به منظور مطالعه ژنتیکی جمعیت های گل خورک ماهیperiophthalmus waltoni در مناطق هندیجان و خورزنگی و دلوار با استفاده از روش مولکولی rapd، تعداد 69 نمونه گل خورک از گونه غالب موجود در منطقه (periophthalmus waltoni ) جمع آوری شد. مقداری از بافت باله جدا و پس از فیکس کردن در الکل اتانول 96 درصد به آزمایشگاه مرکز مطالعات خلیج فارس در دانشگاه خلیج فارس بوشهر منتقل شد. dna ژنومی نمونه ها به روش استات آمونیوم استخراج گردید و کمیت و کیفیت dna استخراجی با استفاده از روش اسپکتروفتومتر و الکتروفورز روی ژل آگارز 1 درصد و رنگ آمیزی توسط اتیدیوم بروماید مورد بررسی قرار گرفت. واکنش زنجیره ای پلیمراز ( pcr ) با استفاده از 6 پرایمر rapd صورت گرفت. محصولات تکثیر شده با استفاده از ژل پلی اکریل آمید 3% الکتروفورز و با نیترات نقره رنگ آمیزی شدند. و با استفاده از نرم افزار ژنتیکی genealex و popgene مقادیر مربوط به تنوع ژنتیکی، شاخص شانون، میزان شباهت، فاصله ژنتیکی بر اساس nei’s ( 1972 )، جریان ژنی و تنوع ژنتیکی بر اساس تست amova در سطح خطای 01/0 مورد محاسبه قرار گرفت. نتایج بدست آمده از این بررسی نشان داد که تعداد کل باند های تولید شده 59 باند می باشد که دامنه تعداد باندها بین 5تا 17 باند با میانگین11 باند برای هر پرایمر بدست آمد. درصد باندهای پلی مورفیسمی در جمعیت هندیجان.86.44 % بود در حالی که درصد باندهای پلی مورفیسم در منطقه خور زنگی 66.10/0و در منطقه دلوار74.58% بود و میانگین باندهای پلی مورفیسم در سه جمعیت 71/75 % می باشد. بر اساس داده های فراوانی آللی، مجموعا 9 آلل اختصاصی یافت شد که 5 تا از آن در نمونه های منطقه هندیجان و 3 تا از آن در منطقه دلوار و 1عدد در منطقه خورزنگی مشاهده شد. میانگین میزان تنوع ژنتیکی در جمعیت هندیجان2509/0 با انحراف معیار1668/0 می باشد. در حالیکه مقدار آن در منطقه خور زنگی1815/0 با انحراف معیار1745/0می باشد و .در منطقه دلوار2267 /0 با انحراف معیار1743/0می باشد. با استفاده از نرم افزار popgene میانگین شاخص اطلاعات شانون برای جمعیت هندیجان و خورزنگی و دلوار محاسبه شد که برای هندیجان برابر با 3887/0با انحراف معیار2313/0و برای منطقه خورزنگی برابر با 2860/0با انحراف معیار 2501/0و برای منطقه دلوار برابربا 3509/0با انحراف معیار 2480/0بود.در حالی که میانگین شاخص شانون محاسبه شده برای این سه جمعیت برابر با 4230/0 بود در این بررسی میزان gst بین جمعیت هندیجان و خور زنگی 260/0وبین هندیجان دلوار 204/0و بین جمعیت خور زنگی و دلوار 195/0می باشد. میزانnm بین جمعیت هندیجان و خورزنگی 687/0میزان آن بین جمعیت هندیجان و دلوار 974/0وبین خورزنگی ودلوار 033/1می باشد. ماتریس فواصل و شباهت ژنتیکی با استفاده از معیار فاصله ژنتیکی (1972) nei و بوسیله نرم افزارgene alex محاسبه شد که بر اساس این مشاهدات میزان شباهت ژنتیکی بین دو جمعیت هندیجان و خورزنگی 833/0 در حالیکه میزان شباهت بین هندیجان و دلوار 901/0 و میزان شباهت بین دلوار و خورزنگی 924/0 می باشد.میزان تفاوت ژنتیکی بین دو منطقه هندیجان و خورزنگی 125/0 و میزان تفاوت ژنتیکی بین هندیجان و دلوار 104/0 و میزان تفاوت بین دلوار و خورزنگی079/0می باشد. بر اساس تست amova و در سطح احتمال خطای 01/0 میزان تنوع ژنتیکی بین جمعیت ها و در داخل جمعیت ها مورد بررسی قرار گرفت که میزان تنوع و اختلاف ژنتیکی در سطح معنی داری 01/0 بین سه جمعیت هندیجان و خورزنگی و دلوار برابر با 26% و میزان تنوع و اختلاف در داخل جمعیتها در سطح معنی داری01 /0 برابر با 74 % بود. نتایج این بررسی نشان داد که سه جمعیت مورد بررسی از هم جدا و در واقع سه جمعیت مجزا و متعلق به دو کلاستر می باشند.