مدل های مارکوف پنهان به طور هم زمان دو فرآیند مارکوف را مدل بندی می کنند که یکی فرآیندی پنهان و مشاهده نشده و دیگری فرآیند مشاهده شده است. در رابطه با این مدل ها سه مسآله مطرح است که به ترتیب ارزیابی مدل، آنالیز مسیر و برآورد پارامترها است. که در این پایان نامه برای هر یک راه حل هایی ارایه می دهیم و برآورد پارامترها را به شیوه بیزی به دست می آوریم.