دخالت بشر در قلمرو محیط زیست وتخریب این منابع خدادادی موجب به خطر افتادن اغلب اکوسیستم های طبیعی شده است. زیستگاههای طبیعی قوچ و میش وحشی در ایران یکی از این اکو سیستمها است که حفظ و نگهداری آنها از اهمیت ویژه ای برخوردار است. استفاده از تکنیک های دقیق مولکولی ابزاری مهم جهت کمک به مدیریت حفاظت محیط زیست می باشد. استفاده از بارکدینگ dna و تشخیص مولکولی، امکان قضاوت از روی بقایای بیولوژیک و آثار باقی مانده از حیوان(خون، پوست، مو، سرگین و...)، را با دقت بالا امکان پذیر می سازد. بااستفاده از mtdna به علت تغییرات ژنومی کمتر در طول زمان و تکثیر ناحیه سیتوکروم b و استفاده از ژل آگارز و درنهایت استفاده از تکنیک pcr-rflp و آنزیم bshni تشخیص گونه گوسفند از سایر گونه ها و همچنین گوسفند اهلی از گوسفندان وحشی ایران انجام شد. با استفاده از ژن sry تشخیص جنسیت صورت گرفت و پس از توالی یابی ناحیه سیتوکروم b گوسفندان اهلی و وحشی و استفاده از شش جایگاه در نوکلئوتیدهای شماره 81 ، 280، 199،420 ،522 و699 محاسبه ی تنوع ژنتیکی بین زیرگونه ها و سایر شاخص های مربوطه انجام شد و در نهایت درخت فیلوژنی گوسفندان اهلی و وحشی ترسیم شد. باتکثیر نواحی فوق توسط پرایمرهای اختصاصی ناحیه سیتوکروم b تشخیص گوسفند از سایر گونه ها حاصل شد. همچنین با هضم آنزیمی در گونه گوسفند زیر گونه وحشی با ایجاد دو باند 228 و301 جفت بازی از زیر گونه اهلی که محصولات pcr (bp529) آن با آنزیم برش داده نشد، تشخیص داده شد. با استفاده از پرایمرهای مربوط به تعیین جنسیت، امکان تشخیص همزمان گونه و جنسیت در یک واکنش pcr به صورت multiplex pcr فراهم گردید. در ترسیم درخت فیلوژنی گوسفندهای وحشی و اهلی در یک شاخه قرارگرفتند. اما گوسفندهای اهلی و وحشی در زیر شاخه ها، ازهمدیگر جدا شدند. همچنین الگوی درخت فیلوژنی نشانگر الگوی پراکنش جغرافیایی زیرگونه ها بود. توسط این تکنیک می توان گونه ها را از همدیگر تشخیص داد و از نتایج آن در بخش های مختلف اعم از محیط زیست، دامپزشکی و مراکز تحقیقاتی استفاده کرد.

گوزن زرد ایرانی (dama mesopotamica) یکی از گونه های نادر گوزن در جهان محسوب می شود. این گونه که زمانی گمان می رفت منقرض شده باشد در چند دهه گذشته در اسارت تکثیر و به مناطق مختلف کشور معرفی شده است. این گونه در حال حاضر در فهرست قرمز iucn تحت عنوان گونه در معرض خطر، قرار دارد. در این مطالعه تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیتی گوزن زرد ایرانی با استفاده از تجزیه و تحلیل ناحیه d-loop میتوکندری مورد بررسی قرار گرفت. استخراج دی.ان.ای از نمونه بافت و خون 39 رأس گوزن که از جمعیت های گوزن زرد ایرانی از کلیه مناطق ایران به دست آمده بود انجام گرفت به منظور تکثیر ناحیه d-loop میتوکندری بر اساس سکانس بدست آمده از سایت ncbi یک جفت آغازگر طراحی شد که یک قطعه 588 جفت باز را تکثیر نمود. ناحیه مورد نظر در نمونه های جمع آوری شده با استفاده از روش pcr تکثیر و محصول حاصله توالی یابی شد. ترکیب نوکلئوتیدی توالی بدست آمده شامل 6/25 درصد آدنین، 9/28 درصد تیمین، 1/26 درصد سیتوزین و 4/19 درصد گوانین بود. نتایج توالی یابی نشان داد که اختلاف نوکلئوتیدی بین جمعیت های گوزن زرد ایران در ناحیه d-loop میتوکندری با طول 402 جفت باز وجود ندارد و یک هاپلوتیب بین نمونه های مورد مطالعه مشاهده شد. قطعه توالی یابی شده با توالی نوکلئوتیدهای استخراجی از بانک ژن مرکز ملی اطلاعات ژنتیکی (ncbi) برای خانواده گوزن ها مورد مقایسه قرار گرفت و درخت فیلوژنیک به روش پیوند همجواری با تعداد 1000 تکرار نمونه گیری ترسیم گردید. نتایج نشان داد که جمعیت های گوزن زرد ایران و گوزن زرد اروپایی دو گونه متفاوت و متمایز از هم هستند و هاپلوتایپ گونه گوزن زرد اروپایی در بین جمعیت های گوزن زرد ایرانی حداقل در ناحیه d-loop میتوکندری مادری، وجود نداشته است. اما برای تایید بیشتر لازم است با استفاده از مناطق ژنی دیگر نسل پدری نیز بررسی شود. از ان جا که گوزن زرد به کرات مورد شکار غیر قانونی قرار می گیرد برای تشخیص گوشت گوزن زرد از سایر گونه های احتمالی یک جفت آغازگر اختصاصی در ناحیه حفاظت شده ناحیه d-loop میتوکندری با ناحیه تکثیری 588 جفت باز طراحی شد. برای بررسی کارایی جفت آغازگر طراحی شده نمونه بافت از سایر حیوانات که گوشت آنها اغلب مورد استفاده قرار می گیرد، شامل گونه های، جبیر (gazella bennettii)، کل و بز (capra aegagrus)، قوچ و میش (ovis orientalis)، گاو، گوسفند تهیه و دی.ان.ای آنها استخراج شد. نتایج نشان داد که آغازگر های طراحی شده فقط در نمونه های گوزن زرد تکثیر شده و قطعه مورد نظر به طول 588 جفت باز را ایجاد می کنند. بنابراین در شرایطی که نیاز به شناسایی بافت این گونه از سایر گونه ها باشد آغازگرهای مورد نظر می تواند مورد استفاده قرار گیرد.