نام پژوهشگر: علی آهنی

بررسی الگوی جهش های ژن rb1 در بیماران مبتلا به رتینوبلاستوما
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1390
  علی آهنی   حمیدرضا خرم خورشید

رتینوبلاستوما شایع ترین تومور جامد درون چشمی در کودکان زیر سن شش سال است که از تکثیر و رشد بی رویه سلول های نابالغ شبکیه چشم منشا می گیرد. جهش در هر دو نسخه ژن rb1 مسئول شکل گیری این بیماری می باشد. اندازه ژن rb1 بسیار بزرگ و حدود kb 180 بوده و شامل 27 اگزون می باشد. تا کنون طیف وسیعی از جهش ها در سرتاسر این ژن گزارش شده است. اندازه بزرگ این ژن انجام بررسی های مولکولی را بر روی آن دشوار می سازد ولی از طرفی پیدا کردن جهش ها تأثیر بسزایی در کنترل بیماری در خانواده های بیمار دارد. در مطالعه حاضر برای اولین بار در ایران طیف جهش های ژن rb1 در بیماران مبتلا به رتینوبلاستوما مورد مطالعه قرار گرفته است. به منظور شناسایی جهش ها در صورت موجود بودن نمونه توموری بیماران تمامی اگزون های ژن rb1 با استفاده از روش تعیین توالی مستقیم بررسی شده و در بیمارانی که نمونه توموری آنها در دسترس نبوده است این بررسی ها بر روی نمونه خون آنها انجام شده است. در ادامه برای بررسی حذف و اضافه های ژنی از دو روش mlpa و کاریوتایپ استفاده شده است. روش mlpa بر روی تمامی نمونه ها و روش کاریوتایپ برای 27 بیمار مورد استفاده قرار گرفته است. همچنین وضعیت پلی مورفیسم سه مارکر میکروساتلایتی پیوسته به ژن rb1 در جمعیت عادی ایرانی مورد بررسی قرار گرفته و از این مارکرها در مراحل بعدی برای بررسی وضعیت loh در نمونه های توموری استفاده شده است. علاوه بر این وضعیت متیلاسیون پروموتر ژن rb1 در نمونه های توموری با استفاده از روش تیمار با بی سولفیت مورد بررسی قرار گرفته است. در انتها برای 11 مورد از جهش های تکرار شونده روش های سریع غربالگری بر پایه arms-pcr طراحی شده است . در این مطالعه در مجموع از 121 بیمار نمونه گیری شده که در 43 مورد از آنها علاوه بر نمونه خون، نمونه تومور بیمار نیز در دسترس بوده است. در مجموع تعداد 91 جهش در بیماران شناسایی شده است که 18 مورد از این جهش ها جدید بوده و برای اولین بار گزارش می شوند. وضعیت پراکندگی جهش ها و نوع آنها در جمعیت ایرانی با سایر جمعیت هایی که تا کنون مورد بررسی قرار گرفته اند کاملاً یکسان است. همچنین بررسی جهش ها در بیماران رتینوبلاستوما تأثیر بسزائی در کاهش تعداد دفعات مراجعه خانواده به کلینیک داشته و در مواردی از آن می توان برای انجام تشخیص پیش از تولد و یا تشخیص های آینده نگر در سایر اعضای خانواده فرد بیمار استفاده نمود.

ارزیابی عملکرد روش های تحلیل خوشه ای در منطقه بندی حوضه های آبریز و تأثیر آن ها بر تحلیل فراوانی منطقه ای سیلاب
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه صنعتی شاهرود - دانشکده کشاورزی 1392
  علی آهنی   سید سعید موسوی ندوشنی

یکی از نخستین گام ها در فرآیند تحلیل فراوانی منطقه ای سیلاب، اختصاص ایستگاه های هیدرومتری مورد بررسی به مناطقی است که انتظار می رود ایستگاه های هیدرومتری موجود در آن ها دارای مکانیزم تولید سیلاب مشابه باشند. این فرآیند به عنوان منطقه بندی شناخته می شود. روش های منطقه بندی مبتنی بر تحلیل خوشه ای می توانند در تشخیص گروه های ایستگاه هایی که فرآیند تولید سیلاب مشابهی دارند، نقش موثری را ایفا کنند. در این پژوهش عملکرد انواع روش های تحلیل خوشه ای مانند خوشه بندی ترکیبی، خوشه بندی فازی با استفاده از الگوریتم فازی c-means و نیز خوشه بندی با بهره گیری از نگاشت های خودسازمانده کوهونن در منطقه بندی حوضه ی آبریز سفیدرود بزرگ به منظور اجرای تحلیل فراوانی منطقه ای سیلاب مورد بررسی قرار گرفته است.همچنین ارزیابی وضعیت همگنی مناطق حاصل و اجرای تحلیل فراوانی منطقه ای با استفاده از الگوریتم گشتاورهای خطی انجام گرفته است. نتایج به دست آمده نشان داد که در میان الگوریتم های خوشه بندی ترکیبی، ترکیب الگوریتم ward با الگوریتم k-means می تواند مناسب ترین گزینه باشد. همچنین در مورد خوشه بندی فازی با استفاده از الگوریتم فازی c-means نتایج حاصل حاکی از آن است که این الگوریتم در حوضه ی مورد مطالعه، از نظر تشکیل مناطق همگن و ارائه ی برآورد های مناسب در تحلیل فراوانی منطقه ای سیلاب با استفاده از الگوریتم گشتاور های خطی، عملکرد قابل قبولی دارد. افزون بر این، مشاهده شد که استفاده از خوشه بندی فازی می تواند برآورد های قابل اعتماد سیلاب را برای دوره های بازگشت طولانی تر امکان پذیر کند. در مورد نگاشت های خودسازمانده مشاهده شد که مناطق مربوط به حالت 3 منطقه ای حاصل از این روش، هم از نظر شاخص های صحت خوشه بندی و هم از جهت همگنی مناطق تشکیل شده وضعیت مطلوبی را دارا هستند.

بررسی حساسیت و اختصاصیت روش high resolution melting analysis در شناسایی انواع جهش های مختلف ژن rb1
پایان نامه دانشگاه آزاد اسلامی - دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم دارویی - پژوهشکده ابن سینا 1392
  سینا علیزاده   علی آهنی

روش های متنوعی برای شناسایی جهش ها ابداع شده است که هریک از آنها دارای مزایا و معایب خاص خود هستند. یکی از روش هایی که اخیراً ابداع شده و در مطالعات مختلف به کارآیی بالای آن اشاره شده است روش high resolution melting analysis یا hrm است. در مطالعه حاضر برای اولین بار در ایران به منظور شناسایی جهش ها تمامی اگزون های ژن rb1 با استفاده از روش تعیین توالی بررسی شده است. در ادامه به منظور بررسی حساسیت و اختصاصیت روش hrm در شناسایی انواع جهش های ژن rb1 ، تمامی 27 اگزون این ژن توسط hrm مورد بررسی قرار گرفتند و سپس نتایج با روش تعیین توالی مقایسه گردید. در این پژوهش تمامی 27 اگزون موجود در ژن rb1 در 25 بیمار با استفاده از dna نمونه خون آنها بررسی شده اند که در روش توالی یابی 18 نمونه دارای جهش شناسایی شدند و سایر نمونه ها فاقد جهش بودند. از 18 نمونه ای که در توالی یابی مستقیم دارای جهش بودند در روش hrm، 16 نمونه دارای جهش شناخته شدند. تشخیص این تعداد از جهش ها توسط روش hrm بیانگر این واقعیت است که حساسیت روش hrm ، 88.88 % و اختصاصیت آن 100% میباشد. میزان حساسیت و اختصاصیت این روش برای تشخیص جهش های نقطه ای به ترتیب ،90.9% و 100% و برای جهش های تغییر قاب خواندن به ترتیب 85.71% و 100% محاسبه شده است. نتایج این مطالعه نشان داد که hrm روشی بسیار حساس و مقرون به صرفه برای شناسایی جهش ها می باشد.