نام پژوهشگر: محمد سعید حجازی

طراحی و ساخت سنسورها و بیوسنسورهای جدید الکتروشیمیایی برای شناسایی و اندازه گیری مواد بیولوژیکی و مارکرهای زیستی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تبریز - دانشکده شیمی 1388
  سیما قلی زاده شورگلی   محمد سعید حجازی

با توجه به اهمیت سنسورها و بیوسنسورها در زمینه های مختلف و به خصوص در زندگی انسان، طراحی و ساخت سنسورها و بیوسنسورهای جدید لازم به نظر می رسد. یک بیوسنسور را می توان به عنوان ابزاری که از تلفیق یک حسگر بیولوژیکی متصل به یک مبدل حاصل می شود، تعریف نمود. بیشترین کاربرد بیوسنسورها در تشخیص های پزشکی و علوم آزمایشگاهی است. بیوسنسورها دارای دو جزء اساسی هستند: سیستم تشخیص بیولوژیکی (گیرنده) و مبدل فیزیکو شیمیایی. بیوسنسورهای الکتروشیمیایی متداول ترین گروه بیوسنسورها را تشکیل می دهند. بیوسنسورها ممکن است براساس مکانیسم ویژه ماده فعال بیولوژیکی و یا نوع مبدل یا ترکیبی از این دو به انواع مختلفی تقسیم گردند. بسته به طبیعت سطح الکترد و مبدل فیزیکی، روشهای مختلفی برای تثبیت ملکولهای زیستی بر روی بسترهای مختلف به منظور ساخت بیوسنسورها وجود دارد از جمله جذب سطحی، در کپسول قرار دادن، به تله اندازی، اتصال کووالانسی و اتصال عرضی. در کار پژوهشی حاضر، در گام نخست، طراحی و ساخت بیوسنسورهایی بر پایه بافتهای گیاهی در داخل پیکره سل- ژل صورت گرفته و برای اندازه گیری ترکیبات بیولوژیکی مانند دوپامین که یک مبدل عصبی می باشد، مورد استفاده قرار گرفته است. تغییرات سطوح این ترکیب در بدن موجب بیماریهایی نظیر آلزایمر و پارکینسون شده و به دلیل اهمیت اندازه گیری این ترکیب، طراحی بیوسنسورهای جدید لازم به نظر می رسد. بسترهای مختلفی شامل بیوسنسور براساس سل- ژل بر پایه بافت گیاهی، بیوسنسوری براساس کامپوزیت بافت گیاهی- پلی پیرول فوق اکسید شده، بیوسنسور سل- ژل اصلاح شده با نانوبیوکامپوزیت براساس نانو tio2- بافت گیاهی مورد مطالعه قرار گرفتند که در همه بسترها، تثبیت بافت گیاهی مورد نظر حاوی آنزیم پلی فنل اکسیداز در درون پیکره الکترد سل- ژل انجام می گرفت. بیوسنسور براساس سل- ژل بر پایه بافت گیاهی برای اندازه گیری ترکیب دوپامین و همچنین ترکیبی از دسته آفت کشها به نام آترازین به عنوان یک ماده مضر زیستی و آلوده کننده محیط زیست مورد استفاده قرار گرفت. پارامترهای مختلف مانند ph، بارگیری درصد آنزیم و سرعت روبش مورد بررسی قرار گرفت. تکنیکهای آمپرومتری و کرونوآمپرومتری برای بدست آوردن میزان تاثیر غلظت و حد تشخیص و همچنین ضریب انتشار مورد استفاده قرار گرفتند. آترازین به عنوان یک بازدارنده آنزیمی در حضور آنالیت دوپامین با استفاده از بیوسنسور ذکر شده با نتایج رضایت بخشی اندازه گیری شد. به منظور بررسی کارایی بیوسنسور براساس کامپوزیت بافت گیاهی- پلی پیرول فوق اکسید شده و بیوسنسور سل- ژل اصلاح شده با نانوبیوکامپوزیت براساس نانو tio2- بافت گیاهی نیز، آنالیت دوپامین مورد اندازه گیری قرار گرفت. در این مورد نیز متغیرهای مختلفی بهینه گردید و الکتردهای مورد نظر با پایداری خوبی برای دوپامین بکار گرفته شدند. در تمامی بسترها آنالیت دوپامین در نمونه حقیقی آمپول تزریقی با نتایج قابل قبولی به کار برده شد و آترازین در نمونه فرموله شده آترازین مورد تست قرار گرفت. در گام دوم این کار پژوهشی، طراحی و ساخت سنسورهایی برپایه تثبیت لاکتات، سابستریت مربوط به آنزیم لاکتات دهیدروژناز به عنوان مارکر زیستی برای بعضی بیماریها مورد بررسی قرار گرفت. بدین منظور، بسترهای متنوعی برای تثبیت لاکتات مورد آزمایش قرار گرفت. این بسترها عبارت بودند از الکترد مغز مداد، الکترد سل- ژل با دو کنفیگوراسیون (به صورت تثبیت در سطح الکترد و وارد کردن در داخل پیکره) و الکترد سل- ژل تیمار شده با الکتروفورز. بعد از تثبیت لاکتات، با توجه به عملکرد سنسورهای الکتروشیمیایی و تبدیل آنالیت موردنظر به محصول توسط مارکر زیستی به نام آنزیمها، اندازه گیری و تشخیص مارکرها انجام می گیرد. در تمامی بسترها آنزیم لاکتات دهیدروژناز با نتایج خوبی مورد اندازه گیری قرار گرفت و پارامترهای مختلفی مانند ph، زمان تثبیت، مقادیر آنزیم و nad+ بررسی و مقادیر بهینه آنها تعیین گردید. انتخابگری الکتردها در حضور آنزیم کلسترول اکسیداز مورد مطالعه قرار گرفت و نتایج رضایت بخشی بدست آمد.

مطالعه ریخت سنجی هندسی و مولکولی جمعیت های جغرافیایی کرم غوزه ی پنبه، (enoctuida lep.:) (hübner) armigera helicoverpa، دراستان های شمال غرب و گلستان.
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تبریز - دانشکده کشاورزی 1388
  نادر گل محمد زاده خیابان   محمد سعید حجازی

به منظور مطالعه تنوع ژنتیکی جمعیت های پروانه کرم غوزه ی پنبه helicoverpa armigera (hübner) ، با استفاده از نشانگرهای مرفولوژیکی و مولکولی از مناطق مختلف شمال و شمال غرب کشور پنج جمعیت جغرافیایی از استان-های آذربایجان شرقی، آذربایجان غربی، اردبیل، کرمانشاه و گلستان و چهار جمعیت میزبانی گوجه فرنگی، ذرت، نخود و پنبه از استان اردبیل در سال های 1384 تا 1386جمع آوری شدند. در این بررسی تعداد 15 لندمارک در بال جلو و 12 لندمارک در بال عقب با استفاده از محاسبات ریاضی و هندسی در یک فضای غیر اقلیدسی بنام kendalls shape space تراز و برای انجام محاسبات چند متغیره داده ها در یک فضای خطی به فضای اقلیدسی tangent space انتقال داده شدند تا متغیرهای قابل تجزیه و تحلیل به دست آیند. در جمعیت های جغرافیایی تعداد 287 و 277 تصویر به ترتیب متعلق به بال جلو و بال عقب و در جمعیت های میزبانی تعداد 227 و262 تصویر به ترتیب متعلق به بال جلو و بال عقب با استفاده از 26 و 20 متغیر شکلی در بال جلو و بال عقب با یکدیگر مقایسه شدند. داده های به دست آمده مورد تجزیه به مولفه های اصلی (pca) ، تجزیه خوشه ای (ca)، تجزیه تابع تشخیص (dfa) ، تجزیه متغیر کانونیک (cva) و تجزیه واریانس چند متغیره (manova) قرار گرفتند. نتایج آزمون جنس ها معنی دار بود و در کلیه نتایج آزمون ها، نر و ماده ها از هم جدا شدند. در این مطالعه ماده ها قاعده بال پهن تری نسبت به نرها داشتند. هم چنین اندازه متوسط بال افراد ماده به طور معنی داری بیشتر از افراد نر بود. بر اساس آزمون آلومتری، رابطه معنی داری بین اندازه متوسط و تغییرات شکل بال ها در جنس نر و ماده مشاهده نشد. تجزیه خوشه ای در جمعیت های جغرافیایی به روش upmga بر اساس خصوصیات بال های جلو وعقب افراد نر و ماده به طور مجزا پنج جمعیت کرم غوزه ی پنبه را به دو گروه اصلی منتسب کرد که در همه آن ها جمعیت کرمانشاه در گروه دوم قرار گرفت و در جمعیت های میزبانی بر اساس خصوصیات بال های جلو و عقب در افراد ماده جمعیت پنبه در یک گروه مجزا قرار گرفت. نتایج آزمون جمعیت ها نیز معنی دار بود. نتایج این تحقیق نشان می دهد که کرم غوزه ی پنبه در مناطق وسیعی از ایران گسترش یافته و جمعیت های جغرافیایی متفاوتی را به وجود آورده است و ممکن است در آینده این تنوع و تغییرات مرفولوژیک جغرافیایی منجر به تشکیل زیر گونه های جغرافیایی در نقاط مختلف گردد. وجود این اختلافات بیانگر سازگاری این آفت به مناطق مختلف جغرافیایی و نیز میزبانی است. از میان 10 آغازگر ssr مورد ارزیابی در جمعیت های جغرافیایی و میزبانی به ترتیب، 46 و 49 نوار چند شکل به دست آمد. تنوع ژنتیکی درون جمعیت های جغرافیایی و میزبانی کرم غوزه ی پنبه با استفاده از شاخص نی، بین 188/0 تا 250/0 به ترتیب برای جمعیت های مغان و شاهین دژ و 087/0 تا 149/0 برای جمعیت های نخود و ذرت برآورد گردید. تجزیه اریانس مولکولی برای تفکیک کل جمعیت های جغرافیایی و میزبانی، تنوع ژنتیکی معنی داری را در درون و بین جمعیت های کرم غوزه ی پنبه نشان داد، به طوریکه از کل تنوع ژنتیکی، 88/13 و 12/86 در صد و 54/50 و 46/49 درصد آن به ترتیب توسط تنوع بین و درون جمعیت ها تبیین شد. تجزیه خوشه ای بر اساس داده های مولکولی، جمعیت ها را به دو گروه تقسیم کرد. در این گروه بندی، جمعیت گرگان و در جمعیت های میزبانی جمعیت موجود روی نخود به تنهایی در یک گروه مجزا قرار گرفت. بیشترین و کمترین فاصله ژنتیکی در جمعیت های جغرافیایی و میزبانی به ترتیب بین جمعیت های گرگان – مغان و کرمانشاه – شاهین دژ، ذرت- پنبه و ذرت- گوجه فرنگی مشاهده شد. آزمون منتل همبستگی معنی دار بین ماتریس فاصله ژنتیکی و فاصله جغرافیایی نشان نداد. تجزیه به مولفه های هماهنگ اصلی بر اساس داده های مولکولی، گروه بندی حاصل از تجزیه خوشه ای را تأیید کرد.

بررسی رفتار الکتروشیمیایی بعضی از مواد بیولوژیک و کاربرد آن ها در تهیه بیوسنسورهای dna، آدرنالین، نورآدرنالین و استامینوفن، با استفاده از بسترهای اصلاح شده با نانومواد
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه یزد 1391
  نوید نصیری زاده   حمیدرضا زارع

در قسمت نخست این پروژه رفتار الکتروشیمیایی هماتوکسیلین و اوراست بلو در سطح الکترود کربن شیشه ای (gce) با روش ولتامتری چرخه ای مطالعه شده است. برای تشخیص مکانیسم اکسایش این دو گونه ی الکتروفعال تاثیر عوامل متفاوتی نظیر ph محیط، غلظت گونه ی مورد مطالعه و پنجره ی زمانی روش الکتروشیمیایی مطالعه شده اند. براساس نتایج به دست آمده، می توان نتیجه گرفت که مکانیسم احتمالی اکسایش هماتوکسیلین و اوراست بلو به ترتیب ece و ec می باشند. برپایه ی داده های تجربی پیشنهاد شده است، محتملترین واکنش شیمیایی موخر در مکانیسم اکسایش هر دو ترکیب مورد بحث، واکنش دیمر شدن می باشد. در قسمت دیگری از این بخش، تعدادی از مشخصه های ترمودینامیکی و سینتیکی اکسایش الکتروشیمیایی هماتوکسیلین و اوراست بلو با روش ولتامتری چرخه ای به دست آمدند. با استفاده از وابستگی ثابت تعادل واکنش اکسایش به دما، تغییرات انتالپی، انتروپی و انرژی آزاد گیبس فرآیندهای اکسایش هر دو ترکیب محاسبه شده اند. در قسمت دوم این پروژه، دو بیوسنسور جدید براساس برهمکنش هماتوکسیلین و اوراست بلو با الیگونوکلئوتید 20-مری از ویروس پاپیلومای انسانی (hpv)، برای تشخیص فرآیند هیبریداسیون، طراحی و معرفی گردیده اند. این بررسی ها براساس برهمکنش دو گونه ی الکتروفعال هماتوکسیلین یا اوراست بلو با تک رشته ای پروب تیول دار شده ی خودآرا در سطح الکترود طلا و همچنین فرم هیبرید یافته ی آن صورت پذیرفته اند. نکته ی قابل توجه اینکه، هنگامی که تک رشته ای پروب با تک رشته ای مکمل هیبرید می شود، علامت تجزیه ای مربوط به هماتوکسیلین و اوراست بلو بزرگتر از علامت تجزیه ای مذکور برای حالتی است که هیبریداسیون پروب با تک رشته ای ناجور یا غیر مکمل صورت می گیرد. نتیجه ی فوق این امکان را فراهم می آورد تا بتوان تک رشته ای مکمل را از تک رشته ای های غیر مکمل و ناجور تشخیص داد. سرانجام، محدوه ی خطی، حد تشخیص و تکرارپذیری روش برای اندازه گیری dna در سطح هر دو بیوسنسور گزارش شده اند. در قسمت دیگر این کار پژوهشی، از gce اصلاح شده با هماتوکسیلین (hmgce) و gce اصلاح شده با نانولوله های کربنی چند دیواره و هماتوکسیلین (hmwcnt-gce) به ترتیب برای اکسایش الکتروکاتالیستی نورآدرنالین (na) و آدرنالین (ad) استفاده شده اند. برای هرکدام از ترکیب های تجزیه ای برخی از مشخصه های سینتیکی و تجزیه ای با روش های الکتروشیمیایی محاسبه گردیدند. نتایج حاصل نشان می دهند اندازه گیری همزمان na و استامینوفن (ac) در سطح hmgce امکان پذیر است. همچنین، در سطح hmwcnt-gce می توان اندازه گیری همزمان آسکوربیک اسید (aa)، ad و اوریک اسید (ua) در یک محلول را انجام داد. در قسمت نهایی این پروژه، یک سنسور الکتروشیمیایی براساس gce اصلاح شده با mwcnt و اوراست بلو (obmwcnt-gce) برای اندازه گیری الکتروکاتالیستی هیدروکسیل آمین و هیدرازین به طور مجزا ارایه شده و مشخصه های تجزیه ای و سینتیکی اکسایش الکتروکاتالیستی گونه های مورد سنجش گزارش شده اند.

بررسی تنوع ژنتیکی marinobacter sp. موجود در دریاچه گوری گول آذربایجان شرقی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه مازندران - دانشکده علوم کشاورزی 1388
  وحیده طرح ریز   محمد سعید حجازی

چکیده باکتری¬های شورپسند مناطق معتدل، گروهی از باکتری¬ها هستند که به زندگی در محیط¬های با 20-0 در صد نمک سازش یافته اند . اعضاء خانواده¬ alteromonaceae، از باکتری های شورپسند ملایم ، باکتری های گرم منفی، متحرک و هوازی بوده که دارای قابلیت رشد در محیط¬های بی¬هوازی هستند و در صورت رشد در محیط¬های بی هوازی با تخمیر به روشهای متفاوتی نظیر دنیتریفیکاسیون رشد می¬کنند. بیشتر آنها ترکیباتی تولید می کنند که از نظر صنعتی مورد توجه¬اند مانند آنزیم¬ها، پلی¬مرها و محافظ¬های اسمزی، این باکتری ها همچنین دارای خصوصیات فیزیولوژیکی مفیدی هستند که بهره برداری از آنها را در زمینه¬های تجاری تسهیل می¬کند¬. با توجه به اهمیت اقتصادی تیرهalteromonaceae در صدد بررسی حضور این باکتری در دریاچه گوری گول بر آمدیم. جهت نیل به این منظور، 4 نمونه در 3 تکرار از عمق¬های مختلف شامل: نواحی ساحلی، نواحی کم عمق یک متری، نواحی عمیق 2-4 متری و نواحی خیلی عمیق 6 متر به پائین تر برداشته و در ظروف استریل به آزمایشگاه بیوتکنولوژی داروئی تبریز منتقل گردیدند. نمونه¬های آبی روی 3 محیط مختلف، در دمای 30-20 درجه سانتی گراد بمدت 3 تا20 روز کشت شدند. سپس باکتری های رشد یافته به صورت تک کلونی جداسازی شدند و به پژوهشکده برنج و مرکبات ساری منتقل شده و پس از استخراجdna ژنومی با استفاده از آغازگر های عمومی، ژن 16s rrna ناحیه 1500 جفت باز تکثیر و به منظور تعیین ترادف به شرکت macrogene ارسال شد. نتایج حاصل از 20 آزمایش بیوشیمیائی و فیزیولوژیکی روی جدایه ها نشان داد که باکتری های گرم منفی جدا شده هوازی بوده و دارای رشد بهینه در دمای 25- 15 در جه سانتی گراد، 7-6 = ph و 75/9 گرم بر لیتر nacl می باشند. مقایسه داده های حاصل از تعیین ترادف با ترادف های بانک اطلاعات ncbi نشان داد که جدایه st7 با باکتری shewanella xiamenensis s4(t)¬¬، %98 تشابه داشت. علاوه برتفاوت ژن 16s rrna، تفاوت بیوشیمیائی از جمله اختلاف در تست اکسیداز را می توان نام برد. از اینرو نمونه یاد شده به عنوان یک جدایه جدید گزارش و ترادف آن به طول 1489 جفت باز در¬¬ ¬بانک ژن ncbi با شماره gq988720 ثبت گردید. در این مطالعه همچنین جدایه st4 با باکتری alishewanella agri bl06(t) ، %97 تشابه داشت. به همین جهت این نمونه نیز به عنوان یک جدایه جدید گزارش و ترادف آن با 1388 جفت باز در ncbi با شماره gq505294 ثبت گردید. در این مطالعه همچنین 12 باکتری نظیر agrobacterium sanguineum و paracoccus marcusii جداسازی و شناسائی شدند علاوه بر آن جدایه st30 از نظر مورفولوژی و ژنوتیپی جزء باکتری های جنس marinobacter sp. بود. که نیاز به بررسی بیشتر دارد. مطالعه این باکتری ها از نظر تولید آنزیم های هیدرولیتیکی و تولید کاروتنوئید ها از پتانسیل های جالب و قابل بهره برداری برخوردار می باشند. کلمات کلیدی: باکتری¬های شورپسند، alteromonaceae ، ژن 16s rrna، فنوتیپ.

جداسازی و بررسی خصوصیات فنوتیپی و ژنوتیپی باکتری های تجزیه کنند? برخی آلاینده های آلی صنعتی موجود در شماری از رودخانه های شمال کشور
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری - دانشکده علوم کشاورزی 1390
  مریم مرتضوی   محمد سعید حجازی

چهار گروه آسفالتین ها، هتروسیکلیک ها، آلیفاتیک ها و آروماتیک ها از اصلی ترین آلاینده های شیمیایی محسوب می شوند که بدلیل داشتن حلقه های بنزنی جزو ترکیبات پایدار هستند. کاهش این آلاینده ها بوسیله میکروارگانیسم ها طی تجزیه زیستی صورت می گیرد. مهمترین هدف تجزیه زیستی تبدیل آلودگی های ارگانیک به متابولیت های بی خطر یا تبدیل این آلودگی ها به دی اکسید کربن و آب است. دریاچه خزر یک اکوسیستم محدود است. در نتیجه آلاینده هایی که از طریق رودخانه ها به آن راه پیدا می کنند، تجمع یافته و اثری شگرف بر آبزیان منطقه دارند. با توجه به اهمیت این موضوع قابلیت تجزیه کنندگی باکتری های دریازی موجود در این اکوسیستم مورد بررسی قرار گرفت. برای دستیابی به این هدف، 4 نمونه در 3 تکرار، از عمق های مختلف، شامل نواحی ساحلی، نواحی کم عمق، نواحی عمیق و نواحی خیلی عمیق رودخانه های تالار رود، سفیدرود و منطقه فرح آباد ساری تهیه شد و در ظروف استریل به آزمایشگاه منتقل گردید. نمونه های تهیه شده روی دو محیط مختلف در دمای 30 درجه به مدت 10-1 روز کشت شدند. باکتری های رشد یافته بصورت تک کلونی جداسازی و سپس خالص سازی شدند. برای بررسی اثر تجزیه کنندگی، 3 محیط انتخابی در 3 تکرار استفاده شد. باین ترتیب 10 ترکیب شیمیایی، تحت آزمون تجزیه کنندگی توسط 30 ایزوله باکتریایی قرار گرفتند. dna ژنومی 13 ایزوله که قابلیت تجزیه کنندگی داشتند، استخراج شد و با استفاده از آغازگرهای عمومی، ژن 16s rrna تکثیر و تعیین ترادف شد. نتایج حاصل از 22 آزمایش شیمیایی و بررسی های مولکولی منجر به شناسایی 2 ایزوله bacillus pumilus، 5 ایزوله pseudomonas aeruginosa شد که قادر به تجزیه سه ماده دی فنیل آمین، آمسونیک اسید و لاورانت اسید هستند. همچنین ایزوله photobacterium ganghwense و halobacillus sp.، که قادر به تجزیه دی فنیل آمین به کتکول است. یک ایزوله vibrio vulnificus با قابلیت تجزیه آمسونیک اسید مورد شناسایی قرار گرفت. در این تحقیق یک ایزوله bowmanella sp. شناسایی شد که مطابق با اطلاعات موجود در بانک اطلاعات داده، دارای 96% تشابه با bowmanella pacifica است. توالی مربوط به این ایزوله بطول 1494 جفت باز با شماره دسترسی jq433552 در این پایگاه ثبت شد. از آنجایی که کمیته بین المللی طبقه بندی پروکاریوت ها مرز بین گونه ها را 7/98? اعلام نموده، این ایزوله بعنوان گونه ای جدید از این جنس قابل معرفی است. این ایزوله همچنین قادر به تجزیه mgl-1 60 برم آمینیک اسید است که محصول این تجزیه فتالیک اسید است.

بررسی تولید کاروتنوئیدها از باکتری های نمک دوست جداشده از شمالغرب ایران و شناسایی مولکولی ژن های مربوطه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه زنجان - دانشکده کشاورزی زنجان 1392
  داود نذیری   محمد سعید حجازی

کاروتنوئیدها به دلیل گستردگی زیاد، عملکرد های گوناگون و خواص جالب توجه آنها، مورد توجه در بسیاری از زمینه های مختلف علمی می باشند. کاروتنوئید ها رنگدانه های زیستی تترا ترپنوئید ی هستند که بصورت طبیعی در کلروپلاست و کروموپلاست های گیاهان و بعضی دیگر از میکروارگانیسم ها مثل جلبک ها بعضی از گونه های قارچی وباکتری ها تولید می شوند. میکروارگانیسم های افراطی نمک دوست در محیط های با غلظت نمک بالا اغلب تولید رنگدانه می کنند. بسیاری از آنها حاوی غلظت بالایی از کاروتنوئید هستند. کاروتنوئیدها به دلیل خاصیت آنتی اکسیدانی آنها در علوم پزشکی، کشاورزی، مواد آرایشی و داروسازی استفاده می شوند. کاروتنوئید ها نه فقط فعالیت آنتی اکسیدانی و ضد سرطانی بلکه در بهبود سلامتی چشم، افزایش قدرت پاسخ ایمنی بدن و جلوگیری از بروز بیماری های قلبی- عروقی نیز نقش بسزایی دارند. هدف از این مطالعه شناسایی میکروارگانیسم های تولید کننده کاروتنوئید از دریاچه ارومیه و نیز شناسایی نوع کاروتنوئید و تعیین کمی کاروتنوئیدهای تولیدی توسط آنها می باشد. بر این اساس آرکی-باکتری های جدا شده از دریاچه ارومیه پس از کشت در شرایط بهینه (محیط کشتmgm, marine)، به منظور تعیین اولیه وجود کاروتنوئید در عصاره، ابتدا عصاره آنها با استفاده از محلول استون و متانول به ترتیب با نسبت 7 به 3 استخراج شد و با استفاده از کروماتوگرافی لایه نازک و دستگاه اسپکتوفتومتری میزان جذب uv-vis آنها اندازه گیری شد. ابتدا گونه میکروارگانیسم تولید کننده کاروتنوئید از بقیه جدا، و سپس برای تعیین کمییت و کیفیت کاروتنوئیدهای موجود در عصاره آن با استفاده از دستگاه کروماتوگرافی مایع - اسپکتروسکوپی جرمی (lc-ms) مورد بررسی قرار گرفت. در طول موج 450 نانومتر میزان جذب کاروتنوئیدها مشخص گردید و سه کاروتنوئید باکتریوروبرین، لیکوپن و بتاکاروتن مهمترین کاروتنوئیدهای موجود در عصاره باکتری مشخص شد و نیز با استفاده از کروماتوگرافی دستگاه (hplc) هر سه کاروتنوئید جداسازی و جذب آنها با استفاده از uv-visبا آشکارساز دیودی مشخص شد. برای شناسایی گونه و سویه باکتری مورد نظر، محتوای dna باکتری استخراج گردید و پس از pcr با استفاده از پرایمرهای مخصوص آرکی باکتری، و انجام الکتروفورز، توالی bp 1500 تکثیر شده، توالی یابی شد. با استفاده از برنامه های آنلاین موجود در سایت ncbi و bioinformatic از جمله align و blast، توالی ژن 16s rrna سویه tbz 126 استخراج و مطابقت 100 درصدی با توالی ژن 16s rrna آرکی باکتر halorubrum chaoviator halo-g ? نشان داد. بر این اساس، سویه ی tbz126 را می توان به عنوان یک منبع جدید تولید کاروتنوئید به صورت تجاری معرفی کرد.

تولید کپسید پروتئینی ویروس موزائیک خیار در باکتری e. coli به منظور تولید آنتی بادی نوترکیب
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تبریز - دانشکده کشاورزی 1388
  پرویز پیرنیاکان   نعمت سخندان بشیر

ویروس موزاییک خیارcucumber mosaic cucumovirus (cmv) از خانواده bromoviridae یکی از مهمترین ویروس های بیمارگر کدوییان می باشد. جنس cucumovirus از خانواده bromoviridae دارای سه عضو، ویروس موزائیک خیار ((cmv، ویروس بی بذری گوجه فرنگی ((tav و ویروس کوتولگی بادام زمینی (psv) می باشد. cmv با پراکنش جهانی، وسیع ترین دامنه میزبانی را در بین ویروس های گیاهی داشته که در مزارع ایران نیز شیوع دارد و باعث کاهش راندمان محصول تا بیش از یک سوم می شود. استرین های ویروس موزائیک خیار در دو گروه بزرگ (? و ??) قرار می گیرند که بر اساس اطلاعات سرولوژیکی، هیبریداسیون، توالی نوکلئوتید و اطلاعات پروتئین پوششی توصیف می شوند. این دو گروه در حدود 75% توالی نوکلئوتیدی با همدیگر مشابهت نشان می دهند، این در حالیست که این استرینها در همان زیر گروه 97%-99% در توالی نوکلئوتیدی مشابهت دارند. این ویروس ها دارای ژنوم چند بخشی شامل سه قطعه آر. ان. ای تک رشته ای و آر. ان. ای های زیر ژنومی می باشند. rna1 بعنوان بزرگترین قطعه بوده و دارای 3357 نوکلئوتید و پروتئین 1a را کد می کند. rna2 حاوی 3050 نوکلئوتید و پروتئین 2aرا کد می کند. پروتئین های 1aو 2a برای همانند سازی آر. ان. ای ویروسی ضروری هستند.rna3 حاوی حدود 2200 نوکلئوتید و دارای دو سیسترون می باشد پروتئین 3a توسط orf قرار گرفته در مجاورت ?5 رمز می شود این پروتئین برای حرکت سلول به سلول در میزبان مورد نیاز است. دومین orf موجود درrna3، پروتئین پوششی (kda24) را کد می کند که در طرف ´3 مولکول rna3 قرار گرفته واز طریقrna4 زیر ژنومی کد می شود. هدف این تحقیق بیان ژن پروتئین پوششی ویروس موزائیک خیار در باکتریescherichia coli بدون نیاز به خالص سازی ویروس بود. تولید پادتن نوترکیب، نیاز به خالص سازی ویروس را که مستلزم وجود الترا سانتریفوژ است، مرتفع می سازد. به منظور تولید پروتئین پوششی نوترکیب، قاب خواندنی شماره چهار (rna4)، rna سوم ویروس که پروتئین پوششی را رمزگردانی می کند به کمک دو آغازگر اختصاصی از روی cdnaکامل ویروس توسط pcrتکثیر و به حامل همسانه سازی (ptz57r/t) متصل و در باکتریe. coli dh5 کلون شدند باکتری های ترانسفورم شده با پلاسمید نوترکیب برروی محیط کشت lb حاوی آمپی سیلین، iptg و x-gal غربال شدند و پلاسمید از آنها به روش لیز آلکالینی استخراج گردید. پلاسمید های استخراج شده با آنزیم های bam hiو sac i با محل اثر در دو طرف محل اتصال دی ان ای خارجی برش داده شدند، قطعه ی مورد نظر افزایش و به حامل بیان pet22b(+) اتصال داده شد بود. پس از بیان پروتئین پوششی cmv در e. coli rosseta اندازه ی آن در sds-page بررسی شد. وزن مولکولی این پروتئین در حدود 24 کیلو دالتون که منهای تعداد اسیدآمینه های افزوده شده توسط حامل، با اندازه ی پروتئین پوششی cmv مطابقت داشت.