نام پژوهشگر: محمدطاهر هرکی نژاد

تنوع ژنتیکی گوسفندان اهلی و وحشی شمال و مرکز ایران با استفاده از dna میتوکندریایی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه زنجان - دانشکده کشاورزی 1390
  سید سیاوش سهیلی   محمدطاهر هرکی نژاد

دخالت بشر در قلمرو محیط زیست وتخریب این منابع خدادادی موجب به خطر افتادن اغلب اکوسیستم های طبیعی شده است. زیستگاههای طبیعی قوچ و میش وحشی در ایران یکی از این اکو سیستمها است که حفظ و نگهداری آنها از اهمیت ویژه ای برخوردار است. استفاده از تکنیک های دقیق مولکولی ابزاری مهم جهت کمک به مدیریت حفاظت محیط زیست می باشد. استفاده از بارکدینگ dna و تشخیص مولکولی، امکان قضاوت از روی بقایای بیولوژیک و آثار باقی مانده از حیوان(خون، پوست، مو، سرگین و...)، را با دقت بالا امکان پذیر می سازد. بااستفاده از mtdna به علت تغییرات ژنومی کمتر در طول زمان و تکثیر ناحیه سیتوکروم b و استفاده از ژل آگارز و درنهایت استفاده از تکنیک pcr-rflp و آنزیم bshni تشخیص گونه گوسفند از سایر گونه ها و همچنین گوسفند اهلی از گوسفندان وحشی ایران انجام شد. با استفاده از ژن sry تشخیص جنسیت صورت گرفت و پس از توالی یابی ناحیه سیتوکروم b گوسفندان اهلی و وحشی و استفاده از شش جایگاه در نوکلئوتیدهای شماره 81 ، 280، 199،420 ،522 و699 محاسبه ی تنوع ژنتیکی بین زیرگونه ها و سایر شاخص های مربوطه انجام شد و در نهایت درخت فیلوژنی گوسفندان اهلی و وحشی ترسیم شد. باتکثیر نواحی فوق توسط پرایمرهای اختصاصی ناحیه سیتوکروم b تشخیص گوسفند از سایر گونه ها حاصل شد. همچنین با هضم آنزیمی در گونه گوسفند زیر گونه وحشی با ایجاد دو باند 228 و301 جفت بازی از زیر گونه اهلی که محصولات pcr (bp529) آن با آنزیم برش داده نشد، تشخیص داده شد. با استفاده از پرایمرهای مربوط به تعیین جنسیت، امکان تشخیص همزمان گونه و جنسیت در یک واکنش pcr به صورت multiplex pcr فراهم گردید. در ترسیم درخت فیلوژنی گوسفندهای وحشی و اهلی در یک شاخه قرارگرفتند. اما گوسفندهای اهلی و وحشی در زیر شاخه ها، ازهمدیگر جدا شدند. همچنین الگوی درخت فیلوژنی نشانگر الگوی پراکنش جغرافیایی زیرگونه ها بود. توسط این تکنیک می توان گونه ها را از همدیگر تشخیص داد و از نتایج آن در بخش های مختلف اعم از محیط زیست، دامپزشکی و مراکز تحقیقاتی استفاده کرد.

پلی مورفیسم ژنی kaps در گوسفندان افشاری و افشاریxبرولامرینو و ارتباط آن باصفات پشم
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه زنجان - دانشکده کشاورزی 1390
  حبیبه عباسی   محمدطاهر هرکی نژاد

پژوهش حاضر اثر چند شکلی ژن های kap1.1 و kap1.4 را بر صفات سفره پشم مورد بررسی قرار داده است. برای این منظور تعداد 106 رأس نژاد خالص افشاری و 39 رأس آمیخته افشاری×برولامرینو(نسلf1) که در مزرعه دانشگاه زنجان پرورش داده می شدند، مورد استفاده قرار گرفتند. از نواحی سینه، کپل و گردن نمونه پشم تهیه و وزن بیده اندازه گیری شد. جهت تهیه dna از هر کدام از دام ها نمونه خون گرفته شد. پس از نمونه برداری، میانگین قطر تارهای پشم، درصد الیاف کمپ و طول استاپل سینه در آزمایشگاه پشم و پوست دانشگاه تبریز اندازه گیری شد. جهت انجام واکنش های pcr برای هر ژن یک جفت آغازگر با استفاده از توالی های موجود در ncbi طراحی شد. محصولات حاصل از pcr نمونه ها با روش sscp مورد بررسی قرار گرفته و در ژل غیر واسرشته ساز اکریل آمید تفکیک شدند. با بررسی کامل باندها روی ژل، تمامی نمونه ها در 4 گروه ژنوتیپی aa، ac، ab و ad برای ژن kap1.1 و 4 گروه ژنوتیپیab، aa، d، ac برای ژن kap1.4 قرار گرفتند.نتایج حاصل نشان داد که بین طول استاپل سینه و ژنوتیپ ها در ژن kap1.1 تفاوت معنی داری(05/0p<) وجود دارد و ژنوتیپ aa بیشترین(81/35 میکرومتر) و ژنوتیپ ac کمترین(20/34میکرومتر) میانگین قطر تار پشم را دارند. طول استاپل سینه بطور معنی داری در ژنوتیپ aa(77/11) سانتی متر بیشتر از سایر گروه ها و در ژنوتیپ ab(98/9cm) از همه کمتر بود. ژنوتیپ ac کمترین درصد الیاف کمپ(54/7درصد) و انحراف معیار قطر تار(14/18) را داشت. نتایج حاصل از پژوهش نشان داد که بین میانگین قطر تار پشم و ضریب تغییرات قطر تار و ژنوتیپ ها در ژن kap1.4 تفاوت معنی داری وجود دارد. ژنوتیپ ab بیشترین میانگین قطر تار(04/37میکرون) و کمترین ضریب تغییرات قطر تار(17/52درصد) و کمترین درصد الیاف کمپ(29/7درصد) را نشان داد اما در مقابل ژنوتیپ aa کمترین میانگین قطر تار پشم را در میان ژنوتیپ ها را دارا بود. نتایج این مطالعه نشان می دهد که میانگین طول فتیله پشم آمیخته های افشاری×برولامرینوcm89/14 می باشد که این مقدار در نژادخالص افشاریcm63/9 می باشد که نشان می-دهد که میانگین طول دسته الیاف نسبت به نژاد بومی cm5 افزایش پیدا کرده است. درصد تارهای کمپ برای نژادهای افشاری و آمیخته های افشاری×برولامرینو بتریب 63/10 و 34/1 درصد بدست آمد که نشان دهنده کاهش کاملا محسوسی در آمیخته ها نسبت به نژاد خالص افشاری است. باتوجه به افزایش محسوس طول استاپل و کاهش قابل توجه درصد الیاف کمپ در آمیخته ها به نظر می رسد با توجه به اینکه گوسفند برولامرینو نژاد پشمی می باشد. علاوه بر ژن های مورد بررسی ژن های زیادی در آمیخته ها وجود دارد که شناسایی و حفظ و بهره برداری از آنها می تواند تغییرات قابل توجهی در کمیت و کیفیت پشم در گوسفندان بومی ایجاد کند

بررسی دینامیک فولیکولی بره میش لری بختیاری
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه زنجان 1390
  محمدطاهر علاالدین   محمدطاهر هرکی نژاد

چکیده: سونوگرافی ترانس رکتال تخمدان روی 12 بره از نژاد لری بختیاری طی 22 روز از فصل آنستروس و 18 روز از فصل استروس با استفاده از پروب 8 مگاهرتزی انجام شد. تعداد، اندازه و موقعیت همه فولیکول های 2 میلی متری و بزرگتر ضبط گردید. نمونه های خون، یک روز در میان از سیاهرگ وداج دام ها در هر دو فصل جمع آوری شد و برای غلظت پروژسترون توسط گاماکانتر مورد اندازه گیری قرار گرفت. نتایج نشان داد که تعداد متوسط موج ها در فصل آنستروس 4.92 و 3.75 در فصل استروس بود که تفاوت معنی داری را نشان می داد. متوسط طول موج های فولیکولی در فصل آنستروس 5.44 روز و در فصل استروس 6.96 روز در فصل استروس بود که تفاوت معنی داری نداشت. سن بزرگترین فولیکول در هر موج در فصل آنستروس 3.86 روز و در فصل استروس 2.01 روز بود که تفاوت معنی داری نداشت. اندازه بزرگترین فولیکول در هر موج در فصل اول 4.66 و در فصل دوم 5.36 میلی متر بود که تفاوت معنی داری نداشت. تعداد کل فولیکول-های تخمدان چپ و راست در آنستروس 70.92 و در استروس71.67 بود که تفاوت معنی داری نداشت ولی در فصل استروس در تخمدان چپ تعداد کل فولیکول های بزرگ 49.08 و در تخمدان راست53.00 بود که تفاوت معنی داری نشان دادند. میانگین غلظت پلاسمایی پروژسترون در فصل آنستروس 3.19 نانوگرم در میلی لیتر و در فصل استروس 3.70 نانوگرم در میلی لیتر پلاسما بود که تفاوت معنی داری نداشت. این مطالعه پیشنهاد می کند که رشد فولیکولی در بره میش ها که در این مطالعه برای اولین بار مورد مطالعه قرار گرفته است، یک پروسه فعال است و رشد فولیکول ها بصورت موجی انجام می پذیرد. در هر موج، یک فولیکول غالب می شود و بقیه فولیکول ها در آن موج پسروی می کنند. در ایم مطالعه هیچ جسم زردی مشاهده نشد. کلمات کلیدی: بره میش. سونوگرافی. استروس. آنستروس. موج فولیکولی. پروژسترون.

ردیابی جایگاه های صفت کمی درصد چربی شیر روی کروموزوم 14 در جمعیت هلشتاین ایران با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره.
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه زنجان - دانشکده کشاورزی زنجان 1391
  مهناز نوری   رحیم عصفوری

دراین مطالعه ردیابی جایگاه های صفت کمی (qtl)درصد چربی شیر در جمعیت هلشتاین ایران با استفاده از 10 جفت نشانگر ریزماهواره مربوط به کروموزوم 14 شامل: ilsts039, cssm066, ilsts011,cbdikm002, cbdikm004, dik5080, dik4884, dik4361, dik258, bm1508, که از بانک اطلاعاتی جهانی ژنوم گاو (http://www.marc.usda.gov/genome) استخراج شده بود، مورد بررسی قرار گرفت. نمونه خون از 10 خانواده پدری شامل 232 نتاج گاو ماده هلشتاین از گاوداری های تحت پوشش مرکز اصلاح نژاد و بهبود شیر کشور مربوط به استان های تهران، اصفهان، مرکزی، خراسان، فارس، یزد، قزوین و زنجان جمع آوری شد. سپس استخراج dna از نمونه ها با استفاده از کیت استخراج accuprep® (bioneer ، کره جنوبی) صورت گرفت و آنالیز مولکولی در پژوهشکده بیوتکنولوژی شمال کشور (abriin) انجام شد. بعد از سنجش کمیت و کیفیت dna استخراج شده، واکنش های pcr با تمام نشانگرها آزمایش شد. تعیین ژنوتیپ نمونه ها با کمک موئین الکتروفورز انجام گرفت و پس از تعیین ژنوتیپ، تجزیه و تحلیل داده ها برای یافتن محتمل ترین محل qtl با استفاده از نرم افزار dmu صورت پذیرفت. محتمل ترین مکان ها که حداکثر آزمون درستنمایی را داشته و معنی دار بود، برای درصد چربی موقعیت ( cm3)، و برای تولید شیر و همچنین تولید چربی موقعیت ( cm54) بدست آمد (05/0>p). با توجه به اینکه ژن dgat1 در موقعیت سانترومری کروموزوم 14 قرار دارد، ممکن است این ژن یک کاندیدای قوی برای اثرات مشاهده شده qtl مربوط به درصد چربی در این جایگاه باشد.

برسی احتمال وجود دیوکسین در لاشه ی گاو و طیور و منشا آن در دامداریهای استان زنجان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه زنجان - دانشکده کشاورزی زنجان 1391
  رزاق کریمی راد   محمدطاهر هرکی نژاد

2،3،7،8-تتراکلرو دی بنزو-پی-دیوکسین (tcdd یا tetra chlorine dibenzo-p-dioxin ) به عنوان سمی ترین ترکیب شناخته شده است که به دلیل سمیت زیاد ، پایداری و مقاومت بالایی که در محیط دارد توجه محققین را به خود جلب کرده است . در انسان و سایر مهره داران به عنوان عامل سرطان زا شناخته شده است. این ماده در بافت چربی حیوانات تجمع یافته و باعث نقص سیستم ایمنی، اختلال در رشد و نمو، آسیب به سیستم عصبی مرکزی و محیطی، اختلالات غدد درون ریز شامل دیابت، اختلالات تیروئیدی و همچنین باعث کاهش عملکرد تنفسی، برونشیت و تغییر سطح تستسترون می شود. در کشورهای مختلف این ترکیب در تولیدات دامی مشاهده شده است و خسارات زیادی به بار آورده است.در آلمان کشف دیوکسین 2011 منجر به بسته شدن 4700 واحد گوشتی شد در همین راستا هزاران جوجه جمع آوری و1000 فاز مربوط به تولید گوشت جمع آوری گردید. در آلمان بالای 3000 تن از مواد افزودنی به خوراک دام حاوی دیوکسین شناخته شده که 527 تن از این مواد وافزودنی ها به شکل چربی بوده است در همین راستا کره جنوبی و روسیه واردات خود را از آلمان قطع کردند در جامعه پیشرفته تعداد ترکیبات آلی که به محیط زیست به صورت زباله اضافه می شوند در حال افزایش است. بیشتر آن ها به طور طبیعی تجزیه می شوند یا توسط فرآیندهای تصفیه شیمیایی، فیزیکی و بیولوژیکی سمیت زدایی و دوباره به محیط زیست برمی گردند. از میان این ترکیبات آلی خطرناک دیوکسین ها به خاطر سمیت زیاد پایداری و مقاومت بالایی که در محیط دارند از اهمیت بالایی برخوردار می باشند تجزیه و تحلیل دیوکسین تنها در محدودی از آزمایشگاه جهان صورت می گیرد و این آزمایشگاه ها بیشتر در کشورهای صنعتی واقع شده است. هزینه تجزیه و تحلیل نمونه های بیولوژیکی با توجه به نوع نمونه بالاست (1700 دلار آمریکا )، برای نمونه خون 2500 دلار و برای ارزیابی جامع انتشار دیوکسین از زباله سوزها به چندین هزار دلار نیاز است .

بیان ژنی srebp-2, srebp-1 وpparγ در بافت های چربی بره های افشاری تغذیه شده با جیره غنی از امگا 3 و6
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه زنجان - دانشکده کشاورزی زنجان 1392
  سمیه الهامی   حمیدرضا میرزایی الموتی

کاهش چربی لاشه نشخوارکنندگان و افزایش کیفیت آن با افزودن اسیدهای چرب با چند باند دوگانه به جیره مورد توجه بوده است اما مدت زمان تاثیرپذیری چربی های بافت از منبع جیره ای مشخص نیست. به منظور مطالعه تغییرات سنتز و آزاد شدن چربی و کلسترل بافت های چربی دنبه و زیر پوست پشت بره های پرواری در روزهای پایانی دوره پروار بیان ژنی mrna عوامل رونویسی کنترل کننده ژن های دخالت کننده در سنتز و اکسیداسیون چربی و کلسترل مورد ارزیابی قرار گرفت. این آزمایش با 24 راس بره نر افشاری با میانگین وزن 5 ± 58 کیلوگرم و سن 8 ماهگی در قالب طرح کاملا" تصادفی با 4 تیمار و 6 تکرار انجام شد. تیمارها شامل مدت زمان افزودن روغن: 0، 10، 20و 30 روز پس از یک دوره سازگاری سه هفته ای به جیره غلاتی با 80 درصد کنسانتره و 20 درصد یونجه بدون روغن بود. در دوره آزمایش بره ها علاوه بر جیره پایه روزانه 60 گرم روغن آفتابگردان و 40 گرم روغن ماهی دریافت کردند. پس از کشتار بره ها در محل آزمایش نمونه های بافت چربی دنبه و پشت در مدت زمان کمتر از 10 دقیقه برداشت شد و در فریزر منهای 80 درجه نگهداری شد. عوامل رونویسی مورد مطالعه ایزوفرم های 1و2 srebp و ppar? بودند. پس از استخراج rna از بافت های چربی پشت و دنبه طبق دستورالعمل، از آن ها cdna ساخته شد و پرایمرهای مورد نیاز طراحی شد ومخلوط pcr طبق دستورالعمل کیت در دستگاه real time pcr قرار گرفت. داده ها با استفاده از نرم افزار rest 2009 و sas آنالیز شدند. نتایج نشان داد بیان ژنی mrna ppar?، mrna srebp-2 و mrna srebp-1 در چربی پشت بره های تغذیه شده با روغن به مدت 10 روز کاهش غیرخطی معنی داری داشت (05/0>p) و با افزایش مدت زمان افزودن روغن روند افزایشی داشت. افزایش مدت زمان افزودن روغن به جیره سبب کاهش خطی معنی دار در بیان ژنیmrna srebp-2 در بافت دنبه شد (01/0>p) ولی بیان mrna srebp-1 در دنبه تغییرات غیرخطی معنی داری داشت (05/0>p). در نتیجه تغییرات سنتز چربی در بافت های دنبه و پشت مشابه ولی سنتز کلسترل متفاوت بود و با تغذیه کردن کوتاه مدت 10 روزه بره ها با روغن های غیر اشباع می توان چربی و کلسترل پشت را کاهش داد.

بیان ژن آدیپونکتین و گیرنده های آن (adipor2 و adipor1) در بیضه های بره های نر در حال رشد نژاد افشاری در دوره ی پیش از بلوغ
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه زنجان - دانشکده کشاورزی 1393
  محمد درونکی   محمدطاهر هرکی نژاد

آدیپونکتین فراوان ترین پروتئین ترشح شده از بافت چربی است که اخیراً نقش هایی برای آن در عملکرد تولیدمثلی نر ارائه شده است. فعالیت بیولوژیکی آدیپونکتین از طریق اتصال به دو گیرنده ی عملکردی آن، یعنی adipor1 و adipor2 صورت می گیرد. در پژوهش حاضر، با استفاده از روش real time-pcr، بیان mrna آدیپونکتین، adipor1 و adipor2 در بافت های مختلف مجرای تولیدمثلی بره های نر نابالغ و همچنین قوچ های بالغ نژاد افشاری بررسی شد. بدین منظور 20 رأس بره ی نر درحال رشد نژاد افشاری به چهار گروه سنی (5 رأس در هر گروه) مختلف شامل؛ گروه های سنی 1 تا 2 ماه، 2 تا 3 ماه، 3 تا 4 ماه، و 4 تا 5 ماه اختصاص یافتند. سپس دام ها به روش جراحی اخته شدند و از چهار بافت سر، بدنه و دم اپیدیدیم و پارانشیم بیضه ی هر دام نمونه برداری به عمل آمد. نمونه های بافتی مشابه نیز از قوچ های بالغ در کشتارگاه اخذ شد. نتایج آزمایشات نشان داد که ژن های آدیپونکتین و adipor1/r2 در تمام نمونه های بافتی بره ها و قوچ ها بیان می شوند. بیان آدیپونکتین و دو گیرنده ی آن در گروه سنی 2 تا 3 ماه بیشترین مقدار بود و با نزدیک شدن به سن بلوغ افزایش یافت (01/0p<). همچنین، بیان adipor1 و adipor2، اما نه آدیپونکتین، در قوچ های بالغ نسبت به گروه آخر بره ها کاهش یافت (01/0p<). بعلاوه، بیان آدیپونکتین و adipor1/r2 در بخش جلویی اپیدیدیم (سر و بدنه) به طور عددی بیشتر از دو بخش دیگر اپیدیدیم بود (05/0p>). همبستگی مثبت معنی داری بین هر سه ژن آدیپونکتین و r1/r2 مشاهده شد (01/0p<). در مجموع نتایج این بررسی نشان می دهند که بیان ژن آدیپونکتین و دو گیرنده ی آن، adipor1 و adipor2 با تغییر سن و با توجه به نوع بافت فرق می کند.

مطالعه سیتوژنتیکی گوسفندان قزل، مغانی و آرخارمونیوس بررسی کاریوتیپ با الگوی نواربندی g
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تبریز 1378
  محمدطاهر هرکی نژاد   محمدعلی حسین پورفیضی

بررسی سیتوژنتیکی بر روی 53 راس از گوسفندان قزل، مغانی و آرخارمرینوس که در مزرعه دانشکده کشاورزی دانشگاه تبریز پرورش داده می شدند. صورت گرفت . با استفاده از سرنگ های استریل و هپارینه خون محیطی از وریدوداج گرفته شد. 0/3 میلی لیتر از خون کامل در 7 میلی لیتر محیط کشت هام f12 که با 20 درصد سرم جنین گاوی (f.c.s) و آنتی بیوتیک های پنی سیلین و استرپتومایسین تکمیل شده بود کشت داده شد. فیتوهماگلوتنین (pha-m) به عنوان میتوژن مورد استفاده قرار گرفت . کشت ها در 37 درجه سلسیوس به مدت 69-72 ساعت در انکوباتور قرار داده شد. 1/3 ساعت قبل از برداشت ، کلشی سین (150 میکرولیتر برای هر کشت ) به منظور توقف میتوز افزوده شد. سوسپانسیون سلولی به مدت 15 دقیقه در محلول هیپوتونیک (0/075 مولار kcl) در انکوباتور قرار داده شد و 3-4 بار در فیکساتیوکارنوی تثبیت گردید. سوسپانسیون نهایی بر روی لام های سرد و مرطوب گسترش داده شد و در هوا خشک گردید. به منظور نواربندی gtg لام ها با 0/05 درصسد تریپسین تیمار داده شدند و با محلول 5 درصد گیمسا رنگ آمیزی گردیدند. گوسفندان قزل، مغانی و آرخارمرینوس دارای تعداد کرموزوم دی پلوئید 2n 54 و کاریوتیپی شامل سه جفت دو بازوی و کوچک و 23 جفت اکروسانتریک به عنوان کروموزومهای اتوزوم، یک کرموزوم x بزرگ اکروسانتریک و یک کرمزوم y دو بازوی و کوچک به عنوان کرموزومهای جنسی می باشند. نواربندی g امکان یافتن صحیح تمام زوجهای کرموزومی اکروسانتریک را فراهم نمود. سانترومر اکثر کرموزوم های انسان است . سانترومر کرموزوم دو بازویی y با نواربندی g رنگ گرفت .