به منظور ارزیابی تحمل شوری در ژنوتیپ های مختلف توتون و ارتباط آن با نشانگر-های پروتئینی تحقیقی در دانشکده علوم کشاورزی دانشگاه محقق اردبیلی در سال 1391 انجام شد. آزمایش روی 20 ژنوتیپ توتون به صورت فاکتوریل در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با سه تکرار و سه سطح تنش (شاهد، 105 و 210 میلی مولار کلرید سدیم) به صورت کشت در خاک انجام شد. نتایج نشان داد که با افزایش تنش شوری مقدار پرولین و درصد خسارت، افزایش یافت و تفاوت معنی داری بین ژنوتیپ های مورد بررسی وجود داشت. صفات فیزیولوژیکی دیگر به طور معنی داری کاهش یافتند. میانگین اکثر صفات مورد ارزیابی نشان داد که از بین ژنوتیپ های مورد مطالعه، ژنوتیپ های troborbon، sough carolina، rozecan nela، florida 513 در شوری 105میلی مولار و ژنوتیپ های rozekan nela، grixalla و florida 513 در شوری 210 میلی مولار در گروه ژنوتیپ های متحمل قرار گرفتند. شاخص مقاومت ti نیز نشان داد ژنوتیپ های florida 513، rozecan nela و troborbon با میانگین بیشتر در گروه ژنوتیپ های متحمل قرار گرفتند و ژنوتیپ های exil 169، nc60، bergerac و carolina با داشتن میانگین کم جزو ژنوتیپ های حساس بودند. تجزیه خوشه ای ژنوتیپ ها نیز نشان داد که در شوری 105 میلی مولار ژنوتیپ های sough carolina، comstak sponish، troborbon، rozecan nela، nc60 و در شوری 210 میلی مولار ژنوتیپ های rozecan nela، virgina free، florida 513، troborbon و nc60 در گروه ژنوتیپ های مقاوم بودند. ژنوتیپ های exil pri، virginia aurea، p.b.d.6 و pennb 169 و bergerac به طور مشترک در شوری 105 و 210 میلی مولار در گروه ژنوتیپ های حساس بودند. همچنین، نشانگر های پروتئینی می توانند به عنوان ابزاری تکمیلی برای بررسی تنوع ژنتیکی در ژنوتیپ های توتون مورد استفاده قرار گیرد. نتایج حاصل از تجزیه پروتئین های محلول در آب و نمک در شرایط بدون تنش و شوری 210 میلی مولار کلرید سدیم و پروتئین هایی با وزن مولکولی بالا در شرایط بدون تنش و شوری 210 میلی مولار کلرید سدیم نشان داد، میانگین تنوع ژنتیکی برای تمام مکان های ژنتیکی به ترتیب برابر 23/0، 19/0، 44/0 و 17/0 بود. به عبارتی در ژنوتیپ های توتون تنوع ژنتیکی برای پروتئین های محلول در آب و نمک نسبت به پروتئین های با وزن مولکولی بالا کم بود و مقدار شاخص شانون به ترتیب برای هر دو نوع پروتئین های محلول در آب و نمک و پروتئین های با وزن مولکولی بالا برابر 38/0، 29/0، 63/0 و 53/0 بود. تجزیه رگرسیون داده های حاصل از پروتئین های محلول در آب و نمک و پروتئین های با وزن مولکولی بالا با صفات فیزیولوژیک نشان داد که صفت کلروفیل b در سطح شاهد بیشترین ضریب تبیین تصحیح شده را داشت. در پروتئین-های محلول در آب و نمک نشانگر 4 و پروتئین های با وزن مولکولی بالا نشانگرهای 1، 2 و 3 به دلیل داشتن ارتباط با صفات بیشتر به عنوان موثرترین نشانگر شناسایی شد.