قارچ های خاکزی هر ساله خسارت های جبران ناپذیری به گلخانه های محصولات جالیزی وارد می کننند که اامیست-های عامل بوته میری جالیز از جمله مهمترین آنها هستند. در این پژوهش برای شناسایی عوامل بیماریزا و تعیین میزان خسارت ناشی از آن گلخانه های متعددی در استان های اصفهان و یزد مورد بازدید قرار گرفت و تقریباً هیچ گلخانه ای بدون آلودگی دیده نشد. میزان خسارت در گلخانه های بازدید شده بین 75-5 در صد تخمین زده شد. خصوصیات مورفولوژیک قارچ های جدا شده روی محیط کشت های مختلف مورد بررسی قرار گرفت و 60 جدایه از شبه قارچ های جنس های phytophthora و pythium جداسازی گردید. براساس خصوصیات مورفولوژیک و برخی ویژگی های فیزیولوژیکی 40 جدایه phytophthora melonis، 10 جدایه p. capsici و 10 جدایه pythium aphanidermatum شناسایی شدند. بیماری زایی جداِیه های مختلف در گلخانه روی خیار رقم سلطان و فلفل دلمه ای رقم 7210 بررسی شد و نتایج آزمایش نشان داد که تمام جدایه ها روی این ارقام بیماری زا هستند. برای جداسازی دو گونه p. melonis وp. drechsleri از یکدیگر از روش های توانایی ایجاد پوسیدگی صورتی در سیب زمینی و ایجاد آلودگی در گیاهچه گلرنگ استفاده شد که از مجموع 40 جدایه تنها 7 جدیه در هر دو آزمون نتایج یکسانی را نشان داده و 4 جدایه فقط در سیب زمینی پوسیدگی صورتی ایجاد کردند. همچنین برای تولید اندام های جنسی و غیر جنسی از محِیط کشت های مختلف استفاده شد. پس از استخراج dna ژنومی این جدایه ها با روش سیلوا وهمکاران، برای تکثیر مناطق مختلف dnaژنومی گونه p. melonis از آغازگرهای its1 و its4، tef1 و tef2، bt1 و2 bt و به منظور تأیید دیگر گونه های شناسایی شده از دو جفت آغازگر capfw/caprv1 و capfw/caprv2اختصاصی گونه p. capsici و دو جفت آغازگر pa1/its2 و pa3/its2 اختصاصی گونه p. aphanidermatum استفاده گردید. داده-های حاصل از pcr، نتایج به دست آمده از بررسی های مورفولوژیک را تأیید کرد. از آنزیم های برشی rsai، hinfi، taqi، hpaii و haeiii به منظور بررسی تنوع ژنتیکی در مناطق its1 و its4 به روش pcr-rflp استفاده شد.. بر اساس خصوصیات مورفولوژیک و نشانگر مولکولی pcr-rflp همخوانی کاملی بین این خصوصیات مشاهده نشد. نتایج به دست آمده از pcr-rflp و مقایسه آن با داده های به دست آمده از آزمون های توانایی ایجاد پوسیدگی صورتی در سیب زمینی و مرگ گیاهچه گلرنگ دو گونه p. melonis وp. drechsleri را کاملاٌ از یکدیگر جدا نکرد، چون علاوه بر این دو گونه، احتمال آلودگی خیار توسط گونه های دیگری از phytophthora و امکان آلودگی در مراحل انجام آزمایش نیز وجود دارد. لازم است برای تشخیص دقیق تر از جفت آغازگرهای اختصاصی گونه استفاده شود.