نام پژوهشگر: احمد آسوده

بررسی پلی مورفیسم a98v در 100 بیمار دیابتی نوع 2 ساکن مشهد
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد 1388
  بهناز طلوعی نیا   احمد آسوده

شروع زود هنگام دیابت نوع دو را به صورت خانوادگی maturity-onset diabet of the young (mody) می گویند. جهش در شش ژن سبب انواع mody می شود. mody3 که به دلیل جهش در ژن (hepatic nuclear factor) hnf1-alpha ایجاد می شود، در بین انواع دیگر mody عمومیت بیشتری دارد. پروتئین hnf1-alpha یک فاکتور رونویسی است که در ترشح انسولین توسط سلول های بتا پانکراس نقش دارد. جهش در ژن hnf1-alpha سبب نقص در ترشح انسولین می شود. جهش آلانین به والین ((ala98val یکی از عمومی ترین جهش های ژن hnf1-alpha است که سبب ابتلای افراد به دیابت در نقاط مختلف دنیا شده است. در این تحقیق، جهش a98v در 100 بیمار دیابتی ساکن مشهد با استفاده از روش pcr-rflp مورد بررسی قرار گرفت. dna ژنومی 41 بیمار با شروع دیابت 35? ، 59 بیمار با شروع دیابت بیشتر از 35 سال و 50 فرد کنترل استخراج شد. اگزون شماره یک ژنhnf1-alpha با روش pcr تکثیر یافت و محصولات pcr توسط آنزیم haeiii هضم شد و محصولات هضم بر روی ژل آگارز ارزیابی شد. مطالعات ما نشان داد که 4 بیمار (%7/9) در گروه دیابت با شروع دیابت 35 ? حامل جهش هتروزیگوت a98v در اگزون یک ژن hnf1-alpha بودند. نتایج بدست آمده حاکی از این بود که پلی مورفیسم a98v ممکن است در افزایش خطر دیابت نوع دو در بیماران دیابتی ساکن مشهد با شروع دیابت 35? سال موثر باشد. بنابراین پیشنهاد می شود که جهش a98v موجود در ژن a98v به طور جدی در بیماران دیابتی ایرانی مورد بررسی قرار گیرد. کلمات کلیدی hnf1-alpha، جهش، mody، دیابت نوع دو، pcr-rflp

فریک هیدروژن سولفات، [fe(hso4)3] کاتالیزوری موثر، با قابلیت استفاده مجدد برای سنتز مشتقات فلورسئین و سنتز استرهای فلورسئین در حضور کاتالیست p2o5/sio2 و مطالعه هیدرولیز آنها در حضور آنزیم لیپاز
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد 1389
  نرگس میرزایی   حسین عشقی

چکیده در بخشی از این کار تحقیقاتی روشی موثر و آسان برای سنتز مشتقات فلورسئین گزارش کرده ایم. تراکم فنول های (f-a1) با فتالیک انیدرید (2) در حضور مقدار کاتالیزوری از فریک هیدروژن سولفات [fe(hso4)3] در شرایط ذوب، مشتقات فلورسئین (f-a3) را با بازدهی بالا می دهد. خواص جذبی و نشری این ترکیبات مورد مطالعه قرار گرفته است. در بخش دوم، یک سری از آریل استرهای فلورسئین (i-a5) را از واکنش فلورسئین (a3) و کربوکسیلیک اسیدهای (i-a4) در حضور p2o5/sio2، تهیه کرد. ایم. این واکنش یک مرحله ای در دمای c?60 انجام می گیرد و دی استرهای مربوطه با بازده بالا به دست می آیند. هیدرولیز این استرهای فلورسئین در حضور و عدم حضور آنزیم لیپاز مورد بررسی قرار گرفته است. سرعت تغییر در فلورسانس محلول (که ناشی از تشکیل فلورسئین فلورسانس می باشد)، اندازه گیری و به فعالیت آنزیم نسبت داده شده است. بعلاوه رابطه بین سرعت هیدرولیز این استرها با استخلاف های روی حلقه ی آروماتیک بحث شده است. برخلاف فلورسئین دی بوتیرات، فلورسئین دی (4- متیل بنزوات)، به دلیل سرعت بالاتر و مقدار km مطلوب تر، سوبسترای بهتری برای تعیین فعالیت آنزیم لیپاز به روش فلورومتری می باشد. حداقل غلظت قابل تشخیص آنزیم لیپاز توسط این سوبسترا ng/ml 3/9 می باشد که 6/22 برابر قدرت تشخیص فلورسئین دی بوتیرات می باشد.

بررسی اثر روش تولید و مرحله خشک کردن بر ویژگی های عمل کنندگی کنسانتره پروتئینی حاصل از آردهای صنعتی سویا
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی 1389
  مریم رواقی دارانی   مصطفی مظاهری تهرانی

در این تحقیق، چهار نوع آرد سویای تجاری شامل آرد کامل سویا (چربی 08/22 و pdi 72/28)، آرد سویای بدون چربی (چربی 67/3 و pdi 10/55)، آرد سویای برشته بدون چربی (چربی 78/3 و pdi 72/10) و آرد سویای کم چرب (چربی 34/14 و pdi 71/32) جهت تولید کنسانتره به دو روش شستشو با محلول الکلی و شستشو با محلول اسیدی مورد استفاده قرار گرفت و بازده و خصوصیات شیمیایی پس از خشک کردن و ویژگی های عمل کنندگی کلیدی قبل و بعد از خشک کردن تعیین گردید. تولید کنسانتره از آرد کامل سویا بازده بالاتری داشت، اما محتوای پروتئین و فراکسیون های آن به دلیل حضور چربی کمتر بود. روش شستشوی الکلی بازده بالاتری ایجاد کرد در حالی که میزان پروتئین، چربی، فیبر و فراکسیون های پروتئینی کاهش یافت. pdi محصول در روش شستشو با محلول الکلی پایین تر بود و بر خلاف روش شستشوی اسیدی ارتباطی به pdi مواد اولیه نداشت. آرد سویای بدون چربی و کنسانتره حاصل از آن ظرفیت نگهداری آب، ظرفیت باند کردن چربی، امولسیون کنندگی و خصوصیات کف کنندگی بالاتری نشان داد. کنسانتره حاصل از شستشوی اسیدی دارای خصوصیات امولسیون کنندگی و کف کنندگی بالاتری بود، درحالی که شستشوی الکلی باعث تقویت ظرفیت نگهداری آب و ظرفیت باند کردن چربی گردید. کنسانتره حاصل از آرد بدون چربی نسبت به آرد اولیه به طور معنی داری دچار تغییرات شد، در حالی که حضور چربی یا دناتوراسیون ناشی از برشته کردن به جز در مورد پایداری امولسیون از شدت تغییرات کاست. به علاوه حین فرآیند ظرفیت نگهداری آب در مورد محصولاتی با میزان چربی بالاتر افزایش یافت. گرچه عمده ترین تغییرات pdi در زمان خشک کردن رخ داد، اما تأثیر فرآیند بر خصوصیات کف کنندگی و امولسیون کنندگی بسیار بیشتر از مرحله خشک کردن بود.

طراحی، سنتز و بررسی اثرات بیولوژیکی آنالوگهاِی پپتید brevinin-2rبه عنوان ترکِیبات ضدسرطان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1389
  هاشم یعقوبی چهل گز   حسین نادری منش

چکیده brevinin-2rحاوی 25آمینواسید می باشدکه ازپوست قورباغه rana ridibundaترشح می شود.این پپتید دارای خاصیت ضد باکتریایی بالقوه بوده وخاصیت همولیتیک ضعیفی دارد.ازلحاظ خصوصیات ساختاری این پپتید دارای انتهای آمینو آب دوست وانتهای کربوکسیل آن دارای لوپ است که توسط یک پیوند دی سولفیدی ایجادشده است،این ساختار در گونه های ranaمشترک است.به منظور بررسی خصوصیات ساختاری،ضد باکتریایی،فعالیت همولیتیکی وپایداری پروتئولیتیکی ماآنالوگ های d(دیاسترومرهای d-leu)وc(پپتید حلقوی شده) را بصورت فاز جامد سنتز کردیم ودرستی توالی سنتز شده توسط دستگاه mass spectتایید شد.مطالعات ساختاری نشان داد که ساختارمارپیچ ? و هیدروفوبیسیته نقش بسیار مهمی را در فعالیت این پپتیدها ایفا می کند.آنالوگ های c,dهیچ گونه فعالیت همولیتیکی حتی تا غلظت g/mlµ 400 از خودنشان ندادند.در حالیکه 2r-brevinin به صورت جزیی دارای خاصیت همولیتیک بود. فعالیت ضد باکتریایی((mic brevinin-2r در مقایسه با آنالوگ های c,dبه هر دوی باکتری های گرم منفی وگرم مثبت بیشتر بود. فعالیت آنالوگc بر روی باکتری گرم منفی از آنالوگ dبیشتر بود در حالیکه هردو اثر مشابهی روی باکتری های گرم مثبت داشتند. طیف cd درمحیط آب و(50%) tfe نشان داد که این پپتیدها در محیط آب هیچگونه ساختار مشخصی ندارند ولی در محیط tfe که مشابه ساختار غشا می باشد بصورت مارپیچ آلفا در میایند که در مورد brevinin-2r درصد آلفا هلیکس نسبت به دو آنالوگ خود تفاوت فاحشی داشت. آنالوگ های c,d درصد آلفا هلیکس مشابه هم داشتند. brevinin-2r و آنالوگهای آن بر روی دو رده سلولهای سرطانی mcf7 و a549 اثر سیتوتوکسیک داشتند که با افزایش غلظت و مدت زمان این اثر بیشتر دیده شد که brevinin-2r نسبت به آنالوگهای خود اثر سیتوتوکسیک بیشتری نشان داد. بررسی-های فلوسایتومتری نشان داد که این پپتیدها چرخه سلولی را بیشتر به مرحله g1 یا آپاپتوز شدن هدایت می-کنند که این نتایج با annexin-v مشاهده گردید. افزایش قابل ملاحظه ای در فعالیت کاسپاز 3/7 در هر دو رده تیمار با پپتیدها دیده شد در حالیکه تغییری در فعالیت کاسپاز 8 در هر دو رده تیمار با پپتیدها مشاهده نشد.

استخراج و خالص سازی پپتیدهای ضد میکروبی از ترشحات پوستی قورباغه بلوچی (euphlyctis cyanophlyctis)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد 1389
  عادل قرآنی اعظم   احمد آسوده

امروزه یکی از مشکلاتی که در زمینه بروز بیماری های جدید در بیماران مختلف مطرح است، مقاومت آن ها به آنتی بیوتیک های رایج در درمان بیماری ها است. بنابراین پیدا کردن آنتی بیوتیک های جدید با قدرت بالاتر و نیز با کمترین عوارض جانبی ضروری به نظر می رسد. در این بین پپتیدهای ضد میکروبی با منشاء طبیعی می توانند به عنوان جانشین مناسبی برای این آنتی بیوتیک ها در نظر گرفته شوند. این پپتیدها به عنوان یکی از مهمترین بخش های سیستم ایمنی در مقابله با آلودگی های بیماریزای باکتریایی، انگلی و ویروسی است. در این مطالعه ما به بررسی پپتیدهای ضد میکروبی مترشحه از پوست قورباغه بلوچی می پردازیم. این گونه از قورباغه در جنوب شرق ایران یافت می شود. برای جداسازی و خالص سازی این پپتید های ضد میکروبی، از rp-hplc و برای تعیین توالی پپتید استخراج شده، از روش اسپکتروسکپی جرمی متوالی استفاده شد. در این مطالعه، پپتیدی ضد میکروبی با 21 اسید آمینه و با وزن مولکولی 80/2347 دالتون گزارش شد. این پپتید به دلیل اینکه برای اولین بار و از قورباغه بلوچی استخراج شد، سیانوفلیکتین نامگذاری شد. بررسی همولوژی پپتید سیانوفلیکتین با سایر پپتیدهای مشابه، نشان داد که این پپتید دارای % 47 تشابه با پپتید ضد میکروبی -2ec بروینین است. آزمایش های ضد میکروبی پپتید سیانوفلیکتین که با روش نشر شعاعی صورت گرفت، مشخص نمود که این پپتید ضد میکروبی، طیف عظیمی از میکروب های گرم مثبت و گرم منفی را از بین می برد. نتایج ما همچنین نشان داد که این پپتید دارای حداقل غلظت مهاری کمتر از 5 میکرو گرم بر میلی لیتر بوده و هیچ گونه اثر همولیز کنندگی در محدوده mic ندارد. سیانوفلیکتین در غلظت 60 میکرو گرم بر میلی لیتر دارای %35/2 اثر همولیز کنندگی است. در نتیجه ترشحات پوستی قورباغه بلوچی دارای کلاس جدیدی از پپتیدهای ضد میکروبی با فعالیت بالای ضد میکروبی می باشد.

استخراج و خالص سازی پپتید های ضد میکروبی از ترشحات پوستی قورباغه مردابی (rana ridibunda) بومی استان خراسان رضوی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد 1389
  هادی زارع   احمد آسوده

استفاده روزافزون از آنتی بیوتیک ها برای درمان انواع بیماری های عفونی زمینه را برای ایجاد سویه های مقاوم فراهم کرده است به طوری که امروزه برخی از سویه های باکتریایی تحت تأثیر هیچ یک از آنتی بیوتیک های رایج امروزی قرار نمی گیرند؛ بنابراین امروزه باید به دنبال جایگزینی مناسب برای این ترکیبات بود تا بتوان با این مشکل مقابله کرد. در این بین مشخص شده است که ترشحات پوستی دوزیستان سرشار از ترکیباتی با ماهیت پپتیدی است که اثرات قابل توجهی علیه انواع میکروب ها دارند. در این تحقیق با استفاده از ترشحات پوستی قورباغه مردابی بومی خراسان سعی بر آن داریم تا پپتید های جدید با اثرات ضد میکروبی را جداسازی کنیم. در این مطالعه دو پپتید ضد میکروبی جدید temporin-ra و temporin-rb با استفاده از کروماتوگرافی فاز معکوس از ترشحات پوستی قورباغه مردابی (rana ridibunda) خالص سازی و شناسایی شد. پپتید های جدید temporin-ra و temporin-rb به ترتیب از 14 و 12 اسید آمینه ساخته شده اند. نتایج ما نشان داد که این دو پپتید اثر مهاری بر روی انواع باکتری گرم مثبت و گرم منفی به ویژه باکتری های مقاوم بیمارستانی مانند staphylococcus aureus و streptococcus agalactiae را دارند. توالی و وزن مولکولی این دو پپتید با استفاده از اسپکتروسکوپی جرمی تعیین شد. پپتید temporin-ra دارای وزن مولکولی 1/1585 دالتون و پپتید temporin-rb دارای وزن مولکولی 5/1242 دالتون است. سلول های خونی انسان به خوبی این دو پپتید را تحمل می کنند به طوری که در غلظت ?g/ml60، پپتید temporin-ra ، تنها 3/1 درصد و پپتید temporin-rb ، 1/1 درصد همولیز نشان دادند. مقدار حداقل غلظت مهاری (mic) این دو پپتید بسیار مناسب است و در غلظت های پایین خاصیت میکروب کشی وسیعی دارند. به دلیل فعالیت ضد میکروبی با طیف وسیع و خاصیت همولیتیک پایین، احتمالاً بتوان از این دو پپتید جدید ، در درمان عفونت های موضعی استفاده کرد.

مطالعه اثر موضعی ترشحات پوست قورباغه مردابی rana ridibunda بر شاخص های هیستولوژیک روند ترمیم زخم های مکانیکی موش سوری
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم 1390
  محمد مشرقی   احمد آسوده

هدف اصلی درمان زخم ها بسته شدن سریع آنها و باقی نماندن اثر زخم است. ترمیم زخم فرایند پیچیده و فعال ترمیم بافتی است که درگیر وقایع سلولی و مولکولی می شود. بهبود زخم شامل سه فاز است: التهاب، تشکیل بافت و بازارایی بافت ؛ این مراحل دارای همپوشانی زمانی هستند. مواد ترشحی دوزیستان دارای خواص گوناگونی هستند از جمله: خاصیت کاردیوتونیک و ضد آریتمیک، ضد دیابتیک، تنظیم کنندگی ایمنی، ضد میکروبی، ضد ویروسی، ضد توموری، القای خواب، ضد درد و غیره. همچنین پوست دوزیستان دارای خاصیت ترمیم زخم هستند.با وجود چنین خواصی برآن شدیم که در این آزمایش خواص ترمیم ترشحات پوستی دوزیستان را در ترمیم زخم بررسی نماییم. ابتدا قورباغه های گونه rana ridibunda را با ولتاژ الکتریکی تحریک و ترشحات پشتی آنها راجمع آوری نموده و به دو بخش تقسیم گردیدند .بخش اول به صورت خام و بخش دوم از غشا 10 کیلو دالتون عبور داده شدند پس بخشی با وزن 10 کیلودالتون داشتیم. سپس هر دو بخش تحت انجماد خشک، خشک شدند. در این آزمایش از موش سوری به عنوان مدل ترمیم زخم استفاده شد، موش ها به سه گروه کنترل، تیمار عصاره خام و تیمارعصاره زیر 10 تقسیم شدند.سپس به وسیله پانچ 4 میلی متر دو زخم در پشت هر جانور زده شد. هر یک از تیمار ها به وسیله پمادی که از قبل آماده شده بود به پشت موش ها با فواصل زمانی 48 ساعت زده شد. به منظور بررسی روند ترمیم زخم موش ها در روز های 2، 4 و6 روز بعد از ایجاد زخم با ترحم کشته شدند. بعد از گرفتن نمونه برداری میکروبی از زخم، زخم ها به علاوه بافت سالم اطراف آنها فیکس شدند تا برای انجام مطالعات هیستولوژیک آماده شوند. پارامتر هایی از جمله:بسته شدن زخم، تعداد سلول های التهابی، تعداد فیبروبلاست، میزان کلاژن سازی، ضخامت اپیدرم، رگ زایی و هم چنین بار باکتریایی هر زخم بررسی شدند. نتایج: تمامی نتایج بهبود سریع تر زخم را در تیمار عصاره زیر 10 و عصاره خام نسبت به کنترل نشان می داد، اگر چه میزان بهبودی در تیمار عصاره زیر 10 بسیار بالا بود. در مورد نتایج میکروبی باز هم کاهش بار باکتریایی در تیمار زیر 10 مشاهده می شد. بحث: نتایج این مطالعه نشان می دهد که ترشحات پوستی قورباغه به خصوص ترشحات با وزن زیر 10 کیلو دالتون اثرات قابل توجهی را در ترمیم زخم دارند. که می توان با مطالعات بیشتر به عنوان دارویی موضعی برای ترمیم زخم مورد استفاده قرار گیرند.

استخراج، خالص?سازی و تعیین ویژگی?های بیوشیمیایی نوع جدیدی آنزیم لیپاز از فلور میکروبی چشمه دیگ رستم
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم 1390
  طاهره قنبری   احمد آسوده

دراین طرح به بررسی ویژگی‏های بیوشیمیایی آنزیم لیپاز ترموفیل و الکالوفیل جداشده از باکتری باسیلوس سوبتیلیس dr8806 موجود در فلور میکروبی چشمه آب گرم و معدنی دیگ رستم پرداخته می‏شود. آنزیم تولیدشده با استفاده از روش های رسوب دهی با سولفات آمونیوم و اولترافیلتراسیون تغلیظ و با کروماتوگرافی تعویض یونی q سفاروز خالص شد. وزن مولکولی این آنزیم براساس sds-page حدود 25/60 کیلودالتون است. آنالیز فعالیت آنزیم در شرایط مختلف نشان داد که دما و ph بهینه این آنزیم به ترتیب °c 50 و 8 و نیمه عمر آنزیم در دمای بهینه، 72 دقیقه است. اثر یون های فلزی بر روی میزان فعالیت نشان دهنده این است که یون های cu2+ ، mn2+ ، fe2+ ،co2+ ،hg2+ ، mg2+ و zn2+ اثر مهارکنندگی و یون هایca2+ ،k+ و na+ در غلظت 10 میلی‏مولار موجب پایداری فعالیت آنزیم استخراج شده می شوند. فعالیت آنزیم در اثرpmsf ,edta dntp ,sds ( 1 و 10 میلی مولار ) کاهش قابل ملاحظه ای نشان داد. ترکیب triton x-100 1% تاثیر چندانی بر فعالیت آنزیم نشان نداد. آنزیم بر روی ترکیب استری پارا- نیتروفنیل استات (pnpa) با طول زنجیره کربنی کوتاه، بیشترین فعالیت هیدرولیزی را نسبت به سایر سوبستراهای استری نشان داد. برای سوبسترای pnpa ،پارامترهای سینتیکی km وvmax به ترتیب 5 میلی‏مولار و ?m min? 1 mg? 1 25/149 تعیین شد. سرعت هیدرولیز استر های فلورسئین در حضور آنزیم خالص شده، افزایش نشان داد.

استخراج، خالص?سازی و تعیین ویژگی?های بیوشیمیایی نوع جدیدی آنزیم آمیلاز از فلور میکروبی چشمه دیگ رستم
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم پایه 1391
  اشرف عالمی   احمد آسوده

این کار گزارشی از جداسازی، خالص‏سازی و تعیین ویژگی‏های بیوشیمیایی آنزیم آلفا- آمیلاز اسیدوفیل جداشده از باکتری جدید ‏bacillus sp.dr90 موجود در فلور میکروبی چشمه آب‏گرم دیگ‏رستم است. ابتدا جداسازی، کشت باکتری و شناسایی نسبی جنس آن بر اساس روش‏های بیوشیمیایی و مولکولی انجام شد. سپس آنزیم تولید شده با استفاده از روش‏های رسوب‏دهی با سولفات آمونیوم، اولترافیلتراسیون و کروماتوگرافی تبادل یونی با رزین q- سفاروز، خالص شد. وزن مولکولی آنزیم بر اساس sds-page حدود 69 کیلو‏دالتون است. phبهینه آنزیم، 4 و آنزیم در phبین 3 تا 6 پایدار است؛ بنابراین می‏توان نتیجه گرفت که آنزیم یک آنزیم آمیلاز اسیدوفیل است. دمای بهینه آنزیم، ?c45 است. یون‏هایzn2+ و hg2+(1، 5 و 10 میلی مولار) اثر مهاری بر فعالیت آنزیم داشتند. یون‏های ba2+، mg2+و fe2+ (1، 5 و 10 میلی مولار) فعالیت آنزیم را افزایش دادند. همچنین یون‏های na+،k+ و ca2+ (1، 5 و 10 میلی مولار) تأثیری بر فعالیت آنزیم نداشتند.edta ، pmsfو? ـ مرکاپتواتانول (1، 5 و 10 میلی مولار) تاثیری بر فعالیت آنزیم نداشتند. مقاومت آنزیم به سورفاکتانت‏های tition x-100وsds (1، 5 و 10 میلی مولار) نسبتاً خوب است. برای سوبسترای نشاسته مقادیر سینتیکی km و vmaxبه ترتیب، 1- mg.ml4 و µm.min1-.mg1-33/333 است. آنالیز محصولات تولیدی آنزیم توسط روش کروماتوگرافی لایه نازک (tlc) نشان داد که محصول نهایی عمل آنزیم، گلوکز و مالتوز است. اثر چهار مایع یونی شامل 1- اتیل 3- متیل ایمیدازولیوم برماید، 1-بوتیل 3- متیل ایمیدازولیوم برماید، 1- هگزیل 3- متیل ایمیدازولیوم برماید و 1-بوتیل 3- متیل ایمیدازولیوم کلراید، بر روی فعالیت آنزیم آمیلاز نشان داد که این مایعات سبب کاهش فعالیت آنزیم ‏شدند. با توجه به این ویژگی‏ها، احتمال کاربرد آنزیم در صنایع نشاسته و شوینده‏ها وجود دارد.

استخراج، خالص سازی و تعیین ویژگی های بیو شیمیایی آنزیم تبدیل کننده آنژیوتنسین (ace) i از ریه شترمرغ (struthio camelus)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم پایه 1391
  زهرا مجلل طباطبایی   محمدرضا حسین دخت

این مطالعه گزارشی از جداسازی، خالص‏سازی و تعیین ویژگی‏های بیوشیمیایی آنزیم تبدیل کننده آنژیوتنسین i از بافت ریه شترمرغ (struthio camelus) با استفاده از تکنیک های کروماتوگرافی ژل فیلتراسیون و تبادل یونی است. وزن مولکولی آنزیم تخلیص شده بر اساس تکنیک sds-page، 5/178 کیلودالتون تعیین شد. بهترین فعالیت آنزیم در محدوده phبرابر 8-5/7 و حداکثر فعالیت آنزیم در 5/7=ph بدست آمد. بررسی اثر دما بر فعالیت ace، بیان کننده پایداری دمایی بالای آنزیم (تا ?c55( است. اثر افزایش غلظت های tfe (2،2،2 تری فلورواتانول)، تریتون x-100، sds (سدیم دو دسیل سولفات) و) ctab ستیل تری متیل آمونیوم بروماید( بر فعالیت ace بررسی شد. فعالیت آنزیم در حضور tfe (1/0%)، تریتون x-100 (01/0%)،ctab ( mm1/0 و 1) و sds ( mm1/0) افزایش و در غلظت های بالاتر از تریتون x-100 (1% و 10%) و sds( mm1) کاهش نشان داد. آنزیم با tfe(20%) و sds ( mm10) کاملاً مهار شد. نتایج حاکی از برهمکنش پیچیده عوامل ذکرشده در بالا و ace به عنوان یک آنزیم غشایی است. آنزیم با edta(اتیلن دی آمین تترا استیک اسید) ( mm1/0) و فنانترولین (mm 35/0) کاملاً مهار شد، اما pmsf(فنیل متان سولفونیل فلورید) اثری بر فعالیت آنزیم نداشت. کمیت های km، kcat و kcat/km در حضور سوبسترای fapgg (فوران آکریلوئیل فنیل آلانیل-گلایسیل- گلایسین) درph بهینه (5/7(ph= به ترتیب m4-10×8/0، min-152969 و min-1m-1107×2/66 بدست آمد. کمیت ic50 وki برای کپتوپریل به ترتیب nm 5/36 و nm6/16 تعیین شد. با توجه به نتایج، احتمالاً ace ریه شترمرغ، می تواند گزینه ای مناسب برای مطالعه ساختار ace و معرفی مهارکننده های ace شامل مهارکننده های سنتزی و پپتیدهای فعال زیستی باشد.

اثر پپتیدهای ضد میکروبی استخراج شده از ترشحات پوستی قورباغه مردابی بر روی بیان ژن های سایتوکاین های پیش التهابی در رده سلول های اپی تلیال انسانی a549 با روش real time quantitative pcr
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم 1391
  ریحانه کاشف   علیرضا حق پرست

پپتیدهای ضدمیکروبی گروهی از پلی پپتیدهای کوچک هستند که سبب مهار رشد میکروبها می شوند. این پپتیدها، مولکولهای تاثیرگذار در سیستم ایمنی ذاتی جانوران از گیاهان تا مهره داران و بی مهره گان بوده و خصوصیات پیش التهابی دارند. غدد گرانولار موجود در پوست قورباغه منبع غنی از این پپتیدها است. در تحقیق حاضر، اثر سمیت و خصوصیات التهابی عصاره خام پپتیدی استخراج شده از قورباغه rana ridibunda و پپتید سنتزی بروینین-2آر بر سلولهای a549 مورد بررسی قرار گرفت. پس از کشت سلولهای سرطانی ریه، غلظتهای مختلف پپتید بر سلول تاثیر داده شد. سپس سمیت پپتیدها به وسیله تست mtt به صورت وابسته به دوز و زمان سنجش شد. به منظور بررسی بیان ژنهای پیش التهابی، پس از تاثیر غلظتهای مختلف عصاره خام و بروینین-2آر بر سلول، در سه زمان 6، 12 و 24 ساعت، rna سلول استخراج و cdna ساخته شد. پس از انجام rt-pcr نیمه کمی برای ژنهای il-1?، il-8 و il-6، سطح بیان این ژنها به روشreal time pcr کمیت سنجی شد. نتایج نشان داد، عصاره خام و پپتید بروینین-2آر سمیت نسبتاً مشابهی داشته و موجب کاهش حدود 20% بقاء سلولی شدند. علاوه بر این، پپتیدهای مورد بررسی، سبب افزایش بیان ژنهای مذکور در سطح mrna به صورت وابسته به دوز و زمان شدند. نتایج این تحقیق نشان داد که عصاره خام و پپتید سنتزی بروینین-2آر، از طریق پیشبرد برخی از فرایندهای التهابی، سبب القاء پاسخ دفاعی در رده سلولی a549میشوند.

کلونینگ و بیان ژن فیتاز (phyc) در اشرشیاکلی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی 1391
  حمید اریان نژاد   علی اصغر اسلمی نژاد

فیتازها(مایواینزیتول هگزا فسفات فسفوهیدرولاز) آنزیم های هستند که اسید فایتیک را هیدرولیز و فسفر معدنی را برای حیوانات قابل دسترس می کنند.تولید طبیعی و نوترکیب این آنزیم ازجمله مسائل مهم حوزه مهندسی ژنتیک محسوب می گردد. در این پروژه، ژن فیتاز خارج سلولی باکتری باسیلوس سابتیلیسatcc12711(phyc) با استفاده از پرایمرهای لینکردار حاوی سایت های برشی bamhi و hind iii جداسازی شد. به منظور انجام توالی یابی و بررسی خصوصیات، ژن تکثیر شده phyc به ناقل ptz57r/tمنتقل و سپس به باکتری اشرشیاکلیdh5? انتقال داده شد. غربالگری کلونی آبی و سفید با استفاده از iptg و x-galبه منظور انتخاب کلونی های نوترکیب انجام گردید و کلونی های حاوی ژن هدف با استفاده از پرایمرهای اختصاصی و روش کلونی pcr انتخاب شدند. آنالیز و بررسی همولوژی ژن هدف با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک صورت گرفت. هضم آنزیمی وکتور کلونینگ با استفاده از آنزیم های محدودکننده ذکر شده صورت گرفت. ژن هدف به ناقل بیانی pet32a(+) به منظور بیان ژن وارد شد. ناقل نوترکیب به سویه اشرشیاکلیbl21 (de3) انتقال و حضور ناقل نوترکیب با استفاده از کلونی pcr تایید گردید. سپس سویه بیانی حاوی ژن هدف با استفاده از iptg در غلظت نهایی 1 مولار در حضور cacl2 10 میلی مولار تحریک شد. نتایج استخراج پروتئین در sds-page الکتروفورز شده و اندازه پروتئین فیتاز تولید شدهkd 64 تخمین زده شد. همچنین نتیجه دات بلات صحت تولید پروتئین فیتاز را تایید می نماید. اندازه گیری فعالیت آنزیمی با استفاده از روش استاندارد فسفاتاز نشان داد که آنزیم نوترکیب تولید شده در این تحقیق، در 7ph= بیشترین فعالیت را دارا می باشد. فعالیت آنزیم اندازه گیری شده برابر با u/ml 44/7 بود که وابسته به حضور یون کلسیم می باشد. تحقیقات نشان می دهد که این آنزیم به جهت مقاومت حرارتی و هزینه تولید پایین،قابلیت بالای برای استفاده در صنعت مواد افزودنی و دارویی دارد.

استخراج و خالص سازی آنزیم تبدیل کننده آنژیوتنسین (ace) از ریه شتر (camelus dromedaries) و تعیین ویژگی های بیوشیمیایی آن
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم پایه 1391
  نجمه هوشمند فیض آبادی   راضیه جلال

در این مطالعه آنزیم تبدیل کننده آنژیوتنسین (ace, ec 3.4.15.1) با استفاده از دترجنت غیر یونی تریتون x-100از بافت ریه شتر (camelus dromedaries) استخراج شد و در طی سه مرحله شامل: رسوب دهی با آمونیوم سولفات، کروماتوگرافی تبادل آنیونی باq-sepharose و ژل فیلتراسیون با sephacryl s-200 hr به میزان 314 برابر خالص گردید. فعالیت ویژه نهایی آن برابر unit/mg 74/45 بدست آمد. وزن مولکولی آنزیم با روش sds-page، تقریباً 189 کیلودالتون تخمین زده شد. برای سنجش فعالیت ace استخراج شده، از سوبسترای fapgg و یک روش اسپکتروفوتومتریک پیوسته استفاده شد. ace باعث تبدیل fapgg بهfa-phe و gly- gly می شود و در نتیجه جذب آن در 334 نانومتر کاهش می یابد. مقدار km و vmax آنزیم با استفاده از نمودار لینویور- برک به ترتیب mm 38/0 و mol min-1 mg-1µ 49/6 بدست آمد. مقادیر kcat و km/kcat آنزیم نیز به ترتیب min-1 104× 16/8 و m-1 min-1 107× 27/21 محاسبه گردید. حداکثر فعالیت آنزیم و پایداری آن در ph برابر 5/7 مشاهده شد. آنزیم به وسیله edta (mm 1) و فنانترولین (mm 5/2) به عنوان شلاته کننده یون های فلزی به طور کامل مهار شد. ace مهار شده توسط edta، در حضور فلزات دو ظرفیتی (با غلظت mm 1/0) به ترتیب mgcl2 > cocl2 > cacl2< zncl2 فعال گردید. فعالیت آنزیم توسط sds و tfe کاهش یافت در حالی که، تریتون x-100 اثر قابل توجهی بر فعالیت آن نداشت. ترکیب کپتوپریل به طور رقابتی آنزیم را مهار کرد و مقدار ki و ic50 آن به ترتیب 6/128 و 76/365 نانو مولار بدست آمد.

بررسی ارتباط بین پلی مورفیسم های rs12255372 و d76n در ژن های tcf7l2 و pdx-1 با دیابت نوع دو در یک جمعیت مبتلا به دیابت ساکن مشهد
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم پایه 1391
  رویا رفعتی گنابادی   احمد آسوده

مطالعات متعدد بر روی گروه های قومی مختلف، ارتباط قوی بین دیابت ملیتوس نوع 2 (t2dm) و تغییرات ژن های فاکتور های رونویسی tcf7l2 و pdx-1 را گزارش کرده اند. tcf7l2 یکی از اجزای کلیدی مسیر پیام رسانی wnt است که نقش مهمی در تنظیم بیـان ژن پروگلوکاگن و ترشح محصول این ژن (glp-1) توسط سلول های l درون ریز روده باریک دارد. glp-1 یک هورمون اینکرتین مهم است و باعث آزاد سازی انسولین از سلول های بتای پانکراس می گردد. pdx-1 یک فاکتور رونویسی است که در سلول های بتای پانکراس بیان می شود و در تکوین جنینی اولیه پانکراس و در تنظیم رونویسی ژن های مربوط به بخش درون ریز پانکراس مثل انسولین، انتقال دهنده گلوکز-2 (glut2) و گلوکوکیناز دخالت دارد. از آنجا که فاکتورهای رونویسی pdx-1 و tcf7l2 هرکدام به گونه ای با بیان و ترشح انسولین مرتبط اند تا کنون تلاش های زیادی برای کشف ارتباط بین پلی مورفیسم های این ژن ها و دیابت نوع دو صورت گرفته است. در این تحقیق نیز ارتباط بین پلی مورفیسم های rs12255372 و d76n به ترتیب با روش های rflp-pcr و arms-pcr در ژن های tcf7l2 و pdx-1 با دیابت نوع 2 در یک جمعیت مبتلا به دیابت ساکن مشهد بررسی شد. dna ژنومی از گلبول های سفید 170 بیمار دیابتی نوع دو و 74 فرد سالم استخراج شد و قطعه مورد نظر از هر ژن با استفاده از آغازگرهای اختصاصی آن ها با روش های rflp-pcr (در ژن tcf7l2) و arms-pcr (در ژن pdx-1) تکثیر یافت. محصولات pcr قطعه مورد نظر از ژن tcf7l2 توسط آنزیم tsp509i هضم شدند. محصولات هضم آنزیمی ژن tcf7l2 و arms-pcr مربوط به ژن pdx-1 بر روی ژل آگارز مورد ارزیابی قرار گرفته و با توجه به الگوی تشکیل باندها، طبیعی و یا جهش دار بودن نمونه ها به صورت هموزیگوت و یا هتروزیگوت مشخص شد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان می دهد کـه در پلی مورفیـسم rs12255372 افـراد حامل الل جهش یافته t، 668/2 برابر بیشتر از افراد فاقد این الل و در پلی مورفیسم d76n افراد دارای الل جهش یافته a، 93/3 برابر بیشتر از افراد فاقد این الل در معرض خطر ابتلا به دیابت نوع دو قرار دارند.

تثبیت باکتری بیولومینسانس با کاربری به عنوان بیوسنسور
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم پایه 1391
  پروانه پردلی   احمد آسوده

food safety is considered as an important world concern. the detection of pathogen and toxic materials in food has an important role in public health care. in recent years, the applications of microbial biosensor have been developed as a new approach for toxicity control. luminescent microbial biosensor is an appropriate biological tool for protection of natural environment. this type of biosensor is a rapid, sensitive and inexpensive tool in monitoring of environmental pollutants at a very small scale (micro). in this study, bioluminescent bacteria (vibrio fisheri nrrlb-11177) were immobilized using sol-gel procedure in order to design a diagnostic kit of anionic surfactant sodium dodecyl sulfate (sds) and aflatoxin m1.at first, growth curve of v. fischeri bacteria was drawn and optimum light emission time for experimental procedure was determined. bacteria were immobilized into silica sol-gel matrix. according to the information obtained from our results, an experiment was designed for determination of the amount of bacterial response dose to various concentrations of analysts. the inhibition effect on bioluminescent light intensity was investigated using sds in range of 2µm to1mm and aflatoxinm1 solutions 0.008 to 2ppt (ng/ml). our results showed that bacterial growth curve elongate 27h and 12h bacterial culture is capable of producing maximum luminescent light output. also 20 µl of sol-gel bacterial matrix gave the best response during experimental assay. key word: sol-gel, sol-gel luminescent biosensor, v.fischeri, sds, aflatoxinm1 چکیده فارسی ایمنی مواد غذایی یک موضوع مهم جهانی محسوب می شود. تشخیص پاتوژن ها و ترکیبات توکسیک در مواد غذایی، نقش مهمی در حفظ سلامتی جامعه دارد. در سال های اخیر، استفاده از بیوسنسورهای میکروبی به عنوان یک رویکرد جدید برای کنترل ترکیبات سمی مطرح شده است. بیوسنسور میکروبی لومینسانس، ابزاربیولوژیکی مناسب در حفظ محیط زیست است. این نوع از بیوسنسورها، به عنوان ابزار سریع، حساس و ارزان در شناسایی آلاینده های محیطی در مقادیر حد میکرو استفاده شده است. در این مطالعه باکتری بیولومینسانس ویبریو فیشری (v.fischeri nrrl-b 11177) تثبیت شده به روش سل-ژل، برای طراحی کیت تشخیصی سورفکتانت سدیم دودسیل سولفات (sds)و آفلاتوکسین m1 استفاده شده است. ابتدا منحنی رشد باکتری ویبریوفیشری رسم و زمان نشر نور ماکزیمم بررسی شد. مقادیر حجمی مختلفی از باکتری (20، 50 و 100میکرولیتر) جهت بهینه سازی بررسی شد. باکتری بر بستر سیلیکا به روش سل -ژل تثبیت شد. برطبق نتایج بدست آمده از این تجربیات، آزمایشی برای تعیین دوز پاسخ دهی به غلظت های مختلف آنالیت طراحی شد. اثرات مهاری محلول های سدیم دودسیل سولفات در محدوده غلظتی 2 میکرو مولار تا 1 میلی مولار و آفلاتوکسین m1 در غلظت 008/0 تا 2 نانوگرم در میلی لیتر بر نشر نور باکتری بررسی شد. نتایج حاصل از این مطالعه نشان دادند که زمان منحنی رشد باکتری 27 ساعت است و کشت 12 ساعته از باکتری، ماکزیمم نشر را نشان داد. همچنین در طی آزمایشات مقدار 20 میکرولیتر از ماتریکس باکتری، بستر سل-ژل بهترین پاسخ دهی را نشان داد. کلمات کلیدی: سل-ژل، بیوسنسورسل-ژل لومینسانس، ویبریوفیشری، ، سدیم دودسیل سولفات، آفلاتوکسینm1

جداسازی و کلونینگ ژن لیپاز باکتری باسیلوس سابتیلیسdr8806 در e. coli bl21
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم 1392
  شیرین امتنانی   احمد آسوده

در این مطالعه، ژن کد کننده آنزیم لیپاز باکتری bacillus subtilis dr8806 با استفاده از آغازگرهای اختصاصی لینکردار دارای جایگاه برش برای آنزیم های محدوالاثر bamh? و hind??? جداسازی و در وکتور همسانه سازی ptz57r/t کلون گردید. پس از تاًیید صحت کلونینگ توسط کلونی pcrو برش آنزیمی، پلاسمیدهای نوترکیب حامل ژن هدف به منظور تعیین توالی مورد استفاده قرار گرفتند. توالی ژن لیپاز دارای موتیف حفاظت شده ser-met-gly-ala-his و یک قالب خوانش کامل با طول 639 جفت باز است که یک پیش ساز 212 آمینواسیدی را کد می کند. پس از جاگذاری قطعه الحاقی در وکتور بیانی، وکتور نوترکیب با روش شوک حرارتی به سلول های مستعد escherichia coli bl21(de3)انتقال یافت. تاًیید اولیه حضور ژن هدف در وکتور بیانی به کمک روش کلونی cracking صورت گرفت. همسانه سازی ژن لیپاز در وکتور (+) pet-28a با روش های کلونیpcr ، هضم دوگانه آنزیمی و miniprep pcrتاًیید شد.بیان ژن لیپاز در سلول های میزبان باالقای پروموترt7باکتریوفاژی در حضور القاگر iptg ( mm1، c° 25، 6 ساعت انکوباسیون) انجام گرفت. آنزیم نوترکیبدارای برچسب هیستیدین در انتهای آمین، به کمک کروماتوگرافی تمایلی ni-nta تخلیص شد. آنزیم لیپاز با وزن مولکولی 26.8 کیلودالتون و فعالیت ویژهu/mg 1364، دارای حداکثر فعالیت در c°70 و 8 ph است. یون های دوظرفیتی hg2+و cu2+اثر مهاری شدیدی بر فعالیت آنزیم دارند. بیش از 90% از فعالیت آنزیم در حضور dtnb،sds ، triton x-100 و dttحفظ گردید. لیپاز نوترکیب پایداری قابل توجه ای در حلال‏های آلی نظیر کلروفرم، هپتان و متانول نشان داد. فعالیت آنزیم در حضور مایعات یونی بر پایه ایمیدازولیوم افزایش یافت. پایداری بالای آنزیم در طیف گسترده ای از دما و ph ، مایعات یونی، دترجنت ها و شوینده‏های تجاری از جمله ویژگی های مطلوب این آنزیم به منظور استفاده در صنایع مختلف به ویژه فرمولاسیون مواد شوینده است.

جداسازی و کلونینگ ژن آلفا-آمیلاز باکتری باسیلوس سابتیلیس dr8806 درbl21 e. coli
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم 1392
  شمسی امتنانی   احمد آسوده

در این پژوهش، ژن آلفا-آمیلاز سویه گرمادوست bacillus subtilis dr8806 از چشمه دیگ رستم، با استفاده از آغازگرهای لینکردار حاوی جایگاه های برشی bamhi و hindiii جداسازی شد. ژن amy88 با اندازه 2004 جفت باز، به منظور همسانه‏سازی و تعیین توالی در حامل ptz57r/t جاگذاری و در باکتری escherichia coli dh5? کلون گردید. با استفاده از روش کلونی pcr و هضم آنزیمی حضور ژن هدف در ناقل مربوطه تأیید شد.جاگذاری ژن آلفا-آمیلاز درون ناقل بیانی pet28a(+) برش خورده انجام شد وسازه نوترکیب به میزبان e.coli bl21(de3) انتقال یافت. بیان ژن آلفا-آمیلاز تحت کنترل پروموتر t7توسط القاگر iptg با غلظت نهایی 1میلی‏مولاردر دمای c° 25 انجام شد.آنزیم نوترکیب دارای برچسب 6xhis-tag در انتهای آمین با کروماتوگرافی تمایلی ni2+-nta تخلیص شد. ضریب خالص سازی‏ آنزیمبا فعالیت ویژهu/mg 3272، برابر با20 بود. بر اساس sds-page، وزن مولکولی آنزیم آمیلاز 76 کیلودالتون تخمین زده شد.آنزیم نوترکیب با حداکثر فعالیت در 5 ph و دمای °c 70 و نیمه عمر 125 دقیقه، در گستره وسیعی از ph و دما فعال بود. فعالیت آمیلاز گرمادوست در حضور یون‏های سدیم، پتاسیم و کلسیم افزایش یافت، اما یون های روی، سرب و جیوه سبب مهار فعالیت آنزیم شدند. افزون بر این، آمیلاز پایداری بالایی را در برابر sds و اوره در غلظت های 1 و 5 میلی مولار نشان داد. نتایج، پایداری و افزایش فعالیت آنزیم در حضور حلال های آلی را نشان داد. پس از انکوباسیون آنزیم در حضور مایعات یونی بر پایه ایمیدازول، بیشترین فعالیت باقی مانده در مایع یونی 1-بوتیل 3- متیل ایمیدازولیوم کلراید مشاهده شد. با توجه به ویژگی هایی مانند پایداری حرارتی بالا، فعالیت در ph اسیدی و مقاومت به حلال های آلی، آنزیم ?- آمیلاز نوترکیب dr8806می تواند گزینه ای مناسب برای کاربردهای صنعتی به ویژه در صنایع غذایی باشد.

بررسی برهمکنش جدا و همزمان دو داروی آلپرازولام و فلوکستین هیدروکلراید با آلبومین سرم انسانی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم 1392
  فائزه دنگ کوب   احمد آسوده

هدف از این تحقیق بررسی برهمکنش جدا و همزمان دو داروی آلپرازولام و فلوکستین هیدروکلراید با آلبومین سرم انسانی در بافر فسفات (7/4 =ph ) به وسیله روش های مختلف طیف سنجی مرئی- فرابنفش، فلورسانس، ولتامتری چرخه ای و مدل سازی مولکولی است. طیف های جذبی پروتئین، داروها و پروتئین – دارو، نشان دهنده تشکیل کمپلکس بین داروها و پروتئین می باشند. توسط داده های طیف سنجی مرئی – فرابنفش و معادله هیل، ثابت های اتصال (k)، ظرفیت های پیوندی (g) و ثابت های هیل (nh) برهمکنش آلپرازولام و فلوکستین هیدروکلراید با hsa به صورت جدا و همزمان تعیین شدند. طیف فلورسانس hsa در حضور هر دو دارو نشان می دهد که شدت نشر آن درطول موج های تهییج 280 و 295 نانومتر کاهش می یابد . همچنین در اثر پیوندشدن دارو به پروتئین جا به جایی به سمت طول موج های کمتر یعنی به سمت ناحیه آبی مشاهده می شود و این نشان دهنده تاخوردگی پروتئین وکاهش قطبیت محیط کروموفور است. با توجه به نمودار استرن – ولمر سازوکار خاموشی فلورسانس استاتیک برای کمپلکس های پروتئین – دارو در سیستم های دوتایی و سه تایی پیشنهاد گردید. بر اساس معادله لینویور – برک نیز، ثابت های اتصال تعیین شدند که موافق با نتایج طیف سنجی uv-vis می باشند. آنالیز داده های جذبی uv و خاموشی فلورسانس hsa در سیستم های دوتایی و سه تایی نشان می دهد که فلوکستین هیدرکلراید تمایل اتصال بین آلپرازولام و آلبومین را کاهش می دهد در حالی که آلپرازولام تمایل اتصال بین فلوکستین هیدروکلراید و hsa را افزایش می دهد. نتایج حاصل از طیف سنجی فلورسانس همزمان و طیف های نشری سه بعدی حاکی از آن است که اتصال داروها به hsa باعث تغییر محیط مولکولی اطراف دنباله های تیروزین و تریپتوفان می گردد. فاصله بین تریپتوفان پروتئین و جایگاه اتصال هر یک از دو دارو بر اساس تئوری انتقال انرژی فورستر تخمین زده شد که نشان می دهد انتقال انرژی از پروتئین به دارو با احتمال بالا صورت گرفته و می تواند تأییدی بر استاتیک بودن برهمکنش داروها با hsa باشد. کاهش شدت جریان پیک ولتاموگرام چرخه ای هر یک از دو دارو در حضور hsa، بیانگر برهمکنش آن ها با آلبومین می باشد و ثابت های اتصال به دست آمده از این روش در توافق با ثابت های اتصال حاصل از طیف سنجی uv و فلورسانس است. پیش بینی بهترین جایگاه های اتصال آلپرازولام و فلوکستین هیدروکلراید در سیستم های دو و سه تایی بر اساس حداقل انرژی آزاد گیبس توسط مدل سازی مولکولی انجام گردید.

اثر پپتید ضد میکروبی temporin-raبر بیان ژن سایتوکاین هایپیش التهابی در رده سلول های اپی تلیال انسانی a549با روش rt-pcr نیمه کمی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم پایه 1392
  فاطمه اسدی   محمدرضا حسین دخت

پپتید ضد میکروبی temporin-ra(t-ra) استخراج شده از ترشحات پوستی قورباغه مردابیrana ridibunda، به صورت شیمیایی سنتز و با استفاده از روش rp-hplc خالص سازی شد. اثر سمیت پپتید در زمان ها و غلظت های مختلف، بر رده سلولی اپی-تلیال ریه (a549) به کمک تست mttسنجش شد. هم چنین فعالیت همولیتیک پپتید و تأثیر آن در مهار آنزیم مبدل آنژیوتنسین ((aceمورد بررسی قرار گرفت. علاوه بر این، تأثیر پپتید بر بیان فاکتورهای پیش التهابی مانندil-1? و il-8 در سلول های a549 مطالعه شد. بدین منظور، پس از تأثیر غلظت های مختلفی از پپتید (15، 30 و 50 میکروگرم بر میلی لیتر) در سه زمان 6، 12 و 24 ساعت، rna سلول ها استخراج و cdna سنتز شد. میزان بیان هر یک از ژن ها به روش rt-pcr نیمه کمی بررسی شد. نتایج آزمایشات نشان داد که پپتید ضد میکروبی temporin-ra می تواند بقاء سلول های a549 را به میزان 3 تا 13 درصد کاهش دهد. این پپتید فعالیت همولیتیک کمی داشت و موجب مهار آنزیم ace شد. هم چنین، به کمک روش rt-pcr نیمه کمی، مشخص شد که پپتید می تواند بیان ژن های il-1? وil-8 را به صورت وابسته به غلظت و زمان، در سلول هایa549 افزایش دهد. نتایج این تحقیق نشان داد که پپتید t-ra می تواند در کاهش فشار خون و القای فرآیندهای پیش التهابی نقش مهمی را ایفا کند.

بررسی برهم کنش سلولی و پلاسمایی لارو کرم سفید ریشه polyphylla adspersa motschulsky (coleoptera: melolonthidae) و نماتود های بیمارگر حشرات
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی 1392
  جمیله الوندی   جواد کریمی

در تحقیق حاضر، شناسایی سلول های خونی لارو های سنین دوم و سوم کرم سفید ریشه polyphylla adspersa motschulsky همراه با بررسی برهم کنش بین لارو های کرم سفید ریشه و دو گونه نماتود بیمارگر حشراتsteinernema glaseri وheterorhabditis bacteriophora در سطح سلولی وپلاسمایی انجام گردید. بر اساس مشاهدات این بررسی، شش نوع سلول خونی در همولنف لارو کرم سفید ریشه شناسایی شد که عبارت بودند از پروهموسیت ها، گرانولوسیت ها، پلاسماتوسیت ها، انوسیتوئید ها، اسفرولوسیت ها و کوآگلوسیت ها. مطالعه شمارش سلول های خونی به صورت کلی و تفکیک شده نشان داد که در جریان خون لارو سن دوم حدود 105×946/2 سلول بر میلی لیتر و در همولنف لارو سن سوم 105×452/3 سلول بر میلی لیتر وجود داشت که از این میان، گرانولوسیت ها (22/2 ±25/65 درصد) و پلاسماتوسیت ها (14/1±14/22 درصد)، فراوان ترین سلول های خونی جریان خون لارو های حشره مذکور بودند. به منظور مطالعه ی واکنش سیستم ایمنی لارو های کرم سفید ریشه، حدود بیست لارو عفونت زا متعلق به نماتود های بیمارگر glaseri s. وh. bacteriophora به حفره عمومی این حشره تزریق گردید. با بررسی همولنف لارو های مذکور در زمان های مشخص پس از تزریق، تغییراتی در تراکم کل سلول، شکل ظاهری و تعداد برخی از سلول ها مشاهده شد. تشکیل کپسول، واکنش دفاع سلولی بارز بود که بیش ترین میزان آن توسط لارو های کرم سفید ریشه در 8 ساعت پس از تزریق نماتود بیمارگر h. bacteriophora و 12 ساعت پس از تزریق نماتود بیمارگر glaseri s. مشاهده گردید. شدت این واکنش در تقابل با نماتود بیمارگرh. bacteriophora بیشتر از نماتود بیمارگر glaseri s. و در لارو سن سوم بیش تر از لارو سن دوم بود. بر خلاف لارو سن دوم، سطح فعالیت آنزیم فنول اکسیداز در لارو سن سوم متعاقب ورود هر دو گونه نماتود بیمارگر افزایش یافت بطوریکه سیستم دفاعی مذکور توانست نماتود بیمارگر glaseri s. را در 18 ساعت و نماتود بیمارگر h. bacteriophora را در 12 ساعت پس از تزریق به صورت جزیی ملانیزه نماید. با این حال، احتمالاً نماتود های بیمارگر با رهاسازی باکتری همزیست خود، سبب کاهش تعداد برخی از سلول های دخیل در ایمنی شدند. این رخداد و متعاقب آن کاهش تراکم کل سلول های خونی، از شدت پاسخ سلولی و هیومورال لارو حشره کاست. به همین سبب علی رغم ایجاد اتصالات ضعیف و حتی تشکیل لایه سلولی در برخی نواحی از سطح بدن نماتود بیمارگر، لارو های آفت مذکور قادر به مقابله با زهرآگینی نماتود های بیمارگر نبودند. مطالعه حاضر عملکرد ضعیف سیستم ایمنی لارو های کرم سفید ریشه p. adspersa را در برابر نماتود های بیمارگر glaseri s. وh. bacteriophora نشان داد. بنابراین با بهینه نمودن شرایط نفوذ بیمارگر مذکور به حفره عمومی کرم های سفید ریشه به خصوص سنین اولیه لاروی، استفاده از این عوامل کنترل زیستی در مدیریت آفت مذکور می تواند راه گشا باشد.

جداسازی و شناسایی باکتری های تولید کننده پلیمرهای خارج سلولی(eps)از لجن فعال تصفیه خانه فاضلاب بجنورد
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم 1393
  سیمین معروف   سید محسن کرابی

در این پژوهش، برای جداسازی باکتری های تولید کننده eps، از تصفیه خانه فاضلاب شهربجنورد نمونه برداری انجام شد. پس از رقت سازی وکشت دادن نمونه ها بر روی محیط جامد tsa، 84 سویه موکوئیدی انتخاب شد که از بین آن ها 20 سویه، قادر به تولید مقدار بیشتری eps بودند . برای استخراج eps ، 20سویه جداسازی شده بر روی محیط کشت اختصاصی غنی از گلوکز کشت داده شدند و با استفاده از اتانول مطلق سرد، جداسازی شدند. بررسی وزن خشک توده eps تولید شده، منجر به انتخاب 4 سویه اصلی برای شناسایی بیشتر شد. دو سویه برای بهینه سازی منابع مختلف کربن، نیتروژن و مقادیر مختلف از هر یک، هم چنین اثر دما مورد آزمایش قرار گرفتند. تست های بیوشیمیایی برای شناسایی نیز بر روی 4 سویه اولیه انجام شد. در پایان، 4 سویه انتخاب شده برای تولید eps، با استفاده از تکثیر و توالی ژن 16srrna ، شناسایی شدند.

جداسازی، خالص سازی و تعیین ویژگی های بیوشیمیایی آنزیم سلولاز از باکتری bacillus subtilis dr8806
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم 1393
  سمیه رمضانی   احمد آسوده

در این پژوهش، آنزیم سلولاز از سویه گرمادوست bacillus subtilis dr8806جدا شده از چشمه دیگ رستم، با استفاده از روش‏های رسوب دهی با سولفات آمونیوم و کروماتوگرافی تعویض یونی q-سفاروز خالص گردید. وزن مولکولی این آنزیم بر اساس sds-page حدود 52 کیلو دالتون محاسبه گردید. بر اساس نتایج بدست آمده، ph بهینه آنزیم، 9.5 و آنزیم در ph بین 8.5 تا 10.5 پایدار است. دمای بهینه آنزیم c° 55 است و در محدوده دمایی c° 45 تا c° 60 پایدار است. فعالیت سلولیتیک آنزیم پس از نگه داری با یون‏های فلزی کلسیم،پتاسیم ،کبالت، سدیم ومنیزیم افزایش می یابد. در حالیکه در حضور یون های جیوه،سرب، منگنز و روی فعالیت آنزیم به شدت کاهش می یابد. غلظت های افزایشیsds، ?-مرکاپتواتانول،edta ،pmsf و triton x-100 باعث مهار فعالیت آنزیم سلولاز می شود. فعالیت آنزیم در حضور غلظت v/v 20% حلال¬های آلی شامل هگزان، 2-پروپانول، استون و اتانول به ترتیب 110%، 114%، 119% و 128% افزایش می¬یابد. اثر چهار مایع یونی شامل 1- اتیل 3- متیل ایمیدازولیوم برماید، 1- بوتیل 3- متیل ایمیدازولیوم برماید، 1- هگزیل 3-متیل ایمیدازولیوم برماید، ا- بوتیل 3- متیل ایمیدازولیوم کلراید، بر فعالیت آنزیم سلولاز نشان داد که این مایعات سبب کاهش فعالیت آنزیم می¬شوند. برای سوبسترای کربوکسی¬متیل¬سلولز مقادیر سنتیکی km و vmax به ترتیب، mg.ml -11.49 و µm.min-1.mg-1 66.66 است. ژن کدکننده آنزیم سلولاز باکتری bacillus subtilis dr8806 با استفاده از آغازگرهای اختصاصی لینکردار جداسازی و در وکتور همسانه¬سازی ptz57r/t کلون گردید. پس از تاًیید صحت کلونینگ توسط کلونی pcr، پلاسمیدهای نوترکیب حامل ژن هدف به منظور تعیین توالی مورد استفاده قرار گرفتند. توالی ژن سلولاز دارای یک قالب خوانش کامل با طول 1500 جفت باز است که یک پیش ساز 499 آمینواسیدی را کد می کند. با توجه به نتایج بدست آمده، آنزیم سلولاز تخلیص شده می¬تواند برای هیدرولیز ترکیبات سلولزی در محیط های قلیایی حاوی حلال های آلی و نیز فرمولاسیون مواد شوینده مورد استفاده قرار گیرد.

استخراج، خالص سازی و تعیین ویژگی های بیوشیمیایی نوعی آنزیم پروتئاز از باکتری bacillus subtilis dr8806
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم 1393
  شقایق فرهادیان   احمد آسوده

پروتئازها یکی از مهم ترین آنزیم های صنعتی با کاربرد مستقیم در زندگی روزمره مانند پودرهای لباس شویی حاوی آنزیم، هستند. نیاز فراوان به این نوع آنزیم باعث افزایش علاقه به کشف انواع جدید آن شده است بطوریکه در این مطالعه نیز استخراج، خالص سازی و مطالعه ویژگی های بیوشیمیایی نوعی آنزیم پروتئاز از باکتری باسیلوس سوبتیلیس dr8806 انجام پذیرفته است. ابتدا شرایط تولید آنزیم بهینه سازی شد. سپس بهترین منبع نیتروژن و کربن برای رشد باکتری و تولید آنزیم انتخاب شد. بهینه ی تولید آنزیم در حضور پپتون و گلوکز بود. در ادامه با استفاده از روش کروماتوگرافی ژل فیلتراسیون آنزیم خالص سازی شد. با استفاده از sds-page و زایموگرام وزن مولکولی پروتئاز خالص شده 37 کیلو دالتون برآورد شد. این آنزیم در ph بین 5 تا 10 فعال است و بهینه فعالیت و پایداری آن در 8=ph است. همچنین مطالعات اثر دما بر روی فعالیت و پایداری آنزیم خالص شده نشان داد که اگرچه دمای بهینه برای فعالیت آنزیم 45 درجه سانتیگراد است لیکن آنزیم پس از یک ساعت انکوباسیون در دمای 70 درجه سانتی گراد 70% فعالیت خود را کماکان حفظ می کند. بعلاوه فعالیت آنزیم در حضور یون های فلزی مانند ca2+، mg2+، k+ و fe2+ افزایش یافت. درحالی که یون های ba2+ و zn2+ فعالیت آنزیم را به طور کامل مهار کردند و یون های cu2+، co2+ و ni2+ فعالیت آنزیم را کاهش دادند. همچنین فنیل متیل سولفونیل فلوراید (pmsf) سبب کاهش شدید فعالیت آنزیمی شد، لذا این فرضیه مطرح شد که آنزیم خالص شده جزء دسته سرین پروتئازها است. در بررسی اثر دترجنت ها و سایر عوامل شیمیایی مشخص شد تریتون x-100 هیچ گونه اثر مشخصی بر فعالیت آنزیم ندارد و دترجنت کاتیونی ستیل تری متیل آمونیوم برماید (ctab) بیش از دترجنت آنیونی sds فعالیت آنزیم را کاهش داد. آنزیم موردمطالعه ویژگی بالایی به کازئین در مقایسه با ژلاتین، (bovine serum albumin) bsa و n-استیل l -تیروزین اتیل استر مونوهیدرات (atee) نشان می دهد. از ویژگی های منحصربه فرد آنزیم افزایش فعالیت در حضور حلال های آلی مانند (متانول تاحدوداً 260% و اتانول تا حدوداً 240% در غلظت های متفاوت) است.?

جداسازی و تخلیص و تعیین ویژگی های بیوشیمیایی آنزیم لیپواکسیژناز از تخم کتان (flaxseed (linum usitatissimum
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم پایه 1393
  سمیه طبخی   محمد رضا حسین دخت

در این مطالعه، آنزیم لیپواکسیژناز (lox, ec 1.13.11.12)از تخم کتان flaxseed (linum usitatissimum) استخراج شد و در طی سه مرحله شامل: رسوب دهی با آمونیوم سولفات، کروماتوگرافی غربال مولکولی و کروماتوگرافی تبادل آنیونی با q-sepharoseبه میزان 81/262 برابر خالص گردید. وزن مولکولی آنزیم تخلیص شده با روش sds-page، 98 کیلو دالتون تخمین زده شد. بهترین فعالیت آنزیم در محدوده 8-7 ph = و حداکثر فعالیت آنزیم در 5/7 = ph به دست آمد. دمای بهینه آنزیم لیپواکسیژناز °c 45 است. فعالیت آنزیم پس از نگه داری با یون های فلزیfe+2،cu+2،ca+2، mg+2 و mn+2 در غلظت mm01/0، افزایش یافت. در حضور غلظت یک میلی مولار یون های na+ و co+2 فعالیت آنزیم کاهش یافت. غلظت¬های افزایشی triton x-100، sds، pmsf، ctab،edta و ?- مرکاپتواتانول باعث مهار فعالیت آنزیم lox شد. فعالیت آنزیم در حضور غلظت ((v/v10% حلال های آلی شامل ایزو- آمیل الکل و اتانول به ترتیب 109% و 5/112 % افزایش یافت. اثر چندین حلال آلی شامل: تولوئن، هگزان، متانول، دی اتیل اتر و کلروفرم، بر فعالیت آنزیم لیپواکسیژناز نشان داد که این حلال¬ها سبب کاهش فعالیت آنزیم می شوند. کمیت های kmو vmaxدر حضور سوبسترای لینولئیک اسید در phبهینه (5/7 = ph) به ترتیب µm16/2 و m min-1µ 014/0 به دست آمد .کمیت ic50 برای پتاسیم سیانید، آسکوربیک اسید و بتاکاروتن به ترتیب µm146،µm 80 و µm 2 تعیین شد. با توجه به نتایج بدست آمده از لیپواکسیژناز تخم کتان می توان از آن به صورت یک مدل برای مطالعه روابط ساختار- عمل و شناخت سازوکار آنزیمی استفاده کرد.

جداسازی، خالص¬سازی و تعیین ویژگی¬های بیوشیمیایی آنزیم لیپواکسیژناز از دانه کنجد (sesamum indicum) sesame
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم پایه 1393
  زهرا مرویان حسینی   احمد آسوده

در این پژوهش، آنزیم لیپواکسیژناز (lox) از دانه کنجد sesame(sesamum indicum) با استفاده از روش¬های رسوب¬دهی با سولفات آمونیوم و روش¬های کروماتوگرافی ژل فیلتراسیون و تبادل یونی-q سفاروز خالص شد. در پایان مراحل خالص¬سازی، فعالیت ویژه آنزیم 4/159 و ضریب خالص¬سازی برابر 4/246 به دست آمد. وزن مولکولی این آنزیم براساس روش sds-page حدود 3/66 کیلودالتون محاسبه گردید. براساس نتایج گرفته شده، ph بهینه آنزیم 8 به دست آمد و آنزیم در دمای ?c 35 بیشترین فعالیت و پایداری را از خود نشان داد. اثر برخی یون¬ها شامل +2mg،+2ca، +2mn، +2 co،+ 2 zn، +2 feو na+بر روی فعالیت lox نشان داد که +2 feو+ 2 caبه ترتیب با 160 % و 141% بیشترین اثر را بر فعال¬سازی آنزیم داشتند و +2co با 20% فعالیت نسبی بیشترین اثر مهاری را بر فعالیت لیپواکسیژناز داشت. اثر sds (سدیم دودسیل سولفات)، 100, triton-x ctab (ستیل تری متیل آمونیوم بروماید) و بتا-مرکاپتواتانول بر فعالیتlox بررسی شد. فعالیت آنزیم در حضور غلظت¬های 5/1 میلی¬مولارctab و بتا- مرکاپتواتانول کاهش یافت. غلظت 5/2 میلی-مولارpmsf به میزان بسیار اندک باعث کاهش فعالیت گردید. غلظت 5/2 میلی¬مولارedta (اتیلن دی آمین تترا استیک اسید) سبب مهار قابل توجه lox شد. ترکیب 1و10- فنانترولین توانست سبب کاهش فعالیت آنزیم شود. در مجموع حلال‏های آلی10 و 20 درصد (v/v) موجب کاهش فعالیت آنزیم lox شدند. پارامترهای سینتیکی km و vmaxبرای سوبسترای لینولئیک اسید به ترتیب ?m010/1،m/min ? 054/0 به دست آمد. مقادیر 50ic مهارکننده های آنزیم لیپواکسیژناز شامل: پتاسیم سیانید (270 میکرو¬مولار)، بتا-کاروتن (48 میکرو¬مولار) و اسید آسکوربیک (132 میکرو¬مولار) محاسبه شد. بر این اساس، از آنزیم لیپواکسیژناز جدا شده از گیاه کنجد ممکن است از دیدگاه علوم پایه در درک بیشتر سازوکار آنزیم¬های اکسیدوردوکتاز و از دیدگاه کاربردی، در حفظ و نگه¬داری مواد غذایی استفاده کرد.

بررسی اثر امواج فراصوت بر برهم کنش آلبومین سرم گاو با ترکیب جدید 3-هیدروکسی -2- اکسیندول
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم پایه 1394
  سمیرا جهانداری   احمد آسوده

اتصال دارو¬ها به آلبومین از دیدگاه فارماکو¬لوژیک بسیار اهمیت دارد چرا¬ که تعیین¬کننده میزان دسترسی بافت به داروی مورد ¬نیاز است. مشکلات مرتبط با جذب، توزیع و متابولیسم، موجب افزایش پیچیدگی و لزوم بهبود دارو¬های جدید می¬شود. جایگاه¬های اتصال موجود بر روی آلبومین آن را تبدیل به پروتئین مهم انتقالی و ذخیره¬ای گردانده و ضمن برهم¬کنش، موجب انتقال طیف گستره¬ای از ترکیبات موجود در خون، انتقال و تحویل آن ها به اندام هدف¬شان می¬شود. اکسیندول¬ها دارای فعالیت¬های ضد-باکتریایی، ضد التهاب، ضد یبوست، محرک ترشح هورمون رشد هستند و مولکول هدف جدیدی در شیمی¬درمانی به¬حساب می-آیند. داربست 3- هیدروکسی -2- اکسیندول هسته مرکزی در سنتز دارو¬ برای جلو¬گیری از پیشرفت تومور و درمان سایر بیماری-ها می¬باشد. در این تحقیق اثر امواج فرا¬صدا بر بر¬هم¬کنش آلبومین سرم گاو (bsa) با اکسیندول a در بافر فسفات با 4/7ph= با استفاده از روش¬های طیف سنجی فرابنفش- مرئی، طیف سنجی فلورسانس و ویسکومتری بررسی شده ¬است. در روش طیف سنجی جذبی uv-vis هیپوکرومیسم ایجاد شده در طیف جذبی ترکیبات طی افزودن اکسیندول a دلیلی بر رویداد برهم¬کنش است. از طرف دیگر، طیف جذبی آلبومین امواج¬دیده در مقایسه با آلبومین طبیعی نیز اثر هیپر¬کرومیسم بیشتری نشان داد. در طیف سنجی فلورسانس نیز مشخص شد که به¬دلیل اثر هم¬افزای امواج فرا¬صدا و افزودن لیگاند، شدت نشر bsa یا bsa- اکسیندول a پائین¬تر از نمونه کنترل است. بنا¬براین از نتایج آزمایشات طیف سنجی می¬توان برداشت کرد که تحت تاثیر امواج فراصدا، ساختمان bsa دچار تغییر می¬شود. در سنجش ویسکومتری مشخص شد امواج فراصدا، روند کاهش ویسکوزیته آلبومین را کند¬تر می¬کند. این بر¬هم¬کنش با استفاده از روش نفوذ نیز بررسی شد که نشان داد افزایش دما قدرت بر¬هم¬کنش آلبومین- اکسیندول a را کاهش می¬دهد. بالا¬ترین جایگاه اتصال انرژی با kcal/mol 2/5g0= -? با استفاده از روش مدل¬سازی مولکولی تعیین شد.

جداسازی،خالص سازی و تعیین ویژگی های بیوشیمیایی آنزیم پروتئاز از فلور قارچی خاک چرم شهر- مشهد
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم 1394
  احسان صالحی   احمد آسوده

در این مطالعه، قارچ aspergillus oryzae ch93 از فلور خاکی شناسایی شده و به وسیله میکروسکوپ الکترونی sem و آزمایشات مولکولی مورد بررسی قرار گرفت. برای استخراج پروتئاز، گونه قارچی در دمای 28 درجه سانتی گراد و 6 ph = و در حضور گلوگز و عصاره مخمر 1% برای 96 ساعت رشد داده شد. یک پروتئاز 5/47 کیلودالتونی از a. oryzae ch93 به کمک رسوب با آمونیوم سولفات و ستون کروماتوگرافی q- sepharose تخلیص شد. ph و دمای بهینه آنزیم به ترتیب 8 و 50 درجه سانتی گراد به دست آمد. سدیم-دودسیل سولفات (sds)، ستیل تری متیل آمونیوم بروماید ctab)) و هیدروژن پراکسید (h2o2) باعث کاهش فعالیت آنزیم شدند، درحالی که triton x-100 و فنیل متیل سولفونیل فلوئوراید (pmsf) اثر مهاری بر روی آنزیم نداشتند. از طرف دیگر، 2- مرکاپتواتانول و اتیلن دیامین تترا استیک اسید (edta) باعث کاهش فعالیت پروتئاز شدند. ایزوآمیل الکل و استون (در غلظت 30%) باعث افزایش فعالیت پروتئازی و 2- پروپانول و ایزوپروپانول و دی متیل سولفوکساید (در غلظت 30%) باعث کاهش فعالیت آنزیم شدند. نیمه عمر آنزیم در دمای بهینه ی آن، 100 دقیقه، به دست آمد. فعالیت پروتئازی در حضور پنج سوبسترای سرم آلبومین گاوی (bsa)، n- استیلl- تیروزین اتیل استر مونوهیدرات (atee)، آزوکازئین، کازئین و ژلاتین بررسی شد که نشان داد بهترین سوبسترا کازئین می باشد. حداکثر سرعت آنزیم و ثابت میکائیلیس- منتن برای پروتئاز به ترتیب µg/min 208 و µg/ml 64/2 به دست آمد. در نتیجه پروتئاز استخراجی از a. oryzae ch93 به عنوان یک پروتئاز با منبع قارچی، ویژگی‏های بیوشیمیایی ای را داراست که می تواند در کاربردهای عمومی مفید باشد.

روشی مبتنی بر احتمالات برای پیش بینی آرایش صفحات بتای پروتئین با استفاده از برنامه ریزی صحیح
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده مهندسی 1394
  مهدیه اقدامی   محمود نقیب زاده

صفحات بتا یکی از اجزای مهم و پرتکرار در پروتئین ها هستند. تعیین صحیح آرایش صفحات بتا یکی از مسائل حل نشده در زیست شناسی محاسباتی و گلوگاهی در تعیین ساختار سه بعدی پروتئین است. هر پروتئین می تواند شامل چندین صفحه ی بتا باشد. صفحات بتا شامل تعدادی رشته ی بتا هستند. در مسئله ی تعیین آرایش صفحات بتا، هدف مشخص کردن نحوه ی افراز رشته ها به صفحات و تعیین آرایش آن ها در هر صفحه است، به نحوی که پایدارترین آرایش که بیشینه ی امتیاز را دارا است شناسایی شود. آرایش هر صفحه بر اساس ترتیب قرار گرفتن رشته ها در صفحه و جهت برهمکنش بین هر جفت رشته مشخص می شود.

جداسازی و شناسایی میکروارگانیسم های مولد آنزیم سلولاز از دستگاه گوارش لارو سوسک سرشاخه خوار osphranteria coerulescens
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم 1394
  آتوسا هاتفی   احمد آسوده

حشرات با داشتن بیش از 1200000 گونه فراوان ترین گروه حیوانی می باشند. میکروارگانیسم های روده ای با تولید آنزیم سلولاز، امکان تجزیه چوب و سلولز را برای حشره ایجاد می کنند. سلولازها سومین آنزیم صنعتی جهان می باشند و تلاش های بسیاری برای یافتن آنزیم های جدید در سطح جهان در حال انجام است. در این پژوهش به منظور جداسازی میکروارگانیسم های مولد آنزیم سلولاز از دستگاه گوارش لارو سوسک osphranteria coerulescens ، نمونه برداری از باغ های شهرستان فردوس و مشهد انجام پذیرفت. پس از کشت و خالص سازی سویه ها، تست کیفی آنزیم سلولاز با دو روش غربالگری اولیه قرمز کنگو و لوگل انجام گرفت. پس از محاسبه میزان فعالیت آنزیم با استفاده از روش dnsa، سویه برتر انتخاب و بهینه سازی و خالص سازی آنزیم و تعیین ویژگی های آنزیم بر روی ان انجام گرفت.

جداسازی و شناسایی باکتری های مولد آنزیم لاکاز از دستگاه گوارش لارو سوسک سرشاخه خوار osphranteria coerulescens و سایر محیط های واجد لیگنین
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم 1394
  الهه اسدی شمس آبادی   احمد آسوده

لاکازها اکسیدازهای حاوی مسی هستند که به دلیل طیف سوبسترای و عملکردهای گوناگون، در پژوهش های بسیاری مورد توجه قرار گرفته اند. از جمله توانایی های لاکاز رنگبری رنگ های سنتزی است، که مشکلات عمده ای را برای محیط زیست به وجود می آورند. ویژگی پساب رنگی کارخانه ها همانند حضور حلال ها شرایط را برای فعالیت اکثر لاکازها نامناسب ساخته است و شناسایی آنزیم های فعال در این شرایط سخت دارای ارزش است. در این پژوهش تعداد زیادی سویه بومی ایران جهت غربال گری کیفی آنزیم لاکاز مورد استفاده قرار گرفتند. خصوصیات سویه ی پر تولید، از جمله اثر دماهای مختلف، میزان پایداری در دمای بالا، اثر ph های مختلف، پایداری در شرایط اسیدی و قلیایی و همچنین پایداری در حضور مهارکننده ها و حلال های آلی مختلف، مورد بررسی قرار گرفتند. همچنین توانایی رنگبری سویه ی پر تولید نیز مورد آزمایش قرار گرفت.

اثر پپتید brevinin-2r استخراج شده از پوست قورباغه مردابی بر روی بیان ژن فاکتور نکروز دهنده تومور (tnf) در رده سلول های اپیتلیال انسانی a549 با روش real time-pcr
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم پایه 1394
  هانیه حسینی   احمد آسوده

چکیده پپتید های ضد میکروبی (amps)، گروهی از پلی پپتید های کوچک هستند که جانداران را در برابر مهاجم های میکروبی، ویروسی و یا سلولی محافظت می کنند. در این پژوهش اثر سمیت سلولی و خاصیت التهابی پپتید بروینین-2آر (b-2r) بر روی سلول های کارسینومای ریه انسان (a549) بررسی شدند. هم چنین فعالیت همولیتیک پپتید و تاثیر سمیت آن بر گلبول های قرمز و لنفوسیت ها ی انسانی بررسی گردید. در این تحقیق تاثیر پپتید بر ایجاد گونه های فعال اکسیژن و اتصال سلولی نیز مطالعه شد. نتایج نشان داد که پپتید بروینین-2آر موجب کاهش حدود 15% بقاء سلولی گردید، در حالیکه فعالیت همولیتیک کمی داشت و اثر سمی آن بر لنفوسیت ها نیز ناچیز بود. علاوه بر این، پپتید b-2r بطور معنی داری سبب افزایش بیان ژن tnf-? و کاهش بیان ژن cd44 گردید. همچنین پپتید b-2r موجب افزایش تولید گونه های فعال اکسیژن شد و میزان اتصال سلولی را نیز افزایش داد. نتایج این تحقیق نشان داد که b-2r از طریق القای فرایند های التهابی، سبب افزایش رونویسی tnf-? گردید، که خود کاهش بیان cd44 در سلولی a549 را به دنبال داشت.

طراحی و سنتز شیمیایی آنالوگ پپتید brevinin-18 با تکنیک فاز جامد و سنجش فعالیت ضدباکتریایی آن.
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1388
  هانیه حسین نژادآریانی   حسین نادری منش

پپتید brevinin-18 یک نوع ناقص "truncated " از brevinin-1e می¬باشد که خاصیت ضدباکتریایی فرم آمیدی آن به اثبات رسیده است. در این پژوهش بر اساس اصول پپتید تقلیدی آنالوگی برای brevinin-18 طراحی شد سپس با روش فاز جامد spps به صورت شیمیایی سنتز شد.خالص سازی با دستگاه hplc وبا ستون¬های فاز معکوس vydac انجام شد. اثرات ضدمیکروبی آن بر روی چند گونه باکتری مورد بررسی قرار گرفت وبا پپتید brevinin-18 مقایسه شد. هم¬چنین اثر همولیزکنندگی پپتیدها مورد سنجش قرار گرفت. ساختار پپتیدها در محیط حاوی ترکیب تقلید کننده غشا با دستگاه طیف ¬سنج دورنگ-نمایی دورانی circular dichroism مورد بررسی قرار گرفتند و با محیط آبی مقایسه شدند. اثر ضدمیکروبی آنالوگ اثبات شد و حداقل غلظت مهاری minimum inhibitory concentration تعیین شد. همچنین پپتیدها در محدوده¬ی اثر ضدمیکروبی اثر همولیزی نداشتند. ساختار پپتیدها با وجود پیوند دی¬سولفید در حضور tfe تشکیل پیچه¬یα می¬دهند.

استخراج، خالص سازی و تعیین ویژگی های بیوشیمیایی نوع جدیدی آنزیم آمیلاز از فلور میکروبی چشمه ی آبگرم و معدنی فردوس
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم 1388
  میلاد لگزیان   احمد آسوده

این کار گزارشی از شناسایی، خالص سازی و تعیین ویژگی های یک نوع جدید از آنزیم آلفا آمیلاز از فلور میکروبی طبیعی چشمه آبگرم و معدنی فردوس است. در اولین مرحله، جداسازی و کشت باکتری و شناسایی نسبی جنس آن بوسیله روشهای بیوشیمیایی و مولکولی مرسوم انجام پذیرفت و سپس تعیین شرایط بهینه برای رشد و همچنین برای تولید آنزیم های گلیکولیتیک مانند آمیلازها، انجام شد. در مرحله بعد، خالص سازی آنزیم تولید شده بوسیله کروماتوگرافی ion-exchange با رزین q-sepharoseدر یک روند چند مرحله ای ادامه یافت بطوریکه که در پایان مراحل خالص سازی میزان خلوص آنزیم 23 برابر محیط کشت اولیه آن بود. بررسی های بیوشیمیایی بر روی این آنزیم نشان دهنده ویژگی های زیر میباشد: وزن مولکولی آنزیم بر اساس حرکت آن در ژل پلی آکریل آمید حدود 53 کیلو دالتون میباشد، این آنزیم در ph بین 3.5 تا 7 پایدار میباشد بطوریکه بهینه ترین ph برای آن برابر 4.5 میباشد بنابراین این آمیلاز نوعی آنزیم اسیدوفیل نیز می تواند باشد . مطالعات اثر دما بر روی پایداری و فعالیت آنزیم نشان دهنده این بود که بهینه ترین دما برای فعالیت آنزیم 70 درجه سانتیگراد می باشد و آنزیم تا دمای 75 درجه سانتیگراد به مدت 45 دقیقه تا 75% پایدار می باشد. اثر یون های فلزی بر روی میزان فعالیت آنزیم با یون های zn2+، ca2+، ba2+، hg2+، mg2+، k+، na+ و چلاتور edta انجام پذیرفت و نتایج حاصله (میزان فعالیت آنزیم) برای این یون ها نشان دهنده عدم وابستگی نسبی فعالیت آنزیم به یون های فلزی بخصوص ca2+ است. داده های طیف cd مربوط به آنزیم بعد از انکوبه شدن آن در دمای 75 درجه به مدت 45 دقیقه هیچگونه تغییر قابل توجهی را در ساختار دوم آن نشان نمی دهد. پروفایل محصولات تولیدی توسط این آنزیم بوسیله کروماتوگرافی لایه نازک (tlc) در زمان های مختلف بررسی شد و نشان دهنده محصول نهایی گلوکز و مالتوز میباشد. در بررسی 20 آمینو اسید ابتدایی n-ترمینال آنزیم مشخص شد که این آنزیم شباهتی کمتر از 50% با سایر آنزیم های آمیلاز دارد که نشان دهنده ی جدید بودن آن است. با توجه به این سری ویژگی ها، قابل کاربرد بودن این آنزیم در صنعت مواد غذایی و احتمالاً شوینده ها کاملاً امکان پذیر می باشد.