روش های اسپکتروسکوپی شامل اسپکتروسکوپی ماورائ بنفش و مرئی، اسپکتروفلوریمتری و دورنگ نمایی دورانی؛ وهمچنین روش های ولتامتری برای بررسی برهمکنش بین dna و آلیزارین قرمز مورد استفاده قرار گرفته اند. این بررسی ها درون محلول بافر تریس هیدروژن کلرید ( 4/7= ph ) صورت گرفته است. نتایج نشان می دهد که آلیزارین قرمز می تواند به درون ساختار دوتایی پیچیده ی dna نفوذ کرده و پیوند بین رشته ای تشکیل دهد. روش ولتامتری چرخه ای نشان داد که هر دو جریان آندی و کاتدی مربوط به آلیزارین قرمز با افزایش dna به محلول حاوی این ترکیب کاهش می یابند وهم چنین پتانسیل های دماغه آن به پتانسیل های مثبت تر جابه جا می گردد. همچنین با استفاده از این روش ثابت تشکیل کمپلکس بین این ترکیب با dna در حدود 104×(1/23 ±)4/23 به دست آمد. اسپکتروسکوپی ماورائ بنفش و مرئی دو تغییر مهم که ناشی از افزایش dna به محلول حاوی آلیزارین قرمز بود را نشان داد که شامل تغییر در ضریب جذب آلیزارین قرمز در طول موج های 423 و 333 نانومتر، و13 نانومتر انتقال به طول موج های بلند تر می باشند. چنین وقایعی شواهدی بر تشکیل کمپلکس بین آلیزارین قرمز با dnaمی باشند. به علاوه، روش دورنگ نمایی دورانی برای نشان دادن تغییر در خصوصیات طیفی این کمپلکس در محیط آبی به کار گرفته شد. این آزمایش نشان داد که برهمکنش بین این دو ترکیب به طور عمده از طریق پیوند بین رشته ای می باشد. همچنین، برهمکنش رقابتی بین dna با آلیزارین قرمز از طریق طیف بینی فلوئورسانس نشری و با به کارگیری کاوش گر فلوئورسانس اتیدیم بروماید در محیط بافر تریس هیدروژن کلرید (7/4 =ph) بررسی شد. نتایج نشان داد که آلیزارین قرمز s می تواند با dna پیوند بین رشته ای تشکیل دهد.