در این تحقیق، ژنومی متشکل از 1 کروموزوم به طول 100 سانتی مورگان به کمک نرم افزار visual basic شبیه سازی شد. جهت بررسی تاثیر افزایش تراکم نشانگری بر کاهش صحت برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی، از تعداد متفاوت نشانگر با تراکم مختلف (100 نشانگر با فواصل یکسان 1 سانتی مورگان، 200 نشانگر با فواصل یکسان 5/0 سانتی مورگان و 1000 نشانگر با فواصل یکسان 1/0 سانتی مورگان) شبیه سازی شد. 10 مکان صفت کمّی یا qtl که به طور تصادفی بر روی کروموزوم پراکنده شده بودند، شبیه سازی شد. جمعیتی با اندازه موثر 100 فرد (50 نر و 50 ماده) شبیه سازی شد. این ساختار جمعیتی برای 50 نسل با آمیزش تصادفی ادامه یافت تا عدم تعادل پیوستگی مورد نظر بین نشانگرها و qtl ها بوجود آید. بعد از 50 نسل آمیزش تصادفی، اندازه جمعیت به تعداد 500 فرد (250 نر و 250 ماده) در نسل 51 گسترش یافت. این اندازه جمعیت برای 12 نسل بعدی (تا نسل 63) ثابت ماند. دو صفت با وراثت پذیری 5/0 و 1/0 در نظر گرفته شد. نتایج این تحقیق نشان داد که عواملی نظیر تعداد نشانگرها، تراکم نشانگرها و وراثت پذیری صفت بر صحت برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی موثر هستند. نتایج نشان داد که هرچه تعداد نشانگرها کمتر، تراکم آنها بیشتر و میزان وراثت پذیری صفت بیشتر باشد، صحت برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی نیز بیشتر است. افزایش تراکم نشانگری با افزایش تعداد نشانگرها همراه است. نتایج نشان داد که تاثیر تراکم نشانگری از تاثیر تعداد نشانگرها بیشتر است، بطوریکه افزایش تراکم نشانگرها به همراه افزایش تعداد نشانگرها سبب افزایش صحت برآورد ارزش های ژنومی می شود. همچنین نتایج نشان دادند که افزایش تراکم نشانگری تا حد زیادی اثرات منفی نوترکیبی را با گذشت نسل ها از زمان برآورد اثرات نشانگری کاهش داده و در نتیجه سرعت کاهش صحت برآورد ها را کم می نماید. با توجه به این نتایج می توان پیشنهاد نمود که از افزایش تراکم نشانگرها می توان جهت تعدیل اثرات منفی نوترکیبی بر صحت برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی استفاده نمود.