نام پژوهشگر: رضا صفرعلیزاده

مهار اختصاصی واکنشهای آلرژیک با واسطه igeبا استفاده از sirna علیه fc?ri? در رده سلولی ماست سل
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1389
  رضا صفرعلیزاده   مصطفی معین

fc?ri، گیرنده با تمایل بالای ige، نقش مهم و مرکزی در شروع واکنشهای آلرژیک بازی می کند. اتصال متقاطع گیرنده ها با آنتی بادیهای ige متصل به آنتی ژن موجب دگرانوله شدن و آزادسازی واسطه های آلرژیک می شود. fc?ri روی ماست سلها از سه زیرواحد تشکیل شده است. زیرواحد ? مستقیم به ige متصل شده و زیر واحد? همراه با زیرواحد دایمر ? نقش انتقال پیام دارند. در این مطالعه سعی شده است به بررسی اثرات sirna fc?r? روی فعالیت سلولهای ماست سل mc/9 تحریک شده با آنتی ژن پرداخته شود. سلولهای mc/9 با sirna های انتخابی و کنترل ترانسفکت شدند. بعد از 6 ساعت با anti-dnp (dinitrophenyl) ige حساس شده و سپس برای القاء دگرانوله شدن، در معرض آنتی ژن dnp-has قرار گرفتند. برای بررسی مقدار بیان mrna و پروتئین زیرواحد ? به ترتیب از روشهای real time pcr و western blot استفاده گردید. همچنین برای بررسی بیان سطح سلولی این زیرواحد از فلوسایتومتری و میزان ترشح هیستامین و بتاهگزوزآمینیداز به ترتیب از روشهای elisa و اسپکتروفتومتری استفاده شد. سلولهای تیمار داده شده با sirnaهای انتخابی کاهش معنی داری در میزان بیان mrna و پروتئین زیرواحد ? در مقایسه با سلولهای کنترل نشان دادند. همچنین ترشح هیستامین و بتاهگزوزآمینیداز را بطور معنی داری مهار کردند. در این مطالعه نشان داده شد که fc?r? sirna می تواند بیان زیرواحد ? را متوقف کند و از آزادسازی هیستامین و دگرانوله شدن سلولهای mc/9 جلوگیری کند. نتیجه اینکه کاهش بیان زیرواحد ? می تواند یک روش امیدبخش در مهار واکنشهای آلرژیک در ماست سلها گردد.

بررسی ارتباط آلل های d1,d2 ژن vaca هلیکوباکتر پیلوری با آدنوکارسینومای معده
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تبریز - دانشکده علوم طبیعی 1392
  زینب بصیری داشکسن   مرتضی جبارپور بنیادی

زمینه تحقیق: سرطان معده (با90% آدنوکارسینوما)، چهارمین سرطان شایع دنیا و دومین علت مرگ ومیر (سالیانه 700000 نفر) در اثر سرطان می باشد. بعد از اینکه آژانس بین المللی تحقیقات در سرطان، در سال 1994 عفونت hp را در رده ی اول سرطان زاها قرار داد، آدنوکارسینومای معده یک نوع بیماری عفونی در نظر گرفته شد. در میان سویه های متفاوت هلیکوباکترپیلوری تنوع ژنتیکی وجود دارد. بنابراین تشخیص سویه هایی که باعث افزایش سرطان معده می شوند ضروری می باشد. هلیکوباکترپیلوری از فاکتورهای بیماریزایی گسترده ای جهت غلبه بر مکانیسم های دفاعی میزبان استفاده می کند. چنانچه نشان داده شده است این فاکتورها نقش مهمی در تعیین بیماریزایی هلیکوباکترپیلوری دارند. یکی از فاکتورهای مستقل هلیکوباکترپیلوری که منجر به افزایش بیماری می شود، سیتوتوکسین واکوئله کننده (vaca) می باشد که پروتئین vaca سمی ترشحی را کد می کند. تنوع در میزان سمیت این پروتئین به تنوع اللی در سه ناحیه موجود در ژن vaca نسبت داده می شود: ناحیه پپتید نشانه (s)، میانی (m) و حدواسط (i) که هر کدام دارای دو آلل مختلف شامل s1,s2، m1,m2 و i1,i2 می باشند. مطالعه ای اخیرا نشان داده ناحیه چهارم و مرتبط با ایجاد بیماری ها ناحیه ای حذفی d می باشد که بین دو ناحیه i و m واقع شده است. ناحیه d می تواند به دو زیر واحد d1 (بدون حذف) که به عنوان ریسک فاکتور سرطان معده در سویه های غربی شناخته شده، و d2 (با حذف 69 تا 81 جفت باز) تقسیم شود. هدف: آیا آلل d1 ژن vaca می تواند به عنوان نشانگر آدنوکارسینومای معده و بیماری زخم پپتیک در بیماران مراجعه کننده به بیمارستان امام رضا (ع) در نظر گرفته شود؟ روش: نمونه های بیوپسی از ناحیه آنتروم 115 بیمار با بیماریهای مختلف معده-دوازدهه جمع آوری شد (هیچ یک از بیماران حداقل سه ماه قبل آندوسکوپی از داروهای ضدالتهابی غیراستروئیدی یا داروهای استروئیدی استفاده نکرده بودند). بر اساس بررسی های بافت شناسی و یافته های آندوسکوپی از 115 بیمار، 16 بیمار دارای زخم پپتیک، 65 بیمار دارای التهاب (افرادی که دچار زخم پپتیک و بدخیمی معده نبودند) و 34 نفر دارای سرطان معده بودند. از 34 فرد سرطانی، 30 فرد دارای آدنوکارسینومای معده بودند که از این 30 نفر، 27 نفر دارای آدنوکارسینومای نوع روده ای و 3 نفر دارای آدنوکارسینومای نوع منتشر بودند. ژنوتیپ ناحیه d ژنvaca در 83 سویه جدا شده از بیمارانی با ناراحتی های مختلف معده-دوازدهه با روش pcr تعیین گردید. نتایج: آنالیز داده ها با استفاده از نسخه 19 نرم افزار spss انجام گرفت و p value کمتر از 0.05 به عنوان سطح معنی دار در نظر گرفته شد. نتایج تست های کای دو (x2) و فیشر و نیز آنالیزهای رگرسیون چندگانه خطی و رگرسیون چندگانه لجستیک نشان داد که ارتباط معنی داری بین آدنوکارسینومای معده و زخم معده با ژنوتیپ ناحیه vaca d1 هلیکوباکترپیلوری در بیماران مبتلا به آدنوکارسینومای معده و زخم پپتیک وجود دارد. نتیجه گیری: نتایج این مطالعه پیشنهاد می کند که ژنوتیپ vaca d1 ( یک نشانگر جدید سرطان معده) مارکر مفیدی جهت پیش گویی آدنوکارسینومای معده، زخم معده در منطقه آذربایجان، ایران می باشد.

بررسی اثر متفورمین بر روی رده سلولی سرطانی mcf-7 در شرایط هیپوکسی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تبریز - دانشکده علوم پایه 1392
  زهره سفری   غلامعلی کاردر

چکیده: هدف : درمان سرطان از دیرباز جزو دغدغه های بشربوده وبا وجود پیشرفتهای چشمگیردرتحقیقات و درمان سرطان، هنوزاین بیماری ازمهمترین علل مرگ ومیر در جهان می باشد. درکنار روشهای شیمی درمانی و رادیوتراپی، تحقیقات گسترده ای برای کنترل هرچه بیشتراین بیماری در حال انجام است. از جمله استفاده از متفورمین (داروی دیابت نوع 2) به عنوان داروی کمکی دردرمان سرطان میتوان نام برد. مطالعات قبلی نشان دادند که این دارو موجب مهار رشد سلولهای توموری می گردد. از آنجا که این دارو مسیرهای متابولیکی سلولهای سرطانی برای رشد درشرایط هیپوکسی را مهار میکند واز طرفی مطالعات قبلی در شرایط کشت طبیعی انجام شده است. در این مطالعه با مهیا کردن شرایط هیپوکسی درمحیط کشت، اثراین دارو برروی رده سلولی سرطانی درمقایسه با رده سلولی نرمال بررسی شد. مواد و روش ها : سلولها نرمال (hek293 ) و سرطانی( mcf7) هرکدام در شرایط اکسیژن نرمال و هیپوکسی(1/0%) کشت داده شد.یک دسته از هر یک از گروهای فوق تحت تیمار با متفورمین mm)0،5،10،20( قرار خواهند گرفت و پس از 24 ساعت سلولها مورد مطالعات زیر قرار گرفت (بنابراین در مجموع 8 گروه مطالعه داشته با حداقل 3 بار تکرار در هر کدام):بررسی رشد سلولی در سلولهای مورد مطالعه در شرایط فوق با روش mtt assay و مقایسه آنها با هم و همچنین بررسی آپاپتوزیس در سلولهای مورد مطالعه در شرایط فوق با کیت annexin v انجام شد . برای بررسی میزان فعال شدن پروتئینهای مهم در مسیر پیام رسانی اثر متفورمین نظیر mtorc1 وampk ابتدا ازسلولها لیزیت سلولی تهیه شده ازروی نمونه ها sds-page گذاشته شد درادامه باندهای پروتئینی ژل الکتروفورز به کاغذ بلاتینگ انتقال یافت و به کمک آنتی بادیهای اختصاصی ضد پروتئین فسفریلهs6k1 (فعال شده) مورد مطالعه با روش وسترن بلاتینگ این مولکولها بررسی و مقایسه شد و در آخر بررسی آماری نتایج صورت گرفت. نتایج:طبق نتایج بدست آمده متفورمین در سلولهای سرطانی در حالت هیپوکسی نسبت به نرمال تاثیر مهاری بیشتر بر رشد و همچنین افزایش آپاپتوز به میزان بیشتر شده است (05/0p>) ولی تاثیر این دارو بر روی سلولهای نرمال در هر دو شرایط نرمال و هیپوکسی تقریبا یکسان بوده (05/0p>) و در مجموع متفورمین بر روی سلولهای نرمال فقط موجب کاهش رشد شده و بر روی آپاپتوز اثری نداشته است .در این پژوهش مشخص شد که متفورمین با افزایش غلظت باعث کاهش میزان فسفریله شدن (فعال شدن) پروتئین مهم مسیر mtor ، s6k1 در سلول سرطانی می شود که این کاهش در حالت هیپوکسی نسبت به نرمال بیشتر است ولی در سلولهای نرمال کاهش فسفریله کمتر دیده شد و تفاوت بین حالت هیپوکسی و نرمال دیده نشد.

بررسی همزمان بیان mir-205 و یکی از اهداف پیش بینی شده ی آن، nok/styk1، در نمونه های گرفته شده از بیماران مبتلا به آدنوکارسینومای کولورکتال
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تبریز - دانشکده علوم پایه دامغان 1392
  آیلا ولی نژاد اورنگ   محمدعلی حسینپور فیضی

مقدمه سرطان کولورکتال (crc) از جمله شایع ترین نئوپلاسم ها در سراسر جهان است و زمانی که در مراحل اولیه تشخیص داده شود، این سرطان درمان پذیر است. mirna ها یک کلاس از rnaهای کوچک غیر کدکننده هستند که نقش عمده ای در تنظیم و در اغلب موارد کاهش بیان ژ ن دارند. در سالهای اخیر تجزیه و تحلیل الگوهای بیان mirnaها منجر به ظهور دیدگاه های کاملا جدیدی در بیولوژی سرطان شده است. به علاوه این الگوها یک ابزار نوید دهنده برای پیشرفت مارکرهای جدید تشخیصی و پیش آگاهی است. mir-205 در بافت های اپیتلیال به صورت اختصاصی بیان می شود و انتظار می رود الگو بیان آن در سرطان های مربوط به دستگاه گوارش از جمله سرطان کولورکتال ویژه ی همان سرطان باشد. سرین/ترئونین/تیروزین کیناز1( nok/styk1 ) انکوژن جدیدی است که با میل ترکیبی بالا به لیگاندهای خود (فاکتورهای رشد، سایتوکاین ها و هورمونها) متصل شده و با به راه انداختن آبشارهای سیگنالینگ درون سلولی فرایندهای متنوع سلولی و نیز مراحل تکوین (نمو) جنین انسان (از جمله تزاید سلولی، تمایز و بقای سلولها) را پیش می برد. ابزار های بیوانفورماتیکی متنوعی nok/styk1 را به عنوان یکی از اهداف mir-205 پیش بینی کرده اند. اهداف انتظار می رود با تایید کاهش بیان mir-205 و افزایش styk1 در نمونه های توموری نسبت به سالم از طرفی نقش تومور مارکری mir-205 وstyk1 تائید شده و با تائید همبستگی معکوس بیان این دو ژن، styk1 به عنوان یکی از اهداف احتمالی mir-205 معرفی گردد و از طرف دیگر نقش mir-205 به عنوان مهارکننده تومور و styk1 به عنوان یک انکوژن تائید گردد. مواد و روش ها 38 نمونه ی توموری و 38 نمونه ی سالم حاشیه توموری از همان بیمار جمع آوری گردیده و پس از مطالعه ی مشخصات ، نتایج پاتولوژی بیماران و جداسازی نمونه های مثبت از نظر آدنوکارسینومایی، آزمایش real time pcr برای بررسی میزان بیان mir-205و styk1 در نمونه های توموری و سالم انجام شد و در نهایت ار نرم افزار sigma plot و graphpad prism برای آنالیز داده ها استفاده شد. نتایج بر خلاف انتظار بیان mir-205 اختلاف معنی داری بین نمونه های توموری و سالم نشان نداد. بنابراین نقش احتمالی تومور مارکری آن برای تشخیص سرطان کولورکتال رد شد. اما از طرفی بیان styk1 در نمونه های توموری به طرز چشمگیری بالاتر از میزان بیان در نمونه های سالم بود. از طرفی بیان این ژن در نمونه های توموری با گرید بالا در مقایسه با نمونه ها با گرید پایین اختلاف معنی داری دارد. بحث styk1 به عنوان یک انکوژن در فرایند تومورزایی کولورکتال شناخته شد و نشان داده شد که پتانسیل تومور مارکری بالایی برای تشخیص سرطان کولورکتال دارد. به علاوه از میزان بیان این ژن با درجه اطمینان بالایی می توان برای طبقه بندی گرید های بالا و پایین این سرطان استفاده کرد. اما بر خلاف انتظار میزان بیان mir-205 پتانسیل قابل قبولی برای عملکرد به عنوان تومور مارکری نداشته و متعاقبا احتمال styk1 به عنوان یکی از اهداف پیش بینی شده ی mir-205 رد می شود.

بررسی ارتباط ژن oipa هلیکوباکتر پیلوری با سرطان معده
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم 1392
  زینب سرداری   فرزام عجمیان

پس از کشف هلیکوباکتر پیلوری (h. pylori) در سال 1982، توسط وارن و مارشال، مطالعات اپیدمیولوژیکی زیادی، ارتباط قوی بین عفونت هلیکوباکتر پیلوری با پیشرفت سرطان معده را آشکار کردند. اخیرا اثبات شده است که ریسک ابتلا به سرطان معده در افراد آلوده به عفونت هلیکوباکتر پیلوری، بیشتر از افراد غیر آلوده است. بعلاوه، اخیرا یک فاکتور بالقوه بیماریزا به نام ژن(outer inflammatory protein) oipa شناخته شده است. این ژن یک پروتئین خارج غشایی هلیکوباکتر پیلوری را کد میکند و یک ژن مرتبط با التهاب است چرا که باعث افزایش ترشح اینترلوکین-8 (il-8) از سلولهای اپیتلیال معده می شود. در این مطالعه، نمونه های بیوپسی از بیمارانی که برای اندوسکوپی به دو مرکز گوارش در تبریز مراجعه کرده بودند گرفته شد. 86 بیمار در این مطالعه حضور داشتند که بر طبق بررسی های میکروسکوپی مخاط و مطالعات هیستولوژیک در دو دسته ی بیماران مبتلا به سرطان معده (37) و التهاب (49) قرار گرفتند. پس از استخراج dna، با استفاده از دو جفت پرایمر، یکی جهت تکثیر ژن 16s rrna برای شناسایی هلیکوباکتر پیلوری و دیگری جهت تکثیر ژن oipa، واکنش pcr انجام شد.در این مطالعه، 80% از افرد مبتلا به سرطان معده، و 71% از افرد مبتلا به گاستریت آلوده به هلیکوباکتر پیلوری بودند. 6/56% از افراد مبتلا به سرطان معده و 57% از افراد مبتلا به التهاب معده دارای دارای ژن oipa بودند، میزان p value بدست آمده، ( p value>05/0)، برای این دو گروه نشان می دهد که تفاوتی بین فراوانی این ژن در افراد سرطانی و التهابی وجود ندارد. مطالعه ی ما نشان دهنده ی آن است که علیرغم اینکه آلودگی با هلیکوباکتر پیلوری به طور واضح در ارتباط با سرطان معده است، اما oipa فاکتور بیماریزای غالب در القاء سرطان معده نیست. کلید واژه ها: هلیکوباکتر پیلوری، سرطان معده، oipa

بررسی بیان ژن های mir-205،mir-216a وmir-217 در آدنوکارسینومای معده
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تبریز - دانشکده علوم طبیعی 1392
  معصومه نعمتی   محمدعلی حسینورفیضی

سرطان معده چهارمین سرطان شایع و دومین علت مرگ و میرهای ناشی از سرطان در جهان است. شناسایی بیومارکرهای مولکولی برای تشخیص اولیه و پیشرفت سرطان معده ضروری می باشد. در سال های اخیر mirnaها به عنوان یکی از قویترین فاکتورهای پیش آگهی و تشخیصی برای انواع سرطان ها مورد توجه زیادی قرار گرفته اند. mirnaها، یک کلاس از rnaهای کوچک غیر کدکننده هستند که بیان ژن های کد کننده پروتئین را در سطح بعد از رونویسی تنظیم می کنند و در فرآیندهای زیستی مختلفی شرکت می کنند. تحقیقات اخیر نشان داده است که پروفایل بیان mirnaها در بافت سرطانی نسبت به بافت سالم متفاوت می باشد و تغییر بیان آن ها در سرطان معده نیز گزارش شده است. بنابراین این مولکول ها می توانند به عنوان بیومارکر در غربالگری، تشخیص و درمان سرطان معده مورد استفاده قرار گیرند. در مطالعه حاضر به بررسی سطح بیان mir-205، mir-216a و mir-217 در آدنوکارسینومای معده و مقایسه آن با بافت نرمال حاشیه تومور پرداخته شد. روش ها: در مجموع 30 نمونه توموری و 30 نمونه حاشیه توموری جمع آوری گردید. پس از استخراج rna کل و سنتز cdna اختصاصی، بررسی میزان بیان mirnaها با استفاده از تکنیک real time pcr انجام گرفت. در نهایت از نرم افزارهای graphpad، sigmaplot و spss برای آنالیز داده ها استفاده شد. یافته ها: نتایج حاکی از افزایش معنی دار سطح بیان mir-205 و mir-216a در بافت های توموری در مقایسه با بافت نرمال حاشیه تومور بود. اما بین میزان بیان mir-217 در بافت های توموری و حاشیه توموری تفاوت معنی داری مشاهده نشد. آنالیزهای آماری با spss نشان داد ارتباط معنی داری بین تغییر سطح بیان این mirnaها با ویژگی های کلینیکی-پاتولوژیکی بیماران وجود ندارد. نتیجه گیری: باتوجه به افزایش بیان معنی دار mir-205 و mir-216a در بافت های توموری نسبت به بافت حاشیه توموری، می-توان نتیجه گرفت این mirnaها می توانند به عنوان بیومارکرهای مناسب و جدید برای تشخیص آدنوکارسینومای معده مطرح شوند. همچنین با توجه به عملکردهای مختلف این mirnaها در مسیرهای مرتبط با سرطان، احتمال می رود با انجام پژوهش های بیشتر بتوان از آن ها به عنوان یک عامل درمانی نیز استفاده نمود.

مطالعه تغییرات بیان mir-373 و mir-520c در آدنوکارسینومای معده
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تبریز - دانشکده علوم طبیعی 1392
  آرش عظیم زاده اسفنجانی   محمد علی حسینپور فیضی

سرطان معده معمول ترین سرطان دستگاه گوارش و چهارمین سرطان شایع دنیا بوده بعد از سرطان ریه دومین سرطان کشنده در جهان بشمار میرود. micrornaها rna های کوچک دو رشته ای بطول 18 تا 24 نوکلئوتید هستند که در امر تنظیم بعد از رونویسی در یوکاریوتها نقش داشته از طریق مکمل شدن با mrna هدف در 3utr باعث برش در آن و تجزیه mrna میگردند. تغییر در سطوح mirna در شرایط مختلف پاتولوژیکی بویژه سرطان مشاهده شده است. نقش انکوژنی micrornaهای mir-373 و mir-520cدررده سلولهای سرطان سینه، مهاجرت سلولهای fibrosarcoma و نیز تومور لایه زاینده بیضه مشخص شده است. در این مطالعه هدف بررسی نقش احتمالی این micrornaها در ایجاد آدنوکارسینومای معده از طریق سنجش و مقایسه میزان بیان آنها در تومور آدنوکارسینومای معده و بافت سالم حاشیه تومور می باشد که توانایی micrrnaهای mir-373 و mir-520c را به عنوان مارکرهای تشخیصی در آدنوکارسینومای معده را بررسی خواهد کرد. همچنین تعیین قابلیت این mirnaها به عنوان اهداف تحقیقات درمانی در درمان سرطان معده از نتایج دیگر این مطالعه خواهد بود.نتایج کمی بدست آمده از بررسی بیان mir-520c توسط نرم افزارهای rest و spss حاکی از عدم تغییر معنی دار آن در آدنوکارسینومای معده بود

مطالعه همزمان تغییرات بیان ژن های dcc و rp11-267c16.1 در آدنوکارسینومای کلورکتال در مقایسه با بافت نرمال کلورکتال
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تبریز - دانشکده علوم طبیعی 1393
  مینا کاظم زاده   محمدعلی حسینپور فیضی

سرطان کلورکتال یکی از شایع ترین سرطان ها در سطح دنیا می باشد، این سرطان مثل تمام سرطان ها یک بیماری ژنتیکی چند فاکتوری می باشد که طی آن چندین ژن دچار تغییر در عملکرد و یا تغییر در سطح بیان می شوند. از جمله ژن هایی که دچار تغییر در سطح بیان می شوند می توان به ژن dcc اشاره کرد. علاوه بر نقش ژن های کد کننده در سرطان، در طی مطالعاتی که در ده? گذشته انجام گرفته است، نقش lncrna ها نیز در مراحل مختلف سرطان به اثبات رسیده است. lncrna ها ریبونوکلئیک اسیدهای غیرکدکننده ای هستند که به عنوان یک عامل تنظیمی سطح بیان ژن ها را در سلول کنترل می کنند. این ساختارهای مولکولی در کنترل فرایندهای متنوع تکوینی، فیزیولوژیکی و پاتولوژیکی سلول شرکت می نمایند. مسلم است که هر نوع تغییری در سطح بیان lncrna ها سبب تغییر در سطح بیان ژن های کد کننده خواهد شد. تغییر در سطح بیان lncrna ها، چه به صورت افزایش بیان و چه به صورت کاهش بیان، در برخی از سرطان ها مشاهده شده است. بنابراین می توان از این rnaهای غیر کد کننده به عنوان نشانگرهای زیستی برای تشخیص، پیش بینی و حتی درمان سرطان استفاده کرد. هدف از این مطالعه بررسی همزمان تغییرات بیان ژن dcc و rna غیر کد کننده به نام rp11-267c16.1 در بیماران مبتلا به سرطان کلورکتال می باشد. آنالیز داده ها کاهش بیان دو ژن dcc و rp11-267c16.1 را در نمونه های توموری نسبت به نمونه های سالم تأیید کرد. اما ارتباط معنی داری بین این تغییرات بیان و گریدهای مختلف سرطان کلورکتال، سن افراد مبتلا و جنسیت افراد مبتلا یافت نشد. همچنین برخلاف انتظار این دو ژن پتانسیل قابل قبولی برای عملکرد به عنوان بیومارکر را ندارند