نام پژوهشگر: محمدرضا محمدآبادی

بررسی بیوشیمیایی و مولکولی ژنوتیپ های مختلف باکتری کلستریدیوم پرفرینجنس در شهرستان کرمان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1388
  علی اسمعیلی زاده کشکوئیه   محمدرضا محمدآبادی

کلستریدیوم پرفرینجنس مسئول ایجاد بیماری­های زیادی در انسان و حیوانات می­باشد. این باکتری پنج تیپ مختلف دارد که هر کدام بیماری­های خاصی را موجب می­شوند. جهت تشخیص تیپ­های­ مختلف این باکتری روش­های متفاوتی وجود دارد که اکثراً دشوار، زمان­بر و پرهزینه هستند و از حساسیت و اختصاصیت پایینی نیز برخوردارند. هدف از انجام این تحقیق استفاده از روش­های پیشرفته مولکولی جهت شناسایی ژنوتیپ­های مختلف باکتری کلستریدیوم پرفرینجنس در شهرستان کرمان می­باشد. متأسفانه تاکنون هیچگونه تحقیق مستندی در این رابطه در ایران انجام نشده است. در این مطالعه 270 نمونه مدفوع از گوسفندان 20 روستا در اطراف کرمان به طور تصادفی و در دو مرحله گرفته شد. پس از فرآوری و کشت نمونه­ها، کلونی­های حاصل از نظر مورفولوژی و رنگ­آمیزی بررسی شدند و با استفاده از آزمون­های بیوشیمیایی، گونه­های آنها شناسایی شد. آزمایش­های بیوشیمیایی انجام شده عبارت بودند از: آزمایش کاتالاز، هیدرولیز ژلاتین، هیدرولیز لستین، آزمون لیپاز، آزمون تولید اندول، آزمایش حرکت، واکنش شیر تورنسل دار و تخمیرکربوهیدرات­ها (ساکارز، گلوکز، لاکتوز و مالتوز). کلستریدیوم­های جدا شده در این تحقیق 30 درصد نمونه­ها را شامل می­شدند که عبارت بودند از کلستریدیوم­های پرفرینجنس، باراتی، ابسونیوم، بیفرمنتانس، اسپورجنس، لپتوم، اورانتی­بوتریکوم، اسپوراسفیریدس، سیمبی­زوم، اسکاتولوجنس، راموزوم و سردلی. استخراج dna بر روی تمام گونه­های کلستریدیوم جدا شده انجام شد. جهت تعیین تیپ باکتری­های جدا شده، از آزمون pcr با پرایمرهای اختصاصی هر تیپ استفاده گردید. تیپ­های جدا شده باکتری کلستریدیوم پرفرینجنس شامل 17/39% تیپ a، 21/74% تیپ b، 34/78% تیپ c، و 26/09% تیپ d بود که تیپ a برای اولین بار در ایران شناسایی گردید. در مطالعه­ای بین نمونه­های نگهداری شده در یخچال و نمونه­های تازه، اختلاف معنی­دار زیادی (p<0/01) در جداسازی کلستریدیوم­ها مشاهده شد. همچنین تأثیر تزریق واکسن آنتروتوکسمی بر جداسازی گونه­های مختلف کلستریدیوم­های روده­ای بررسی شد و نتایج حاصله اثر معنی­دار زیاد واکسیناسیون (p<0/01) روی کاهش جداسازی گونه­ی کلستریدیوم پرفرینجنس را نشان می­دهد.

بررسی چندشکلی ژن لپتین با استفاده از pcr-sscp و ارتباط آن با صفات رشد در گوسفند کرمانی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1388
  مسلم شجاعی   محمدرضا محمدآبادی

شناخت ژن های تاثیر گذار روی بالانس انرژی، تولید شیر و مصرف خوراک از زمینه های مورد علاقه اخیر محققان اصلاح نژاد می باشد. ژن لپتین از جمله ژن هایی است که پلی مورفیسم های موجود در آن با این صفات اقتصادی و مهم مرتبط می باشد. در کشور ما با توجه به منابع غنی حیوانی متاسفانه در جهت شناسایی ژن های کنترل کننده صفات آنها از طریق ژنتیک مولکولی تلاش های کمی صورت گرفته است، لذا شناسایی ژن های کاندیدا در نژاد های گوسفند کشور به کمک آزمون dna می تواند در برنامه های اصلاح نژاد گوسفند در کشور مورد استفاده قرار گیرد. به منظور بررسی چند شکلی ژن لپتین در گوسفند کرمانی از تعداد 120 رأس گوسفند نر و ماده نژاد کرمانی ایستگاه اصلاح نژاد واقع در شهر بابک خونگیری شد. پس از استخراج dna با استفاده از کیت استخراج، واکنش زنجیره ای پلی مراز (pcr) جهت تکثیر قطعه 275 جفت بازی از اگزون 3 این ژن انجام شد. پس از تعیین چند شکلی فضایی تک رشته ای (sscp) محصولات pcr، الگوهای باندی (ژنوتیپ ها) مربوط به ژن لپتین با استفاده از ژل آکریل آمید و رنگ آمیزی نیترات نقره، بدست آمد. برای ژن لپتین 10 ژنوتیپ a/a، c/c، a/b، a/c، a/b/c، a/b/e، a/b/f، a/c/f، a/b/d/e وa/b/c/f بدست آمد. رابطه ژن لپتین و صفت افزایش وزن روزانه این دام ها با استفاده از رکودهایی که در ایستگاه اصلاح نژاد شهر بابک جمع آوری شده اند به وسیله نرم افزار asreml مورد تجزیه و تحلیل قرارگرفت. اثر ژنوتیپ های ژن لپتین بر رکوردهای وزن در سنین 3، 6، 9 و 12 ماهگی ( p<0/05) معنی دار گردید. نتایج بدست آمده از این پژوهش نشان داد که در جایگاه های ژنی لپتین چندشکلی ژنتیکی وجود دارد که با توجه به معنی دار بودن اثر آنها بر وزن می توان از آن بعنوان یک شاخص در انتخاب گوسفندان کرمانی استفاده نمود.

مطالعه اثر ترکیب ژنتیکی بر الگوی رشد در بلدرچین ژاپنی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1388
  کاظم رجبی خضرآباد   علی اسماعیلی زاده کشکوییه

در این تحقیق اثر ترکیب ژنتیکی بر الگوی رشد در بلدرچین ژاپنی مورد مطالعه قرار گرفت. در ابتدا پرنده های نر و ماده از دو سویه سفید خالص (p1) و وحشی خالص (p2) به عنوان نسل والدین انتخاب شدند و تلاقی دو طرفه بین آنها انجام گرفت. نتاج حاصل (f1) بطور تصادفی با همدیگر آمیزش داده شدند تا نسل دوم (f2) ایجاد شود. همزمان با گروه های f1 و f2، نتاج خالص از دو سویه به عنوان گروه های کنترل پرورش داده شدند. صفات رشد شامل وزنهای یک روزگی، 1 ، 2 ، 3 ، 4 و 5 هفتگی و همچنین صفات افزایش وزن روزانه در هفته های مختلف و سرعت رشد در کل دوره پرورش (35 روز) در گروه های مختلف ژنتیکی رکورد برداری شد. در مدل تجزیه آماری اثرات گروه ژنتیکی، جنس، مکان آزمایش و هچ بررسی شد. مقایسات متعامد شامل مقایسه میانگین والدین و میانگین نسل f1 (f1:p1,p2) و میانگین والدین و میانگین نسل f2 f2:p1,p2)) و همچنین مقایسه میانگین والدین و میانگین f1 و f2 (f1,f2: p1,p2) جهت بررسی معنی دار بودن هتروزیس انجام شد. گروههای ژنتیکی p2، f1، f2 و p1 به ترتیب بیشترین وزن را داشتند (001/0>p). اثر جنس بر دو صفت وزن 4 و 5 هفتگی معنی دار بود (01/0>p)، بطوریکه ماده ها نسبت به نرها وزن بیشتری داشتند. اثر مکان آزمایش و اثر نوبت هچ داخل مکان آزمایش نیز در تمام صفات وزن بدن معنی دار بود (0001/0>p). میانگین صفات وزن بدن و افزایش وزن روزانه در f1 ها نسبت به والدین بیشتر بود و اثر هتروزیس مشاهده شده بین 7/4 و2/9 درصد برای صفات مختلف بود (001/0>p). در بررسی صفات افزایش وزن روزانه مشخص شد که گروههای ژنتیکی p2، f1، f2 و p1 به ترتیب مقدار 2/5 ، 1/5 ، 5/4 ، 4/4 گرم را داشتند و این تفاوتها در تمام صفات معنی دار بود (01/0>p). بیشترین افزایش وزن روزانه مربوط به هفته سوم و چهارم بود. اثر جنس بر صفات افزایش وزن روزانه هفته چهارم و پنجم و افزایش وزن روزانه کل دوره معنی دار شد (01/0>p). همچنین تیپ های ابلق، وحشی، سیاه و سفید به ترتیب بیشترین افزایش وزن روزانه را با میانگین های 8/4 ، 7/4 ،6/4 و 4/4 گرم داشتند (01/0>p).

بررسی تنوع ژنتیکی جمعیت گوسفندهای نژاد مهربان با استفاده از نشانگرهای بین ریزماهواره ای
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه بوعلی سینا - دانشکده علوم کشاورزی 1388
  معصومه آخوندی   محمدرضا محمدآبادی

در سال های اخیر استفاده از نشانگرهای مولکولی کاربرد گسترده ای برای تعیین تنوع ژنتیکی بین جمعیت ها و حیوانات حفاظت شده یافته است، به علاوه، میزان چندشکلی به دست آمده از این نشانگرها یکی از پارامترهای با ارزش برای مطالعه جمعیت ها و درک تفاوت های ژنتیکی آن ها است. در این پژوهش با استفاده از نشانگرهای بین ریز ماهواره ای (issr) تنوع ژنتیکی گوسفند نژاد مهربان مورد بررسی قرار گرفت. نمونه های خون از 210 رأس گوسفند مهربان موجود در 6 گله در استان همدان و از هر گله 35 رأس گرفته شدند. برای انجام pcr از دو آغازگر (ag)9c و (ga)9c استفاده شد. از سوی دیگر، ارزش اصلاحی صفات رشد حیوانات در گله های مورد بررسی با استفاده از مدل های مختلط حیوانی تک صفتی و با کمک نرم افزار wombat پیش بینی شدند. سپس رابطه الگوهای باندی مختلف در جایگاه های مورد مطالعه، بر ارزش اصلاحی صفات رشد با استفاده از مدل های خطی تعمیم یافته و با کمک نرم افزار sas مورد بررسی قرار گرفت. در این پژوهش هر دو آغازگر مورد بررسی جایگاه های چندشکلی را نشان دادند که نمایا نگر کارایی این آغازگرها در بررسی تنوع ژنتیکی است. به طور کلی، با استفاده از آغازگرهای (ag)9c و (ga)9c به ترتیب، 28 و 36 دامنه باندی (در محدوده 100 تا بالاتر از 3100 جفت باز) در محصولات pcr شناسایی شدند. در جمعیت مورد بررسی، میزان شاخص های شانون و تنوع ژنی نی و همچنین، تعداد آلل موثر با استفاده از آغازگر (ag)9c به ترتیب، 2526/0، 1444/0 و 1940/1 و با استفاده از آغازگر (ga)9c به ترتیب، 2045/0، 1114/0 و 1465/1 بودند که نشان دهنده تنوع پایین در جمعیت های مورد مطالعه گوسفند مهربان است. با توجه به تعداد آلل مشاهده شده و شاخص شانون آغازگر (ag)9c قدرت تمایز و اطلاعات دهندگی بیشتری نسبت به (ga)9c نشان داد. همچنین، تعادل هاردی-وینبرگ در جمعیت مورد مطالعه از نظر بیشتر جایگاه های بین ریزماهواره ای برقرار بود. به جز جمعیت های اسدآباد میزان تشابه ژنتیکی در سایر جمعیت ها منطبق بر فاصله جغرافیایی آن ها بود. بررسی جمعیت ها بر اساس فاصله ژنتیکی نی و به روش upgma آن ها را به دو گروه اصلی تقسیم نمود. برخی از جایگاه های بین ریزماهواره ای اثر معنی داری بر ارزش اصلاحی صفات وزن بدن داشتند که مهمترین آن ها a26 (آغازگر (ag)9c، 2200-2110 جفت باز) و g25 (آغازگر (ga)9c، 1700-1610 جفت باز)، g14 (آغازگر (ga)9c، 840-790 جفت باز) و a8 (آغازگر (ag)9c، 650-610 جفت باز) بودند. میانگین ارزش اصلاحی در افراد دارای جایگاه های a26 و g25 (برای وزن تولد)، g14 (برای وزن 90 روزگی) و a8 (برای وزن 270 روزگی) به طور معنی داری بالاتر از افراد بدون این جایگاه ها بود. به نظر می رسد که در جایگاه های بین ریزماهواره ای a26، g25، a8 و g14 ژن های عمده موثر بر صفات رشد وجود داشته باشند یا این که این جایگاه ها با ژن های کنترل کننده وزن بدن پیوسته باشند.

بررسی مولکولی سویه های مختلف کلستریدیوم پرفرینجنس جدا شده از دستگاه گوارش شترمرغ
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1391
  المیرا زندی   مجید عزتخواه

چکیده کلستریدیوم پرفرینجنس مسئول ایجاد بیماری های زیادی در انسان و حیوانات می باشد. این باکتری دارای پنج تیپ مختلف است که هر کدام بیماری های خاصی را موجب می شوند. جهت شناسایی ژنوتیپ های مختلف این باکتری روش های متفاوتی وجود دارد که هر کدام مزایا و معایبی دارد. هدف از انجام این تحقیق استفاده از روش های پیشرفته ی مولکولی جهت شناسایی ژنوتیپ های مختلف باکتری کلستریدیوم پرفرینجنس در استان کرمان می باشد. در این مطالعه 120نمونه مدفوع از شترمرغ های 12 روستا در اطراف کرمان بطور تصادفی و در دو مرحله گرفته شد. پس از فرآوری و کشت نمونه ها، کلونی های حاصل از نظر ساختاری و رنگ آمیزی بررسی شدند و با استفاده از آزمون های بیوشیمیایی، گونه های آنها شناسایی شد. آزمایش های بیوشیمیایی انجام شده عبارت بودند از: کاتالاز، هیدرولیز ژلاتین، هیدرولیز لستین و لیپاز، تولید اندول، حرکت، واکنش شیر تورنسل دار و تخمیر قندهای ساکارز، گلوکز، لاکتوز و مالتوز. در این تحقیق کلستریدیوم های جدا شده 36.6 درصد نمونه ها را شامل می شدند که عبارت بودند از کلستریدیوم های پرفرینجنس، اسفنوئید، بوتیریکوم، هیستولیتیکوم، پوتریفیکوم ، اینوکوم، سپتیکوم، باراتی ، کارنیس . استخراج dna فقط بر روی گونه ی کلستریدیوم پرفرینجنس جدا شده انجام شد. واکنش pcr با پرایمرهای اختصاصی هر تیپ انجام گردید و سپس جهت تعیین تیپ سویه های کلستریدیوم پرفرینجنس ،از روش multiplex pcr استفاده شد. تنها تیپ جدا شده ی کلستریدیوم پرفرینجنس ، تیپ a بود که جداسازی انواع کلستریدیا از شترمرغ و تعیین تیپ کلستریدیوم پرفرینجنس با روش multiplex pcrبرای اولین بار در دنیا، توسط این مطالعه در ایران انجام گردید. همچنین در این مطالعه، تاثیر جنسیت بر تعداد کلستریدیوم پرفرینجنس جدا شده بررسی شد، بطوری که درصد جداسازی این باکتری بین نرها و ماده ها به ترتیب 2352% و29/16% بود که با احتمال 95% ?<0.05)) معنی دار است.علاوه بر این تاثیر نوع اجزای جیره بر میزان جداسازی این باکتری بررسی شد که نشان داد تغییر جیره بطور معنی داری باعث افزایش تعداد کلستریدیوم پرفرینجنس جدا شده، می گردد. کلمات کلیدی: کلستریدیوم پرفرینجنس، آزمایش های بیوشیمیایی، multiplex pcr

تعیین میزان قابلیت هضم و تجزیه پذیری تفاله زیتون عمل آوری شده با قارچ نوروسپورا سیتوفیلا با استفاده از روش های in vitro و in situ
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1391
  مسعود ذبیحی   امین خضری

این مطالعه به منظور تعیین اثر عمل آوری تفاله زیتون با قارچ نوروسپورا سیتوفیلا بر ترکیب شیمیایی، کل ترکیبات فنولی و تانن، خصوصیات فیزیکی قابلیت هضم و تجزیه پذیری مواد مغذی با استفاده از دو روش in vitro و in situ انجام گرفت.آزمایش در قالب طرح کاملا تصادفی انجام شد. در مطالعه حاضر با عمل آوری تفاله زیتون با قارچ نوروسپوراسیتوفیلا غلظت پروتئین خام افزایش یافت (05/0p<). در حالی که مقدار ماده خشک، الیاف نامحلول در شوینده خنثی وکل ترکیبات فنولی و تاننی، کاهش یافت (05/0p<). ضرایب هضمی ماده آلی، انرژی متابولیسمی و حجم گاز تولیدی در پاسخ به عمل آوری تفاله زیتون با قارچ به طور معنی داری افزایش یافت (05/0p<). علاوه بر این ظرفیت نگهداری آب و جرم حجمی توده ای به طور معنی داری افزایش یافت (05/0p<). به طور کلی، عمل آوری تفاله زیتون با قارچ نوروسپورا سیتوفیلابه دلیل کاهش ترکیبات فنولی وتاننی، افزایش درصد پروتئین خام، تجزیه پذیری موثر و شاخص ارزش غذایی، آن را به یک خوراک مناسب تر برای دام تبدیل می کند.

بررسی پلی مورفیسم ژن igf-1 و ارتباط آن با صفات تولیدی و تولیدمثلی در بز کرکی راینی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده علوم کشاورزی 1391
  محمدحسین ملایی   مسعود اسدی فوزی

به منظور برآورد ارزش اصلاحی برای صفات دو قلوزایی، وزن تولد و وزن الیاف در بزکرکی راینی از رکوردهای 13020 حیوان مربوط به 336 پدر و 3617 مادر استفاده شد. این رکوردها از سال 1370 تا سال 1390 جمع آوری شده بود. آنالیز ژنتیکی این صفات با استفاده از مدل حیوانی یک متغیره و با کمک نرم افزار asreml انجام شد. در مدل مورد استفاده کلیه اثرات ثابت و تصادفی مهم گنجانده شدند. جهت بررسی چند شکلی ژن igf-1، تعداد 100 راس حیوان بر مبنای ارزش اصلاحی برآورد شده از گله ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد بز کرکی راینی انتخاب و خون گیری شدند. در این حیوانات اندازه گیری ابعاد بدن نیز انجام شد. حیوانات مورد مطالعه در جایگاه ژنی igf-1 تعیین ژنوتیپ گردیدند. سه ژنوتیپ aa (bp 363)، ab (bp 363، bp 264، bp 99) و bb (bp 264، bp 99) مشاهده گردید. در این تحقیق ارتباط بین چند شکلی ژن igf-1، صفات بیومتری، ارزش فنوتیپی و ارزش اصلاحی صفات مورد مطالعه مورد برسی قرار گرفت. نتایج حاصله نشان داد ژنوتیپ های که ارزش اصلاحی بالایی برای صفت دوقلوزایی داشتند برای صفات وزن تولد و وزن الیاف ارزش اصلاحی پایینی را دارا بودند و بر عکس، ارزش اصلاحی پایین دوقلوزایی در ژنوتیپ هایی مشاهده شده شد که برای صفات وزن تولد و وزن الیاف ارزش اصلاحی بالایی داشتند. البته از نظر آماری این ارتباط ها معنی دار نبود. ژنوتیپ اثر معنی داری بر وزن تولد حیوانات مورد بررسی داشت، به طوری که افراد با ژنوتیپ bb در مقایسه با سایر ژنوتیپ ها دارای وزن تولد بیشتری بودند. اما از نظر وزن الیاف و دوقلوزایی تفاوت معنی داری بین ژنوتیپ های مختلف دیده نشد. در این تحقیق ارتباط معنی داری(p<0/05) بین ارزش های اصلاحی دوقلوزایی، وزن تولد و وزن الیاف با برخی از صفات بیومتری مثل صفت دور قلم پا، طول قلم پا، فاصله هانش تا منتهی الیه پشت ران به دست آمد.

بررسی مولکولی سویه های مختلف کلستریدیوم پرفرینجنس جدا شده از طیور گوشتی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1391
  ندا شهدادنژاد   مجید عزتخواه

باکتری کلستریدیوم پرفرینجنس جزئی از فلور طبیعی روده انسان و حیوانات است، اما به دلیل تولید توکسین ها و آنزیم های مختلف، عامل بیماریزایی در انسان و گونه های مختلف حیوانات است. این باکتری براساس تولید چهار توکسین اصلی به پنج تیپ مختلف تقسیم می شود که هر کدام بیماری خاصی را ایجاد می کنند. هدف از انجام این مطالعه تعیین درصد تیپ های مختلف کلستریدیوم پرفرینجنس با استفاده از روشهای نوین مولکولی است. در این مطالعه 122 نمونه به طور تصادفی از مرغداری های اطراف کرمان گرفته شد. کلونی های حاصل از کشت نمونه ها از نظر شکل ظاهری و رنگ آمیزی گرم بررسی شدند. پس از خالص سازی با استفاده ازآزمون های بیوشیمیایی گونه های آنها شناسایی شد. تقریبا از 86/77 درصد کل نمونه ها گونه های مختلف باکتری کلستریدیوم جدا شد که عبارت بودند از: باکتری های کلستریدیوم پرفرینجنس، کلستریدیوفرم، لپتوم، باراتی، نوآی، سابترمینس،celatum و chauvoeri. همچنین 63/52 درصد از کل کلستریدیوم های جدا شده از نوع پرفرینجنس بود که نشان دهنده اهمیت بیشتر این گونه باکتری در طیور می باشد. پس از استخراج dna جهت تعیین تیپ، واکنش multiplex pcr با پرایمرهای اختصاصی هر تیپ انجام گردید. تمامی باکتری های کلستریدیوم پرفرینجنس جدا شده از نوع تیپ a بودند. در این تحقیق، پراکندگی باکتری کلستریدیوم پرفرینجنس در بخش های مختلف روده بررسی شد. نتایج حاصل نشان داد، پراکندگی این باکتری در بخش ژوژنوم- ایلئوم نسبت به سکوم بیشتر است. با توجه به نتایج حاصل از این تحقیق، کلستریدیوم پرفرینجنس شایع ترین گونه کلستریدیوم در روده طیور بود که نشان دهنده اهمیت بیشتر این باکتری در طیور می باشد.

مطالعه ساختار ژنتیکی ژن های mc3rو ucp و ارتباط آنها با صفات تولیدی و تولید مثلی در مرغان بومی مازندران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1391
  سید محمد موذنی   مصطفی صادقیان

هدف از این پژوهش بررسی چند شکلی ژن های mc3r و ucp و ارتباط آنها با صفات تولیدی و تولید مثلی در جمعیت مرغان بومی استان مازندران با استفاده از تکنیک pcr-rflp بود. بدین منظور از تعداد 190 قطعه از مرغان بومی مرکز اصلاح نژاد مازندران خونگیری به عمل آمد. استخراج dna با استفاده از روش نمکی بهبود یافته صورت گرفته و کمیت و کیفیت آن نیز با دستگاه نانودراپ بررسی شد. با استفاده از آغازگرهای اختصاصی و تکنیک pcr قطعات 231 و 222 جفت بازی به ترتیب از ژن های mc3r و ucp تکثیر یافتند. سپس با استفاده از آنزیم های برشی اختصاصی mspi برای ژن mc3r و hhai برای ژن ucp ، محصولات pcr مورد هضم قرار گرفته و به کمک الگوی باندها بر روی ژل آگارز 5/3 % تمامی نمونه ها تعیین ژنوتیپ شدند. دو آلل a و g برای ژن mc3r و 6 الگوی متفاوت برای ژن ucp مشاهده شد. فراوانی ژنوتیپ های gg ، ag و aa به ترتیب برابر 92/0 و 05/0 و 03/0 و فراوانی آللی برای g وa به ترتیب 95/0 و 05/0 بود. فراوانی ژنوتیپ های الگوهای شماره یک تا شش به ترتیب برابر 05/0 ، 1/0، 54/0، 21/0، 02/0 و 08/0 بود. ارتباط ژنوتیپ های این ژن ها با صفات تولیدمثلی، با استفاده از اطلاعات فنوتیپی و ارزش های اصلاحی صورت گرفت. در حالت استفاده از اطلاعات فنوتیپی جایگاه ژنی mc3r ، ارتباط معنی داری با صفات مربوط به میانگین وزن تخم مرغ در هفته 30 و میانگین وزن تخم مرغ هفته های 32،30،28 داشت و جایگاه ژنی ucp ارتباط معنی داری با صفت سن بلوغ جنسی نشان داد. در حالت استفاده از ارزش های اصلاحی، جایگاه ژنی mc3r ، ارتباط معنی داری با صفات مربوط به میانگین وزن تخم مرغ در هفته 32 و میانگین وزن تخم مرغ هفته های 32،30،28 داشت و جایگاه ژنی ucp ارتباط معنی داری با صفت سن بلوغ جنسی نشان داد. مطالعه حاضر نشان داد که چندشکلی های مشاهده شده در این جایگاهها ارتباط معنی داری با صفات تولیدی و تولیدمثلی داشتند و در آینده می توان از این جایگاه ها به عنوان جایگاههای موثر در تولید در برنامه های اصلاح نژادی استفاده نمود.

مطالعه میزان بیان ژن rheb در بافت های مختلف بز کرکی راینی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1391
  فاطمه توحیدی نژاد   محمدرضا محمدآبادی

پروتئین های rheb خانواده ای جدید و منحصر به فرد از پروتئین های با باند gtp از سوپرفامیلی ras هستند که از مخمر تا انسان حفاظت شده اند.اگرچه وظایف بیولوژیکی ژن rheb در پستانداران به خوبی مشخص نشده، اما اخیراً به این ژن توجه زیادی شده است که به دلایلی از قبیل نقش حیاتی پروتئین های rheb در تنظیم رشد و چرخه سلولی و تاثیر معنی دار این ژن در تعدادی از سرطان های انسانی از قبیل سرطان پروستات و سرطان سینه می باشد.لذا با توجه به نقش این ژن و اهمیت جهانی و منطقه ای بز کرکی راینی، بیان این ژن در بز کرکی راینی مورد بررسی قرار گرفته است.در این مطالعه نمونه گیری از هشت اندام حیاتی یک بز کرکی راینی، شامل مغز، قلب، شش، کبد، پانکراس، طحال و بیضه صورت گرفت و با استفاده از روشsemi quantitative rt-pcr بیان ژن اندازه گیری شد.نتایج حاصل از بررسی های صورت گرفته بیانگر این است که ژن rhebدر تمام بافت های بررسی شده بیان شده است و بیشترین سطح بیان در بافت کلیه و کمترین سطح بیان در بافت های پانکراس و بیضه مشاهده شد. توالی نوکلئوتیدی cdna این ژن، 99 درصد شباهت با گوسفند و گاو و 94 درصد شباهت با انسان داشت.

بررسی چند شکلی ژن هورمون رشد و ارتباط آن با صفات تولیدی، تولیدمثلی و بیومتری در بز کرکی راینی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1391
  فاطمه غلامحسین زاده   محمدرضا محمدآبادی

چکیده: استفاده از نشانگرهای dna برای بهبود صفات اقتصادی از طریق انتخاب به کمک نشانگرها (mas) یک ابزار قدرتمند و مفید می باشد. با این حال، اطلاعات اندکی در مورد ژن کاندیدا موثر بر صفات اقتصادی در بز در دسترس است. ژن هورمون رشد یکی از ژن های کلیدی می-باشد که شامل 5 اگزون و 4 اینترون است. در تحقیق حاضر پس از استخراج dna به روش کیت از 95 نمونه خون بز کرکی راینی، از واکنش زنجیره ای پلیمراز برای تکثیر قطعه 422 جفت بازی اگزون 2 ژن هورمون رشد استفاده شد. قطعه تکثیر شده با آنزیم haeiii هضم شد، سپس بررسی چندشکلی توسط ژل آگارز7/1 درصد انجام شد. در نهایت دو ژنوتیپ aa و ab به ترتیب با فراوانی 11/0 و 89 /0 مشاهده شدند. و فراوانی آلل های a و b به ترتیب 55/0 و 45/0 محاسبه شد. ارتباط آماری بین ژنوتیپ ها و 29 صفت بیومتری اندازه گیری شده، به وسیله نرم افزار asreml انجام شد. که ژنوتیپ هتروزیگوت ab در صفات بیومتری طول گردن، دور سینه و فاصله جدوگاه تا سینه در سطح (p<0.01) و در صفات بیومتری فاصله جلو پوزه تا پشت گوش از سمت جانبی صورت، فاصله گوشه لب تا پشت گوش از زسمت جانبی صورت، دور شکم در گودترین نقطه، طول قلم پا و فاصله زاویه پسین استخوان کتف تا نقطه هانش در سطح (p<0.05) افزایش معنی داری در مقایسه با ژنوتیپ هموزیگوتaa نشان داد. بر اساس این نتایج، انتظار می رود که این ژن بتواند به عنوان یک ژن کاندیدا برای بهبود ژنتیکی برخی صفات مربوط به رشد در این نژاد به کار رود. واژه های کلیدی: ژن هورمون رشد، بز کرکی راینی، صفات بیومتری، pcr-rflp

بررسی چند شکلی ژنتیکی جمعیت های زنبور عسل استان کرمان با نشانگرهای issr
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1392
  یاسر بهادر   محمدرضا محمدآبادی

ارزیابی dna ژنومی زنبورها در استان کرمان با دو آغازگر issr انجام شد. با استفاده از این آغازگرها 16 قطعه dna تکثیر شد که همه چند شکل بودند. تعداد قطعات تولید شده در پروفایل های dna شهرهای مختلف از 2 تا 8 قطعه، با اندازه هایی که از 150 تا 1000 جفت باز متغییر بود. تنوع ژنتیکی افراد 6 شهر با نشانگرهای (ac)8g و (agac)4gc در pcr آشکار شد و پروفایل های dna به دست آمد. قطعات با استفاده از issr-pcr تولید شد. میانگین شاخص شانون بر اساس نشانگر (ac)8g برای جمعیت زنبور عسل جیرفت، کرمان، فلو (زنبور بومی جیرفت)، راین، رابر و بردسیر به ترتیب 52/0، 36/0، 50/0، 61/0، 42/0 و 19/0 بود و بر اساس نشانگر(agac)4gc برای جمعیت زنبور عسل جیرفت، کرمان،آپیس فلورا (زنبور بومی جیرفت)، راین، رابر و بردسیر به ترتیب 52/0، 51/0، 46/0، 39/0، 41/0 و 27/0 بود. آنالیز خوشه ای با استفاده از روش upgma انجام شد و دندروگرام رابطه ژنتیکی بین 30 فرد در 6 جمعیت به دست آمد. هاپلوتیپ ها محاسبه شد و فراوانی ها در هر جمعیت مقایسه گردید. نتایج این پژوهش می تواند اطلاعات ملکولی پایه ای برای مطالعه بیشتر روی زنبورهای عسل بومی با نشانگرهای issr فراهم آورد، چرا که می توان توالی ناشناخته آنها را شناسایی و تعیین توالی نمود.

مطالعه بیان ژن cib4 در بیضه، تخمدان، کلیه و کبد گوسفند کرمانی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - پژوهشکده کشاورزی 1392
  امیرحسین جعفری دره در   محمدرضا محمدآبادی

پروتئین cib4 یکی از اعضای خانواده ی پروتئین های متصل شونده به کلسیم و اینتگرین، cib، می باشد که در باروری بالا موثر است. این پروتئین دارای 2 توالی نکلئوتیدی l-cib4 و s-cib4 می باشد. تا کنون وظایف بیولوژیکی cib4 در پستانداران به خوبی مشخص نشده، به هرحال اخیراً به دلیل اثر بالقوه cib4 در افزایش باروری توجه زیادی به این پروتئین شده است. لذا با توجه به نقش و اهمیت این پروتئین بر باروری، در مطالعه حاضر بیان این ژن در گوسفند کرمانی مورد ارزیابی قرار گرفت. در این مطالعه بیان ژن cib4 در بافت های مختلف شامل بیضه، تخمدان، کلیه و کبد در گوسفند کرمانی بررسی شد، در ابتدا بافت های مختلف از گوسفند تازه ذبح شده از کشتارگاه شهر ماهان تهیه و در ازت مایع به آزمایشگاه منتقل شد و سپس rnaکل از تمامی نمونه ها استخراج و کتابخانه cdna توسط آنزیم mmulv و پرایمر عمومی الیگو dt ساخته شد. پس از تکثیر ژن cib4 و gapdh به عنوان کنترل داخلی، محصول تکثیر شده بر روی ژل آگارز 1 درصد تفکیک شد. نتایج نشان دهنده حضور این ژن تنها در بیضه می باشد. علاوه بر این تعیین توالی این ژن و بلاست نمودن آن نشان داد که با توالی ژن گوسفند هان دم کوتاه 100 درصد مشابهت دارد و با ژنهای مشابه در گوسفند، بز، گاو و انسان به ترتیب 100، 99، 98 و 90 درصد هم خوانی دارد . نتایج حاصل بیانگر حفاظت بالای این توالی در گونه های مختلف می باشد.

مطالعه جهش های موجود در اگزون 2 ژن gdf9 گوسفندان آمیخته حاصل تلاقی بین قوچ های نژاد رومانوف و پاکستانی با میش های نژاد کرمانی و نژاد لری بختیاری به روش pcr-sscp
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1393
  رسول خدابخش زاده   محمدرضا محمدآبادی

برای کاهش تعداد میش¬های مولد روی مراتع و جلوگیری از تخریب مراتع به نظر می¬رسد که برنامه‏های اصلاح¬نژادی روی ژن¬های با اثر عمده بر چندقلوزایی در نژاد¬های کشور برای شناسایی ژن¬های کاندیدای مژثر بر این صفات اقتصادی لازم باشد. لذا، هدف از انجام این تحقیق شناسایی چندشکلی¬های تک¬نوکلئوتیدی موجود در کل اگزون 2 ژن فاکتور رشد و تمایز 9 (gdf9) در گوسفندان آمیخته حاصل تلاقی بین قوچ¬های نژاد رومانوف و پاکستانی با میش¬های نژاد کرمانی و نژاد لری¬بختیاری به روش pcr-sscp بود. به این منظور، از 338 رأس گوسفند (از 7 نژاد خالص و آمیخته) خونگیری شد. سپس dna استخراج و pcr با استفاده از آغازگرهای طراحی شده برای قطعه¬های 634 و 647 جفت¬بازی صورت گرفت، که با احتساب دو جفت آغازگر طراحی شده برای اگزون 2 ژن gdf9 تعداد نمونه¬های مورد بررسی در این مطالعه به 676 نمونه رسید. پس از به دست آمدن الگوهای باندی روی ژل اکریل¬آمید، از هر الگو یک نمونه توالی¬یابی شد. در جایگاه نیمه اول، پنج snp شناسایی شد که از پنجsnp مشاهده شده سه snp با تغییر اسید آمینه و دو snp بدون تغییر اسیدآمینه همراه بودند. پنج ژنوتیپ و هشت هاپلوتایپ مختلف از این پنج snp در مجموع هفت جمعیت مورد مطالعه حاصل شد. بر اساس شاخص شانون بیشترین تنوع ژنتیکی به ترتیب در جمعیت¬ آمیخته¬های کرمانی و رومانوف و آمیخته¬های لری-بختیاری و رومانوف مشاهده شد و بر اساس شاخص نئی بیشترین فاصله ژنتیکی بین دو جمعیت پاکستانی و لری¬بختیاری و کمترین فاصله ژنتیکی بین دو جمعیت لری¬بختیاری و آمیخته¬های لری¬بختیاری و پاکستانی مشاهده شد. در جایگاه نیمه دوم، پنج snp شناسایی شد که از پنجsnp مشاهده شده سه snpبا تغییر اسید آمینه و دو snp بدون تغییر اسیدآمینه همراه بودند. شش ژنوتیپ و هفت هاپلوتایپ مختلف از این پنج snp در مجموع هفت جمعیت مورد مطالعه حاصل شد. بیشترین تنوع ژنتیکی به ترتیب در جمعیت¬ آمیخته¬های کرمانی و رومانوف و آمیخته¬های لری¬بختیاری و رومانوف مشاهده شد. بیشترین فاصله ژنتیکی بین دو جمعیت آمیخته¬های کرمانی و رومانوف با آمیخته¬های کرمانی و پاکستانی و همچنین کمترین فاصله ژنتیکی بین دو جمعیت آمیخته¬های لری¬بختیاری و رومانوف با آمیخته¬های کرمانی و رومانوف مشاهده شد. در مجموع از ده snp شناسایی شده در کل اگزون 2 ژن gdf9 در این مطالعه، چهار snp تاکنون در هیچ مطالعه¬ای شناسایی نشده بود.

استفاده از هوش مصنوعی برای برآورد ارزش های اصلاحی صفات رشد گوسفند کرمانی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1393
  حمیدرضا قطب الدینی   محمدرضا محمدآبادی

موضوع این تحقیق بررسی پتانسیل روش های هوشمند یادگیری ، شبکه عصبی مصنوعی برای برآورد ارزش اصلاحی (ebv) گوسفند نژاد کرمانی است. پس از مرتب سازی داده ها، برای اطمینان از صحت ارزشهای اصلاحی آن ها را مجددا توسط نرم افزار as-remal محاسبه شد و به مجموع داده ها اضافه گردید.پس از کامل شدن، داده ها در فرآیند پیش پردازش نرمال سازی گردیده و در بازه -1 و 1 قرار گرفتند. پس از نرمال سازی داده ها به نرم افزار متلب منتقل شده و طراحی شبکه عصبی شروع شد. برای وزن تولد شبکه ای با مشخصات 8 نرون در لایه میانی با تابع آموزشlm و ضریب همبستگی 0/728 برای داده های تست بدست آمد. در مورد وزن 3 ماهگی دو شبکه طراحی و نتیجه آن ها به این صورت گزارش گردید که شبکه اول با 5 نرون ورودی و تابع آموزشlm ضریب همبستگی 0/704 برای داده های تست داشت و شبکه دوم که علاوه بر5 ورودی سابق شامل ارزش اصلاحی وزن تولد هم می شد با تابع lm و 3 نرون در لایه مخفی ضریب همبستگی 0/74را برای داده های تست داد. برای وزن 6 ماهگی هم 2 شبکه مورد بررسی قرار گرفت که شبکه اول با 7 متغییر ورودی وبه شبکه دوم ورودی های ارزش اصلاحی وزن تولد و ارزش اصلاحی وزن 3 ماهگی هم اضافه گردید. شبکه اول با 7 نرون در لایه مخفی و تابع lm ضریب همبستگی 0/703 و شبکه دوم با همین مشخصات ضریب همبستگی برابر با 0/864 را داشت. در پایان با بررسی نتایج کسب شده در این تحقیق دراین تحیق نتیجه گرفته شده که استفاده ازارزش اصلاحی صفت وزن تولد، دقت برآورد ارزش اصلاحی را افزایش می دهد و همچنین استفاده از ارزش اصلاحی وزن تولد و 3 ماهگی ، برآورد دقیقتری از ارزش اصلاحی وزن 6 ماهگی را می دهد. همچنین مقایسه نتایج این تحقیق با مطالعات صورت گرفته در همین زمینه نشان می دهد که شبکه های عصبی پتانسیل برآورد ارزش اصلاحی صفات رشد گوسفند نژاد کرمانی را با دقت قابل توجهی دارند.

پلی مورفیسم ژن میوستاتین با استفاده از مارکرهای مولکولی در گوسفند سنجابی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه زابل - دانشکده کشاورزی 1386
  بهاره صوفی   محمدرضا محمدآبادی

چکیده ندارد.

تعیین جنسیت در رویان موش با تکنیک pcr بر روی تکثیر توالی ژن sry
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه زابل - دانشکده کشاورزی 1386
  امید عابدی تورانی   مرتضی دلیری

چکیده ندارد.

بررسی پلی مورفیسم ژن کالپاستاتین در گوسفند کرمانی با استفاده از pcr-rflp
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه زابل - دانشکده کشاورزی 1386
  وحید بهرام پور   محمدرضا محمدآبادی

چکیده ندارد.

تعیین پلی مورفیسم ژنتیکی در جمعیت گاوهای بومی و غیر بومی استان کرمان بر اساس هورمون رشد، کاپاکازئین و بتالاکتوگلوبولین
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه زابل - دانشکده کشاورزی 1386
  اکرم محمدی   محمدرضا محمدآبادی

چکیده ندارد.

بررسی پلی مورفیسم ژنتیکی در جمعیت بلدرچین استان یزد با استفاده از نشانگرهای میکرو ساتلایت
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه زابل - دانشکده کشاورزی 1386
  آمنه محمدی فر   حمیدرضا میرزایی

چکیده ندارد.

آنالیز ژنتیکی صفات رشد در بز کرکی راینی با استفاده از مدل چند متغیره
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1387
  محمدنبی حسنی   محمدرضا محمدآبادی

چکیده ندارد.

بررسی پلی مورفیسم ژن gola drb 3 با استفاده از pcr rflp در بز سرخ جبالبارز
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1388
  کبری دست افکن   محمدرضا محمدآبادی

بز سرخ جبالبارز با جمعیتی بالغ بر 450 هزار رأس در منطقه جیرفت و کهنوج پرورش می یابد. از سال 82 ، دو گله مردمی با ظرفیت 300 رأس جهت رکورد برداری تحت پوشش مرکز اصلاح نژاد دام قرار گرفته است. فروش کرک، گوشت قرمز و محصولات لبنی از منابع درآمد این نژاد محسوب می شود. با توجه به این که این نژاد تا کنون با نشانگرهای ملکولی مورد مطالعه قرار نگرفته است، لذا این پژوهش به منظور بررسی چند شکل ژن gola-drb3 با استفاده از pcr-reflp در این دا ها صورت گرفت. در این طرح، از 100 بز به صورت تصادفی خونگیری شد. سپس dna نمونه های خون دامها با استفاده از کیت استاندارد استخراج گردید. برای تعیین کمیت و کیفیت آن از ژل آگارز یک درصد و اسپیکتروفتومتر استفاده شد. ناحیه اگزون 2 جایگاه gola-drb3 به طول bp285 با روش heminested-pcr در دو مرحله تکثیر و محصول pcr توسط آنزیم taq برش داده شد. محصولات هضم شده توسط الکتروفروز با ژل اکریل آمید10% یا ژل 2% و رنگ آمیزی اتیدیوم بروماید آشکار گردید. نتایج هضم محصولات pcr با آنزیم taqi شامل دو قطعه 163bp و bp 122 ( الگوی هضمی t) یا قطعه هضم نشده bp 285 )الگوی هضمی t) بود.جمعیت از لحاظ ژن gola-drb3انحراف از تعادل هاردی- واینبرگ را نشان نداد(05/ p<) 0شاخص شانون، شاخص نیی، هتروزایگوسیتی مشاهده شده و هتروزایگوسیتی مورد انتظار به ترتیب0/69، 0/50، 0/52 و 0/50 محاسبه گردید.