بابونه (matricaria chamomilla l.) به عنوان یک گیاه دارویی ارزشمند در عرصه های طبیعی ایران از جمله در استان بوشهر پراکندگی قابل توجهی دارد. در مطالعات به عمل آمده در باره خصوصیات مختلف این گیاه، اغلب به جنبه های دارویی و بهداشتی و روش های استخراج اسانس و ماده موثره اشاره و کمتر به جنبه های بوم شناختی و تولید زیستی آن پرداخته شده است. به رغم مرغوبیت محصول بابونه ی رشد یافته در شرایط طبیعی، به نظر می رسد زراعی کردن بابونه با رعایت اصول علمی به زراعی که مبتنی بر کاهش مصرف کود و سموم شیمیایی باشد و منجر به ثبات عملکرد گل، بازده اسانس و مواد موثره گردد، می تواند در ترویج و توسعه ی کشت ارگانیک این محصول ارزشمند و سایر زراعت های منطقه نقش داشته باشد. این تحقیق با تأکید بر جنبه های زراعی تولید و پرورش اکوتیپ های بابونه ی استان بوشهر و بررسی پاسخ اکوفیزیولوژیک آنها به کاربرد کودهای زیستی به منظور دستیابی به یک سیستم زراعی پایدار برای تولید ارگانیک این گیاه دارویی طراحی و پیشنهاد گردید. در این راستا ضمن بررسی های میدانی، اکوتیپ های بابونه از 12 رویشگاه مختلف از سطح استان بوشهر جمع-آوری و بر اساس بازده اسانس و دو ترکیب ثانویه مهم (کامازولن و آپیژنین 7-گلوکوزید) غربال گردیدند. از نمونه های غربال شده، دو اکوتیپ برتر از لحاظ کیفی انتخاب و به همراه اکوتیپ رایج اصفهان در بخش دوم تحقیق استفاده شدند. نتایج این بخش از تحقیق بر تنوع زیستی و فیتوشیمیایی مطلوب میان اکوتیپ های وحشی 12 رویشگاه بابونه استان بوشهر دلالت دارد. با توجه به عملکرد کمی و کیفیت اسانس دو گونه مهم بابونه(matricaria chamomilla, matricaria aurea) غربال گردید. دستیابی به عملکرد 1000 کیلوگرم در هکتار گل خشک، 4/0 درصد بازده اسانس، 6 درصد کامازولن در اسانس و 41/1 درصد آپیژنین 7-گلوکوزید در گل خشک همگی نشان دهنده سازگاری و عملکرد قابل توجه این اکوتیپ ها است. آزمایش زراعی به صورت فاکتوریل در قالب طرح پایه ی بلوک های کامل تصادفی طی دو سال زراعی 86 و 87 در مزرعه ی تحقیقاتی دانشکده ی کشاورزی دانشگاه خلیج فارس (بوشهر) انجام شد و طی آن پاسخ اکوفیزیولوژیک سه اکوتیپ بابونه به کاربرد کودهای زیستی مورد بررسی قرار گرفت. در این آزمایش کود دامی گوسفندی و باکتری های آزادزی تثبیت کننده ی نیتروژن (آزوسپریلیوم و ازوتوباکتر) برای تمام کرت ها مشترک بود و سطوح بیوفسفات و آلودگی به میکوریزا به عنوان تیمار در نظر گرفته شد. به این ترتیب آزمایش با 21 تیمار و سه تکرار مشتمل بر 63 واحد آزمایشی بود. برای تلقیح میکوریزا از اندام فعال قارچی (شامل اسپور و هیف) از دو گونه ی قارچ بنام های glomus intraradices و g. etanicatum استفاده شد. عامل میکروبیوفسفات نیز در سه سطح 0، 30 و 60 کیلوگرم در هکتار مشتمل بر دو گونه ی باکتری حل کننده ی فسفات بنام های bacillus megatherium و b. coagolens همراه با پودر سنگ فسفات و سایر حامل ها مورد بررسی قرار گرفت. همچنین در این تحقیق هر کدام از اکوتیپ ها به شیوه معمول با کودهای شیمیایی توصیه شده در سه تکرار پرورش داده شده و به صورت مقایسه های مستقل به عنوان شاهد با سایر تیمارهای زیستی مقایسه گردیدند. از زمان گلدهی بابونه به بعد صفات وزن تر گل، وزن خشک گل، قطر گل، وزن تر و خشک گیاه در واحد سطح تعیین و شاخص برداشت محاسبه گردید. پس از برآورد عملکرد گل؛ بازده اسانس، مقدار کامازولن در اسانس و مقدار آپیژنین 7-گلوکوزید در گل خشک اندازه گیری و محاسبه شد. در این تحقیق بجز اثر اصلی اکوتیپ ها، سایر اثرهای اصلی کودهای زیستی و برهمکنش آن ها با یکدیگر روی صفات مورد نظر معنی دار نشدند (? ? 0.05). به طور کلی اکوتیپ های بابونه سازگاری خوبی به شرایط کشت در مزرعه نشان دادند و با تامین حداقل نیاز غذایی آن ها، عملکرد گل خشک و بازده اسانس مناسبی (به ترتیب 1000 و 3 کیلوگرم در هکتار) تولید نمودند. همچنین هر سه اکوتیپ از نظر وزن خشک گل و بازده اسانس در یک سطح آماری قرار داشتند ولی از نظر مقدار کامازولن در اسانس و آپیژنین 7-گلوکوزید در گل خشک به ترتیب برتری با اکوتیپ اصفهان و اکوتیپ های بابونه بوشهر بود (? ? 0.05). در مجموع بر اساس نتایج این تحقیق، تیمار کردن هر سه اکوتیپ بابونه با کودهای زیستی، عملکرد کمی و کیفی آن ها را در مقایسه با کودهای شیمیایی کاهش نداد. از این رو به دلیل سازگاری بوم شناختی گسترده گیاه بابونه، می توان با تامین حداقل نیازهای محیطی و عملیات زراعی مبادرت به کشت آن نمود و عملکرد مناسبی از آن به دست آورد. بر این اساس و با توجه به سایر ویژگی ها، گیاه بابونه گزینه مناسبی برای گذار از کشاورزی متداول به کشاورزی اکولوژیک محسوب شده و می-توان آن را به راحتی وارد تناوب زراعی منطقه نمود.