امروزه نشانگرهای مولکولی نقش عمده و ویژه ای را در صنعت دامپروری بازی می نمایند. در این میان ریزماهواره ها یکی از پرکاربردترین نشانگرهای ژنتیک مولکولی برای شناسایی چند شکلی و تعیین ساختار ژنتیکی در داخل و بین جمعیت ها به حساب می آیند. علاوه بر این، در مطالعات همبستگی بین جایگاه های مختلف ژنی با صفات مهم تولیدی نیز نشانگرهای ریزماهواره ای بسیار مفید می باشند. هدف از این تحقیق آنالیز ژنتیکی چندشکلی جایگاههای qtl موثر بر صفات تولیدی شیر روی کروموزومهای 1، 6، 7 و 20 در گاو هلشتاین با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره ای بوده است. برای این منظور از 156 راس گاو شیری هلشتاین در مزرعه نمونه آستان قدس رضوی که حداقل دارای یک سال رکورد تولید شیر بوده اند، به صورت تصادفی خون گیری به عمل آمد. پس از استخراج dna به روش نمکی بهینه یافته، تکثیر جایگاه های مورد نظر توسط آغازگرهای اختصاصی و با استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr) صورت گرفت. تکثیر قطعات در نمونه های جمع آوری شده با استفاده از ده نشانگر ریزماهواره ای شامل agla29، ilsts72، bm5004 (کروموزوم 20)، bms1979، ilsts006 (کروموزوم 7)، fbn13، ilsts97، bm143 (کروموزوم 6)، bm1824، bm4307 (کروموزوم 1) انجام شد. محصولات pcr مرتبط به هر نشانگر روی ژل پلی اکریل آمید 8-6 درصد الکتروفورز و سپس ژنوتیپ هر یک از نمونه ها با استفاده از رنگ آمیزی نیترات نقره تعیین گردید. وفور آللی و ژنوتیپی برای هر یک از نشانگرها با شمارش مستقیم آلل ها برآورد و از مدل خطی ساده برای محاسبه اثر آن ها بر صفات تولیدی شیر (میانگین تولید شیر، میانگین تولید چربی، میاگین تولید پروتئین) و نیز میانگین سلول های سوماتیک شیر در شکم زایش های مختلف استفاده شد. تعداد آلل ها در هر یک از نشانگرها به ترتیب 4، 4، 6 (کروموزوم 20)، 4، 4 (کروموزوم 7)، 6، 4، 6 (کروموزوم 6)، 5 و 5 (کروموزوم 1) و با شاخص چند شکلی به ترتیب 651/0، 479/0، 597/0، 535/0، 637/0، 665/0، 635/0، 710/0، 636/0 و 572/0 برای هر یک از نشانگرها برآورد گردید. نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل داده ها وجود اثر qtl در تمامی جایگاهها به جز نشانگر ilsts006 بر صفات تولید شیر در جمعیت مورد مطالعه را نشان داده است. در ضمن، از 10 نشانگر ریزماهواره مورد مطالعه در این تحقیق، 7 نشانگر شامل bm4307، bm1824، bm143، ilsts97، fbn13، agla29 و bm1979 اثر معنی دار بر تعداد سلولهای سوماتیک شیر داشته اند.