گیاهان مرغ دارای علائم موزائیک از مناطق جنوبی کشور شامل جیرفت، برازجان، بوشهر، رامهرمز، اندیمشک، شوشتر و بهبهان جمع آوری و با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ویروس موزائیک جنوبی مرغ (bgsmv)، ناحیه 3َ ژنوم آن ها با روش rt-pcr تکثیر و همسانه سازی گردید. سپس ترادف قسمتی از ژنوم شامل بخشی از ناحیه nib، کل cp و 3?-utr تعیین گردید. با بررسی ترادف های بدست آمده جدایه های مختلف bgsmv جایگاه برشی رایج و طرح های حفاظت شده ناحیه cp در جنس پوتی ویروس مشخص گردید که نشان دهنده ی صحت ترادف و خویشاوندی آن با گونه های جنس پوتی ویروس بود. ناحیه cp-utr این جدایه ها همراه با تعدادی از ترادف های پوتی ویروس های غلات شامل ویروس موزائیک کوتولگی ذرت ( maize dwarf mosaic virus, mdmv)، ویروس موزائیک سورگوم (sorghum mosaic virus, srmv)، ویروس موزائیک قیاق (johnson grass mosaic virus, jgmv)، ویروس موزائیک ایرانی قیاق (iranian johnson grass mosaic virus, ijmv)، و ویروس موزائیک نیشکر (sugarcane mosaic virus, scmv) موجود در genbank مقایسه و پس از انجام همردیف سازی چندگانه، تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی شدند. در درخت فیلوژنتیکی جدایه های مورد مقایسه در 6 گروه مجزا قرار گرفتند که شامل bgsmv، mdmv، scmv، jgmv، ijmv و srmv بود. در بین پوتی ویروس ها، bgsmv بیشترین تشابه را با mdmv داشت. تفاوت مهم بین این دو ویروس وجود 90 نوکلئوتید بیشتر در ناحیه 5َ ژن cp تمام جدایه های ویروس موزائیک جنوبی مرغ بود. این جدایه ها از لحاظ ترادف نوکلئوتیدی و امینواسیدی نزدیک به صد در صد تشابه داشتند و هیچگونه تشابهی بین این ترادف با ترادف های موجود در genbank وجود نداشت. میانگین درصد تشابه نوکلئوتیدی ناحیه cp-utr بین جدایه های bgsmv، 1/98 درصد بدست آمد که نشان دهنده تنوع ژنتیکی پایین جدایه ها می باشد. وجود تنوع ژنتیکی پایین بین جدایه ها را می توان با فرم تکثیر غیرجنسی مرغ در ارتباط دانست. با مقایسه ترادف نوکلئوتیدی ناحیه cp-utr ویروس bgsmv با سایر پوتی ویروس های غلات، مشخص شد که این ویروس با mdmv بخصوص در ناحیه مرکزی ژن cp بیشترین مشابهت را دارد و پس از این ویروس بترتیب با ijmv و scmv بیشترین تشابه را دارد. علیرغم وجود تشابه نوکلئوتیدی و آمینواسیدی بالای bgsmv با mdmv، با توجه به تفاوت های اساسی دو ویروس، از نظر دامنه میزبانی، سرولوژی و وجود ترادف اضافه در ناحیه 5َ ژن cp، bgsmv به عنوان گونه ای مجزا و نزدیک به mdmv در جنس پوتی ویروس در نظر گرفته می شود.