد. که بالاترین تنوع نوکلئوتیدی در جهش های الحاقی جای داشت. در نهایت به ازای هر 2/8 کیلو باز از ژنوم بلدرچین یک ایندل (2/8 kbp/id =) و احتمال وقوع یک ایندل در هر جفت باز از توالی 0001/0 ( 4-10× 21/1= ide/bp) مشاهده شد. واژه های کلیدی: دی ان ای بلدرچین، جهش الحاقی، جهش حذفی و .clc genomics workbench