نام پژوهشگر: شاهرخ کاظم پور اوصالو

سیستماتیک ملکولی قبیله hedysareae با تاکید ویژه بر جنس onobrychis براساس توالی های nrdnaits و trnl-f کلروپلاستی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1389
  عاطفه امیراحمدی   شاهرخ کاظم پور اوصالو

بعد از دکاندول حدود تاکسونومیک قبیله hedysareae متحمل تغییرات فراوانی شده است. lock (2005) این قبیله را به 12 جنس شامل corethrodendron، ebenus، eversmannia، hedysarum، onobrychis، sartoria، sulla، taverniera، alhagi، calophaca، caragana و halimodendron گسترش داد. اعضای قبیله hedysareae عضو irlc و گروه علفی های معتدله بوده و بطور کلی در مکانهای باز خشک یا مناطق مدیترانه ای و حاره ای یافت می شوند. در پژوهش حاضر، به منظور بازسازی روابط فیلوژنی 91 تاکسون (79 گونه در آنالیز nrdna its، 72 گونه در آنالیز trnl-f و 77 گونه در آنالیز ترکیبی) شامل 62 تاکسون از hedysareae به همراه 9 گونه از کلاد astragalean و 9 گونه از کلاد caraganean به عنوان درون گروه به اضافه 10 گونه از کلاد vicioid به همراه glycyrrhiza glabra (از galegeae) به عنوان برون گروه انتخاب شدند. آنالیزهای فیلوژنی با استفاده از روش بیشینه صرفه جویی(maximum parsimony) تعبیه شده در نرم افزار paup* و روش bayesian در نرم افزارmrbayes صورت گرفت. آنالیزهای ما همراه با مطالعات ملکولی اخیر نظر lock (2005) را تایید نکرد. calophaca، caraganaو halimodendron از قبیله galegeae ارتباط خویشاوندی نزدیکی با قبیله hedysareae ندارند. این جنس ها به همراه chesneya، gueldenstaedtia یک کلاد مجزا را (caraganean clade) تشکیل می دهند. hedysareae در اینجا فقط مشتمل بر alhagi، corethrodendron، ebenus، eversmannia، hedysarum، onobrychis، sartoria، stracheya، sulla و taverniera تعیین حدود می شود. بازسازی فیلوژنی تمامی آنالیزها تایید کرد که alhagi به خوبی با بقیه اعضای کلاد hedysaroid متحد شده است. نمایندگانی از جنس sulla به همراه h. humile و h. aculeolatum گروه تک تباری با حمایت بالا را تشکیل دادند. بنابراین این دو گونه باید تحت عناوین sulla humilis و sulla aculeolata به جنس sulla منتقل شوند. جنس های taverniera و ebenus هر دو تک تبار اند. hedysarum قطعا پیراتبار است. جنس تک گونه ای sartoria، بومی ترکیه، بین گونه های hedysarum قرار گرفته است. همچنین stracheya، جنس تک گونه ای و بومی تبت،(تنها با توالی یابی ناحیه trnl-f) در یک کلاد با گونه های hedysarumقرار گرفته است. تک تباری جنس onobrychis (ناشی از هموپلازی و نمونه برداری زیاد گونه ها) توسط این داده ها حمایت نشده است; اما در آنالیز محدود با یک نماینده از هشت بخشه، ثابت شد که این جنس تک تبار است. onobrychis زیرجنس onobrychis و تمامی بخشه های آن (بجز بخشه laxiflorae که دارای یک نماینده در این مطالعه است) به نظر می رسد پیراتبار باشند. اما onobrychis زیرجنس sisyrosema و بخشه های afghanicae و heliobrychis تک تباراند. اعضای بخشه های anthyllium و hymenobrychis (هر دو از زیرجنس sisyrosema) با یکدیگر مخلوط شده و یک پلی تومی با حمایت بالا را تشکیل داده اند. corethrodendron و eversmannia نیز خویشاوند نزدیک هم بوده و ارتباط نزدیکی با onobrychis دارند. جدائی corethrodendron از hedysarum توسط آنالیزهای ما تایید شد. pcr و توالی یابی dna در کل ناحیه trnl-f آشکار کرد که در دو گونه hedysarum مربوط به شمالگان، h. alpinum) و h. boreale ) اینترون trnluaa بطور کامل از دست رفته است. این یافته اولین گزارش برای فقدان این اینترون در گیاهان خشکی است.

بررسی فیلوژنی مولکولی طایفه rhinantheae در ایران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1389
  نیوشا جعفرزاده   شاهرخ کاظم پور اوصالو

قبیله rhinantheae دارای 24 گونه (نه سرده نیمه انگل و سرده انگل کامل lathraea) در ایران است. اغلب گونه های این قبیله در شمال و غرب ایران پراکنده شده اند. در این مطالعه 94 تاکسون (87 گونه در آنالیز nrdna its، 77 گونه در آنالیز cpdna rps2 و 68 گونه در آنالیز ترکیبی) شامل 48 تاکسون از rhinantheae، 13 تاکسون از buchnereae و 29 تاکسون از تیره orobanchaceae به عنوان درون گروه و paulownia tomentosa به همراه verbascum speciosum ازscrophulariaceae بعنوان برون گروه به منظور بازسازی روابط فیلوژنی مورد بررسی قرار گرفتند. روش ماکسیمم پارسیمونی تعبیه شده در نرم افزار paup* و روش bayesian در نرم افزار mrbayes برای آنالیزهای فیلوژنی استفاده شد. نتایج ما نشان می دهند که rhinantheae پیراتبار است. bungea trifida در قاعده درخت قرار می گیرد و با سایر اعضا خویشاوند دور است. pedicularis با حمایت بالایی تک تبار است. دو گونه ایرانی بررسی شده در اینجا با گونه های اروپایی pedicularis خواهر هستند و همگی با حمایت بالایی با سرده های مربوط به آمریکای شمالی و جنوبیtriphysaria و orthocarpus خویشاوندند. melampyrum تک تبار است و برای سایر اعضای rhinanthoid خواهر محسوب می شود. آنالیزهای فیلوژنی نشان میدهد که rhynchocorys، lathraea و rhinanthus تک تبار هستند و همگی با یکدیگر یک کلاد را تشکیل می دهند. parentucellia و bellardia در یک کلاد تک تبار قرار می گیرند.odontites بطور ضعیفی با کلاد شامل گونه هایeuphrasia خویشاوند است. در مطالعات تشریحی برگ، 11 گونه از ده سرده قبیله مزبور در ایران مورد بررسی قرار گرفت. صفات ریخت شناسی و تشریحی اندازه گیری شد و مورد مقایسه قرار گرفت. نتایج نشان می دهد که قبیله rhinantheae یک گروه heterogeneous است و صفات مذکور از گونه ای به گونه دیگر متمایز می باشد. کلید واژه: فیلوژنی مولکولی، قبیله rhinantheae، ژن هسته ای its، ژن کلروپلاستی rps2، مطالعات تشریحی، ایران

سیستماتیک مولکولی جنس ebenus (fabaceae-hedysareae) براساس توالی هایnrdna its و matk
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1389
  اکرم کاوه   شاهرخ کاظم پور اوصالو

چکیده ebenus در مناطق جنوب غرب آسیا، شرق مدیترانه و شمال آفریقا گسترش یافته است وحدوداً شامل 19 گونه است. در مطالعه حاضر، 31 تاکسون (31 گونه در آنالیز nrdna its، 25 تاکسون در آنالیز matk و 25 گونه در آنالیز ترکیبی) شامل 18 گونه از ebenus، 6 گونه از taverniera، 2 گونه از جنس onobrychis و دو گونه از جنس hedysarum به عنوان درونگروه و بعلاوه alhagi persarum به عنوان برونگروه در بازسازی فیلوژنی انتخاب شدند. روش ماکسیمم پارسیمونی تعبیه شده در نرم افزار paup* با استفاده از جستجوی ابتکاری و روشbayesian با استفاده از mrbayes برای آنالیز فیلوژنی به کار برده شد. آنالیز کلادیستیک ریخت شناسی با استفاده از 21 صفت و 26 تاکسون شامل 19 گونه از ebenus، 2 گونه از taverniera، 2 گونه از جنس onobrychis و دو گونه از جنس hedysarum به عنوان درونگروه و بعلاوه alhagi persarum به عنوان برونگروه در باز سازی فیلوژنی انتخاب شدند. در تمام آنالیز ها ebenus و taverniera تک تبار هستند. بخشه های euebenus و ebenidium جنس ebenus تک تبار نمی باشند. همچنین onobrychis و hedysarum با حمایت ضعیفی با ebenus قرار گرفته اند. در درخت ترکیبی nrdna its- matk، ebenus pinnata و e.stellata شاخه های حل نشده ای هستند که متعاقب آن زیر کلاد e.cretica وe.armitagei می باشد که خواهر کلاد بزرگی از گونه های ترکیه ای بعلاوه e.sibthorpii است، این کلاد به نوبه خود شامل دو زیر کلاد متشکل از سه گونه (e.cappidocica، e.depressa و e.bourgaei) و یازده گونه (e.hirsuta تا e.sibthorpii) می باشد. هر دو آنالیز فیلوژنی مولکولی و مورفولوژی نشان می دهد که ebenus از مناطق مدیترانه ای (شمال آفریقا) منشا گرفته است. یک گونه، e.stellata، در مناطق جنوب غربی آسیا تکامل یافته است و تعداد کثیری از گونه ها به خوبی در نواحی مدیترانه و ایران وتورانی آناتولی (ترکیه) تنوع یافته اند. برخلاف فیلوژنی های مولکولی در درخت حاصل از مورفولوژی e.cretica و e.stellataخواهران متوالی بقیه گونه های ebenus هستند.

فیلوژنی مولکولی سرده psychrogeton و خویشاوندانش (asteraceae-astereae-asterinae) براساس توالی هسته ای nrdna its و صفات ریخت شناسی در ایران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1389
  فرزانه جعفری   شاهرخ کاظم پور اوصالو

در این مطالعه فیلوژنی قبیله astereae با تاکید بر psychrogeton بررسی شد. در ایران حدود 15 سرده و 38 گونه پراکنده هستند. به منظور بازسازی روابط فیلوژنی ماتریسی متشکل از 108 تاکسون تهیه گردید که از این میان 51 تاکسون برای ناحیه هسته ای nrdna its در این مطالعه توالی یابی شدند و همچنین زیر مجموعه ای متشکل از 18 تاکسون برای فاصله انداز cpdna trnh-psba که از این میان 15 تاکسون در این بررسی تعیین توالی یابی شدند. ماتریس داده های ناحیه هسته ای nrdna its شامل 5 برونگروه و 103 درونگروه و ماتریس دیگر مربوط به داده ناحیه کلروپلاستی cpdna trnh-psba، شامل 2 برونگروه و 16 درونگروه می باشد. برای هر دو آنالیز هسته ای و کلروپلاستی به ترتیب 10 و 9 گونه psychrogeton انتخاب شدند. تجزیه و تحلیل داده ها با دو روش بیشینه صرفه جویی و baysian توسط برنامه paup*4.0b10 و mrbayes v3.1.2 انجام شد. براساس این مطالعه، قبیله astereae تک تبار می باشد. سرده های psychrogeton، lachnophyllum و aster ظاهرا تک تبار نیستند و galatella به همراه crinitaria و tripolium با همدیگر مخلوط یک کلاد را تشکیل می دهند. اما chamaegeron، erigeron های آسیا-اروپا و myriactis تک تبار می باشند. دو فرد از ps. pseuderigeron و سه فرد از ps. obovatus در کلادهای مجزا از سایر گونه های psychrogeton قرار دارند. ps. nigromontanus با کلاد متعلق به گونه های ps. aucheri، ps. aellenii، ps. cabulicus، ps. amorphoglossus، ps. alexeenkoi و ps. chionophilus خواهر می باشد. گونه ps. aucheri با گونه های ps. aellenii، ps. cabulicus، ps. amorphoglossus، ps. alexeenkoi و ps. chionophilus خواهر می باشد. همچنین کلاد مربوط به گونه های ps. aellenii، ps. cabulicus، ps. amorphoglossus، ps. alexeenkoi و ps. chionophilus از احتمال پسین بسیار ضعیفی برخوردار است. علاوه براین گونه های ps. amorphoglossus، ps. chionophilus و ps. alexeenkoiبیشترین قرابت را با یکدیگر دارند. callistephus chinensis و brachyactis roylei در میان گونه های این سرده قرار می گیرند. این بررسی نشان داد aster bachtiaricus با سایر aster های آسیا-اروپا قرابت ندارد. در انتها روند تکامل 20 صفت ریخت شناسی برای psychrogeton در چارچوب فیلوژنی nrdna its بررسی می شود. . کمترین شاخص ثبات، 25/0 مربوط قطر کپه می‎باشد. . بیشترین ثبات، 1 مربوط به نوع کرک، رنگ گلهای حاشیه ای و گلهای میانی از لحاظ عملکرد می‎باشد.

فلوریستیک و تنوع زیستی بریوفیت های مینودشت (استان گلستان)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم انسانی 1389
  علی اصغر امیری   شاهرخ کاظم پور اوصالو

علارغم شناخت خوبی که از فلور گیاهان آوندی ایران وجود دارد، بریوفیت های ایران هنوز کم شناخته شده اند. در این پایان نامه فلور بریوفیت های مینودشت (استان گلستان) و تنوع زیستی آنها مورد مطالعه قرار گرفت. در این مطالعه، بیش از 220 نمونه از 22 نقطه و نواحی مجاور، شامل رویشگاه های متنوع، جمع آوری شد. از این نمونه ها، 55 گونه در قالب 32 تیره و 45 سرده شناسایی شد. در این میان 8 گونه برای فلور بریوفیت های استان گلستان جدید می باشند. علاوه بر اینها، در این مطالعه 6 گونه برای اولین بار برای فلور بریوفیت های ایران گزارش می شوند. شرح و کلید های شناسایی مصنوعی برای تیره ها، سرده ها و گونه ها براساس منابع و مطالعات هرباریومی تهیه شد. در میان 55 گونه مشاهده شده در این منطقه، یک گونه شاخ واش، 17 گونه جگرواش و 37 گونه خزه می باشند که 14/56% تیره ها، 20/30% سرده ها و 58/12% گونه های گزارش شده از فلور بریوفیت های ایران را پوشش می دهند. در میان 32 تیره شناسایی شده از منطقه تیره های pottiaceae با 8 گونه، brachythrciaceae با 7 گونه و anomodontaceae و fissidentaceae هر یک با 3 گونه بزرگ ترین تیره های منطقه هستند. در میان جگرواش ها 8 گونه ریسه ای و 9 گونه برگی هستند. در میان خزه ها 20 گونه آکروکارپ و 17 گونه پلوروکارپ هستند. چهار نوع رویشگاه شامل خاکزی، صخره زی، اپیفیت و آبزی مشاهده شد. در این رویشگاه ها پنج فرم رویشی شامل یکساله، چمنی کوتاه، چمنی بلند، بالشتکی و بوریایی مشاهده شد. با توجه به وجود عمدتاً جنگل های هیرکانی و بستر های باز در منطقه، خزه های اپیفیت و خاکزی دارای بیشترین تنوع زیستی در این منطقه می باشند.

فیلوژنی مولکولی سرده hedysarum بر اساس توالی nrdna its
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1389
  فاطمه معین   شاهرخ کاظم پور اوصالو

چکیده سرده hedysarum با دارا بودن حدود 200 گونه از اعضای اصلی قبیله hedysarea به شمار می رود که در مناطق معتدله تا قطبی نیمکره شمالی پراکنش یافته است. مرکز اصلی گونه زایی این سرده در آسیای مرکزی و شمال آمریکا می باشد. به دلیل وجود هموپلازی فراوان در صفات ریخت شناسی این سرده تا کنون بسیاری از طبقه بندی های انجام شده برای این سرده مصنوعی بوده است. به همین دلیل مطالعه این رده براساس داده های مولکولی ناحیه ی nrdna its،توالی trnl-trnl-trnf و ژن matk کلروپلاستی برای بازسازی روابط فیلوژنی میان گونه های این سرده انجام شد. درپژوهش حاضر به منظور بازسازی روابط فیلوژنی 71 نمونه(68 گونه برای توالی nrdna its،64 گونه برای توالی trnl-trnl-trnf و 17 گونه برای ژن matk) به همراه 5 سرده مرتبط با hedysarum به عنوان درون گروه و دو گونه از alhagi به عنوان برون گروه انتخاب شدند.آنالیزهای فیلوژنی با استفاده از روش بیشینه صرفه جویی تعبیه شده در نرم افزارpaup* و روش bayesian با استفاده از برنامه mr bayes صورت گرفت. همچنین برای تخمین زمان واگرایی بین گونه ها از نرم افزار beast استفاده شد.نتایج آنالیز نشان داد که سرده corethrodendron که اخیرا" از سرده hedysarum جدا شده است به همراه eversmania به خوبی با onobrychis متحد می-شود.بازسازی فیلوژنی تمام آنالیزها تایید کرد که گونه های بخشه hedysarum که در شمالگان پراکنش یافته اند تک تبار هستند. همچنین سرده تک گونه ای sartoria در تمامی آنالیزها بین گونه های hedysarum قرار می گیرد.براساس توالی trnl-trnl-trnf کلروپلاستی سرده تک گونه ای stracheya در تبت به خوبی با گونه h.lehmannianum متحد می شد. براساس داده های حاصل از نرم افزار beastاین طور نتیجه گیری می-شود که تاریخ پیدایش این سرده مربوط به اشکوب میوسن بوده است. به نظر می رسد نیای مشترک دو گونه h.lehmannianum و h. kumaonense زودتر از سایر گونه ها واگرائیده اند. کلمات کلیدی:hedysarum ، فیلوژنی، تک تبار

فیلوژنی مولکولی قبیله cynoglosseae (boraginaceae s. str.) با تکیه بر جنس paracaryum براساس توالی های هسته ای nrdna its در ایران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1390
  شکوه اسمعیل بگی کرمانی   شاهرخ کاظم پور اوصالو

تیره گاوزبان (boraginaceae s.str.) دارای حدود 100 جنس و 1600 گونه در دنیا با مرکز پراکنش در اوراسیا می باشد. riedl (1967) در جلد 48 مجموعه فلورا ایرانیکا برای این تیره 6 قبیله boragineae, cynoglosseae, eritrichieae, litospermeae, myosotideae و trigonotideae را در نظر گرفته است. قبیله cynoglosseae در ایران دارای 11 جنس و 53 گونه است. در پژوهش حاضر، فیلوژنی مولکولی قبیله cynoglosseae با تاکید بر جنس paracaryum بررسی گردید. به منظور بازسازی روابط فیلوژنی، ماتریسی متشکل از 58 تاکسون تهیه گردید. این ماتریس شامل 2 برون گروه و 56 درون گروه می باشد. آنالیز های فیلوژنی با استفاده از روش صرفه جویی حداکثر تعبیه شده در نرم افزار paup*، روش صرفه جویی حداکثر با استفاده از نرم افزار garli و روش bayesian با استفاده از نرم افزار mr bayes صورت گرفتند. همچنین برای تخمین زمان واگرایی بین تاکسون ها از نرم افزار beast استفاده شد. نتایج آنالیز نشان داد که جنس های microparacaryum، trichodesma و solenanthus و caccinia تک تبار می باشند. اما جنس های paracaryum، cynoglossum، lindelofia، omphalodes و rindera ظاهرا تک تبار نیستند. نتایج حاصل از آنالیز مولکولی نشان می دهد که گونه های مربوط به جنس paracaryum و mattiastrum در یک پلی تومی قرار می گیرند و روابط بین آنها حل نشده می باشد. در نتیجه این دو جنس مجزا نیستند و پذیرفتن آنها در سطح دو بخش از جنس paracaryum بر مبنای تفاوت ریخت شناختی منطقی تر به نظر می رسد . جنس microparacaryum به صورت کلادی مجزا از paracaryum با احتمال پسین 1 وجود دارد. با اینکه دو جنس paracaryum و microparacaryum در صفت شکل بال فندقه شباهت مورفولوژی دارند اما حدود این دو جنس با صفت یکساله و چند ساله بودن تعیین می گردد و گونه های یکساله با قطعیت در جنس microparacaryum قرار می گیرند. بر اساس داده های حاصل از نرم افزار beast تاریخ پیدایش اکثر جنس های قبیله cynoglosseae در اشکوب پلیوسن است. همچنین تاریخ پیدایش گونه های جنس microparacaryum و برخی گونه های جنس paracaryum در اشکوب هولوسن است و این امر نشان می دهد که این جنس ها جوان و در حال گونه زایی می باشند.

فیلوژنی مولکولی تیره plumbaginaceae با تأکید بر سرده acantholimon بر اساس توالی های هسته ایnrdna its در ایران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده زیست شناسی 1390
  فریده محرک   شاهرخ کاظم پور اوصالو

تیره plumbaginaceae با توزیع جهانی بیشتر در مناطق معتدله نیم‏کره شمالی پراکنش یافته و در ایران حدود 5 سرده و 97 گونه پراکنده هستند که سرده acantholimon با 79 گونه بزرگترین سرده این تیره در ایران می باشد. در پژوهش حاضر به منظور بازسازی روابط فیلوژنی 73 نمونه مربوط به سرده acantholimon و سرده های مرتبط به عنوان درون گروه و گونه plumbago europaeae به عنوان برون گروه انتخاب شدند. آنالیز های فیلوژنی با استفاده از روش بیشینه صرفه جویی تعبیه شده در نرم افزار paup*، روش بیشینه درست نمایی با استفاده از برنامه garli و روش bayesian با استفاده از برنامه mr bayes صورت گرفت. همچنین برای تخمین زمان واگرایی بین گونه ها، از نرم افزار beast استفاده شد. نتایج آنالیز نشان داد که cephalorrhizum turcomanicum به خوبی با acantholimon متحد می شود بنابراین به نظر می رسد acantholimon. تک تبار نیست. همچنین آنالیز ها نشان دادند دو بخشه کوچک این سرده یعنیplatystegia با گونه های a. collare و a. heweri , و بخشه pterostegia با گونه های a. pterostegium و a.cymosum تک تبار می باشند در حالی که بخشه-های ,acantholimon ,glumaria ,acmostegia staticopsis و tragachantina تک تبار نیستند.. بر اساس داده های حاصل از نرم افزار beast زمان پیدایش این سرده مربوط به اشکوب پلیوسن بوده و گونه های مربوط به شرق قدیمی تر از گونه های غربی می باشند و احتمالا" الگوی مهاجرت از دریای مدیترانه از شرق به غرب بوده است. در انتها روند تکامل 18 صفت ریخت شناسی در چاچوپ فیلوژنی nrdna its بررسی می-شود، کمترین شاخص ثبات 16/0 مربوط به لوله کاسه می باشد

فیلوژنی ملکولی جنس myosotis براساس توالی هسته ای nrdna its در ایران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده زیست شناسی 1391
  محبوبه شرافتی   شاهرخ کاظم پور اوصالو

تیره گاوزبان (boraginaceae s.str.) دارای حدود 100 جنس و 1600 گونه در دنیا بامرکز پراکنش در اوراسیا می باشد. myosotis (فراموشم مکن) یکی از جنس های زیر تیرهboraginoideae از تیره boraginaceae است. این جنس شامل 100 گونه پراکنده شده در نواحی معتدله هر دو نیمکره شمالی و جنوبی است. این جنس دو مرکز تنوع دارد: یکی در غرب اوراسیا و دیگری در نیوزلند. در ایران تاکنون 15 گونه از این جنس شناسایی شده است. در فلور ایران جنس myosotis جز قبیله eritrichieae می باشد. ولی در فلور ایرانیکا و فلور شوروی سابق (ussr) این جنس در قبیله myosotideae قرار گرفته است. قبیله myosotideae با تنها جنس خود myosotis و با داشتن میوه صاف و بدون تزئینات،گروهی تک تبار را تشکیل می دهد. تقسیمات فرعی این جنس در فلور ایرانیکا شامل دو زیر جنس myosotis و strophiostoma می باشد. از طرف دیگر، براساس مورفولوژی گرده و ویژگی های استیگما و جام گل این جنس به دو بخشه تقسیم می شود: یکی myosotis و دیگریexarrhena می باشد. در این پژوهش، 58 نمونه (شامل 56 تاکسون درون گروه به علاوه 2 تاکسون به عنوان برون گروه) برای بازسازی روابط فیلوژنی مورد مطالعه قرار گرفتند. آنالیز های فیلوژنی با استفاده از روش صرفه جویی حداکثر تعبیه شده در نرم افزار paup، روش درست نمایی حداکثر با استفاده از نرم افزار raxmlgui، روش bayesian با استفاده از نرم افزار mr bayes صورت گرفتند. همچنین برای تخمین زمان واگرایی بین تاکسون ها از نرم افزار beast استفاده شد. نتایج آنالیز نشان داد که هر دو زیر جنس myosotis و strophiostoma تک تبار نمی باشد و گونه های آن ها در سراسر درخت پراکنده اند. همینطور گونه های یکساله نیز گروهی پارافیلیتیک را تشکیل می دهند. بر اساس داده های حاصل از نرم افزار beast تاریخ پیدایش جنس myosotis حدود 20 میلیون سال پیش در اشکوب میوسن است. اما گونه زایی آن در پلیوسن و پلیستوسن بوده است

سیستماتیک مولکولی بخشه micophysa bunge از سرده astragalus (fabaceae) براساس توالی هسته ای nrdna its
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1392
  کوثر رضایی چمنی   شاهرخ کاظم پور اوصالو

سرده گون، astragalus l.، از اعضای قبیله galegeae از تیره fabaceae است و به شاخه irlc فاقد یکی از توالی های تکرار معکوس kbp 25 در dna کلروپلاستی، تعلق دارد. گون با حدود 3000- 2500 گونه چند ساله و یکساله و245 بخشه ،بزرگترین سرده در میان گیاهان گلدار است. مرکز تنوع این سرده اوراسیا، بویژه جنوب شرق و مرکز آسیا و هیمالیا و شمال غرب آمریکا است. علاوه بر این، بسیاری از گونه¬های گون در مناطق آّب وهوایی مدیترانه ای آمریکای شمالی و آمریکای جنوبی و در جنوب اروپا و آفریقای شمالی پراکنش دارد. بیشترین تعداد گونه¬های گون در کوهستان¬های خشک و نیمه خشک نیمکره شمالی در آسیای مرکزی و بویژه در منطقه ایرانو-تورانی جنوب غرب آسیا دیده می¬شوند. ایران با داشتن بیش از 800 گونه در 70 بخشه یکی از مهمترین مراکز تنوع زیستی گون است. هفت بخشه ازجملهmicrophysa, campyanthus, eriostoma, leucocercis, semnaneses, polystegius, lamprocarpa ازگون¬ها، انحصاری ایران می¬باشند. بخشه microphysa دارای 14 گونه و زیرگونه می¬باشد. گیاهانی چند ساله بالشتکی، ایستاده یا گسترده در سطح خاک، گوشوارک غشایی و در قاعده متصل به دمبرگ، برگ¬ها زوج شانه¬ای با دمبرگ مشخص ومحور برگی خار دار، گل آذین متراکم کروی تا استوانه ایی و دارای گلهای با فاصله، دمگل آذین کوتاه یا بلند، براکته زودافت، کاسه گل غشایی نازک، جام گل بدون کرک سفید مایل به زرد است. بخشهmicrophysa به واسطه شکل گوشوارک، گل آذین، جام گل خویشاوند بخشهcampylanthus درنظر گرفته می¬شود. اما به واسطه کاسه متورم کروی در هنگام میوه و کوتاهتر بودن دندانه¬های کاسه از لوله به راحتی از آن قابل تشخیص است. در این پژوهش، 27 نمونه (شامل 25 تاکسون درون گروه به علاوه 2 تاکسون به عنوان برون گروه) برای بازسازی روابط فیلوژنی مورد مطالعه قرار گرفتند. آنالیز¬های فیلوژنی با استفاده از روش صرفه جویی حداکثر تعبیه شده در نرم افزار paup، روش درست نمایی حداکثر با استفاده از نرم افزار raxmlgui، روش bayesian با استفاده از نرم افزار mr bayes صورت گرفتند. نتایج آنالیز نشان داد که بخشه microphysa تک¬تبار نمی باشد. بخشهmicrophysa و campylanthusتک تبار نیستند و اعضای آن¬ها به صورت مخلوط با یکدیگر قرار می¬گیرند. گونه a.demavendicola که در گذشته به دو زیرگونه a. demavendicola sub sp. demavendicola و a. demavendicola sub sp. microphysopsis تقسیم شده بود در این تحقیق به 2 گونه مجزا ارتقا یافته است. نتایج ما نشان می¬دهد که زیر گونه¬های غیررسمی ارائه شده براساس مطالعات ریخت-شناسی در بخشه microphysa (معصومی 1373) کاملا مصنوعی بوده و در درخت فیلوژنی تک¬تبار نیستند. در طی قرار گرفتن گونه a. lalesarensis از بخشه anthylloidei در کنار a. reuterianus از بخشه microphysa، انتقال گونه مذکور به بخشهmicrophysa. پیشنهاد می شود.

فیلوژنی مولکولی سرده colutea l.(fabaceae) براساس توالی کلروپلاستی rpl32-trnl(uag) در ایران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم 1392
  مهتاب مقدم   شاهرخ کاظم پور اوصالو

سردهcolutea l.و سرده¬های خویشاوند آن اعضای زیرقبیلهcoluteinaeهستند که به قبیله بزرگ galegeaeتعلق دارند. سردهcoluteaحدود 28 گونه دارد که محدوده پراکنش آن از جنوب اروپا تا غرب هیمالیا و شمال شرقی آفریقا میباشد.. زیرقبیله coluteinaeکه بطور سنتی شاملcolutea(شامل oreophysa) ،sphaerophysa،smirnowia،eremosparton،lessertia،sutherlandiaمی باشد که به همراه سرده¬های podlechiellaو phyllolobiumو زیر قبیله carmichaelinaeکلاد coluteoidرا تشکیل می دهند.در پژوهش حاضر، به منظور بازسازی روابط فیلوژنی24تاکسون (شامل 23 تاکسون درون گروه به علاوه 1 تاکسون به عنوان برون گروه)بر اساس توالی کلروپلاستی rpl32-trnl(uag)مورد مطالعه قرار گرفتند. آنالیزهای فیلوژنیبااستفادهازروش بیشینهصرفهجوییتعبیهشدهدرنرمافزارpaup*،روشدرستنماییحداکثر با استفاده از نرم افزار raxmlgui، روشbayesianبااستفادهازنرمافزارmr bayes صورتگرفتند. همچنینبرای تخمینزمانواگراییبینتاکسونهاازنرمافزارbeast استفادهشد.نتایج نشان دادند که در تایید مطالعات قبلی(بر اساس انالیز داده هایnrdna itsو matk) کلاد coluteoidیک گروه تک تبار با حمایت بسیار قوی را تشکیل می دهد واولین شاخه این کلاد سرده یک سالهpodlechiellaمی باشد که به طور گسترده ای در بیابان های گرمسیر شمال آفریقا و جنوب ایران پراکندهاست. سرده¬های اوراسیایی sphaerophysaو coluteaتک تبارند. همچنین مشخص شد که نزدیکترین خویشاوند سرده coluteaکلاد اوراسیایی sphaerophysaاست ولی در این آنالیز روابط بین گونه¬ای و تک تباری بخشه¬های چند گونه¬ای سرده coluteaبه خوبی تعیین نشده است. براساسداده هایحاصلازنرمافزارbeast تاریخپیدایش کلاد coluteoidحدود 18 میلیون سال پیش و در اشکوب میوسن بوده است و زمان واگرایی سرده اوراسیایی coluteaحدود 2.9 میلیون سال قبل و در دوره پلیوسن می باشد اما گونه زایی آن در پلیستوسن بوده است.

فیلوژنی مولکولی قبیله های boragineae و lithospermeaeبا تاکید بر سرده onosma (boraginaceae s. str.) براساس توالی های هسته ای nrdna its در ایران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1390
  نسیم سعادتی   شاهرخ کاظم پور اوصالو

تیره (subfamily boraginoideae=) boraginaceae s. str دارای 100 سرده و حدود 1600 گونه در دنیا با مرکز پراکنش در اوراسیا می باشد . در فلور ایران 36 سرده و 180 گونه از آن معرفی شده است . onosma l. با 150 گونه ، بزرگترین سرده در زیر تیره boraginoideae درقبیله lithospermeae قرار می گیرد. در این تحقیق 80 گونه مورد آنالیز قرار گرفت از جمله 3 گونه از echiochileae ، 14 گونه از قبیله boragineae و 32 گونه از قبیله lithospermeae ، 10 گونه از قیبله cynoglosseae و 15 گونه از قیبله erithrichieae به همراه سرده هایheliotropium bacciferum forssk. وtournefortioa rubicund salzm.ex dc به عنوان برون گروه در نظر گرفته شده اند همچنین در آنالیز جدا 65 گونه از سرده onosma بررسی شدند. نواحی nrdna its برای قبیله های boragineae و echiochileae همچنین lithospermeae با تاکید بر سرده onosma و trnh-psba برای گونه های onosma با استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز به همراه پرایمرهای همگانی مربوطه تکثیر و توالی یابی گردید و به کمک برنامه muscle همردیف سازی شدند. بازسازی فیلوژنی با استفاده از مدل تکاملی gtr + i+gو روش بایسین،بیشینه پارسیمونی و بیشینه احتمال انجام گرفت.آنالیز تعیین زمان واگرایی سرده ها و گونه ها نیز توسط نرم افزار beast انجام گرفت. آنالیز داده های nr dna its نشان می دهد زیرتیره boraginoideaeدر ایران به 4 قبیله echiochileae, boragineae, lithospermeae, cynoglosseae s.l تقسیم می شود. در این میان قبیله های lithospermaea و boragineae کلاد های خواهری تشکیل می دهند، echiochileae کلاد پایه ای در زیرخانواده boraginoideae است. قبیله های lithospermeae و echiochileae با حمایت بالا تک تبارند و boragineae با خروج suchtelenia تک تبار می باشد. سردهkar.ex meisner. suchteleniaدر این تحقیق با توجه به آنالیز cpdna trnl-f و nrdna its باa. dc. heterocaryum از cynoglosseae s.l. مترادف شد. گونه onosma orientalis) (syn podonosma orientalis شاخه خواهری کلاد alkanna است.onosma در ایران تک تبار نمی باشد، به طوری که گونه های در 3 کلاد جداگانه قرار می گیرند.زیربخشه های onosma و asterotricha تک تبار نبوده بنابراین صفت کرک در تقسیم بندی onosma مصنوعی است.onosma rostellata از بخشه protonosma با گونه های شرق آسیا کلاد مستقلی را تشکیل می دهد. با توجه به نتایج نرم افزار beast زمان واگرایی زیرخانواده boraginoideae حدود 65 میلیون سال قبل و زمان واگرایی سرده onosmaاز echium دوران الیگوسن(33 میلیون سال قبل) تخمین زده شد. با مقایسه توالی های dna بارکد، گونه های مترادف شده(.rech.f) moltkia gypsacea با گونه -(willd.) lehm. moltkia coeruleae و(ghahr&attar) onosma iranshahrii با(boiss & buhse) onosam bilabiata هرکدام گونه ای مستقل در نظر گرفته شدند.

فیلوژنی مولکولی جنس .teucrium l در ایران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم 1392
  شهرام بهادری   شاهرخ کاظم پور اوصالو

تیره lamiaceae از بزرگ¬ترین تیره¬های گیاهی با پراکنش جهانی است. این تیره در ایران 46 جنس در 5 زیرتیره دارد که تقریبا در سرتاسر ایران می¬رویند. جنس teucrium l. با صفت مشخصه جام¬گل تک لبه از زیر تیره ajugoideae عمدتا در مناطق مدیترانه¬ای پراکنده شده است و در ایران دارای 12 گونه و 21 تاکسون است که در 6 بخشه قرار گرفته¬اند. در این مطالعه به منظور بازسازی روابط فیلوژنی اعضای این جنس، تعداد 38 تاکسون از جنسl. teucrium به عنوان درون گروه و 3 گونه از جنس خویشاوند ajuga l. به عنوان برون گروه انتخاب شدند. جهت بازسازی روابط فیلوژنتیکی درون جنس از توالی¬های nrdna its استفاده شد. آنالیزهای فیلوژنی با روشهای بیشینه صرفه¬جویی (maximum parsimony ) توسط نرم افزار paup* ، بیشینه درست¬نمایی (maximum likelihood) با استفاده از برنامه gui raxml و بیزین (bayesian) با استفاده از برنامه mr bayes انجام شد. بر اساس نتایج بدست آمده، اعضای بخشه teucris کلادی تک¬تبار تشکیل داده و با بقیه اعضای جنس رابطه خواهری نشان می¬دهد. بخشه¬های scordium و chamaedrys به صورت دو زیرکلاد جداگانه در یک کلاد قرار گرفته و با هم رابطه خواهری نشان می¬دهند. روابط بخشه¬های scordonia و stachyobotrys بصورت حل نشده باقیمانده است. بخشه polium کلادی بزرگ و تک¬تبار تشکیل داده، ولی روابط درون آن بصورت تریکوتومی است. t. stocksianum var. gabrielae از سایر اعضای کمپلکس گونه¬ای t. stocksianum s.l. جدا شده و کلاد مجزایی را تشکیل می¬دهد. همچنین واریته¬های t. polium از ایران دورتر از کلاد در بر گیرنده نمایندگان غیر ایرانی t. polium قرار میگیرند.

سیستماتیک ملکولی قبیله hedysareae در ایران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1393
  عاطفه امیراحمدی   علی اصغر معصومی

پژوهش حاضر به بررسی سیستماتیک ملکولی قبیله hedysareae می پردازد. در بخش نخست این بررسی به منظور تعیین حدود قبیله، 57 تاکسون (59 نمونه) در آنالیز nrdna its و trnl-f و 56 تاکسون در آنالیز matk و آنالیز ترکیبی شامل تمامی جنس هایی که تاکنون به نحوی با قبیله ارتباط داشتند و همچنین خویشاوندان نزدیک آن مورد ارزیابی قرار گرفتند. گونه glycyrrhiza glabra در تمامی آنالیزها به عنوان برون گروه انتخاب شد. در بخش دوم به منظور بررسی روابط درون جنس بزرگ onobrychis 54 تاکسون (55 نمونه) در آنالیز nrdna its و trnl-f، 52 تاکسون در آنالیز rpl32-trnluag و 53 تاکسون در آنالیز ndhf-rpl32 وارد شدند. در تمامی آنالیزها گونه های eversmannia subspinosa، corethrodendron scoparium، hedysarum membranaceum و h. argyreum به عنوان برون گروه انتخاب شدند. آنالیزهای فیلوژنی با استفاده از روش بیشینه صرفه جویی تعبیه شده در نرم افزار paup*، روش bayesian در نرم افزار mrbayes و روش بیشینه درست نمایی در نرم افزار raxmlgui انجام گرفت. همچنین برای تخمین زمان واگرایی بین تاکسونها ازنرم افزار beast استفاده شد. نتایج تمامی آنالیزهای فیلوژنی نشان دادند که قبیله hedysareae با نه جنس alhagi، corethrodendron، ebenus، eversmannia، hedysarum، onobrychis، sulla، taverniera و greuteria تعیین حدود می شود. درون hedysareae، alhagi اولین شاخه واگرا شده می باشد که توسط کلاد sulla و مجموعه بزرگی از بقیه جنس های hedysareae دنبال می شود. جنس های sulla، alhagi، onobrychis، ebenus و taverniera تک تبار می باشند. تمامی آنالیزها نشان دادند که hedysarum در مفهوم حاضر تک تبار نمی باشد. جنس تک گونه ای sartoria (s. hedysaroides) به جنس hedysarum انتقال یافت. دو گونه از جنس hedysarum (h. membranaceum وh. argyreum) با توجه به ویژگی های ریخت شناسی منحصر بفرد و یافته های فیلوژنی ملکولی به جنس جدید greuteria ارتقا یافتند. همچنین گونه h. aculeolatum نیز به جنس مستقل sulla انتقال یافت. طبقه بندی واحدهای تحت جنسی onobrychis مورد ارزیابی قرار گرفت. هیچ یک از دو زیرجنس آن تک تبار نمی باشند. بخشهای lophobrychis و dendrobrychis مترادف بخشه onobrychis قرار گرفتند. زیرجنس onobrychis در مفهوم جدید تنها با بخشه onobrychis معرفی گردید. بخشه های afghanicae، heliobrychis و insignes تک تبار هستند. بخشه hymenobrychis به همراه دو گونه از بخش anthyllium درون آن تک تبار است. بخشه laxiflorae مترادف بخشه anthyllium قرار گرفت. بخشه های جدید sirjaevae (شامل o. arnacantha، o. echidna و o. afghanica) و merxmuellerae (شامل o. merxmulelleri و o. splendida) درون زیرجنس sisyrosema معرفی می گردند. onobrychis alamutensis به عنوان گونه جدید و hedysarum vanense به عنوان گزارش جدید معرفی می شوند. جدایی نیای مشترک قبیله hedysareae از سایر خویشاوندانش مربوط به 4/28 میلیون سال قبل در اولیگوسن از دوره ترشیاری و دوران سنوزوئیک بوده است. واگرایی سایر جنس های قبیله hedysareae از یکدیگر در میوسن (24-5) رخ داده است.

سیستماتیک ملکولی تیره علف هفت بند در ایران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده زیست شناسی 1393
  سولماز توکلی   ولی الله مظفریان

فیلوژنی تیره علف هفت بند در ایران با استفاده از داده های توالی های هسته ای و کلروپلاستی انجام گردید. برخی ویژگیهای ریخت شناسی و گرده شناسی نیز برای شناخت بهتر و تمایز جنس ها از یکدیگر استفاده گردید. در این پژوهش، 101 گونه در آنالیز nrdna its، 85 گونه در آنالیز matk و 78 گونه در آنالیز rpl32-trnl(uag) شامل تمامی جنس ها و اکثر گونه های شناخته شده از تیره علف هفت بند در ایران به منظور بازسازی روابط فیلوژنی مورد مطالعه قرار گرفتند. گونه triplaris peruviana در دو آنالیز nrdna its و matk و گونه bistorta major در آنالیز rpl32-trnl(uag) بعنوان برون گروه انتخاب شدند. همچنین برای تعیین روابط فیلوژنی میان گونه های calligonum، علاوه بر توالی های نامبرده از اینترون دوم ژن هسته ای تک نسخه ای leafy، و توالیهای کلروپلاستی trnh-psba، ndhf-rpl32، trnv-ndhc و trnk-rps16 آزموده شدند. از میان آنها اینترون دوم ژن leafy با صفات اطلاعی بیشتر برای آنالیز فیلوژنی انتخاب شد. آنالیزهای فیلوژنی با استفاده از روش بیشینه صرفه جویی تعبیه شده در نرم افزار paup* ، روش bayesian در نرم افزار mrbayes و روش درست نمایی حداکثر، در نرم افزار raxmlgui صورت گرفت. همچنین برای تخمین زمان واگرایی بین تاکسون ها از نرم افزار beast استفاده شد. همه داده های مولکولی نشان می دهند که این تیره در ایران شامل چهار قبیله persicarieae، rumiceae، calligoneae و polygoneae می باشد. تک تباری هر کدام از آنها با حمایت بالا تایید شد. در ایران قبیله persicarieae با جنس های persicaria، bistorta و aconogonon؛ قبیله rumiceae با جنس های rumex، emex، rheum و oxirya؛ قبیله calligoneae با جنس های calligonum و pteropyrum و قبیله polygoneae با جنس های polygonum، atraphaxis، fallopia و reynoutria شناخته شدند. جنسهای aconogonon با تک گونه a.alpinum، fallopia با سه گونه f.balschuanica، f.dumetorum و f.convolvulus و reynoutria با تک گونه r.japonica برای اولین بار در این تحقیق برای فلور ایران معرفی می شوند. براساس داده های مولکولی حاضر، شش گونه از polygonum های چوبی رابطه خواهری با گونه های atraphaxis دارند و از لحاظ گرده شناسی دارای تزیینات اگزین شبکه ای/سوراخدار (reticulate/perforate) و اوکرا لوله ای سربریده (truncate/tubular) مشابه با گونه های atraphaxis دارند. با استفاده از این داده ها، این شش گونه از polygonum به atraphaxis انتقال می یابند. براساس آنالیز توالی leafy، روابط میان گونه های calligonum بخوبی حل نشده است و بخشه های چندگونه ای pterococcus (با میوه بالدار) وcalligonum (با میوه تاردار) تک تبار نمی باشند. ظاهرا تغییرات در سطح مولکولی (جایگزینی نوکلئوتیدها) با اختلافات ریخت شناسی و میزان گونه زایی در این جنس هماهنگ نمی باشد. تصور می شود که گونه زایی در این جنس با توجه به شرایط سخت بیابانی به سرعت عمدتا بصورت اختلافات در ریخت شناسی میوه و برخی صفات رویشی تظاهر می نماید. بر اساس داده های حاصل از نرم افزار beast تاریخ پیدایش زیرتیره polygonoideae حدود 44 میلیون سال پیش در اشکوب ائوسن است. اما گونه زایی اکثر جنس های آن در میوسن رخ داده است.

سیستماتیک مولکولی گون های خاردار (تیره باقلائیان) با تاکید بر بخشه anthylloidei
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1393
  کوثر نادری صفار   علی اصغر معصومی

سرده گون (astragalus) از تیره fabaceae با حدود 3000-2500 گونه طبقه بندی شده در 245 بخشه، بزرگترین سرده در میان گیاهان گلدار است. مرکز تنوع این سرده اوراسیا، بویژه جنوب شرق و مرکز آسیا و هیمالیا است. این سرده بیش از 800 گونه در ایران دارد که از این میان 500 گونه انحصاری کشور هستند. گون های خاردار که گروه نسبتا بزرگی از این سرده را تشکیل می دهند، با ویژگی هایی همچون فرم رویشی بالشتکی، خاردار بودن، وجود مجاری تولید کتیرا، کاهش اندازه میوه و گل آذین و داشتن میوه های تک خانه ای وعموما یک یا دو دانه ای از دیگر گروه ها متمایز می شد. این ویژگی ها در بعضی از بخشه های مربوط به زیرسرده های قدیمی گون مانندtragacantha ، calycophysa، astragalus و cercidothrix دیده می شود. آنالیزهای تبارزایشی پیشین بر اساس توالی nrdna its اعضای بالشتکی و خاردار زیرسرده های مذکور را در کنار هم قرار می دهد. اما، حدود و روابط بین این آرایه¬ها به خوبی تعیین نشده است. بخشه anthylloidei نیز به عنوان یکی از پیچیده ترین بخشه های گون های خاردار است که علیرغم بررسی های متعدد، روابط خویشاوندی گونه¬های آن ناشناخته باقی مانده است. در این مطالعه توالی هسته ای ریبوزومی its و توالی های کلروپلاستی rpl32-trnluag، ndhf- rpl32 به منظور ارزیابی روابط تبارزایشی بخشه های مختلف گون های خاردار، با تاکید بر بخشه anthylloidei، تعیین حدود بخشه های مزبور و ارائه یک طبقه بندی صحیح از گون های خاردار، در مقایسه با طبقه بندی های ریخت شناسی پیشین، به کار گرفته شد. نتایج آنالیز داده ها، تک تباری گون های خاردار دارای مجای مولد کتیرا را با حمایت بالا تایید می کند. داده های به دست آمده عدم تک تباری بخشه anthylloidei و سایر بخشه های خویشاوند آن را آشکار ساخت. گونه های بخشه anthylloidei در سرتاسر فیلوگرام های به دست آمده در میان اعضای سایر بخشه های خاردار نمونه برداری شده، پخش شده اند و عدم تک تباری این بخشه را نشان می دهند. یافته های مطالعه حاضر تغییر حدود بخشه anthylloidei و دیگر بخشه های خاردار گون، ارتقاء زیرگونه های موجود در بخشه anthylloidei به سطح گونه، ادغام بخشه eriostoma با بخشه anthylloidei، نمونه برداری بیشتر و استفاده از ژن هایی با نرخ تکاملی بالاتر را پیشنهاد می کند. در تعیین زمان واگرایی گون های خاردار اشتقاق این گروه از سایر گروه های خواهری، حدود 47/3 میلیون سال پیش برآورد گردید.

فیلوژنی مولکولی جنس (tanacetum l. (asteraceae-anthemideae در ایران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1393
  مرضیه کاظمی نورعینی   علی سنبلی

جنس tanacetum l. به زیرتبار anthemidinae، تبار anthemideae از تیره asteraceae تعلق دارد. این جنس با 160 گونه، سومین جنس بزرگ تبار، بعد ازl. artemisia و anthemis l. است و عمدتاً در محدوده ناحیه مدیترانه ای، جنوب غرب، مرکز و شرق آسیا و بخش هایی از شمال آمریکا و آفریقا پراکنده است. بنابر آخرین مطالعات، تعداد گونه های ایران به 36 می رسد. در مقایسه با تنوع بالای ریخت شناسی جنس، واگرایی توالی های بکار رفته در مطالعات قبلی، بین نمایندگان tanacetum بسیار پایین بوده و این منجر به حل نشدن روابط فیلوژنی داخل جنس شده است. لذا بازسازی فیلوژنی مولکولی جنس tanacetum l. با استفاده از نشانگرهای با سرعت تکاملی بالاتر برای تعیین محدوده جنس tanacetum، بررسی امکان ارائه رده بندی درون جنسی مبتنی بر داده-های فیلوژنتیک برای جنس و بررسی کمپلکس گونه ای tanacetum aureum با استفاده از شواهد مولکولی و ریخت شناسی مهمترین اهداف این مطالعه هستند. در این مطالعه، دو نشانگر کلروپلاستی rpl32-trnluag spacer و ndhf-rpl32 spacer به ترتیب برای 70 و 67 تاکسون و نشانگر هسته-ای nrdna its برای 23 تاکسون برای نخستین بار تعیین توالی شدند. بر اساس نتایج بدست آمده، این جنس با در بر گرفتن دودمانهایی که قبلاً جنس های مستقل در نظر گرفته می شدند، یعنی balsamita، pyrethrum، gonospermum، hemmipappus، lugoa، spathipappus و xylanthemum گروه تک تباری تشکیل می دهد. نمایندگان با کپه های طبقی و زبانه ای قابل تفکیک به صورت دو زیرجنس مستقل نیستند. صفات رنگ گل و نوع کپه فاقد ارزش رده بندی طبیعی هستند. ارتقاء بخشه های ajania، tanacetopsis و paradoxa به سطح جنس تأیید می شود. تنها بخشه های asterotricha، parthenium و hemipappus تک تبار هستند. در بررسی کمپلکس گونه ای t. aureum، گونه جدید t. tarighii برای فلور ایران معرفی شد و هر سه واریته آن به سطح گونه ارتقا یافتند. کلمات کلیدی: فیلوژنی مولکولی، کمپگس گونه ای، tanacetum ، t. aureum

فیلوژنی مولکولی بخشه acanthophace از سرده گون (fabaceae) بر اساس توالی هسته ای nrdnaits و توالی کلروپلاستی rpl32-trnl(uag)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده زیست شناسی 1393
  سحر قلعه نویی   شاهرخ کاظم پور اوصالو

سرده گون (astragalus) از تیره fabaceae با حدود 3000-2000 گونه و 245 بخشه بزرگ¬ترین سرده در میان گیاهان گلدار است. گون¬های خاردار گروه نسبتاً بزرگی از این سرده را تشکیل می-دهند. بخشه acanthophace به عنوان گروه پایه¬ای در گون¬های خاردار شامل10-9 گونه می¬باشد که 7 گونه انحصاری ایران می¬باشند. در پژوهش حاضر به منظور بازسازی روابط فیلوژنی 42 تاکسون (17 نمونه متعلق به 10 گونه از بخشهacanthophace و 23 گونه از بخشه¬های خویشاوند به عنوان درون گروه و 2 گونه به عنوان برون گروه) با استفاده از داده¬های حاصل از توالیnrdna its و cpdna rpl32-trnl(uag) مورد مطالعه قرار گرفتند. آنالیزهای فیلوژنی با استفاده از روش بیشینه صرفه جویی تعبیه شده در نرم افزار paup*، روش درست نمایی حداکثر با استفاده از نرم افزار raxml gui، روش bayesian با استفاده از نرم افزار bayes mr صورت گرفتند. همچنین برای تعیین درخت گونه¬ای از نرم افزار *beast استفاده شد. آنالیز فیلوژنی داده¬های هسته¬ای و کلروپلاستی ناسازگار می باشد. آنالیز فیلوژنی داده ها نشان می دهد که گونه¬های اصلی بخشهacanthophace در وضعیت حاضر تک تبار نمی¬باشد. در درخت nrdna its همه گونه¬های آن به جز دو گونهa. lamprocarpus) و (a. ovigerus در یک کلاد قرار دارند. این اعضا توسط تخمدان دو خانه متمایز می شوند درحالی که گونه های دیگر این بخشه توسط تخمدان یک خانه مشخص می¬شوند. قابل توجه است که هر دو مجموعه داده¬ها نشان می¬دهند که a. lycioides تک تبار نمی¬باشد. یک نمونه دور از این بخشه قرار گرفته است و با اعضای بخشه aegacontha متحد می¬شود. درخت rpl32-trnl(uag) با درخت nrdna its با توجه به موقعیت چهار گونه این بخشه a. ovigerus)، a. laprocarpus, a. hemesleyiو نمونه-ایی ازa. (lycioides متضاد است. آن¬ها خارج از کلاد گون¬های خاردار قرار گرفته¬اند. این تغییر در توپولوژی ممکن است به علت اخذ کلروپلاست، ورود کلروپلاست از یک گونه به گونه دیگر از طریق دورگه گیری/ introgression باشد. بر اساس داده های حاصل از نرم افزار*beast ، درخت گونه¬ای منعکس کننده درخت¬های ژنی حاصل از داده¬های هسته¬ای می¬باشد.

فیلوژنی مولکولی جنسهای اسکنیل(calligonum)و پرند (pteropyrum)از تیره علف هفت بند
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1386
  سولماز توکلی   شاهرخ کاظم پور اوصالو

چکیده ندارد.

مطالعه سیستماتیکی جنس lycium l. در ایران بر اساس صفات ریخت شناسی، شیمیایی و مولکولی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان 1386
  نجمه آزادی چگینی   وحیده ناظری

چکیده ندارد.